明朝建立后，全国分为13省，省设布政使司（后改承宣布政使司），省下置府、州、司。益阳属湖广行省，即治所在江夏（今湖北武汉市）的湖广布政使司，归长沙府领有。
元末明初，由于征战杀戮，水灾为患，县境人口剧减，土地荒芜，生产下降。明洪武初年，益阳降州为县。洪武十四年（1381）开始，外省人口纷纷迁入县境，人口得到发展，城镇分布大体定型，始行里甲制度，经济得以恢复。据《益阳县志》记载：“洪武十四年（1381），诏编《赋役黄册》，县下分设里、甲，全县5070户，25210人，平均每平方公里8人。”
万历十年（1582），全县有人口31636人，今兰溪、泉交河、沧水铺等镇已发展为具有一定规模的农村集市。
明末清初，县境遭受兵祸水灾，人口又一次减少，经济衰退。
清康熙、雍正年间，天下承平，准予百姓各就滩荒筑堤围垦，湖区挽围修垸成为全盛时期，全县共挽垸60余个，开始种植双季稻，山丘区修建塘坝，水利条件得到改善，粮食生产上升。至乾隆时，县内成为“生齿滋盛”、“地辟人稠”之区。稻谷、生猪、鲜鱼、竹木自给有余，正常年景销往县外稻谷10万～20万石。手工业发达，竹器、纸伞、铁锅等驰名全国，销往国外。
清末，随着外国侵略者的进入，益阳县的经济发生变化。鸦片大量流入县境，县城及城郊三里桥一带，烟馆林立。咸丰八年（1858），汉口开辟对外贸易的口岸，益阳成了湖南西北地区的物资集散地，商业渐趋繁荣，大米、鱼类、竹木及纸伞、铁锅、土纸等手工业品大量出口，每年成交额达数百万两白银，遂有“银益阳”、“鱼米之乡”之称。光绪十七年（1891），美孚煤油公司美籍“美山号”轮船运载300吨煤油首航益阳港，英、日、德等国亦接踵而至，洋货开始进入县内市场。由于受外国资本的刺激，县内近代工矿实业始得起步，先后开办兼善公司、弘毅公司、久通公司等，采掘硫磺矿、锑矿。此间，设厘金局开征厘金，兴办邮政电讯。至清末，由于统治的腐朽，封建制度的落后、外国资本主义的侵略，加之连年水灾，堤垸溃决，致使农业生产下降，民族工业举步维艰，经济大面积衰退，人民生活相当贫困。
明初，虽“降州为县”，朝廷还是将统辖资水流域的宝庆卫设于益阳。据民国《益阳县志》载：“洪武初，以宝庆卫设于益阳”，“凡争湖南者，必先常德、宝庆，益（阳）特其门户”。宝庆卫的设立，除在益阳屯垦恢复生产外，区位与战略亦是重要考量。《湖广通志》（卷十三）记载：“国朝丙午（1366）总制胡海洋重修，岁久圮。”此乃明代益阳城的起始。之后，屡经水患的城池加修不断，特别是明嘉靖年间，知县刘激大规模拓展城址，西延至贺家桥，并以外砖内土砌城，开辟东西南北四门，使规模、形制和材质都达到城池的基本标准。清代中后期，清军与太平军激战，城池毁损严重。清光绪二年（1876），知县吴兆熊禀准每担粮油抽钱一串文（缗钱的一种，一千文值银一两），对古城及街道进行最大一次整修，城墙用特制的青砖高垒，街道用桃江一带的麻石铺成。至清朝末年，益阳城池保存基本完好，形成了长达十五里的麻石长街。
从宋元起，资水流域的水运已渐成规模。宋代“梅山开疆”，使《宋史·梅山峒蛮传》所称“旧不与中国通”的资水中上游广大区域的百姓有了走向江海的契机。梅山人的山货、土产、矿砂和器作，只能依托并不好走的资水运到下游城市益阳。这是他们互市贸易的第一站。
明初，随着丁口大增，市井恢复，益阳航运业逐渐兴起。特别是后来朝廷施海禁，内河运输获得快速扩张，码头日渐增多。
到了清代中期，社会逐渐稳定，人口增加，生产发展，手工业和商品经济得到较大发展。尤其是道光年间鸦片战争后，汉口开设外埠码头，推动了益阳水运业快速成长，使益阳成为湘中重要的人流和物流集散地，迎来运输的黄金时期。据《清史稿·洪秀全传》称，当年太平军“掳民船数千，出临资口，渡洞庭，陷岳州”，洪秀全在一个益阳县城能弄到民船数千，组建水师船队，可以想见其时资江航运是何等红火兴盛！与此同时，曾国藩湘军的水师，不仅得力于益阳大量船只输送，更仰仗发达的水运文化培养的一代“水上人”。在水里泡大的益阳人，占了湘军水师很大一部分。一位叫吴家榜的桃江上乡人，因谙熟水性、作战勇敢和战功卓著，甚至站到一品长江水师提督的位置统领千军万马。
到了清代中后期，资水上兴起了毛板船。这种因陋就简的一次性船绝对是湖南人的一大发明。湘中邵阳新化一带新采掘的煤炭，就是靠它运到洞庭湖周边和长江沿岸的各个角落。益阳，伴随着水运兴起，逐渐走入其历史上最鼎盛的一段岁月。短短几十年，资江边兴建了数十个码头，尤以大码头、石码头和向家码头最为气派。码头的崛起，形成了三个特色鲜明的居住部落：头堡、二堡和三堡。大量人户聚集使益阳古城从南门口一直延伸到涌泉街，形成长达十余里的麻石街。“街道两边盖起了密密麻麻的房屋和铺面，从三堡到贺家桥近十里的街道上，整洁不积水的麻石路面无泥又无尘，而延伸得很宽的铺面屋檐遮风又挡雨，即使雨天上街，也可以不打伞和穿油鞋。”19世纪的湖南流传一句口头禅：“铁打的宝庆，银铸的益阳，纸糊的长沙。”可见，益阳被冠以“银城”美誉，其鼎盛和繁华确是有口皆碑。
益阳自古就是一片热血沸腾、英雄辈出的土地。清咸丰二年（1852），太平军于益阳大败清军，击毙清总兵纪律，改益阳为“得胜县”，县内民众从军者众，献船千余艘，对太平军建立水师起了巨大作用。尔后，县内“红巾军”、“红黑会”、“天地会”等会党多次举事。同治十年（1871），哥老会首领刘道美率众攻占县城，火烧县衙及厘金局。宣统年间，灾荒严重，县内数以万计饥民举行起义，为生存而抗争。特别是戊戌变法后，县内许多具有资产阶级民主革命思想的进步青年，以拯救民族危难为己任，争民主、求共和，纷纷加入同盟会。光绪二十二年（1896），县内第一批留日学生、早期同盟会成员姚宏业回国，在上海创办“中国公学”，积极为民族、民主革命奔走呼号。因忧于时弊，饱经挫折，以满腔悲愤在上海黄浦江蹈水殉国，后归葬于长沙岳麓山。
移民是明清社会的主题词，几乎贯穿于两个封建王朝的始终。受明初朱元璋“江西填湖广”政策驱使，不少手工业者和商人开始加入西迁益阳的队伍。移民时断时续，时进时出，占整个社会人口的九成，其“旧族什不及一”。
《益阳县志》记载：“洪武年间（1368—1398），江西吉安、吉水等地大批移民来益阳落户，时称‘洪武落业’。”
江西中部的庐陵府一带地近湖南，自古是崇儒重教、文化昌明之“江南望郡”，工商百业兴盛，尤以禅宗和书院文化著称。自明及清，益阳先后兴建了龙洲书院、中梅书院、琼湖书院、箴言书院等不下20个，私塾、族学则遍布乡野。此外，大批崇祀性人文建筑得以修建，林林总总、星罗棋布。江西移民将重视耕读的文化传统引入，极大地促进了益阳地域文化的提升。有人试图探寻近代益阳文化教育为何能够在湘省独占鳌头的原因，移民因素恐怕位居第一。移民多有一技之长，熟悉经贸营生，令社会面貌焕然一新。在明清近500年的时间里，益阳城里商业会馆林立，江西商帮一直是益阳工商业舞台最活跃的角色。近世湖湘文化高扬“经世致用”之说，观念开明的移民群体对工商末业的尊崇和倡导功不可没。因此，明清时期益阳工商百业鼎盛，移民的敢为人先和顽强打拼当是值得浓墨重彩的一笔。