第二次鸦片战争后，西方列强通过与清政府签订或修订一系列不平等条约，进一步夺取了自由进入中国内地从事传教、通商、租买土地建造教堂、学校等特权。同时，随着中国社会变革，洋务事业的兴起亦对各类新式人才有了更多、更为急迫的需求。正是在这种情形下，教会学校在早期通商口岸零星创办的基础上，迅速向内地拓展，数量大为增加。为了更好地达到传播福音的目的，19世纪60年代以后，教会学校不断趋向世俗化，强化以知识技能的传授为传教的重要手段和载体，同时办学层次不断提高，把重心日益转向教会大学的创办。
然而，教会学校从其诞生之日起便作为一种异己物存在于中国大地，它既是洋枪洋炮裹挟下的入侵者，又是外来宗教的传播者，与中国国家主权、民族意识和文化传统的冲突是必然的。因此，随着封建王朝的被推翻，新文化运动的兴起，随着国人民族意识和爱国热情的进一步激发，当觉醒了的中国人迫切希望通过新型学校所提供的新教育培养出肩负拯救国家大任的一代新人时，自成系统、依仗治外法权、宣传西方宗教和生活方式的教会学校理所当然地成为最直接的攻击目标，迅速扩张的教会教育引发了20世纪20年代的非基督教及收回教育权运动。以后，中国政府日益严格了对教会学校的管理和限制，直到新中国成立，教会学校被彻底取消。
一、教会教育的扩张
传教士在近代中国的办学活动以1877年为界，大致可分为两个阶段。
1877年以前主要兴办小学，这类学校规模较小，大都附属教堂，具有慈善性质，办学地点多在沿海地区。随着洋务运动的不断拓展，使中国社会对西技、西艺表现出极大的热情和学习的愿望，为传教士扩大教育活动的范围提供了更多的机遇。教会教育办学规模和数量不断扩大，并从教堂的附属机构逐渐演变为具有独立体系和运行机制的学校系统，办学地点也不断向内地广大区域延伸。教会学校数量由60年代初的不足200所发展到1876年的大约800所，学生人数达到2万人左右。
1877年5月，在华基督教传教士在上海举行了第一次传教士大会，旨在促进传教活动的协调，加强各不同国家、不同差会传教士之间的联系与交流。
在这次大会上，美国传教士狄考文作了题为《基督教会与教育》的讲演，强调教会学校对中国基督教事业发展的重要作用，呼吁教会应把教育列为自身工作的一个重要组成部分。狄考文还对当时流行的教会学校办学模式提出非难，对教会兴办高水平学校的合理性进行了论证。他批评过分强调直接为福音布道服务的办学模式是“片面和不完整的”，它束缚了办学者的手脚，使教会学校停留于初级水平，教学内容也主要限于教义课本，因而无法真正推进传教事业，必须进行全面的修正，他指出首先要改革教学内容。教会学校要承担起传播西学的责任，为此要编辑世俗教科书。其次要提高教育水准。在中国建立一批高水平的学校。最后，教会学校要进行合作和分工，整合资源，联合办学，以提高办学效率和质量。狄考文的批评和建议引起了激烈的争论，尽管当时他的观点并未得到普遍赞同，但在教学中增加西学的比重，以及编辑教科书的主张得到了部分传教士的响应。应该说狄考文的这些观点和主张，随着时间的推移，起来越表现出重要的现实性和意义，并逐渐为传教士们所接受，成为大家的共识。
大会在韦廉臣和丁韪良的建议下，决定成立“学校教科书委员会”（中文名为“益智书会”），专门负责筹划出版教科书。学校教科书委员会经过几次会议后，就编辑教科书事宜达成以下共识：第一，为筹备编写两套中文教材，即初级教材与高级教材，做好准备工作；两套教材的体裁须文理简洁，通俗易懂。第二，两套教材所包含的科目，主要有初级和高级的教义问答手册，自然科学、社会科学、语言艺术以及各类教学图表等，内容广泛，种类齐全。第三，为适应需要，两套书的术语应该统一。第四，在比较的基础上，结合中国的文学、民族格言以及风俗习惯的特点进行编译。第五，这些书籍不仅可以作为学生的课本，还可以用作教学参考书。第六，最重要的是，应在使这些书具有严格的科学性的同时，抓住一切机会引导读者注意上帝、罪孽和灵魂拯救的全部事实。
至1890年，据傅兰雅报告历年来的成绩，学校教科书委员会新出版书籍50种、74册，图表40幅，另外审定合乎学校使用之书籍48种、115册。这些书籍中比较重要的有《笔算数学》、《形学备旨》、《声学揭要》、《光学揭要》、《天文揭要》、《地理指略》等等。尤其是傅兰雅编写的《格致须知》和《格物图说》两套丛书，在当时最具规模，最有影响。书的内容浅显易懂，都是各门学科的基础知识，因而十分符合当时的社会需求，受到广泛的欢迎和好评。这些教科书，在1894年前是教会学校西学教科书的主要来源。据统计，当时有代表性的12所教会中学，其中9所采用了该出版物作为教科书。此外，有相当一部分被洋务学堂采用。即使到了20世纪初，仍有不少新式学堂采用这些教科书，尤其是自然科学课程。由此可见，学校教科书委员会及其教科书编辑活动对晚清教育的影响。
1890年，第二次在华基督教传教士大会在上海召开，将学校教科书委员会改组为中华教育会（Educational Association of China）。根据《中华教育会章程》规定，教育会干事部由会长、副会长（2人）、总编辑、秘书、会计共6人组成，另设执行和出版两个委员会。狄考文当选为首任会长，兼任出版委员会主席；傅兰雅当选为干事部总编辑，兼任执行委员会主席和出版委员会首席秘书。章程规定“凡正在和曾经从事教育工作，或办学校，或编教科书的基督教各差会成员，都得为本会会员。”中华教育会以提高对中国教育之兴趣，促进教学人员友好合作为宗旨，对整个在华基督教教育进行指导。通过开展各种活动，如进行教育调查、创办杂志、兴办各种讲习会等推广教育经验，谋划办学方针和具体举措，成为当时中国基督教教会教育的最高领导机构。
从1877年至20世纪初，是中国社会急剧变革的时期，西学和西式教育日益获得人们的接受和认同。尤其是清末新政的实施，废科举，建学制，兴新学，这些重大举措虽然没有直接关涉到教会学校的问题，但在客观上为教会学校的加速发展扫除了不少障碍，提供了有利的契机。比如，由废科举带来的教育观和知识价值观的转变，使儒家经典的地位一落千丈，读书人开始如饥似渴地追求西学，而当时的新式学校数量有限，进入教会学校就读便不失为一种现实的选择。这一时期，教会学校发展很快，据统计，19世纪90年代初，全国基督教教会学校学生数是16836人，到1906年已增至57638人。
这一时期，教会学校发展呈现几个主要特点：一是不再停留于初级班层次，出现了一批教会中学。随后，一些中学逐渐宣布提供高等教育，成为教会大学的雏形。二是各校按照西方教育模式，建立起正规的教学体制，确立了修习年限，教学开始按级分班进行。三是世俗知识在教学中的比重大大增加，很多教会学校开始改变以往过分偏重西学的做法，强调“中西并重”。四是出现了一批拥有学位、具有较高学术造诣的专职教师。五是主要招生对象由原来的社会底层转变为富家子弟，教会学校逐渐精英化、贵族化。
二、教会大学的兴办
如上所述，19世纪末20世纪初，在强调提高办学水平，培养高层次精英人才，以有效传播福音和引领、控制中国社会的方针指导下，在华教会学校纷纷向高等级学校升格、转型，兴起了整合各方资源，共同创办教会大学的热潮。
早期的如山东地区的美国长老会、英国浸礼会首先在1902年6月达成了协议，共同办理分别设在登州的文会馆和青州的广德书院。两校合并后称为“广文大学”，后来这一地区的其他差会所办学校也参加进来。1917年，学校各部统一集中到济南，校名正式定为“山东基督大学”（即后来的齐鲁大学），由英、美、加等十几个差会共同参与管理。北京地区通州的潞河书院和汇文大学，经过多年的谈判、协调，最终形成联合，这就是后来的燕京大学。其他如金陵大学、之江大学、东吴大学、华中大学等也都经由联合各方力量创办而来。
到20世纪20年代，基督教大学体系已基本形成。这一时期，外国人在中国办理的学校学生数约占全国学生总数的30％，其中初等学校为4％，中等学校为11％，高等学校则高达80％。至1920年，英美新教各分会在华兴办的教会大学主要有：齐鲁大学、燕京大学、圣约翰大学、金陵大学、金陵女子学院、湛江大学、东吴大学、福建协和大学、华南女子文理学院、之江大学、华中大学、岭南大学和华西协和大学。1925年时，教会大学的学生人数为3500人，约占当时中国大学生总数的17％。
教会大学在办学过程中，形成了自己的办学思想、制度、模式，以及在专业课程、教学内容、教学方法和校园文化等诸方面的特色。一方面这些理念和模式主要移植于西方大学，但同时也根据在中国办学的实际，不断有所调适和转换。这主要表现在以下几个方面：第一，教会大学建立了高效率的学校管理体制，既包括与教会、政府、社会关系的处理，也包括校内管理体系的建构，为学校的发展提供了强有力的人、财、物保障。其管理模式中属于外部的管理力量主要有：（1）大学托事部，有的大学称为“托管会”，这是一种教会大学的创建人组织。这一组织具有明确的机构设置、人员配备和严格的管理细则，机构内部职责分明、工作范围和性质都十分清楚。如由数个差会合办的金陵大学，其托管会行政人员包括一名主席、一名副主席、一名秘书、一名司库。托管会还设有6个常务委员会，即执行委员会，财政、校产和投资委员会，教育委员会，审计委员会，财政预算委员会和金陵大学委员会。各委员会都有自己的工作职责，如教育委员会考虑校长提出的更换教师的建议，各布道****往学校教师的任命，以及检查教学体制、教学安排、规章纪律和其他与教学相关的工作。（2）基金会。从性质上说，虽然很多基金会是非宗教的世俗性机构，但其创建者的个人文化背景以及基金会本身的慈善性质都体现了与教会的某种内在联系。如美国的洛克菲勒基金会就专门成立了“中华医学基金会”，重点资助中国的医学研究与教育，创办了协和医学院，此外，还与中国的100多个机构有联系，如燕京大学就曾多次受惠于它。可以说，该基金会是与当时中国的高等教育关系最为密切的美国基金会之一。这类基金会是教会大学发展的重要经济保证，几乎所有的教会大学在最初阶段都要靠海外募捐来维持和发展。（3）校友会。教会大学一般都设有校友会，除捐款，给母校以经济资助外，还常常在推动学校改革和影响学校办学政策等方面发挥作用。
教会大学的内部管理体系主要有：（1）校董会。尽管校董会成员并非全是校内人员，但它作为学校的最高决策机构，直接对学校大政方针的制订起了关键的作用，同时，它还是与政府和社会沟通协调的重要载体。校董会职责主要包括，选举任命校长和其他行政、教学人员；批准建立新的学科和课程设置；经费的筹措和分配；提供师资力量以及执行有利于提高学校管理效率的其他职责等等。（2）校长负责制下的校院系设置结构。教会大学一般都实行董事会领导下的校长负责制。校长具有办学自主权，集职务、权力、责任于一身。随着学校世俗化、专业化、正规化程度的加强，教会大学大多从初期的系科机构演变为院系机构。这种设置既具有相对独立性，又具有整体性，且专业性较为突出，便于管理和人才培养。此外，教会大学还设有各类校务机构和齐全完备的各类管理规章制度。值得一提的是，一些教会大学还继承了近代欧洲大学的自治传统，为师生参与学校管理提供机会和渠道，如设立教授会，对学校的重大事务提出意见和建议。
第二，从当地社会和经济发展的特点出发，结合自身条件和优势，集中力量办好一些富有特色的院系和专业。比如，协和医学院的办学模式，基本依照了美国最好的医学院——约翰·霍普金斯医学院，它的目标不是培养普通的临床医生，而是高层次的医学专家。这一目标使学校十分注重学生的基础知识和技能的培养和训练。在专业教学方面，不仅强调理论素养，而且突出临床实践和实验室教学的重要性，培养学生的动手能力。协和医学院还坚持严选择、高淘汰的原则，使其毕业生的水平和质量得到社会的公认和欢迎。尽管直接从协和出来的毕业生人数并不是太多，但这一重质量、高标准的精英式培养模式对我国近代医学教育产生了深刻的影响。