林彪抓“海军”，大约是从1962年开始的。当时海军东海舰队连续发生了几起重大事故，包括东航飞行员刘承司驾机逃往台湾；这些事不仅震动了海军，也惊动了军委。1962年4月2日，军委派出了由李作鹏、张秀川等参加的41人的庞大检查团，来到东海舰队。
在此之前，海军司令员萧劲光已先期到达东海舰队一周，与有关领导谈了话，了解舰队的军事和政治工作情况，分析了事故原因，采取了一些相应的措施。既然出了事，他也欢迎检查团的到来，希望能帮助解决问题。
检查团在东海不到一个月的时间里，走马灯似的到了20多个单位，开座谈会57次，个别谈话的师以上干部112人，团以下干部234人，战士100多人，飞行员21人。在这样短的时间里走这么多单位，找这么多人谈话，东海舰队的领导有些怀疑他们深入的程度。
从当时东海舰队机关所在地上海返回北京以后，检查团的两位负责人向萧劲光报告了检查情况，他们提出，对检查出的一些具体工作问题要好好排排队，分别研究解决。
萧劲光大将这次谈话不久，海军机关便接到了检查团的汇报材料。在这个材料中，把检查东海舰队的问题作为海军问题提了出来。
萧劲光对此感到难以接受，觉得汇报材料里有些问题是在“做文章”，是从海军党委指示、文件和他的讲话中寻找一些在他们看来是与林彪、与军委精神不一致的内容，加以对比，以证明海军党委尤其是他萧劲光在一些重大问题上的错误。比如：
“林总指示，在今后两三年内，仍然以四好为纲，大力加强连队建设。但是海军党委、领导机关所发正式文件，首长讲话以及报纸社论中却都有另外一些提法。就是‘四好为纲（或以四抓一调查为纲），以军事训练为重点’。这样就把思想作风这些带头领先的东西，放在从属地位，引起了下边干部认识上的混乱，在一些干部中甚至产生‘军训压倒一切’的错误理解……对‘四个第一’就不是那样重视，甚至有的指导员也不知道什么是‘四个第一’……”
“军委林总提出，‘少而精’的训练方针后，海军又提出了‘稳步前进、巩固提高，鼓足干劲、力争上游、质量第一、安全第一’，并当作训练的实施方针，使‘少而精’的方针被冲淡。”
“关于战备方面的问题。军委和林总指示的精神是：我们的战备工作要立足于应付大战，准备两手。但海军党委二届二次会议却强调战备工作要‘面对现实’准备两手……尽管海军提出的是准备两手，而实际上则是侧重于一手，主要又是应付当前斗争这一手。”
……
萧劲光不同意这些，并在海军党委常委交心会上作了说明。他觉得这些提法只是因为没有照搬当时军委和林彪的提法而已，但它符合海军的实际情况。从内心讲，把这些问题作为海军存在的一个重要问题并加以批判，他是不能接受的。但是，他被认为是“态度不好，不承认错误”。
同年10月，总政检查团检查了海军大院。海军大院被认为是北京市的“第二个管庄”（北京的一个大杂院，当时被认为是最乱的地方）。总政检查团与军委检查团对海军问题的认识基本一致。
12月1日至1963年1月17日，海军党委在北京召开了扩大会议。这次会议对萧劲光的“错误”继续进行“揭发批判”。做出了《关于坚决贯彻林彪同志的三条指示，加强海军政治工作的决议》。萧劲光因为身体不好，住在三〇一医院，没有参加会议。会后，参加会议的东海舰队司令员陶勇到医院看他，他对检查团的结论有意见，说：“海军犯了方向性错误，现在接受不了，还要看三年。”
萧劲光说：“再过三年，如果实践证明我错了，我再作检查。”
可是三年之后，萧劲光再也见不到这位爽直的陶司令了，他被林彪一伙迫害致死。
而具有几十年党龄的萧劲光也作了最坏的思想准备，准备随时被罢官撤职。
但出乎他意料的是，毛泽东在军委关于海军总部的报告上批示：关于海军问题的报告已经看过，认为很好，照此执行，每年检查一次执行情况。希望海军各级党委同志们团结起来，以大局为重，焕发精神努力工作，发扬成绩，纠正缺点错误，同其他军种一样，把海军工作做好。有错误并不要紧，只要改正就好了。
正在医院治疗的萧劲光得知毛泽东的批示内容后，很受鼓舞。7月3日，他抱病提笔给毛泽东写信，信中除检查了海军工作发生的一些问题由他负责外，还表示：为了照顾大局，我可以承认四个第一没有摆在第一。信中还表示：我现在虽然有病，正在疗养，希望争取早日恢复，为党做些有益的事情。他很希望能跟毛泽东谈谈海军情况，因此在信的末尾，写了这样一段话：曾经有过几次打算找主席，但没有适当机会，如果主席时间许可的话，我可随时前来。但他的愿望未能实现。不久，他出了院，继续抓海军工作。若干年过去之后，萧劲光再回忆这段历史时，一些问题显得更清晰了。当时林彪之所以抓住海军不放，其目的就是为了推他那所谓的“四个第一”及其他“左”的东西。如果说在1960年9月召开的军委扩大会议上，林彪对总政治部主任谭政等人罗织罪名、搞揭发批判，是为推行他的“左”的一套所采取的第一个步骤的话，那么，1962年3月他对海军的所谓指示、派检查团检查海军，就是他所采取的第二步骤。
1962年4月，军委检查团检查完海军后，其成员中的李作鹏、张秀川还有其他几个人便留在了海军。按照林彪的安排，李作鹏担任海军常务副司令，主持海军工作；张秀川任海军政治部主任。萧劲光因为犯了“错误”和“身体不好”，被安排到“三线”。
李、张来海军，是在检查团来海军之前的全军编制会议上确定的。当时，海军接连发生的几起重大事故，使萧劲光颇伤脑筋，加上身体不太好，对出现的一些问题有点感到力所不及。为此，他曾向军委提过建议，希望能给海军增加力量。在全军编制会议期间，林彪找萧劲光谈话，当面交代让总参军训部部长李作鹏来海军当副司令，萧劲光对此是赞同的。
他当时之所以赞同林彪的安排，主要是因为他对李作鹏是有些了解的。在解放战争时期，他们都在东北打过交道。在东北民主联军中，萧任副总司令兼参谋长时，李任参谋处处长。后来他担任第一纵队副司令兼参谋长、东北野战军第六纵队司令员、第四野战军四十三军军长。在围困长春期间，他率领的部队负责打援任务，任务完成的还比较好。在萧劲光的印象中，李作鹏还是比较能干的。当然，林彪是比较器重他的，可以说他是林彪的一个“宠儿”。海军成立时，萧劲光曾建议要他到海军工作，但是他没有来。后来，他调到总参，担任总参军训部部长。
萧劲光觉得李作鹏作为总参军训部的部长，对训练来讲可以说是个“专家”，而海军出现的许多问题，大多都是在训练过程中发生的，他来当海军的副司令，对解决海军训练中发生的一些问题，无疑是有利的。然而事实并非如此。
还是在刘承司叛逃事件发生后萧劲光到达上海时，就遇到了正在上海的叶群。有一天，她把萧劲光叫去，向他传达了林彪的所谓指示。叶群说：“林副主席要我转告你，刘承司大事故，政治影响大，首先军委要负责，没有增加力量、工作帮助不够。今后要改变，要重视。增加李（作鹏）张（秀川）主要是帮助研究原因，改进工作。派工作团来也是帮助工作，引起舰队的重视，要维持海军威信，商量做事。海军问题，萧劲光同志有信仰作用，海军党委对军委是良好的，拥护主席。主要是帮助工作，不出事故，由萧劲光放手抓。组织上主要是加强力量，继续支持海军领导。出了事故，海军党委是否齐心协力不够、基层作风是否朝气不够，思想教育是否也有问题。要担任雷厉风行的工作作风和方法，加强核心领导。”第二天，李作鹏、张秀川便随军委检查团一起来到了东海舰队。
李作鹏、张秀川来海军的命令还没下，他们人已到任。萧劲光按规定，在军委正式命令下达之前，并没有宣布对他俩的任用。这本来是正常的，后来竟被作为“对抗林副主席指示”、“打击、排挤”李作鹏的“罪状”。
两人上台以后，从1963年，他们以林彪的所谓“三条指示”为“尚方宝剑”，全面否定海军十几年来的工作，大搞“端正海军工作方向”，全力贯彻林彪的“四个第一”和突出政治。（详见《萧劲光回忆录》）