在人生的海洋上，最痛快的事是独断独航，但最悲惨的却是回头无岸。
——哥伦布
（一）
当哥伦布从昏迷之中苏醒过来，发现自己已经上了岸。而使他不胜惊喜的是：他的大弟弟巴托洛梅正站在他的病床边。
巴托洛梅曾去过法国，曾在卡尔八世的宫廷中为哥伦布争取过航海项目。在那里，他听说自己的哥哥第一次远航的消息。后来，他返回西班牙，获得了西班牙国王的接待，国王对他还产生了很好的印象，并根据在圣菲确立的协定封给他贵族的称号，还委任他为1494年4月14日启程去新大陆的三艘三桅帆船的总指挥。
巴托洛梅是个出色的航海家。与伪善而胆怯的迭戈相反，他具有果断坚毅的性格。此次来到伊莎贝拉城堡，巴托洛梅是受西班牙国王的委托，率领三条船为伊莎贝拉城堡运送给养的。其实他在6月份的时候就已经到这里了。
此时，伊莎贝拉和伊斯帕尼奥拉的形势不但没有如哥伦布设想的那样：在他离开期间有所改善，反而更加糟糕了。
在此之前，哥伦布曾命马加利特带领一批船员深入岛内寻找黄金，结果适得其反。在圣·托马斯得到奥赫达的支援后，马加利特率领350多人在岛上一连几周都胡作非为：从土人手中抢夺食物和黄金，残酷拷打他们，奸淫妇女，强迫年轻人当奴隶。
这伙人的恶劣行径传到迭戈·哥伦布耳中时，他曾给马加利特写了一封信，指责他的错误行为。但马加利特不仅没有丝毫收敛，反而还带着他的一部分队伍进军伊莎贝拉城堡，争取了一批反对哥伦布的派别站在他的一边，其中就有弗雷·布依尔教士等。
马加利特还夺取了巴托洛梅·哥伦布带来的三条船，然后与他的同党一起径自开船返回西班牙去了。而马加利特留在岛内的另一批人又进而分裂成新的团伙，更加野蛮地欺凌和杀害土着人。对此，土着人也开始奋起反抗，以其人之道还治其人之身。西班牙人与土人之间的矛盾日渐恶化。
在哥伦布返回伊斯兰堡城堡后的一两个月内，又有4条满载粮食物资的船只从西班牙来到这里。此次指挥这4条船的是安东尼奥·德·托雷斯。他还带来了国王和女王写给哥伦布的一封措辞客气的信，要求哥伦布将伊斯帕尼奥拉岛的事务交给他的弟弟或别人负责，自己返回西班牙，帮助国王与葡萄牙谈判。
这封信为哥伦布提供了一个很好的机会，他可以借以回到西班牙回击马加利特和布依尔的造谣诽谤。可不知道是因为病很厉害，不能远涉重洋，还是因为想处理完伊斯帕尼奥拉岛上的事后再走，哥伦布迟迟没有动身。
不但如此，由于收集的黄金数量远远不够，为了想更多地弄些珠宝黄金献给西班牙王室，哥伦布竟然做出了一个很不理智的决定——包围和抓捕那些想抵抗马加利特分子的印第安人。
在此之前，哥伦布曾多次声称：泰诺人是世界上最善良、最质朴、最热爱和平的名族，而两位国王也特别吩咐他要以同样的方式对待这些印第安人。可这一次，哥伦布说的和做的完全是两码事。
很快，哥伦布就派出了一批队伍，骑着马，带着狼犬，以清剿的名义深入岛内。经过一场血战，西班牙人抓获了1500多名无辜的印第安人，其中包括很多妇女和儿童，然后把他们全部押解到伊莎贝拉来。
这时，安东尼奥·德·托雷斯的船队已经在港口待命，准备返回西班牙。哥伦布派遣他的小弟弟迭戈与托雷斯同行，返回卡斯蒂利亚，向王室作进一步的情况说明，以反击造谣中伤他的马加利特和弗雷·布伊尔教父等。哥伦布的这一作法收到了一定的效果，西班牙国王此后又重新确认了哥伦布的权利，包括他应得的黄金份额。
此次哥伦布没有太多的黄金可以供托雷斯的船队带回西班牙，但他却有了奴隶。由于托雷斯的4艘船最大容量只能载500人，所以哥伦布就从俘虏来的印第安人中挑选了500名装上船，准备将他们运到西班牙后作为奴隶出售。这件事他还特别嘱托雷斯要托迭戈办理。哥伦布的这一不恰当做法，也更加怂恿了其他人对印第安人的残酷劫掠。
1495年2月24日，德·托雷斯的船队动身返回西班牙，途中花费近3个月时间，大约有200名印第安人在旅途中死去，尸体被抛入大海。其余的印第安人在加的斯港上了岸，但几乎个个都身染重病，气息奄奄，在奴隶市场上根本卖不出去。所以，大部分印第安人在几个月后都先后死去了。
（二）
在被抓到伊莎贝拉城堡的印第安人中，有一个名叫瓜提瓜纳的酋长。在关押期间，他磨断了身上的镣铐，逃出了牢房。
随后，他力图联合伊斯帕尼奥拉岛上的所有印第安人，人数不少于25万人，一起抵抗西班牙人的暴行。不过，岛上的居民虽然属于同一种族，但还是难以采取一致的行动。岛上西北部的瓜卡纳加里仍然忠于他和哥伦布之间商定的不成文盟约；而位于岛另一端的哈腊瓜地区和海古伊地区的酋长则自认为他们能够保持中立。
但瓜提瓜纳依然设法在韦佳·雷亚尔地区征集了一支数量惊人的军队，向伊莎贝拉城堡展开了进攻。
哥伦布获得这个消息后，马上任命他的弟弟巴托洛梅·哥伦布和奥赫达担任他的副指挥，三人一起率领着200名步兵和20名骑兵前往迎战。
在北部山区向下倾斜通向“皇家平原”的地方，印第安人中了哥伦布等人事先布置好的埋伏，结果武装精良的西班牙人很快就占了上风。在激烈的战斗中，几百名印第安人被杀害，还有几百名被俘获，带回伊莎贝拉作奴隶。
这次战役发生在1495年3月底，是西班牙人与印第安人的第一次对阵战役。此战刚刚结束不久，哥伦布又接到消息，称大酋长科阿博准备进攻圣·托马斯堡。这次，哥伦布决定派遣奥赫达带领士兵前去迎战。
很快，奥赫达就率领16名骑兵、250名弓弩手、110名长铳手和20名军官出发了。哥伦布给他的指令是：活捉科阿博。
科阿博深居内陆山地，拥有一支英勇善战的印第安队伍。为了取胜，奥赫达挑选了一些骑兵，穿过将近200英里的大森林，突然出现在科阿博所在的村庄里，并谎称是海洋统帅哥伦布派来的友好使节，邀请科阿博酋长到伊莎贝拉城堡去做客。
科阿博对奥赫达的话信以为真，随同奥赫达一起向伊莎贝拉城堡进发。在途中，奥赫达施展诡计——取出一副特制的锃光闪亮的手铐脚镣向科阿博炫耀，谎称这件物品是西班牙国王在节日骑马时带在身上的装饰品，今天他打算当做礼品赠予科阿博。如果科阿博下河洗个澡，奥赫达就可以为他戴上，他也能像西班牙国王一样威严堂皇。
科阿博再次对奥赫达的谎话信以为真，并一一照办，结果这副钢铁刑具被戴在了他的身上，锁住了他的手脚。
诡计得逞后，西班牙殖民者立刻原形毕露，将科阿博捆回了伊莎贝拉。
几周后，科阿博的妹夫，一位住在岛西南部的酋长贝西奇奥带领队伍前来伊莎贝拉复仇，但被奥赫达打败了。从那以后，印第安人被彻底压服了。
就这样，伊莎贝拉城堡首次成为海岸进攻基地，后来西班牙人就是从这里出发去征服全岛的。哥伦布本人也曾亲自率领队伍跨越全岛，作过一次胜利的进军，将全岛完全慑服。
到1496年，西班牙人在岛上已经完全可以为所欲为、高枕无忧了。不过，这也只是哥伦布想要实现的第一个目标。随后，他下令在岛内各地修筑城堡，并在那里驻扎武装部队，加强戒备。
差不多整整一年的时间，哥伦布兄弟都忙于平定全岛，整顿秩序，力图攫取更多的黄金。他们还在岛内又兴建了几座城堡，并派出一队队武装人员到处搜罗黄金，对拒不交出黄金的印第安人格杀勿论。
他们还规定：每个年满14岁的印第安人每年要缴纳的金砂数量要装满4个铜铃；一个酋长每个月要缴纳的黄金数量要值225美元或45几尼。
在这个残酷制度的压榨之下，印第安人祖祖辈辈积攒下来的金饰全都被剥夺了。在被剥净黄金之后，他们唯一剩下的纳贡办法，就是拼死拼活地劳动，从小河或先已清除树木的土地上开采黄金。
有许多印第安人因不堪压榨，只好逃入山林，西班牙人就放猎犬追捕他们，很多人都死于追捕拷问。即便有人能幸而逃脱，最后也往往死于饥饿。
据1508年时统计，岛上的居民大约只剩下6万人；而在1492年时，人数还多达25万人之多。50年后，岛上的印第安人甚至不足500人了。由哥伦布创世并由他的后任继续的残暴政策，最后的结果就是导致土着居民全部灭亡。
（三）
德·马加利特和布依尔回到西班牙后，开始在国王面前诬陷哥伦布，并声称哥伦布在伊斯帕尼奥拉管理不善，经常引发与印第安人之间的暴动；甚至说伊斯帕尼奥拉岛根本没有黄金，哥伦布只是在骗王室的钱财，在那里享受。
开始时国王还不信，但时间久了，加上返回西班牙的移民的示威和指控，国王对哥伦布的行为也渐渐产生了怀疑。于是，两位国王决定派遣他们的御厨、专事糖果糕点制作的胡安·德·阿古亚多去伊莎贝拉城堡查明真相，然后回来向两位国王汇报。
德·阿古亚多曾在第二次跟随西航的船队到过伊斯兰堡，后来与安东尼奥·德·托雷斯一起返回西班牙，因而对当时的情况有些了解。1495年4月9日，国王费迪南和女王伊莎贝拉颁发给他的一纸命令，委他以重任：代表国王和王后说话。同时，国王还事先写好了一些委任状，让德·阿古亚多带到伊莎贝拉城堡，在那里委任官员，并要求驻扎在那里的骑士们、绅士们和其他人员都服从和信任德·阿古亚多。
1495年10月，阿古亚多来到伊莎贝拉岛，这让正在还岛内逗留的哥伦布感到十分惊讶，因为他同时还得知阿古亚多准备与那些被他征服的酋长们谈判。
哥伦布意识到，他必须动身返回西班牙，以改善自己的政治地位，澄清那些对他不利的流言。此时，伊斯帕尼奥拉岛上的西班牙人数也已经减少到630人。减少的原因，一部分是因患病死去了，另一部分则是已启程回国。留下来的西班牙人中，生病的也不少，大家都怨声载道，心怀不满。他们本来居住在气候优良、土地肥沃、物产丰富的地方，现在却要从本国运来粮食维持生活。在伊莎贝拉岛上，西班牙人之间最逗人喜欢和最打动人心的一句话就是：
“如果我撒谎，我就说：但愿上帝别让我回到卡斯蒂利亚去！”
可不巧的是，阿古亚多停泊在伊莎贝拉岛的4艘三桅帆船遇到了刚刚开始的飓风，被风刮坏了。无奈之下，哥伦布只好留在伊莎贝拉等待，直到用这4艘船的残骸重新造出的第一艘“印第安”号在新大陆下水时，才得以返航。
在返航前，哥伦布任命自己的弟弟巴托洛梅为自己离职期间的全权代理人，并吩咐他放弃伊莎贝拉城堡，另外在岛南部建立新的首府。
1496年3月10日，哥伦布乘坐着“尼娜”号，带着“印第安”号，离开了伊莎贝拉岛，同行的有当初跟随他一起来的220名船员和30名被抓来的印第安人，其中还包括中途死去的科阿博。这让两艘船的负载都达到了危险程度，其实两艘船的载运量应该限制在50人以下。
虽然哥伦布很想以最快的速度航行回国，但因为对返程的航道探索不够，所以并不是任何人都知道该走那条路才最快、最省时间。哥伦布回想到1493年走北线航道，路上耽搁了很长时间，因此这次他决定从背风群岛返回西班牙。
这的确是一条最短的航路，但事实上按时间算它却成了最长的路程，因为两条船在海上常常遇到逆风，需要不断与逆风搏斗。一直航行了12天，两艘船才走过伊斯帕尼奥拉岛南岸；又走了两个多星期，才到达瓜德罗普岛。在瓜德罗普岛，两艘船停泊了十几天，休整一下队伍，同时还补充了一些粮食。
4月22日，“尼娜”号和“印第安”号驶离了瓜德罗普岛。随后的一个月里，两艘船依然不断遇上逆风，走得很慢。船员们用极少的口粮熬过了一个月，大概在到达亚速尔群岛南面时，才碰巧遇到了令人愉快的西风，可饥饿的威胁却与日俱增。
这时有人提议，为了节约粮食，必须把船上所有的印第安人都丢到海里。但哥伦布不同意这样做，声言加勒比人毕竟也是人，应该把他们将人看待。直到6月8日，当两艘船已经远远地望见葡萄牙海岸时，船上的人还在争论不休。
这时，“尼娜”号和“印第安”号已经行驶到圣维森提角以北35英里的地方，那里正是哥伦布打算走的地方。海上的船员认为他们离海岸还很远，远在几百英里以外，而船只也仿佛就在它们的实际位置以北几百英里的地方航行。
经过6个星期的航行，并多次改变航向后，哥伦布带领船队十分准确地到达了预定目的地。他的此次成功令所有职业船员都深信：哥伦布的确是根据罗盘仪推测航位的优秀航海专家。
1496年6月11日，哥伦布在加的斯港结束了他的第二次航行。船上的人虽然将所有可用的西方旗、三角旗都悬挂起来，竭力把船打扮得威武一点，但它们仍然只给人一种凄惨的印象。据一位目击者描写，两艘船上那些可怜的西班牙人和印第安人都筋疲力尽到了极点，以至于“脸庞显出了番红花的颜色”。