朱元璋投奔的是红巾军郭子兴部。郭子兴原为定远富民，当地白莲会首领，与农民孙德崖等人起兵反元，占据濠州，部众达数万之多。朱元璋身无长物，只得先从步卒干起。
一天，郭子兴巡查营房时，见到一位身材高大的士兵站在队伍的最前面，问过姓名，得知他叫朱元璋，又从队长那儿了解他的有关情况，不觉暗暗喜欢上了这位大个子士兵，就将他调到帅府当差，升为亲兵十夫长。
朱元璋十分珍惜这难得的机遇，总是冲锋在前，吃苦在前，加之足智多谋，随机应变，很快就博得了良好的声誉，受到士兵的爱戴。
这一切都被郭子兴看在眼里，很快就得到他的信任与器重，将朱元璋视为心腹之人，并亲自主婚将自己的养女马氏嫁给了他。连朱元璋自己都没明白是怎么一回事情，眨眼间就交上了好运，成为元帅府的乘龙快婿。一年后升为镇抚，跃为带兵军官。
不久，他回乡招募了数千士兵，又招降了数万民兵，将儿时的伙伴徐达、汤和、周德兴等人安插其中担任要职，重新整编，加强训练，建立了一支纪律严明、隶属他本人的新军。
有了实力强大的直系武装，朱元璋觉得自己有了一点资本与份量，这才不像过去那样显得格外自卑。
正在这时，滁州名士李善长前来军中谒见。朱元璋早就知道他的名气，不觉虚心而诚恳地问道：“当今一片混乱，到处都是战争与分裂，天下什么时候才能太平？”他所考虑的，心中所向往的，仍是那种平和、安逸、富足的农耕社会。徐善长回道：“秦末乱世，跟现在的情况差不多。可汉高祖却以一介平民，五年时间，成就帝业。公乃濠州人，距汉高祖故乡沛地不远，山川王气，公当秉受。如能仿效汉高祖所为，天下不难平定。”朱元璋听了，不觉大声叫好。元朝纲纪紊乱，天下土崩瓦解，大家你争我斗，谁有能耐谁就可以称王称霸，不跟儿时的“扮皇帝”游戏差不多么？李善长一席话，唤醒了朱元璋心灵深处那改朝换代、称王称霸的潜意识。也只有这时，他才第一次有了自己的责任与明确的志向。此后，他也就真的时时处处以平民出身的老乡刘邦作样板，刻意学习模仿。
两年后，郭子兴病故。有了远大志向的朱元璋不惜利用一切手段，翦灭郭子兴之子及郭帅内弟势力，将其旧部控制在自己手下，成为威震一方的都元帅，只在名义上还暂时归附小明王韩林儿指挥。
随后，握有重兵的朱元璋开始主动向四周出击，很快就占领了应天，建立起一块西起滁州，东到溧阳的地盘。
就当时群雄割据的天下大势而言，朱元璋根据地小，兵力不强。但从与元军主力对峙这一点而言，他的中间隔着三个割据政权，东面是张士诚，西面为徐寿辉，北面乃红巾军主力小明王。他们抵抗着元军的进攻，拱卫着朱元璋的地盘，这一客观环境与有利条件为他在夹缝中求生存、求发展提供了可乘之机。
就在小明王率领的红巾军主力在北方与元军进行着殊死搏斗、两败俱伤的关键时刻，朱元璋却从中大获其利，不断向南面和东南发展，将应天周围的战略据点全数攻下，作为向外发展的坚固堡垒与前哨基地。
打下徽州后，儒士朱升向朱元璋献上三句话：“高筑墙，广积粮，缓称王。”意思是要他暂时巩固后方，发展生产，缩小目标，慢慢谋取天下。朱元璋深以为然，一方面将战斗力量与生产力量合而为一，另一方面又把地方武装与正规部队分开，不但扩大了生产力，还加强了战斗力，这也是朱元璋能在群雄割据的战争中“一枝独秀”、最终大获全胜的主要原因之所在。
朱元璋的“高筑墙，广积粮，缓称王”这一政治策略直到20世纪六七十年代，还影响着中国的党、政、军最高领袖毛泽东，他将那九个字稍作改动，变为“深挖洞，广积粮，不称霸”。
在朱元璋的军事生涯中，最惊险、具决定意义的便是与陈友谅之间爆发的鄱阳湖大战。
西面的徐寿辉为部将陈友谅谋杀后，陈友谅控制了他的旧部，尽有江西、湖广之地，群雄中数他军力最强，疆土最广，野心最大。陈友谅顺流而下，在“地利”上也占有明显优势。两军在鄱阳湖遭遇，苦战三十六天之久。陈友谅的汉军号称六十万，朱元璋军二十万；汉军船舰高大，联舟布阵，而朱军都是些小船，人力与装备明显居于劣势；朱元璋唯一可恃的，就是“人和”，上下一心，士气高涨。
陈友谅仗着势力强盛，硬冲猛攻；朱元璋见对方铁索联舰，运动迟缓，便采取灵活机动的战术，以火攻对敌造成威胁。两军相持，互有胜负，双方伤亡惨重。朱元璋为鼓舞士气，多次临危不惧，亲自督军深入敌阵，好几次死里逃生。
就这样拚持着打到最后，陈友谅军粮不支，内部出现不和，左金吾将军、右金吾将军先后来降，朱元璋略占上风。但汉军仍然强大，两军激战犹酣。
然而，一个看似偶然的事件突然爆发了，不仅决定了这场战争的胜负，也决定了朱元璋在天下群雄中的脱颖而出与独占鳌头。
就在战斗最为激烈的时刻，呆在指挥船中的陈友谅怎么也坐不住了，他想走出船外探明敌情，以便决策指挥作战。部下一个劲地阻拦，说外面情况危险，最好是不要出去。陈友谅也是一员饱经战乱的枭雄，他哪里听得进部下的劝告？可是，当他的脑袋刚刚伸出船窗之外，还来不及放眼观望之时，就有一支流箭“嗖”地飞来正中脸面。主帅一死，战争急转直下，全军顿时溃不成军。
如果陈友谅不死，战争的最后胜负还真难逆料。即使朱元璋侥幸得胜，也将元气大丧。
陈友谅的及时而亡，对汉军来说固然是衰败之始；而对朱元璋而言，却是他登上权力顶峰的重大转折。
命运之神，仿佛于不经意间瞟了朱元璋一眼，人世间的军事、政治格局却因此而大为改观。
强敌陈友谅一消灭，东吴张士诚、西吴方国珍也就指日可下了。
在此期间，于朱元璋来说发生了两件大事。
一是用计杀害了小明王韩林儿。
小明王一直率领着红巾军的主力在北线顽强地抗击着元军的进攻。朱元璋隶属其下，俯首称臣，显得毕恭毕敬。然而，随着小明王与元军间的相互消耗及朱元璋力量的不断强大，他的态度也发生了明显的变化。
龙凤九年（1363年）二月，小明王在军力日弱、形势日窘的情况下，被围困在安丰。红巾军处于粮尽援绝的危急状态，赶紧派人向朱元璋求救。
安丰一失，应天就会失去屏障，再则碍于与小明王的君臣名分，朱元璋不顾部下劝阻，决定率兵亲援。安丰解围后，朱元璋摆驾设銮，将小明王迎到滁州居住。表面上极为尊崇，为他建造宫殿，供养充足，实际上则把他软禁起来，就连宫中左右侍宦都换上朱元璋的亲信，一举一动都在他的严密监视与控制之下。
此时，小明王的红巾军已不存在，将领已死亡殆尽，他真的成了一位名符其实的“孤家寡人”。尽管如此，朱元璋对小明王仍心存疑忌。他曾是小明王的部将，只要小明王活着一天，他的头上就刻勒着一道难以摆脱的“紧箍咒”。力量强大、羽翼已丰的朱元璋怎能继续甘居人下？哪怕仅是形式上的，他也不能接受。
经过一番谋划，朱元璋大张旗鼓地派大将廖永忠前往滁州迎接小明王。廖永忠领命依计而行，在瓜州渡江时，船行中流，秘密凿穿船底，小明王在劫难逃，溺死江中。
小明王一死，朱元璋不觉吁了一口长气，仿佛去年了一块压在他头顶的沉沉磐石。只有这时，他也觉得自己熬到了头，再也没有谁可以在他面前指手划脚、为所欲为，哪怕形式上的都没有了。那么，他就成了“老子天下第一”，他要主宰别人的命运，要将长期压在心头的憋闷、痛苦、仇恨一古脑地倾泻出去。他没有立即行动，他还在等待，选择一个最佳时机。
此后，朱元璋对他曾隶属于红巾军这段历史十分忌讳，有关小明王的龙凤年号及龙凤史料，都被他删毁得一干二净。就连《明太祖实录》一书，对他与小明王曾经有过的隶属关系也只字未提。
为了显示自己的威严高大，他要在心头抹掉过去的所有屈辱，他想通过有关记载让后人知道，他朱元璋从来就是“无法无天”为所欲为，顺之者昌逆之者亡。
第二件大事是在攻打张士诚时的诸暨争夺战中，谢再兴叛变投敌。
谢再兴是淮西老将，朱元璋亲侄朱文正的岳父。谢再兴部下有两个将领携带违禁物品到扬州贩卖被朱元璋获悉，他不仅将这两人杀了，还把他们的头颅挂在谢再兴厅上，谢再兴心里自然吃不消。接着，朱元璋没有征求谢再兴的意见就擅自作主将他的次女嫁给徐达，谢再兴心里更是不高兴，说嫁女“有同给配”。不久，朱元璋又派李梦庚节制诸暨兵马，将谢再兴贬为副将。谢再兴一忍再忍，终于怒不可遏，一气之下率军投敌。
朱元璋得知此事，也万分气恼：“谢再兴是我亲家，反背我降张氏，情不可恕。”
正是以此为起点，朱元璋对部下产生了严重的猜疑心理，密切监视他们的言行举止。后来制定严格的军卫法及大肆杀戮功臣，若追根溯源的话，似乎都与此事有关。
张士诚、方国珍一灭，朱元璋马不停蹄，又平定了福建两广。然后，集中人力财力，北伐中原。
此时的朱元璋已远非昔日可比，十多年的战斗生活与艰苦磨炼已将他培养成一名既胆大又细心，既重视局部又能宏观总揽的军事、政治统帅。元军已在红巾军的打击与内部间的明争暗斗中元气大丧，元朝已如一座被柱空梁柱的大厦，只消稍稍一推，就会轰然一声坍塌。尽管如此，朱元璋并未掉以轻心，而是周密策划，制定出一套进可以攻退可以守、既严谨又明确的北伐方略：
先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛，天下形势入我掌握。然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克其郡；鼓行而西，云中、九原以及关陇可席卷而下。
从上可见，朱元璋的战术是稳扎稳打，步步为营，逐渐扩大战果。他对中国军事地理形势的准确分析及成竹在胸的战略意图，远非元末其他草莽军阀可比。即使不能稳操胜券，也可使自己立于不败之地。可见朱元璋的成功并非偶然，其中有着某种必然的内在因素。
北伐军按既定的战略方针而行，所到之处，元军不逃即降，真可谓势如破竹。
当各地守将的告急文书雪片般飞向大都之时，元军内部正值内讧，你争我斗，打得不可开交。北伐军占山东、下河南，抓住有利战机，一鼓作气，直指元朝都城大都。
元顺帝担心重蹈宋朝徽、钦二帝被俘的覆辙，于深夜率太子、后妃仓皇出逃，经过居庸关，奔向他们的发迹之地--茫茫草原中的上都。
北伐之战于朱元璋来说，似乎打得轻而易举，游刃有余，远没有鄱阳湖大战之激烈。除了唯一的一次前往汴梁大会诸将研究新的战局外，也不必他亲临前线坐阵指挥。
明洪武元年（1368年）八月初二，北伐军几乎没有遇到什么抵抗，就在征虏大将军徐达等人率领下浩浩荡荡地开进大都。以此为标志，历时九十八年（一说一百一十八年）的元朝统治正式宣告终结，退出了中国的历史舞台。
朱元璋之所以在后世经常受到人们的称颂，很大程度上在于他是一位抗元民族英雄。是他领导的农民军彻底打垮了蒙古军队，推翻了强加于中原人民头上的元朝统治，结束了饱受欺凌的百年屈辱。
中国古代每一次轰烈烈的农民起义之后，都是换汤不换药的改朝换代。欧洲农民起义的规模虽然不如中国，但也十分频繁，对封建统治有着毁灭性的打击。但是，起义者却很少有自己想当皇帝的，他们恨透了封建贵族，起义的目的就是消灭他们，取消农奴制，建立土地公有的村社制。而中国农民起义领袖心中，他们的目的并不是要打倒皇帝、消灭皇帝，而是要取而代之，自己登上权力的峰巅。“皇帝轮流做，明年到我家”，这句话便反映了中国民众的普遍心态及主流思想。因此，新建的政权统治不过是前朝的复制与翻版，高高在上的是所谓的“真龙天子”--皇帝，下面的官僚机构一仍其旧。所不同的是经过农民起义摧枯拉朽的扫荡，贪官污吏、恶霸地主被清除殆尽，新朝的开国皇帝较为英明，朝廷官僚较为清廉，地主剥削较为轻缓。而时间一长，污垢积累，统治会渐趋黑暗，又得一次大规模的农民起义开展“清污”工作。中国古代历史的发展，就这样循环着往复不断。无所谓向前，也没有什么落后，正如黑格尔所概括的中华帝国属于“停滞的帝国”。
朱元璋建立的大明王朝也不例外，以他的农民意识而言，不仅不能挣脱这一模式，反而会加固其运行功能。所不同的，那就是农民起义的领袖获得了成功，坐上了皇位。
以元末纷乱的天下大势而言，如果没有朱元璋的农民军，也会有另一支取而代之，达到推翻蒙古元朝政权统治的目的。因此，朱元璋对中国历史的主要影响并非战争时期，而是他建立明朝登上皇位后的一系列政治策略。
他首先做的事情就是专制集权。权力是一剂神奇的魔药，一旦服用，就会染上毒瘾、自我膨胀、异化变态，而没有制约的权力更是如此。一个曾以填饱肚皮为志向的穷汉，一旦尝到权力的滋味，心头的狂喜与留恋可想而知。而他的权力又是从别人手中夺过来的，当然害怕有人从他手中夺走。因此，他不得处心积虑地为稳固自己的权力而耗尽心血，乃至“奋斗终生”。
除开皇帝，天下要数宰相（或称丞相）权力最大，赵高可能就是其中的典型代表，权势炙手到天下侧目、“指鹿为马”的地步。“一人之下，万人之上”，便是对宰相地位及权力的高度概括。不少皇帝担心宰相分权，都曾对其权限作过一定的限制。
历史上曾有过三次皇权与相权的较量：
第一次是汉武帝时。皇帝刘彻一改过去“非有功不封侯”、“非封侯不拜相”的传统，让仅有儒生资格的公孙弘为相。如此一来，宰相对皇帝不仅再无居功之傲，反而对皇帝知恩图报；
第二次是隋唐之时。将丞相之职分为尚书省、中书省与门下省三个部分，它们各司其职又互相制约。
第三次是明朝。朱元璋为了实行绝对的专制集权与皇帝的一元化领导，他索性借故废除了中书省和宰相职位。并严令规定，谁要再提设立宰相之议，就砍掉谁的脑袋。宰相不再，其职由皇帝兼理，中央集权发展到顶峰，朱元璋成为中国历史上权力最大的皇帝。
与赵匡胤的“皇袍加身”那种玩弄政治权术的夺权方式不同，朱元璋的统治是经过血与火的战斗夺得的。因此，他的巩固方式也与赵匡胤大相径庭。赵匡胤集权以绵里藏针之柔为主，而朱元璋则是以威猛治国，甚至不惜在和平时期祭起杀人的屠刀。
他觉得赵匡胤的“杯酒释兵权”太过柔弱，对大臣们有什么价钱可讲的？莫说权力，就是他们的性命也在皇帝手中，根本没有必要“婆婆妈妈”，索性将那些开国员勋一个个处死，就会免去很多烦恼，也没有半点后顾之忧了。