清代立国之初对书院采取抑制政策，于顺治九年（1652年）下令“不许别创书院，群聚徒党”，这显然是为了避免书院聚集生徒，讽议朝政，以防止反清情绪的滋长和反清力量的集结。因此，自顺治元年（1644年）至雍正十一年（1733年），书院一直处于沉寂的状态，这期间除白鹿洞书院等著名书院尚能维持，其余大多荒芜了。雍正十一年起清政府改变以往的书院政策，由消极的抑制转变为积极兴办，同时加强控制。在这一政策的支配下，清代的书院出现以下的变化：一是书院呈现大发展的趋势，其数量之多“远过前代”，并且在一些边远地区也有设立；二是书院的设立呈现向地方政治文化中心靠拢的趋向，清政府为了便于控制，要求督抚于省城创办书院，各府、州、县书院也均须“申报该管官查核”；三是书院因学习内容的不同呈现多样化趋势，清代绝大多数书院仍以讲求理学为主，或以准备科举为主，但随着“崇实黜虚”的实学思潮兴起，也有倡导“经世致用”之学的书院，如颜元主持的漳南书院，以及以博习经史词章为主的书院，如阮元创办的诂经精舍和学海堂；四是书院办学的独立性所剩无几，师长的聘请权由督抚学臣掌握，生徒由地方官选择录取和考核，其结果致使书院与官学无多大差别，所以清代书院建立虽多，但真正独立办学的却很少。
书院最初作为官学的对立面而出现，试图纠正官学的弊端，弥补官学的缺失，但在长期的发展过程中却日益受制于官府，表现出官学化的倾向。事实上，早在宋初，统治者便对一些有名的书院给予关注和资助，目的是从中加以控制。如当时的嵩阳书院、岳麓书院、应天府书院、白鹿洞书院、石鼓书院、茅山书院等均先后得到过朝廷的赐书、赐匾额或赐田。此后，各地时有知府、知县利用官府财力兴办的书院，更是加快了书院与官学的合流。但书院真正纳入官学化道路是始于元代，甚于清代。正是在朝廷的不断干预下，书院从民办或官助民办演变为以官办为主体，其山长选聘、生徒选拔以及经济来源等方面，逐步为官府所掌控，以至于传统的独立自主的精神在以后绝大多数书院中丧失殆尽。
书院最初以反对“钓声名、干利禄”的面貌而出现，所谓应科举进官学，做学问进书院，但读书人的出路不可能逾越科举取士这一道关口，因而书院在发展中也难以避免科举化的倾向。如果说宋代书院的宗旨仍以倡导探讨儒家义理、增进个人修养为主，那么元代以后随着官学化程度的不断提高，书院的科举化趋势也愈益明显。如明代，朝廷在进一步加强科举取士制度的同时，于万历年间制定书院考课制度，对生徒实行月课月考，为参加科试作准备。至清代，考课式的书院越来越多，考课制度也更加完备。清代书院的考课一般分官课和师课两种。官课由官员主持，一般一月一次，以考时文试帖为主；师课由山长主持，考试形式大多照官课办理，其内容则较官课为多，于八股试帖外另加诗赋、古论等。
三、书院的类型和功能
书院在千余年的发展过程中，形成了各种各样的类型。一般而言，有以血亲关系为纽带的家族书院，其创办经费、日常运作经费均由家族提供，其施教对象为家族成员的后代；有办于乡村、以乡里子弟为施教对象的乡村书院，该类书院一般由个人倡建或乡人共建，也有官府所办；有私人创办、招收成年人的书院，此类书院往往由地方名儒掌教，吸引多方人士前来求学；有不同行政区划所属的县、州、府、省等各级地方书院，以官府创办、资助的为多。这些书院因其教学和学术水平的高低不同，形成了等级上的差异。较低一级的为家族和乡村书院，其程度普遍高于蒙学而相当于近现代初等教育的水平，“这个层次的书院，不仅数量众多，起着普及文化知识和将学术思想社会化的作用，而且它是其他较高层书院的起点，构成中国书院等级之塔的底座”。有了这个基础之后，才有县级书院、州级书院、府级书院、省级书院等，至于私人创办、招收成年人的书院，其水平多由主持院事的山长决定，有高有低。上述各种不同的类型，表明中国书院在程度上的参差不齐，但能代表书院教育水平的应为高一级的书院，在此探讨的范围也以高一级的书院为主。
书院在千余年的发展过程中，以传习的内容和学风而论，也可分为多种类型。一是以讲习理学为主的书院。书院和理学几乎是同时兴起，书院是传播理学的重要载体，理学的发展也推动书院教育的发展。由于理学在宋以后思想领域中占据统治地位，因而书院起初几乎都是理学思想的传播地，或信奉程朱理学，或传授陆王“心学”，只是随着书院官学化、科举化倾向的发展，以及学术思想多元化趋势的出现，才开始发生分流。二是以学习制艺为主的书院。
书院本以研究学问、修养自身为宗旨，与作为科举附庸的官学不同，也反对将功名利禄视为仕进之动力，因而起初均不是科举的准备之地。但随着科举取士在国家政治和人才选拔中的地位越来越重，以及书院官学化趋势的加剧，相当一部分书院不得不改变初衷，步入应试的行列，尤其在明清两代。三是倡导“经世致用”之学的书院。这类书院受明末清初实学教育思潮和传教士传播西学的影响，兴起于清代，以颜元创办的漳南书院和阮元创办的诂经精舍、学海堂为代表，虽然数量不多，但学术影响很大。颜元和阮元均以托古改制的名义着力于改革传统的书院教育，反对理学和帖括之学。前者打着“六艺教育”的旗号，在漳南书院设文事、武备、经史、艺能四斋，学习礼、乐、书、数、天文、地理、兵法、战法、射御技击、十三经、历代史、诰制章奏、诗文、水学、火学、工学、象数等内容；后者以汉儒的训诂考据之学来对抗宋儒的性理之学，在主持的书院中课以经史词章及小学、天文、地理、算法等知识。
书院不论属何种类型，其基本活动有三项，即藏书、教学和祭祀。
书院和书有着不可分割的联系。在书院发展初始阶段的唐代，官方设立的书院即主要用于收藏、校勘和整理图书，私人设置的书院也是个人藏书、读书之地。宋代书院制度形成以后，藏书仍是其主要的功能之一，并且随着印刷技术的推广，书籍得以大批量生产，藏书的规模越来越大，各地书院为此修建了诸如书库、书楼、御书阁楼、经正阁、万卷楼、藏书阁、藏经阁、尊经阁、稽古阁、书廨、万廨、博文馆等名目的藏书处所，收藏经史百家之书，作为师生研习讲诵之资。书院在藏书的同时还从事刻书事业，这种风气在南宋时就已开始，后世学者称此书籍为“书院本”。至清代，凡有条件的书院皆出版课艺、文集、试牍、课士录等书籍，以展示师生的研究心得。如湖南岳麓书院于康熙年间出版《岳麓书牍》、《岳麓书院课文》，于嘉庆至同治年间多次刊刻《岳麓书院课艺》。杭州诂经精舍自嘉庆七年至光绪二十三年（1802-1897）共出版《诂经精舍文集》8集，计72卷。苏州正谊书院曾刊印《正谊书院课选》、《正谊书院课艺》。广州学海堂先后出版《学海堂集》4集，共89卷。
书院的教学有几种方式。一是自学，即自行学习，自行理会，书院则通过课程的安排来指导学生读书，具体做法不尽相同，有的书院是总体开列读书清单，孰先孰后由学生自便，有的书院细分为读经日程、读史日程、读看文日程、读作举业日程，步步递进。至于读书功夫，有句读、评校、抄录、著述等，以此确定每日读书限额。学生读书的情况要求逐日记录在案，以备查阅。据《学海堂志》所载，该书院要求学生“于所颁日程簿首行注明习某书，以后按日作课，填空簿内，届季课之内，随课呈文学长，考覆甲乙”，每日功课“或先句读，或加评校，或抄录精要，或著述发明，即依所颁日程簿，逐日自为填注”。二是讲演，即山长或名儒大师升堂讲说。书院的讲演规模或大或小，讲演的内容均为个人学术研究的成果。据记载，朱熹修复白鹿洞书院后于开讲之日就演讲了《中庸首章》，次年陆九渊访朱熹于南康军，应邀“登白鹿洞书堂讲席”，演讲“君子喻于义，小人喻于利”一章。《象山年谱》中有陆九渊在象山书院升堂讲说的记载：“先生常居方丈。每旦精舍鸣鼓，则乘山轿至。会揖，升讲座。容色粹然，精神炯然。学者又以一小牌书姓名、年甲，以序揭之。观此以坐，少亦不下数十百，齐肃无哗。”书院的这种教学形式，至明中叶时形成特有的讲会制度，进一步拓展其学术影响。三是躬行实践，即在探讨儒家义理的同时，强调人格陶冶，注重道德践行。书院的学规、学约与官学学规不同，官学的条规中侧重于禁令和处罚，书院的条规侧重于积极引导。如朱熹的《白鹿洞书院揭示》规定了修身、处事、接物之要，吕祖谦的《丽泽堂学约》阐明其宗旨为“明理躬行”。
祭祀是书院的重要活动之一，祭祀什么人物亦被看成书院学术倾向的标志。一般来说，祭祀孔子以及颜渊、曾参、子思、孟子，是儒家后学的共同主张，而各个学派、各个地区的书院尚有各自特别的祭祀对象，如程朱学派的人物创办书院必定祭祀周敦颐、张载、程颐、程颢、朱熹，陆王学派的人物创办书院必定祭祀陆九渊、王守仁，阮元办的诂经精舍、学海堂祭祀汉儒郑玄、许慎。有的书院还祭祀当地的乡贤及有功于地方发展和书院建设的人士。书院从事祭祀活动的祀堂一般都处于书院建筑中轴线的最后一进，即在讲堂之后，显示出先圣先师的尊贵地位。祭祀固然是对先圣先师的崇拜，表明书院的宗派和旗帜，同时也具有重要的教育意义，包含了尊师、重道、崇贤、敬学、尚气节的内涵和精神。
四、书院教育的主要经验
书院在千余年的发展过程中，虽然类型多种多种，程度参差不齐，但作为不同于官学的特有的教育组织形式，形成了具有鲜明个性的教育经验。
首先，书院既是教育和教学的场所，又是学术研究的基地，同时还是有一定规模的图书馆及有影响的出版印刷机关，这是书院的重要特点，也是书院教育的重要经验。
书院不以参加科举考试为目的，而是以研究学问和道德践行相标榜。书院的创建者、主持人大多是一方有名的学者，他们任主讲一般都是介绍自己的学术心得，不少研究成果也是在讲学过程中完成并取得社会承认，进而得以传播。可以说，南宋以后一些著名学者都和书院结下不解之缘，如朱熹与白鹿洞书院、陆九渊与象山书院、吕祖谦与丽泽书院、王守仁与稽山书院、黄宗羲与证人书院等。如前所述，书院的活动主要是收藏经籍、讲学和祭祀，清代对藏书尤为重视，大的书院专设藏书楼，小的书院也广征书籍，刊印书籍更成为一种特色。阮元对书院刊印书籍尤为重视，他在杭州主持诂经精舍时刊有《诂经精舍文集》72卷，到广州主持学海堂时不仅出版《学海堂文集》89卷，还刊印《学海堂经解》1400余卷，将乾嘉经学研究的成果尽收其中。教学、学术研究和藏书出版三结合，对推动书院的教学水平和学术发展起了重要作用，现在的高等学校将教学和研究视为重要使命，并配以丰富的藏书，有的还有出版机关，可以说是对古代书院经验的继承和借鉴。
其次，书院教学不受地域和学派的限制，允许不同学派互相讲学，互相听课，一定程度上体现了百家争鸣的精神，特别是书院讲会制度的建立，更促进了学术思想的交流。
讲会是书院讲学的一种形式，是书院教学区别于一般学校的重要标志。