他最先开刀的，就是那个为他秘密沉舟溺死小明王韩林儿的大将廖永忠。杀害小明王，本是朱元璋心中一个最大的忌讳与隐密，而作为武将的廖永忠却半点不懂谋略，竟愚蠢地以此向朱元璋邀功请赏。洪武八年（1375年），朱元璋给他安上一个偷用龙凤衣服的不法罪名，突然降旨杀掉。
廖永忠一死，朱元璋的杀戒一开，元勋们可就接二连三地大倒其霉了。也许是觉得杀一个、两个并不过瘾，朱元璋干脆大兴党狱，进行集体大屠杀，最着名的有胡蓝党案、空印案、郭桓案等。
宰相胡惟庸精明强干，在某些方面远胜朱元璋。而部下超过自己，是专制社会的一大忌讳。部下比自己强，其个人统治、声誉、威望都受到严厉挑战，这是任何一个统治者所不能接受的。朱元璋一再隐忍，终于在洪武十三年（1380年）以擅权枉法之罪将胡惟庸杀掉，并屠灭三族。他也因此而“理直气壮”地为皇权与相权之争划上了句号，废除了具有1500多年历史的宰相制度。
此后，只要谁稍不顺眼，朱元璋就将他罗列进胡惟庸案之中，说成是同党分子，然后毫不留情地处死。一大批朝廷官员、贵族地主被处死，发展到后来，就连七十多岁的开国元老李善长（正是他激发了朱元璋心中潜藏着的帝王欲望，这才有了一个明确而远大的目标志向）也不放过。
胡惟庸一案，牵涉其中被处死的多达两万余人。所杀多为文臣，因为当时全国并未完全统一，他还需要武将为他效命沙场，也就暂时对他们网开一面。随着统一大业的日趋完成，朱元璋屠杀武将的计划也就列入了他的日程安排。
第二次大规模地屠杀活动是在洪武二十六年（1393年），有人告发大将蓝玉谋反。
蓝玉战功卓着，可朱元璋并不念及他的功劳，接到谋反密报，立即将其处死、灭族。又采取株连蔓引的方式，用了两个多月时间，将牵涉此案的功臣及其家族一万五千多人杀害。
即使在胡蓝两案中侥幸“漏网”的有功之臣，朱元璋也要寻找机会与借口一一处死。
享有“明朝开国功臣第一”之誉的徐达背上突然生了一个痈，正当病情见好时，突然接到朱元璋的“皇上赐膳”。徐达打开一看，却是一只蒸鹅。医生曾再三吩咐过，此病禁吃蒸鹅。既为皇上所赐，徐达不得不含泪吃下。后果不言自明，不几天，他就病重而亡。
朱元璋还毒死了开国元勋刘基，绞死曾为宰相之一的汪广洋，将平定广东的朱亮祖父子、儿时小伙伴江夏侯周德兴一一处死……
只要心怀疑忌，稍有不满，朱元璋唯一的处治方式就是杀。他几乎杀红了眼，就连自己的亲侄李文忠也不放过。
朱元璋利用几次党狱，前后一共诛杀大臣四万五千多人，将骁勇之将、有功之臣几乎杀了个一干二净。
一次，心地较为仁慈的皇太子朱标委婉地劝谏朱元璋说：“陛下杀人过滥，恐伤和气。”朱元璋沉默不语。第二天，他将一条荆棘放在地下，要皇太子拿在手中。皇太子面有难色，朱元璋说：“你怕上面的刺刺手不敢拿是不是？我把这些刺都给削掉了交给你岂不更好？”
直到临死前夕，朱元璋还在处心积虑地为巩固子孙后代的“江山”而“削棘”。在一而再、再而三的大屠杀中，好不容易还剩下傅友德、冯胜等几个“硕果仅存”的元勋宿将，朱元璋担心自己死后他们不服调度，又将这些“漏网之鱼”杀得干干净净、一个不留。
朱元璋集权的目的达到了，他的统治地位也得到了巩固，不再担心有人谋反篡权。然而，他万万没有想到的是，堡垒最容易从内部攻破，此后的皇权之争变成了内部相残。就在他死后不久，燕王朱棣从北京挥师南下夺权，朝中却找不出一个可以抵御、抗击燕王的军事将领。朱元璋自食其果，经他传下的皇权不知不觉地于朱氏家族内部变了颜色。倘若地下有知，他将作何感想？
朱元璋大肆杀戮功臣，在中国历史上首屈一指，还没有哪位帝王能够超出其右。为了达到加强中央集权、巩固政权统治的目的，难道非得大肆杀戮功臣不可吗？天下有识之士希望赶跑蒙古异族后汉人可以扬眉吐气地过上幸福舒适的日子，出现汉唐的博大恢弘与繁荣昌盛，他们怎么也没有想到盼来的是前所未有的专制残酷与血雨腥风，等来的是一副套在自己身上的沉沉枷锁。
朱元璋之所为，很大程度上出于严重的心理变态与人格分裂。
从一个食不果腹的放牛娃，一跃而为主宰天下生杀大权的“天子”，这一反差实在是太大了。如果是一个破落的贵族，他时常回味、陶醉着的，肯定是往昔那耀眼的荣华与富贵；而对朱元璋来说，虽然当了皇帝，他时常忆念与咀嚼着的，却是过去的贫穷与落魄。尽管不堪回首，可它们总是不由自主、不依不饶、不期而至地闯入他的睡梦与心头。而只要想到过去的贫穷、屈辱与痛苦，他的心中就会莫名其妙地涌出一股愤怒，当然还有自卑。至尊与自卑是一对相依相随、形影不离的孪生兄弟。有愤怒就要发泄、要报复，只要他愿意他可以为所欲为地杀掉任何碍眼之人；有自卑就渴望得到别人的尊重，他有着至高无上的世俗地位、实际权力，他渴望在任何方面至高无上，更希望在人们眼里、心中至高无上。
他恨一切达官贵人，更恨他们的作威作福，因此他首先拿获得既得利益的新贵们“开刀”。
他恨那些贪污腐化、欺压百姓的官僚，贪脏六十两银钱以上的就要枭首示众，并处以剥皮之刑。各府州县衙门左首的土地庙，就是剥皮刑场，人称皮场庙。而贪官总象韭菜般割了一茬又一茬，急得朱元璋直跺脚：“我欲除贪脏官吏，奈何朝杀而暮犯！今后犯脏的，不分轻重都杀了。”
他恨地主富农，对田主刘德的无情无义仍然记忆犹新。他将江南一带的地主迁往凤阳，又徙天下富户于南京。这些地主、富户一旦离开原来的地盘，也就丧失了过去的社会地位与经济优势，对他们无疑是一种沉重的打击。朱元璋强迫天下第一富户沈万三捐献家财修筑南京城墙的三分之一，后来又找了一个岔子，说他出钱犒赏皇帝的军队居心不良，将其家产全部没收，然后充军云南。
他恨天下文人，因为他们比曾经是大老粗的朱元璋强似百倍，他就是“老子天下第一”，不能允许有人超过自己。过去，要征服天下，需要文人，他对他们极为尊崇、礼待，还盖了礼贤馆作为贤士的住处。当然，他也从他们身上获益多多，并受到儒家较深的影响。没有文人的支持帮助，不说打天下，就是那样的念头，他也难以自发地产生；而坐了天下之后，文人就不可爱了，一个个都变得酸溜溜的了。与老百姓相比，他们有自己的思想，最不好统治，有时口服了，心里却在反感、大骂。因此，在大杀功臣的同时，他对天下文人、儒士也祭起了屠刀。他毒死刘基；贬抑宋濂，最后死于流放途中；人称四杰的明初吴中诗人杨基、张羽、徐贲、高启没有一个善终……他还大兴文字狱，弄出了有名的南北榜案……
朱元璋虽然个子高大，但长相并不怎么英俊。他很自卑，就想通过画像弥补。他找了不少画工，可他们却无法揣摩朱元璋的心意，一个个照实画来，结果都不能过关，当然也就没有一人能够活着出宫。后来一个画家吸取教训，将汉高祖刘邦与朱元璋两人的相貌揉在一起，画得面庞丰满，端庄威严，这下才得到了他的首肯与赏识。没想到这位画家还冒死偷偷地画了一幅带出宫外，后人由此才知道他的真正容颜：额骨隆起，眉毛倒竖，鼻子上翘，下颚突出，脸上麻斑点点。
他常说自己“朕本淮右布衣”、“起自田亩”之类的话语，表面看是承认事实、是一种谦虚的表现，实则是变态的自尊，无非炫耀自己空手起家，本事高强。当然，别人若是提及他的出身与贫寒，他可是万万不依的。
他当过和尚，最忌讳别人说“光”谈“亮”；他靠红巾农民军起家，常被元朝统治者骂为贼子，对“贼”、“盗”也就格外敏感。凡是犯忌的，都被他毫不留情地处以死刑。除个人禁忌外，他还规定了不少臣民应该遵守的普遍禁忌。
就刑罚的野蛮程度而言，朱元璋也超过了历史上的任何一位帝王。刑罚有凌迟、枭首、诛族、刷洗、秤竿、抽肠、剥皮，有黥刺、劓、阉割、挑膝盖、锡蛇游等种种名目的非刑。还有一种专门慑服公卿、处罚大臣的廷杖制度，官僚大臣随时都有可能在殿上的大庭广众之中遭受杖责，朱元璋侄儿大都督朱文正、工部尚书薛祥等都被杖死。作为一种传统，有明一代，廷杖常被滥用。
在朱元璋当政的三十一年中，据他自己的着述《大诰》《大诰续编》《大诰三编》《大诰武臣》等书统计，所列凌迟、枭示、诛族的案子有几千起；而弃市（即杀头）的则高达一万多件。
与严酷刑罚“配套”对应的，便是庞大的特务网络--检校与锦衣卫。
检校是朱元璋专门设置的特务人员，以察听所有在京大小官吏的不法行为为职责，街头巷尾的风闻之事，也在获取之列。说到底，检校是一种专门告发别人阴私的勾当，他们的足迹无处不到，直接对皇帝负责，没有其他中间环节。朱元璋便根据他们的汇报决定官员的惩罚，弄得大臣们人人自危，日夜提心吊胆。就连朱元璋本人也说道：“有这几个人（指检校头目），譬如人家养了恶犬，则人怕。”
检校只能执行察听、侦伺之类的事务，并无扣押处罚犯人之权。朱元璋犹嫌不足，又特别设立一个具有法庭与监狱的正式机构--锦衣卫。
锦衣卫与皇朝的府、部、院没有隶属关系，它超越于一切机构之上，由皇帝直接主管。朱元璋对此相当倚重，将全国所有政治重犯交它审理判处。此后，明朝历代皇帝都将它作为自己的耳目爪牙，职权也就日益扩大。
生活在明朝的所有臣民，不仅没有人格、自由可言，就连半点隐私，也在检校、锦衣卫的监视与掌握之中。
由朱元璋的害怕政权不稳、怀疑功臣篡逆、血腥报复大肆屠杀、极度自尊心理变态、人格分裂不可自拔为起点，必然建立起一个仅对他个人负责的特务监视网络，网络收集的全是一些“恶讯”更加导致他的暴怒，暴怒下的惩罚机制与惩罚手段将变得更加酷烈。这一恶性循环如滚雪球般地越滚越大，使得中国古代的封建集权统治与残暴程度达到了前所未有的顶峰。
就有关史料而言，朱元璋的“口碑”历来却并不怎么坏。除了他推翻蒙古元朝功臣被人称颂外，还在于他复兴了中原传统文化，并恢复了一度被元朝中断了的科举制度。