海洋保护区对渔业起到了保险单的作用。保护渔业资源的传统方法是力图（常常是不成功的）控制“捕捞强度”和总渔获量，即从渔业资源的预测来确定允许捕捞的水平。但许多渔业资源量是不稳定的，在数学上称之为混沌状态。例如，捕捞强度的小小增加可能导致一种渔业资源的崩溃。除了短期的预测，它还意味着，对渔业资源量水平的预测是不可靠的。因此，在世界各地，对捕捞强度和总渔获量的控制都无法阻止多数渔业的衰退，甚至崩溃。
事实证明，海洋保护区与传统的渔业管理相结合，并采取部分或全面禁渔措施，在恢复受损渔业资源方面十分有效。在若干海域，建立海洋保护区后渔业资源迅速回升。海洋保护区不但不会阻碍捕捞业的发展，反而能提高渔获量，从而获得直接的经济利益。保护区内渔业资源量较高，鱼类的幼体经海流被输送到保护区外的渔场；幼鱼和成鱼也会从保护区向外迁徙，从而促进附近渔业的繁荣发展。
世界自然资源保护联盟将保护区定义如下：“通过法律或其他有效手段，致力于生物多样性、自然资源以及相关文化资源保护的陆地或海洋”。而世界自然保护联盟为海洋保护区制定了一个扩展的定义：“通过法律或其他有效手段予以部分或全部保护的下述环境：潮间带或潮下带及其上覆水体，以及相关动物、植物、历史和文化特征。”
我国有多少海洋保护区
迄今我国共有16处国家级海洋特别保护区。山东有昌邑海洋生态特别保护区；东营黄河口生态国家级海洋特别保护区；东营利津底栖鱼类生态国家级海洋特别保护区；东营河口浅海贝类生态国家级海洋特别保护区；东营莱州湾蛏类生态国家级海洋特别保护区；东营广饶沙蚕类生态国家级海洋特别保护区；文登海洋生态国家级海洋特别保护区；龙口黄水河口海洋生态国家级海洋特别保护区；威海刘公岛海洋生态国家级海洋特别保护区。辽宁有锦州大笔架山国家级海洋特别保护区。江苏有南通蛎蚜山牡蛎礁海洋特别保护区；连云港海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区。浙江有乐清西门岛海洋特别保护区；嵊泗马鞍列岛海洋特别保护区；普陀中街山列岛海洋生态特别保护区；渔山列岛国家级海洋生态特别保护区。
这段话的实质意义是：这些海洋保护区肯定包含了海洋环境，但也可能包括海岸带陆地区和岛屿。保护区边界内所包含的海洋总面积超过陆地面积，或者一个大型保护区的海洋部分大到足以归类为海洋保护区，通常就可以被称为海洋保护区。
具备某种形式的保护，通常是法律上的保护，但这并不一定是必需的。例如，在太平洋上，许多海洋保护区是根据传统惯例建立的。
在整个区域内保护的程度不必完全一样。实际上，大部分大型海洋保护区必须根据不同的影响程度和利用需要进行分区区划。
海洋保护区（其管理规定也是如此）不仅仅指的是海底，还应至少包括部分上覆水体及其动植物。海洋保护区不只保护自然特征，还应适用于文化特征的保护，像遗址、古灯塔和防波堤等。
实践中存在各种类型的海洋保护区，包括：按习惯土地所有权设立的保护区，如太平洋区域的保护区；以自愿为基础管理的，如英国的保护区；由私人创建和管理的保护区，如琼贝、桑给巴尔、坦桑尼亚的保护区；在合作管理体制下设立和管理的保护区，如加拿大的因纽特社区保护区；由政府机构建立和管理的保护区。
此外，许多海洋保护区是国际上指定的，如生物圈保护区，国际湿地保护区或世界遗产保护区。
现有的海洋自然保护途径
迄今为止，海洋自然保护主要采取三种途径：
（1）由专业机构使用不同程度的协调手段来调控和管理单独的海洋活动，如：商业捕捞。通常与邻近的海岸带陆地管理没有或只有极少的协调。这种保护途径包括对单个物种的保护，如在国际捕鲸委员会许可条件下对捕鲸数量的控制。
（2）在只受一般性规定制约的较宽的区域内建立小型海洋保护区，对特别有价值的地方实施保护。这是海洋保护区概念最普遍应用的方式。
（3）在综合管理体系中建立多用途大型保护区，对整个区域实施不同程度的保护。理想的综合体系应扩展到海岸带内外的海洋和陆地区域，对这些区域实施协调管理。但在许多情况下，法律上的复杂性和政府机构之间的竞争使其难以得到实现。
虽然两种途径都能达到自然保护的目标，但是第二种途径——小型保护区网络，只有与其他管理行动联合，共同应对海洋生态系统的主要威胁才能实现目标。实践中往往难以实现综合管理。因此，尽管小型海洋保护区是通向更综合体系的有用开端，但就其本身而言，将证明是不适于满足自然保护需要的。
高度保护的小型海洋保护区与大型的多用途海洋保护区到底孰长孰短，全世界对此争论不休，原因在于错误地认为“非此即彼”。实际上，几乎所有的大型多用途海洋保护区都包含高度保护的区域，都能够按照与独立的、高度保护的海洋保护区相同的方式实施管理。反之，就自然保护而言，在一个较大的区域内对小型的、高度保护的海洋保护区实施综合管理也能和大型的多用途海洋保护区一样有效。
海洋保护区建设取得的进展
海洋保护区已经存在几百年了。例如，在太平洋的许多海域，为了保证资源的再生，禁止在这些海域开展索取性利用。
但是，绝大多数法定的海洋保护区的出现只是最近的事情。1970年，只有118个已知的海洋保护区，到1985年只有430个，至1994年有大约1306个，但有一半以上集中在四个海区——大加勒比海区、东北太平洋、西北太平洋和澳大利亚／新西兰。此外，上述数据不包括自愿而不是根据法令建立的海洋保护区，以及以陆地为主但包括若干海洋部分的保护区。
我们取得了鼓舞人心的进步，但仍有许多事情要做。在全球，海洋保护区面积只占海洋总面积的1%，与陆地保护区面积占陆地总面积接近9%相差甚远。
此外，许多海洋保护区面临威胁。1995年，世界资源研究所估计一半以上的海洋保护区由于附近高强度的海岸带开发而面临高度危险。更有甚者，海洋保护区建立后并没有随之建立有效的管理体系。在许多区域，管理不足或根本没有管理的海洋保护区远多于有效管理的海洋保护区。比起陆地，海洋环境中的“纸上公园”可能更常见，部分原因在于难以确定边界。在许多渔业保护区尤其如此，普遍没有采取强有力的控制捕捞措施，渔业作业者常常自称“我并不知道我是在保护区内作业”。
在大部分国家和对大部分海洋保护区而言，缺乏海岸带综合管理是最大的问题，如果对海洋的污染和土地侵蚀没有得到控制，海洋环境中的保护行动可能徒劳无功。许多国家缺乏部门间的协调机制来应对这些严重的威胁。例如，负责海岸带和海洋管理事务的可能是渔业部，它极少获得合理污染问题的授权。
1992年在委内瑞拉加拉加斯召开了第四届世界公园大会，大会形成的《加拉加斯行动计划》为全世界的保护区确定了一系列目标和优先行动。自1992年以来，越来越强调：生物区规划，是一种将周围的陆地和水域的使用与保护区的管理联系起来的综合规划，其本质与海岸带综合管理相似，强调了陆地与海洋环境之间的联系。
迄今为止，海洋特别保护区经过几十年的发展，已经形成了明确的边界区域。并实行了全部保护区的统一管理体系。
世界自然保护联盟的贡献
世界自然保护联盟对海洋保护区的贡献可以追溯到20世纪70年代，当时一些热心者开始在世界的许多地方提出建立海洋保护区的计划，并提出了海洋保护区的基本概念。世界自然保护联盟早就有了海洋自然保护计划，目前，世界自然保护联盟的区域和国家办公室的大部分工作都用于支持各种海洋保护活动。世界保护区委员会（原称CNPPA）自从1986年设立了（海洋）副主席的位置以来就有了海洋的“半壁江山”。副主席设置并协调18个志愿的专家组，一个组负责一个海岸带海洋区域，同时设置了外海事务工作组。
具体的重大活动包括：
1975年，在东京召开的世界自然保护联盟大会上号召建立一个受到严密监控的、能代表世界海洋生态系统的海洋保护区系统。
1982年，在第二届世界国家公园大会（印度尼西亚的巴厘）期间，作为大会活动之一，国家公园和保护区委员会（CNPPA）组织了一系列有关建设和管理海洋和海岸带保护区的研讨会，促成了《海洋和海岸带保护区规划和管理指南》（即“黄皮书”——萨尔姆·克拉斯克，1984）的出版，为如何管理海洋和海岸带保护区提供了详尽的指导。
1991年，世界自然保护联盟出版了《海洋保护区建设指南》，本版本对其进行了全面修订。
国际公约对海洋保护区的规定
1979年签署的《野生动物迁徙物种保护公约》（CMS）是一个框架性协定，按照这个框架，若干国家政府签订了保护单一迁徙性物种的协定、理解备忘录和行动计划，其中主要协定包括《关于瓦登海海豹协定》（1990年）、《波罗的海和北海小型鲸类协定》（ASCORANS，1991年）和《地中海和里海海豹协定》（ACCOBAMS，1996年）。有关南大洋信天翁的协定正在协商中。尽管各协定主要涉及物种的管理、捕猎控制、偶然性破坏和污染控制，但它们也可能包括保护区建设，如《瓦登海海豹协定》就包括一批海豹保护区的建设。在海豹生殖和哺乳期禁止任何活动。
1992年，第四届世界保护区大会（委内瑞拉的加拉加斯）通过了《加拉加斯行动计划》。该行动计划的许多重要内容都跟海洋保护区有关。
1995年，出版了四卷本的标志性报告《全球有代表性的海洋保护区系统》。由CNPPA与澳大利亚大堡礁海洋公园管理局和世界银行共同编写。这一详尽的报告介绍了全世界18个海洋区域的状况，并概述了需要进一步建设的海洋保护区。除了其他许多行动外，借助世界银行全球环境基金的资助，世界自然保护联盟在萨摩亚群岛、坦桑尼亚和越南建立了多用途海洋保护区建设的示范项目。
海洋保护区任重而道远
国际上生物多样性保护最大量的资助来源于世界银行、联合国规划署（UNPP）和联合国环境规划署（UNEP）管理的全球环境基金会（GEF）。目前，全球环境基金会每年为30多个国家的海洋自然保护项目提供大约1亿美元的资助。帮助各个国家建立海洋保护区需要更多的资助，特别是通过双边支持机制。此外，区域一级和国际一级的工作也需要支持，现在它们还完全没有获得资助。
海洋保护区的经验还表明，建立可持续的海洋保护区所需的时间往往超出捐赠者的资助期限。长期支持国家级的项目是必需的，这可能需要有计划的展开，而不是依赖项目的资助。国际援助不能代替政府的支持，国际援助应集中于能力建设和对地方一级工作的支持。
由世界自然保护联盟，世界银行和澳大利亚大堡礁海洋公园管理局为世界银行编写的报告是资助决策的良好基础，该报告概述了各个海洋区域在政策上和海洋保护区优先期限上的主要需求。作为报告的结果，全球环境基金会在萨摩亚、坦桑尼亚和越南资助建立了三个示范海洋保护区。但是报告呼吁还需要更大量的资金，才能满足数百个新建的和改进中的海洋保护区网络的需要。