另外一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎7岁，次子朱文圭才两岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师人，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达四年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分地区还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
宫中大火之后，连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗实录》记载，有一次明成祖对身边的大臣说：“朕于宫中遍寻皇考宸翰不可得，有言建文自焚时，并玉玺皆毁矣。朕深恸之。”玉玺被焚怎么可能没有一点儿残骸呢？建文帝很有可能带着玉玺逃跑了，借着宝玺他就有可能东山再起，这种疑虑与担忧始终萦绕在明成祖心中。《明史·胡滦传》记载，永乐五年朱棣派遣户科都给事中胡汉，以颁布御制诸书、寻访仙人张邋遢为名，暗中侦察建文帝的踪迹，前后长达十六年之久。所有这些都表明，建文帝有可能逃出宫了。
总而言之，朱棣在即位后下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心和建文帝的真正下落，至今仍是一个未能揭开的历史之谜。
明成祖为何大杀旧臣
明成祖夺了侄子建文帝的江山登基做了皇帝，就是历史上有名的永乐皇帝。他知道自己做皇帝名不正言不顺，生怕拥护建文帝的大臣们起来反对自己，所以攻破南京后的第一件事就是列了一张黑名单，让手下去按名单抓人。
建文帝的重臣齐泰、黄子澄是成祖号称“清君侧”发动反叛的借口，成祖的名单上前两个就是他们的名字。南京城破之后，他们先后被抓，由成祖亲自审问，这两个人都抗辩不屈，被永乐皇帝下令同时磔毙。还有兵部尚书铁铉，被抓到南京，觐见新皇帝时居然背对着皇帝，不肯行礼，也不肯说话。成祖命令两边的人抓住他，让他回身正对着自己，可是铁铉大力挣扎，说什么也不肯回过头来。成祖暴怒，命人将他的耳朵、鼻子割下来，上锅蒸熟了，硬是塞入铁铉的口中，还问他味道怎么样？这可真是亘古未有的残忍刑罚。铁铉却忍住剧痛，反而大声回答说：“这是真正的忠臣孝子的肉，味道怎么会不好呢？”成祖更加生气了，喝令手下当场就把他凌迟处死。眼见着自己身上的肉被一片一片地剜下来，铁铉竟然到死还是骂不绝口。成祖这时好像被气得失去了人的理智，非要看到铁铉向自己屈服不可。铁铉这时已经死了，成祖还命人搬了一口大锅放在殿上，里面盛满了滚烫的热油，把铁铉的尸体扔了进去，就见尸体立刻就被炸成了焦团，这时成祖才命人将铁铉的焦尸朝向自己坐的龙椅摆放，可是不知是不是铁铉的灵魂未散，尸体始终反身向外，不肯正对着殿上。后来两边的人用铁棒夹住了残骸，举着他让他面向殿上，成祖这才笑道：“你现在终于肯来朝见我了吧！”话还没说完，就见锅中的热油飞溅而起，烫伤了那些用铁棒架住铁铉尸身的人的手足。那些人见了这种可怕的情景，都立刻扔下棒子退在一边不敢上前了，铁铉的尸身仍然反立如前。成祖这时也不禁为这种情况弄得大惊失色，实在没有别的办法，只好命人将尸身安葬了。其他在名单中的官员还有户部侍郎卓敬，右副都御史练子宁，礼部尚书陈迪，刑部尚书暴昭、侯泰，大理寺少卿胡闰，苏州知府姚善，御史茅大芳等，都被陆续地抓来，面对新皇帝残酷的手段却没有一个人肯屈服，结果都备受荼毒，不是被打掉牙齿，就是被割了舌头，也有的被截断手足，都受尽酷刑而死。等杀了这些人以后，成祖还是不满意，又怕被他杀死的这些人的亲属要向他报复，所以决心要斩草除根，于是这些人的亲属也都相继被杀了，这之中，死得最惨烈的要算是当时著名的文士方孝孺，他的倨傲态度彻底激怒了本就嗜杀的成祖，最后被灭十族。其他不在名单之内的官员像修撰王艮、王叔英，都给事中龚泰，都指挥叶福，衡府纪善周是修，江西副使程本立，大理寺丞邹瑾，御史魏冕等人，在燕王攻城时，都守节自杀。在这些以身殉国的人中，最奇怪的是一个东湖樵夫，谁也不知道他的姓名，只见他每天都背着木柴到城里来卖，从来都是口不二价。这时听说了建文帝自焚而死的消息，竟然趴在地上大哭了起来，柴也不要了，直接投湖自尽。不得不让人感叹就是如此小民也深知忠义二字。
建文帝这些忠诚的大臣中还有一个像战国时的义士荆轲一般的英雄人物，就是左佥都御史景清。这个人平时倜傥洒脱，但最注重名节，燕王攻破南京即位以后，听说他的名声很大，就让他官复原职。使大家都意料不到的是，他居然毫不推辞的就接受了新的任命。那些以前就认识他的人都大惑不解，也有人在一边偷偷的嘲笑，说他言行不一，贪生怕死，他也毫不为意。后来，宫中的钦天监夜观星象，发现天象有了异变，这在古代可是一件大事。负责的官员马上向皇帝报告了这个情况，说是有一颗星星发生异常现象，发出耀眼的红色光，而且直朝帝星而来。成祖听了这话心里也很害怕，所以对身边的人都很留意。这一天，他上朝的时候，远远的就看见景清穿着一身大红色的衣服迎面走来，心中马上就起了疑心。果然在殿上朝见时，景清忽然一跃上前，冲向坐在龙椅上的皇帝，成祖心中早有准备，马上起身闪开，命令身边的护卫将他拿下，一搜身，果真藏着一把利刃。成祖震怒地质问他想干什么，景清慨然答道：“我本来想为先帝报仇，可惜没有成功。”成祖大怒，命人把他的皮剥下来，悬挂在长安门上示众。有一天成祖出巡，正巧路过了长安门下，本来吊在城门上的皮，竟然自断绳索，扑向成祖。成祖很是诧异，命人一把火将皮烧了。可是这天夜里，成祖刚刚睡着，就梦见景清手中提着一把长剑向他走来，他马上惊醒，心中惊恐不已，第二天一上朝，就命人把景清夷灭九族。
以上这些死难的建文帝的遗臣都是忠臣义士。因为这一年是建文四年（1402年），岁在壬午，所以就叫作壬午殉难。成祖对这些不肯向他屈服的人既恨又惧，所以加重对他们的刑罚，不但官员本人惨死在各种酷刑之下，而且辗转牵连，凡是和这些人有一点儿关系的人就统统被杀。成祖的这种做法被称为“瓜蔓抄”，被无辜株累的人非常多，不但是亲戚朋友子弟同学被杀，就连犯人的左邻右舍也逃不了死罪，甚至有时整个村子的人都被杀光了。从此以后，建文帝的旧臣除了归附新皇帝的以外，其他不愿归降的人都死的死，逃的逃，大多难逃杀身灭门之祸。
永乐皇帝的生母究竟是谁
明成祖朱棣，即历史上的永乐皇帝，是明朝的第三个皇帝。永乐年间“赋入盈羡”，国力强盛，出现郑和下西洋的盛事，成为明朝文治武功的鼎盛时期。可关于他的生母一直以来都是个未解之谜。究竟谁才是永乐皇帝的生母呢？
明成祖朱棣关于永乐皇帝生母的第一种记载，也是明朝官方史料所认为的，是太祖的高皇后马氏。《明太祖实录》说：“高皇后所生五子：长子，懿文太子标。次子，秦愍王樉。三子，晋恭王。四子，燕王棣。五子，周定王橚。”肯定朱棣是朱元璋第四子，为马皇后亲生。《明史·成祖本纪》也说：“文皇帝讳棣，太祖第四子也，母孝慈高皇后。”与前说如出一辙，但是由于朱棣曾经大肆篡改史料，许多学者都不相信正统史书上的这种记载。一生致力于明史研究的吴晗先生，认为其中有篡改之词，不能信以为真。而且更令人疑惑不解的是，有些史籍却说马皇后并非生五子，只承认四子朱棣与五子周王为马皇后所生。如《皇明世亲》说太宗与周王为高皇后所生，而懿文太子、秦王、晋王为妃子所生。从朱元璋遗留下来的言行准则中，我们能够明确地知道他立太子的标准是“立嫡立长”，并且在给他的子孙们留下的训言中对此也有明确记载。如此看来，说早死的懿文皇太子并不是马皇后所生恐怕立不住脚的。相应的，人们就更加质疑成祖是马皇后所生的事，也许正是这位皇帝想抹杀建文即位的合法性，使自己成为已故老皇帝的嫡子与长子，才使出这样的手段。
关于成祖生母的第二种说法是达妃说。黄佐的《革除遗事》说，懿文、秦、晋、周王均为高皇后所生，而太宗（朱棣）为达妃所生。王世贞的《二史考》也曾引用此说。但是，后人分析黄佐把明成祖说成是达妃所生也是别有用心的，不足为信。清代史学家朱彝尊就认为黄佐的书对建文帝下台表现出非常明显的同情，而对明成祖夺权大加贬斥，明显有个人感情色彩，所记之事难免“虚传妄语”。
第三种说法是成祖为太祖的蒙古妃子所生。这种说法来自于《蒙古源流》的记载，认为明成祖是元朝的最后一个皇帝顺帝的妃子瓮氏所生，是元顺帝的遗腹子。这个妃子是蒙古的一个部落首领瓮吉喇特托克托之女，名叫格呼勒德哈屯。元顺帝逃离北京都城时，她被朱元璋的军队俘虏，并被朱元璋纳为妃子。这时候，她已经怀胎七月，被俘虏后不到三个月就产下一子，就是明成祖朱棣。这种说法一看就令人觉得十分可疑，当时明太祖已经坐拥天下，他怎么会看上一个怀胎七月大腹便便的元妃呢？即使他真的对这个妃子发生了兴趣，以朱元璋多疑的性格，怎么可能把她“越三月而生”的皇子当作己子又委以重任呢？这恐怕是蒙古人编造出来的一出离奇故事，以此来证明元王朝的血脉犹在吧！当然也有另一种听起来较为可信的说法，它承认朱棣是明太祖的亲子，母亲仍是元顺帝之妃。又说因为永乐皇帝生母这种特殊的身份，而没有被列入祖宗祭祀的神庙中，而是隐其事，“宫中别有庙，藏神主，世世祀之”。说得很是传神，煞有其事似的。
第四种说法是硕妃说。持此说者，有何乔远的《闽书》、谈迁的《国榷》、李清的《三垣笔记》等。近人傅斯年、朱希祖、吴晗等也赞同此说。他们的根据是《南京太常寺志》，认为明成祖的生母是硕妃。按照《南京太常寺志》的记载，以明孝陵奉先殿的陈设为旁证，奉先殿中间南向列太祖、马后两神座，东边排列的是诸妃神座，西边则独列硕妃神座。按照封建王朝的传统，后妃地位最尊的是皇后，其次就是即位皇帝的生母，在明十三陵中到处可见一帝二后的墓葬形制。奉先殿祭祀神座如此排列，无疑表明了硕妃是成祖的生母，所以才得到如此的尊崇。这个推测是合情合理的。许多清代的学者也肯定了这种说法，还有人进一步考证说硕妃是高丽（今朝鲜）美人。但是这种说法仍然有着模糊不清的地方。首先，有关这位硕妃的记载历史上从无其他记录；第二，做这部《南京太常寺志》的嘉靖时的进士汪宗元，他生活的年代距成祖生年已经间隔了一百七十多年，他的材料从何而来？是否准确？还有一点可疑的是，这种说法仅见于《南京太常寺志》，为何别的史书从无相似记载？这些都是我们不能完全回答出来的。
如此看来，由于成祖蓄意篡改史料而造成的生母之谜，也只能随着时间的流逝而被历史湮没了。
朱瞻基为什么能够登上帝位
明宣宗朱瞻基
朱瞻基是仁宗朱高炽的长子，仁宗在位只一年就去世了。朱瞻基理所当然做上了皇帝。不过，朱瞻基能够登上帝位，与他的祖父明成祖朱棣有很大关系。
洪武三十一年（1398年）二月初九日，朱瞻基出生在北京。他的出生还颇具神秘色彩，在他出生的前夕，他的祖父燕王朱棣做了一个梦，梦中太祖朱元璋给了他一个大圭，上面写着“传之子孙，永世其昌”字样。圭，是古代封建帝王贵族在举行典礼时用的一种玉器。成祖认为这个梦有特别的寓意，是个吉兆。在朱瞻基满月的时候，朱棣看到他满面英气，说：“这小子英气满面，符合我做的梦。”非常高兴，对他也是特别的宠爱。
朱棣夺得天下后在南京登基，朱瞻基随祖父来到了南京。祖父朱棣和祖母徐皇后非常钟爱这个皇孙，对他颇为用心。朱瞻基自幼聪慧，喜好读书。永乐五年（1407年）四月，他到了出阁读书的年纪，成祖特命靖难之役的第一功臣姚广孝担任他的老师。
据史传朱瞻基是“天资聪颖，过目不忘”，虽然必定有夸张，但是朱瞻基聪慧过人喜好读书却是事实。有一次，成祖朱棣命太子朱高炽和汉王朱高煦、赵王朱高燧拜谒太祖朱元璋的孝陵，朱瞻基随往。太子朱高炽身体肥胖，还有脚疾，行走不便，由两个太监搀扶仍然行走踉跄。朱高煦在后面看见，故意在众大臣面前羞辱太子，说：“前人蹉跌，后人知警。”没想到年幼的朱瞻基在后面随即接话说：“更有后人知警也。”朱高煦大惊失色，回头看到朱瞻基，这才发现不可轻视这个小娃娃。
朱瞻基非常受朱棣喜爱，这在一定程度上也保护了朱高炽的帝位。朱棣曾有意改立汉王朱高煦为太子，向大学士解缙征求意见，解缙百般劝说无效后抬出朱瞻基来，说他是一个难得的皇孙。朱棣这才点头同意。也就是在这时，朱棣对朱瞻基寄予厚望，所以在各方面培养朱瞻基的才能。
成祖朱棣选中朱瞻基后，用言传身教来给他良好的影响，为以后当国君做准备。永乐七年（1409年），成祖巡幸北京，他特意带领着朱瞻基到田间观察农作物、农具和耕种的过程，到农民家里看他们的衣食住行，并写了一篇《务本训》给他，让他知道农业是国家根本的道理，治理国家必须体恤农民。
教导朱瞻基恤农之后，在永乐八年（1410年），朱棣又指定尚书夏原吉辅佐朱瞻基留守北京，学习处理日常政务。夏原吉每天早上辅佐朱瞻基处理政事。面对各衙门的庞杂事件，夏原吉总能口答笔书，从容不迫，井井有条，处理好深入漠北的成祖朱棣和远在南京监国的太子朱高炽交办的各项事务。朱瞻基从中积累了许多处理政务的经验。后来夏原吉又侍从朱瞻基深入乡野村落，体察百姓疾苦。此后，朱瞻基多次在夏原吉的侍从下往返于两京之间，其间经常谈论治国方略，从夏原吉那里获得了许多经验。
学习处理政事之后，朱棣觉得不能重文轻武，于是在永乐十二年（1414年），为了让朱瞻基接受战场的历练，朱棣命他随自己亲征蒙古。与此同时，朱棣并没有让朱瞻基荒废学业，命随军大臣在行军过程中继续教授他经史。朱瞻基有时又跟随成祖朱棣检阅部队，学习战法。六月，明军与蒙古铁骑展开激战。宦官李谦带着朱瞻基加入战局。朱棣得知皇太孙身涉险境，急忙派军将朱瞻基带出战场。