现代大学制度是关于大学管理与运行的规则体系，是以大学的学术性本质为根据的、确定大学存在与发展的规则体系。其实质上是要解决两个基本问题，即如何促进大学的高度社会化，形成大学与社会的有效互动机制；如何解决好大学自身发展逻辑与服务社会目的的冲突问题。在长期的大学发展进程中，人们对此形成了一种共识：大学是社会的学术与文化组织，要尊重和维护大学的主体地位和独立性，使大学按照自身的逻辑运行，并始终把大学作为社会的学术组织加以建设和管理。由此，坚持和弘扬大学自治、学术自由、学者治校便成为现代大学制度核心理念。在近代中国大学的形成和发展中，蔡元培以其在北大的改革实践，融会应用了这一理念，建立了我国的现代大学制度。
可以毫不夸张地说，现代意义上的北京大学与蔡元培这个名字已紧紧联在一起，蔡元培对旧北大的改造，在中国近代大学发展史上竖起了一座丰碑，为现代大学制度在中国的建立奠定了坚实的基础。正如有的学者所言：“北京大学是中国现代型大学之开端，而北京大学之制度与精神，实是借镜西方大学的。”“中国现代教育家蔡元培之改革北京大学就是以德国大学为模式的。
在20世纪初时，德国的确成为世界大学的耶路撒冷。”蔡元培本人亦坦承：“惟二十年中校制之沿革，乃颇与德国大学相类。”北大的前身是创建于1898年的京师大学堂，虽历经民国数年，仍存在严重的封建官僚习气和腐败作风，与真正的现代大学相去甚远。1916年时任北大校长的胡仁源辞职，马叙伦等建议蔡元培为最合适人选。当时蔡元培正旅居法国，且有不少友人反对，但他仍毅然上任。蔡元培明确表示：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育，又似不及在国内之切实。……昔普鲁士受拿破仑蹂躏时，大学教授菲希脱为数次爱国之演说，改良大学教育，卒有以救普之亡。而德意志统一之盛业（普之胜法，辞归功于小学校教员，然所以有此等小学校教员者，高等教育之力也），亦发端于此。”正是抱着这种信念，蔡元培在北大进行了大刀阔斧的改革。
蔡元培上任伊始，即对全校学生提出了三点希望和要求，其首要一条就是“抱定宗旨”。他认为，要根除北大腐败的根源，关键在于破除读书做官的功利主义知识观和教育观，革除科举遗风，改变视学校为官僚养成所之陈腐观念。
他强调指出：“大学者，研究高深学问者也”。“所以诸君须抱定宗旨，为求学而来。”此后，在他主持校政期间，每每在各种场合反复强调：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。”这一理念深刻体现了现代大学的本质属性，对此，许多当时的北大学生感触良深。冯友兰曾回忆道：“蔡先生在为文科换了新学长之后，又陆续聘请了全国在学术上有贡献的知名学者，到北大开课，担任教师。学生们觉得学校的学术空气日新月异，也逐渐认识到大学是研究和传授学术的地方。在大学中唯一的价值标准是学术，谁在学术上有贡献，谁就受到尊敬。混资格准备做官的思想逐渐没有了，新的学风树立起来了。” 第二，大学之大，在于有大师也。蔡元培赴任后，即把主要精力用于教师延聘。他强调：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。”因此，大学应以是否具备真才实学为第一标准，广泛吸纳各种人才，容纳不同学派。在这一思想指导下，当时北大的教师阵容中，新与旧，西学与国学，国人与洋人济济一堂，人才荟萃，各领风骚，真可谓极一时之选。“教授中曾有旧文化保存的顽固派，如复辟派的辜鸿铭任英文教授，新帝制派的刘师培任经学教授。同时有提倡白话、主张新文化运动的急先锋如胡适、陈独秀等。李煜瀛则是最早介绍互助论者，他与吴稚晖是中国最早介绍无政府主义的。蔡先生本人也是提倡克鲁泡特金互助论的。又如李大钊则是最早介绍共产主义的。”优秀的师资队伍为北大人才培养、科学研究和学术氛围的形成提供了最有力的支撑和保证。
第三，改革学校内部管理，倡导民主治校。为实现大学自治理念，蔡元培在北大成立了评议会和教授会，依靠真正有学问、懂教育的专家学者管理学校。作为全校最高立法和权力机构的评议会，由校长、各科学长和教授代表组成，其职能是讨论议决“各学科之设立及废止、讲座之种类、大学内部规则、关于学生风纪事项、审查大学院生成绩及请授学位者之合格与否、教育总长及校长咨询事件、凡关于高等教育事项，得以本会意见，建议于教育总长”评议会以一年为任期，可连选连任，为充分体现民主，评议会章程还规定“非有过半人数以上列席，不得议决事件。”实行教授治校，大大改善了学校的行政管理效率和办事作风，尤为重要的是使大学作为研究学问的场所而不是官僚养成所这一本质属性得以真正落实和体现。
第四，进行学科调整和课程重组。蔡元培接纳了德国大学以研究为重，追求纯粹学理的传统。在北大学科调整时，十分注重文理二科的扩充和加强，主张取法德国成例，以治学者为大学，治术者为高等专门学校，在区分二者性质的同时，试图把北大办成以文理两科为主，即以治学为主的德国式研究型大学。1917年暑期后，北大文科增设了史学门，理科增设了地质学门。1918年，文、理、法三科都成立了研究所。1919年，改门为系，共设14个系。1920年，又增设了各类研究机构。这样，北大的文、理两科不仅规模扩充，而且质量也得到了很大的提高。尽管在办学体制上，蔡元培主张学、术分立，但在研究学问上则强调文理沟通。他借鉴德、美做法，于1919年在北大实行了选科制和学分制，改以往的全部必修课为一半必修、一半选修，学生不仅可选本系课程，也可选修外系课程，为文理沟通提供了制度上的保障。
综上所述，北大改革的方方面面均体现了蔡元培的大学思想，而这些思想的形成又离不开他对欧美大学理念、制度尤其是德国大学模式的吸纳和借鉴。
可以说这些思想赖以生成的核心价值观与所谓的“洪堡精神”有着千丝万缕的联系，即主张大学自治和学术自由，而这也正是现代大学制度的精髓所在。
四、东大改革与美国大学模式的借鉴
美国大学模式最初是从其宗主国英国移植而来。19世纪中叶以后，美国开始转而以德国为师，将德国大学先进的思想和制度导入新大陆，从传统的教学型大学向学术型、研究型大学转变，同时结合自己的国情，朝着为工农业生产和社会发展服务的方向迈进。模仿与创新的结合，在短短数十年间即结出了丰硕成果，涌现出了一大批高水平的大学，形成了独具特色的美国高等教育体制和大学模式。这种新大学模式充满生机和活力，其适应范围和自我发展能力大大增强，继德国大学之后，美国便顺理成章地成为世界高等教育的圣地。
如前所述，1922年新学制的颁布，标志着中国教育全面学习美国高潮的到来。学制中关于大学的条款明显表现出以美国大学为范本建设中国大学的倾向。正是这一时期，中国大学模式从日、德范式转向美国范式，这一历程基本上延续至1949年中华人民共和国成立。
在学习借鉴美国大学模式的过程中，留美学生起了不可忽视的重要作用。
自美国提出退还部分庚子赔款用于资助留学后，大批留学生赴美，他们进入美国各级各类大学学习深造，不仅大大提高了中国对美国及其大学教育的认同度，而且也为中国大学借鉴美国模式提供了更为便利的条件和机会。尤其是其中专攻教育者，他们不仅亲历了美国大学的洗礼和熏陶，而且直接学习研究美国的教育理论和制度，包括其大学制度和理念。这些人回国后，不少担任了当时的大学校长乃至教育部长，在推动、促进中国大学移植、借鉴美国大学模式中发挥了任何其他群体无法比拟的作用。在这一过程中崛起的、由留美学教育归来的郭秉文主持的南京高等师范学校和东南大学就是其中的代表。
郭秉文1908年赴美留学，于1912年获哥伦比亚大学教育学硕士学位，1914年以《中国教育制度沿革史》一文获哥伦比亚哲学博士学位，成为在美国最早获得博士学位的中国学者之一，也是近代中国赴美学教育的留学生中首次获得博士学位者。郭秉文学成归国时，适逢南高师刚刚创建，校长江谦即聘他为学校教务主任，直接参与学校筹建，后因江谦生病，郭秉文代理校长主持校务2年，1919年9月被正式任命为校长。1921年国立东南大学在原南高师相关学科归并、扩充的基础上成立，由郭秉文兼任校长。至1923年秋，二校实行合并，郭秉文主持东大校务至1925年。在这10年期间，郭秉文努力学习借鉴美国大学理念及办学模式，在实践中探索中国大学的发展道路，使南高师和东大成为当时与北大遥相呼应的著名学府。
郭秉文的大学教育思想、办学方针、人才培养模式和学校管理体制等各个方面，都鲜明地反映了美国新教育理念和大学模式的影响，体现着对传统教育进行批判、继承、扬弃中融合中西的尝试。他认为大学教育是为国家培养德、智、体全面和谐发展的可用人才，培养具有健全人格的国民。因此，大学要以社会需要为导向设置学科，注重实验和践行，注重学生独立思想和应用能力的养成，从这些思想中可明显感受到以学生为主体、以社会生活为学校教育之本源的杜威实用主义教育思想的影响。
郭秉文的办学思想集中体现在他所主张的“四个平衡上”：一是认为大学应培养多种类型的人才，设置多种学科，通才与专才平衡，学理与应用互补，“使通才不至于空疏，专才不至于狭隘”；二是人文与科学平衡，强调自然科学与人文社会科学并重，两者相互交叉渗透，以收相辅相成之效，同时主张东西文明沟通融合，使大学成为弘扬民族文化的基地，发展近代科学的重镇；三是师资与设备平衡，教师是办好一所大学的核心和灵魂，但良好的教学、科研条件亦是必需的支撑和保证；四是国内与国际的平衡，即一所大学不仅应成为国内的教学、科研中心，而且还应是国际文化学术交流中心，以开阔视野，博采众长。
郭秉文在南高师和东大的办学实践中，对美国大学模式的移植和借鉴，突出表现在以下几个方面：第一，设置董事会。美国大学管理体制的特点之一，即建立董事会作为学校的决策咨询机构。东大筹备伊始便着手此事。据当时报刊记载：“兹闻筹备处以欧美各大学为求社会之赞助起见，往往设立董事会协助校务进行。……
此次所举诸董事或为耆德硕学，或为教育名家，或为实业巨子，于社会事业均极热心。东南大学得此助力，其发达之速可预卜矣。”1924年制订的《国立东南大学校董会简章》明确了其组织、资格、职权、名额及任期等。校董会的职权为：决定学校大政方针；审核学校预算决算；推选校长于教育当局；决定学校科系之增加、废止或变更；保管私人所捐之财产；议决学校其他之重要事项。
可见，校董会在东大的组织机构和管理体制中的地位至高且重，这与美国大学校董会的职能是基本一致的。
第二，大量延聘留美学生。早在南高师筹建之初，郭秉文即延揽了一批留学欧美的专家学者，继执掌校政后，更是不遗余力引进学有所长的留学生，使每个学科均拥有国内领先的学术带头人。据1923年1月《国立东南大学教职员一览》统计，仅教育学科教师中，留美归来的就有郭秉文、朱斌魁、孟宪承、徐则陵、陆志伟、陈鹤琴、陶行知、廖世承、郑宗海等。真可谓名师荟萃，“皆一时英秀”。以留美学生为主体的师资队伍，不仅为郭秉文创建高水平大学奠定了坚实的人才基础，而且也为美国大学理念和办学模式在南高师和东大的实践提供了十分适宜的环境和土壤。
第三，办综合性大学。自郭秉文执掌南高师后，便根据社会需要和学校发展实际，对系科设置进行了调整充实。1920年，他将原来的2部6科扩大为8系8科，使南高师的科系设置事实上突破了单一师范的界限，初具综合性大学的雏形。东大成立后，学科扩展为文理、教育、农、工、商五科约20余系，成为当时为数很少的综合性大学之一。郭秉文不仅主张多系科设置，而且已具有一定的学科交叉渗透的思想，如东大文理科除统有国文、英文、哲学、数学、物理等系外，还以农科之生物系、教育科之心理系，兼属该科。此外，从学校体制看，东大“寓师范于大学”的做法，也体现了郭秉文借鉴美国综合性大学培养师资的办学模式。
1919年，南高师教务会议通过了“改良课程案”，实行选科制和学分制。
东大时期课程体系更趋科学合理，突出了灵活性和弹性，如实行主辅系列等。
伴随着课程改革的是教学方法的创新。陶行知任南高师教务主任时，率先主张将“教授法”改为“教学法”，将教学过程中的以教师为中心、单向授受转为学生主体、双向交流，体现了教的法子须依学的法子，教是为了不教这一新教育理念。