令麦克阿瑟头疼的另一件事是陆军航空兵新增设的运送邮件业务。罗斯福当上总统后，国会和政府中都有人质疑如果不给予航空兵特殊待遇是否还能保证按合同的规定继续飞行。在问题得到彻查前，罗斯福决定先取消航邮合同。邮政副总长哈尔利·布兰奇于1934年2月的一个周五的中午请来了弗洛伊斯，向他询问航空兵是否能够开展航邮业务。在和两名助手简单商量可能遇到的问题后，也是过于受“要做”的精神的鼓舞，他给了布兰奇想要的肯定答复。
大约一个小时后，正当弗洛伊斯准备向副总参谋长汇报他和布兰奇谈话的要点时。“麦克阿瑟出现了，他涨红了脸，我立刻意识到他正是找我来了，我有麻烦了。‘弗洛伊斯，’他问，‘刚才有位记者朋友向我通报说总统已经下达了航空兵开展航邮业务的命令。你知道此事吗？’”
麦克阿瑟生气的是弗洛伊斯本应忠诚于陆军和陆军的声望，在冒如此大的风险的时候最起码应该让他事先知道此事。如果航空兵完不成任务怎么办？但是到现在，开弓没有回头箭了，他只能期望一切都顺利，并且平和地面对这一切了。麦克阿瑟召开了新闻发布会。他向一群匆匆赶来的记者宣称，“我对陆军能够出色地完成航邮的任务充满信心，我相信这将再一次表明陆军有能力根据需求来调整自身——一如我们在组织公共资源保护队出色的完成任务一样。它必将成为我军在大跨步的迈进中做好了应付一切挑战的准备。”
然而，事实正如他和所有的人预料的那样，航空兵这支军队中似乎是国会唯一喜欢的部队的建设还相当不足。它缺乏在恶劣天气下飞行的指导，并且其不适合运送邮件。然而，弗洛伊斯在让他的手下开展这项工作时，竟然连满足这项任务的基本要求都没有设置。如果情况糟糕，最后出了问题，他简直就没有给自己留后路。而事实就是这样。
1934年2月整个美国都处于冬天糟糕的天气中，在试运邮件的途中发生了空难，7名飞行员遇难。随着死亡人数的增加，媒体将矛头指向了总统。但是航邮正式实施后，伤亡率大大下降了。
但是，3月9日晚，3名飞行员遇难，至此，遇难人数已经升至10人。第二天早上，麦克阿瑟被召到白宫见总统。总统想立刻就见到他和弗洛伊斯。到了不久，他们被引入罗斯福的卧室。罗斯福支撑着坐在那张林肯曾睡过的床上，见到他们走了进来，罗斯福连招呼都没打，就直接厉声责问他，“将军，什么时候死亡率才能给我降下来呢？”
弗洛伊斯答了话，“总统先生，除非飞机停飞。”
这样直率的回答惹恼了罗斯福。他骂起了麦克阿瑟和弗洛伊斯，充分地发挥了他在指责和挖苦别人方面的天赋，严厉地斥责了他们足有10分钟。麦克阿瑟只是静静地听着，默不作声。最后，罗斯福挥舞着一封信交给邓恩，命令——是的，是命令，——命令不许再出空难事故。然后，傲慢地挥一挥手，让这两个一脸阴郁的将军退了出去。
春天来了，再也没有发生意见空难事件。总统和国会这时候才意识到，航邮出现问题，问题不在有没有徇私舞弊的行为，而在于津贴的多少：除非加大津贴投入，否则那条航线也飞不起。新的协议签订了——承担飞行任务的依然是那些在当上飞行员不久前还扒窃的小混混。
夏天到来后，航空兵又让麦克阿瑟陷入了窘境。哈普·阿诺德带领6架B—10双引擎轰炸机从华盛顿到阿拉斯加飞了个来回。这次公开的特殊飞行给航空兵黯淡的徽章上重新镀了一层金。阿拉斯加之行使航空兵赢得了大批公众，阿诺德禁不住带领他的机群又来了个千里越海，从朱诺到西雅图，以证明他们可以出海搜寻并攻击敌舰队。麦克阿瑟与普拉特正在讨论海岸防御的分界线，阿诺德这样做无异于往麦克阿瑟脸上啐唾沫。麦克阿瑟彻底被激怒了。等阿诺德和他的编队飞回来时，各报都在头版头条给予了报道，他们都期望能得到阿诺德许给他们的优异飞行十字勋章。麦克阿瑟却从中作梗，结果他们没有一个人因阿拉斯加之行而获勋。
为解决陆军和航空兵的纷争，麦克阿瑟让邓恩组建了一个由前陆军部部长牛顿·贝克领导的独立咨询委员会。委员会将对美国空军的房屋需求做全面的调查。经过两个月的审议，委员会建议将航空兵飞机数量增加到2，320架，作为暂时缓和矛盾的方法，并加强训练等，但对航空兵独立只字未提，只提到了重组航空兵。10年来，很多人建议将所有的航空兵战术单位置于一个独立的总指挥部之下，该指挥部直接向总参谋长报告。航空兵司令将只负责征兵，训练，补给和维修等问题。这正是麦克阿瑟所赞同的。现在，贝克的委员会为此铺平了道路。
麦克阿瑟挑选航空兵中最受人爱戴的，领袖魅力十足的弗兰克·安德鲁斯准将为航空兵总部司令。他并不幻想建立一个航空兵总部就能阻止他们分离出去的步伐。安德鲁斯是一个米切尔式的狂热分子，趁着任司令的时机，上马了4引擎轰炸机的研究。但是麦克阿瑟毕竟实现了将航空兵留在诸兵种合成部队的愿望。他确实又一次展现了先见之明。在未来的战争中，无论攻防之时，美国军队的飞机，坦克，战车，火炮以及步兵战线的混合一体的逢打必胜的战力，让其他国家只能空余叹息，望尘莫及。
虽然总参谋部部长没有固定的任期，但是陆军部里每一个人都认为麦克阿瑟最多干4年。如果真是这样，那么他的任期将于1934年11月结束。然而，麦克阿瑟却没有退下来的打算。当陆军部开始猜测谁将接替麦克阿瑟之时，他的一些政敌立马就端出了继任者名单，而麦克阿瑟的崇拜者则向总统游说希望麦克阿瑟能够留任。参议院军事委员会主席莫里斯·谢帕德，众议院多数党领袖约瑟夫·拜恩都向总统提议让麦克阿瑟留任。更给力的是潘兴也请求总统让麦克阿瑟留任以便完成他启动的改革，当然，只是麦克阿瑟认为更给力而已。
而总参谋部的关于认定德军比法军表现出众的原因是德军参谋长的任期为13年而法军则每隔两到三年就更换一名参谋部长的报告也是对麦克阿瑟留任的一种声援。邓恩也在研究法律后多次向罗斯福提请留任麦克阿瑟。尽管如此，麦克阿瑟还是希望能换个岗位，他私下里给陆军总部写信，希望能够在卸任后到总部位于纽约加弗纳斯岛（总督岛）的第一军团任职。然而，很显然，他对从高位下来再到以前的部下那里任职很不悦。与此同时，据艾森豪威尔说，陆军部不断写推荐信给总统。
正当罗斯福对麦克阿瑟的去留犹豫不决之际，蒋介石领导的中华民国政府致信希望麦克阿瑟能到中国帮助中国训练一支500万的军队来抵抗日本的入侵。但是麦克阿瑟拒绝了蒋介石的邀请。原因有二：一，他认为要在中国建立一支能够抵抗日本侵略的队伍需要长达20年的时间；其二，他希望自己的工作地能在菲律宾。
此时国会正力促通过泰丁斯－麦克杜菲法案。法案将把菲律宾纳入美联邦的范围，允许其拥有自己的议会，自己的总统以及在内政方面较高的自治。当时有传言称一旦菲律宾纳入美联邦，时任菲律宾总督弗兰克·墨菲将回国，再入政界。麦克阿瑟希望自己能成为墨菲的继任者。
希望尽管渺茫，但不能说完全没有。在经过数月的踌躇不决之后，罗斯福于12月12日宣布麦克阿瑟暂时留任，直到选出新的继任者。罗斯福宣称，“我这样做，是为了能够在即将召开的国会会议期间继续发挥麦克阿瑟在处理陆军部法律事务方面的优势。”
麦克阿瑟还能指望再当一年的总参谋部部长。在这一年中，他会找到一个合适的地方另谋高就。1935年春，有两个工作同时找上了门，一个工作是奎松提供的，另一个提供者是罗斯福。
国会终于通过了泰丁斯－麦克杜菲法案。根据这个法案，菲律宾可望于1946年取得独立。奎松将于1935年11月担任菲律宾联邦共同体首任总统，他将由此起航，无论付出多少代价，无论道阻且长，他都将引领国家走向最终的独立。但是当他看到自己的国家贫穷，不发达，还要面临政治上虎视眈眈的军国主义日本时，他对菲律宾的前景充满了担忧。
1935年夏，奎松到美国访问期间专程拜访了麦克阿瑟，他直截了当地问麦克阿瑟，“您认为菲律宾在10年后独立后有能力守住自己的国家吗？”
麦克阿瑟的回答，据奎松的回忆是这样的，“我并不认为如此。但是我知道我们可以给你们提供保护，提供武器，当然，我也知道你出得起这些钱。”他当时的盘算是一年500百万的支出，总计10年。菲律宾群岛显然没有足够的资金来建设一支大规模的现代化军队。麦克阿瑟便提议采纳伦纳德·伍德的思路：瑞士式的后备役军队数十万受过良好训练的年轻人组成的步兵，以一支小规模的正规军为核心，正规军在和平时期训练后备役部队，战时充当指挥。麦克阿瑟总结道，这样的防御体系，“没有哪个国家敢来侵略你，因为预期所得还不足以支付想要征服所需付出的代价。”奎松对他们会晤的回忆是这样说的。
而麦克阿瑟的回忆则完全不同：这取决于时间和金钱。如果两者都能满足，共同体就能守得住。当然，这种常识谁都知道。然而，根据奎松的说法，麦克阿瑟告诉他，想不花成本守住菲律宾是不可能。但是，无论那种说法真实，在守住菲律宾要付出怎么样的代价上，双方已经出现了根本性的分歧。
奎松邀请麦克阿瑟到菲律宾帮助建设群岛防御，但是，麦克阿瑟还是希望能够接替墨菲的位置。共同体成立时，总督将被高级专员所代替。1934年9月，罗斯福曾邀麦克阿瑟赴海德公园共进午餐，两人的关系似乎翻开了新的一页，更加紧密。午餐时，罗斯福邀请麦克阿瑟出任驻菲高级专员，麦克阿瑟对此欣喜万分。
返回华盛顿后，麦克阿瑟向军方最好的几个律师咨询他们觉得这个职务怎么样，他们明白无误地告诉他，如果接受这个职务，就必须退役。麦克阿瑟闷闷不乐地告知总统他发现如果接受高级专员的任命将不得不退役，这让他“很失望，不知所措。”望能够修整法律，但是目前，要在军人与驻菲首任高级专员做出选择，他宁愿继续做个军人，一个一直在行动的军人。他没得选择，因为他深信，一场大战必将来临。
他接受了奎松请他出任菲律宾共同体军事顾问的邀请。菲律宾仍然是美国的殖民地，菲律宾的防御当然是美国的责任。美军实际上可以把他借调到菲律宾共同体政府。当时，保留军职驻外任军事顾问的美国军人分布在包括古巴，尼加拉瓜在内的12个国家。因为不在国内，并且是为外国政府效力，自然很难得到升迁的机会，所以有能力的军官一般都不愿意做这些任务。况且离开了军队的主流也许会成为日后发展的一个障碍。唯一能够吸引军事人才从事此项任务的是可以拿到双份工资——一份来自美国政府，一份来自所服务国家的政府。
现有的法律已经得到修改，将允许菲律宾借调美军军官担任军事顾问。于是，麦克阿瑟就收到了人事行政参谋主任的专函，通知他他与菲律宾达成的协议“正式得到陆军部批准。”他与奎松达成协议是在他出任菲律宾军队陆军元帅，享受18,000美元的年薪并领取15,000美元的开支费。这是只有总督才能领到的薪水，与他当时7,500美元的年薪相比已经相当高了。
但是这还不算完，人事行政参谋主任的信函还准许他与菲律宾共同体签订额外的收益项目。信中特别注明，无需事先向陆军部报备：“授权你在双方自愿的情况下在任何时候与共同体政府商定调整薪水和补偿金额度。在此条件下，任何调整均得到陆军部批准。”这封信就出自麦克阿瑟的办公室——也许正是麦克阿瑟本人所为——然后送至人事行政参谋主任签章。其结果是在与奎松的谈判中被他授予了无限大的权力。在其服务期内，麦克阿瑟所能接受的金钱数额没有上限。
麦克阿瑟希望至少能够在菲律宾待上7年时间。他劝说奎松同意在自己的防御方案被菲律宾政府采纳后给予自己菲律宾防务开支的0.46%作为佣金直到1942年。他与奎松讨论的防御开支一年约合500万美元，那么，他在菲律宾的使命结束时，就有望获得250,000美元的奖金。这样，在退役后，他就可以无忧无虑，安享晚年了。