太子拓跋晃监国，见寇谦之、崔浩迷惑父皇信奉道教，出于逆反心理，就********信奉佛教。上有所好，下必效焉。众大臣晓得拓跋晃是后来的人主，也就纷纷信奉佛教，有的居然在家里蓄养和尚，讲经说法。崔浩历来鄙视佛教，称其为胡教，认为佛学荒诞不经，念经侍佛耗费时日，消耗资产。拓跋焘又借鉴后秦姚兴信奉鸠摩罗什，西凉蒙逊供养无谶和尚而导致两国皆亡的教训，下令各家户口皆不得私养供奉和尚（当时寺庙还未兴起，和尚大多托钵行走，或由家庭供养）。过了二十五天的限期，还不将和尚清除出境的，诛杀满门。如此严厉的命令，一时在北魏兴起了一股灭佛的风潮。也是佛教该有此业劫，此时盖吴在长安造反，拓跋焘亲自率队镇压，部队在长安郊区驻扎。一支小分队就驻扎在一所庙边。此时正是初春严寒，这所寺庙的主持见了驻军，为讨好小队长，就请小队长进寺庙喝酒御寒，小队长在庙里喝酒，看见庙里收藏有很多种兵器，一出庙门就立即将庙里的情况报告了拓跋焘，拓跋焘下令部队包围寺庙，收缴兵器，对一个个哭丧着脸的和尚说：“兵器不是和尚的道具，你们必然是和盖吴一伙阴谋造反的叛匪！”下令将全庙的和尚一律斩杀，庙产充公，一把大火，将庙宇烧为平地。就这样，拓跋焘还不解气，一概把和尚定为叛匪，在全国不分老幼，一律坑杀，连塑造泥人菩萨的，铸造铜人佛像的都满门抄斩。全国上下，一片灭佛之声。躲藏在平城的大和尚，面对此劫难，纷纷招纳各地真传弟子，往太子东宫躲藏。太子拓拔晃笃信佛教，也没考虑其利害关系，只是为了做好事，就收藏了各地的高僧名梵多达几百人。北魏灭佛，佛教僧侣纷纷逃往江南避祸，为南国的佛教兴盛埋下了伏笔。
灭佛事件极大地打击了东宫的势力，权力天秤的砝码尽被司徒崔浩掌控。为了加快北魏汉文化的速度，崔浩提任官员一概由汉官担任，而将原任拓跋部族的官员予以罢免。这小小的官员任免事件终于成为其后一系列事件的导火线。
北魏太平真君十一年（公元450年）二月，拓拔焘平定北方之后，为完成统一大业，决定南伐。拓拔焘御驾亲征，率领十万大军南下，攻打刘宋。魏军攻打的第一个目标是悬瓠城（今河南汝南县）。拓拔焘命令部队从东、北、西三面攻城。刘宋守卫悬瓠的主将是左军参军陈宪，守城的士兵不满千人。魏军昼夜攻城，制造几十部高楼车，士兵在楼车上往城里射箭，矢下如雨。守城士兵或者披着棉絮，或者张开鱼网，犹如诸葛亮的“草船借箭”。拓拔焘见箭矢无效，又命令楼车上用大钩牵楼堞，毁坏南城。陈宪是知识分子型的将军，办法多，又在南城内设女墻，外立木栅以拒之。拓拔焘始终无法，只得老老实实攻城。拓拔焘命令填平堑壕，肉搏登城。陈宪督厉将士苦战，城墻下堆积的尸体已经和城墻一样高，魏军士兵乘尸上城，短兵相接。陈宪身先士卒，奋勇当先，将士们以一当十，浴血奋战；守城将士死亡一半，魏军更是死亡一万多人。战斗整整进行了四十二天，战无不胜的拓拔焘没想到会在小小的悬瓠城碰到颗硬钉子，又听说刘宋派来援军，包抄魏军退路，只好暂时撤军。
北魏太武帝出征期间，崔浩任命冀、定、相、幽、并五州郡守，太子拓跋晃任命的郡守全部被罢免，而由崔浩精选的汉族知识分子担任。这些被罢免的拓跋族官员灰溜溜地回到平城，都去太子东宫哭诉，指责崔浩擅专朝政。太子拓跋晃找到崔浩，据理力争。说：“先前征派的州郡人选择，都是些在职已久，勤劳问政的干部，所以才提升为州郡牧守，崔公你新征的人选，应该在各州郡、部曹历练几年，或为属员，或为副职，其后提升才是，你这一来，完全打乱了我的部署。”
崔浩蛮横地说：“我以司徒之职，任命委派吏员，这本来是份内之事。况且，这五州郡人选也已经上任，就这么办好了。”拓跋晃在灭佛和官员任免这两次事件中和崔浩的较量都失败了，心里很不舒服，回到东宫，即招集拓跋部落的望族大户旧门阀，罗列崔浩的罪状，向皇帝告御状。太子去到皇宫，却没见到皇帝，拓跋焘开春后又到东郊狞猎去了，还要两天才能回来。拓跋晃心生一计，又刊列崔浩一条罪状，命人表奏太武帝。然后对中书侍郎，领著作郎高允说：“圣上对《国史》暴露国恶一事十分震怒，要追究你们几个著作者的责任，高公要免祸，唯有将责任全部推到崔浩身上，到时候我才好帮您说话。”高允没想到太子这么关心自己，噙着眼泪点头应允。
太子拓跋晃闻讯，急忙带着高允去向皇帝请罪。拓跋焘因《国史》事件正在气头上，一见到高允就指着他的鼻子怒骂：“朕命尔等撰修《国史》，想不到尔等连朕的祖宗三代都骂了个遍，你们这不是饱修国史，而是暴露国恶。你说是谁指使你这么干的？”高允也是个忠直耿介的“笔头公”，跪在地下不卑不亢地说：“秉笔直书是史臣的职责，没有谁指使我，‘国史’都是我一人撰写的，微臣这是秉承良心，尊重事实，书就千年信史。如果圣上认为不妥，要剐要杀，都冲着我来！”听了高允的话，父子二人都大吃一惊，没想到大臣中又出现一个“笔头公”。拓跋焘气得无语，好半天才哆嗦着说：“好，好好！算你狠，你是个硬骨头，朕饶你不死！”太子拓跋晃见事态完全向着相反的方向发展，赶忙启奏说：“众所周知，国史并非高允一人所为，崔浩身为总编修，罪在不赦。况且将国恶丑事勒石铭立，置之于通衢大道，糜费国家资财，沾污先祖形象，皆他一人所为，理应由他承担责任。”拓跋焘好半天才咬牙切齿地吐出一个字“斩！”
原来，那天拓跋焘从东郊狞猎归来，路过祭坛，见祭坛东边竖立着一块石墙，长百步见方，朱漆两个硕大的字《国史》，读书识字的人不少人围观，不识字的人则听识字者念读，上面一条一条记录着拓跋部落的事迹，从什翼犍被杀，到拓跋绍弑父，甚至连拓跋珪“灭清河，诛万人”的疯癫举动，字字刊刻，历历在目。老百姓看了《国史》，虽不敢开腔，却是或摇头，或吐口水，显得厌恶和不满。拓跋焘再询问还在施工的工匠，听说平城还不只这一处，通衢大道上都有这类石刻，而且造价不菲，只是东郊祭坛这一列石刻就耗费巨资达三百万两白银。拓跋焘站在石刻前，再一读太子的奏章，果然句句是实，这崔浩实在是恶毒攻击圣祖，图谋不轨。拓跋焘气得两眼直冒金星。当即下令有司擒拿崔浩，问案查办。太子晃闻讯，所以才紧忙带着高允去向皇帝请罪。
北魏太平真君十一年（公元450年）六月，一辆囚车载着一个白发苍苍的囚犯，停在平城南面的刑场上，囚犯被火辣辣的太阳炙烤得嘴唇干裂，两眼昏花，口中喃喃嚎叫：“水水-----”守卫的兵丁怒骂着：“你这死囚，临死还想喝水，我来喂你。”士兵跳上囚车顶栏，哗哗哗昏黄的臭尿直淋在囚犯的脑袋上，周围的士兵见状哈哈大笑，都纷纷掏出小鸟，向囚犯喷射臭尿。在囚车里受此侮辱的就是高级知识分子，历经北魏道武帝、明元帝、太武帝的三朝元老崔浩。受此屈辱，崔浩悲凉地仰望苍天，凄惨地嗷嗷嚎叫，几里路之处都能听见他的惨叫声。这样，折磨了囚犯几天之后，拓拔焘才下令将崔浩斩首。崔浩被斩，受牵连的还有清河县崔氏家庭同宗、崔浩的姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏、甚至崔浩的属吏宗钦、段承根等名臣一百二十八人。
关于崔浩之死，一千五百多年来史学界争论不休，最根本的一点是认为崔浩出于庇佑汉族为一生准则，见有蛮夷之邦窝里斗，如征伐赫连勃勃，攻击柔然，剿杀沮渠，崔浩则大力支持，拼命鼓动皇帝成行。以便让这些蛮夷之邦在互相残杀中自取灭亡，而一旦遇到与汉族宣战，崔浩则找出各种理由予以制止。从他一生的所作所为来看，笔者认为：崔浩要保存汉文化的一点血脉流传永世，这是可能的，而且是自觉的行动。若说他想“光复汉业，”以他一个精明的知识分子，不论怎样说他都不可能脑袋进水到肿胀的程度。总之，一个深思熟虑的汉族官员遇到了一个冲动型不计后果的异族君王，造就了历史上这场的冤案。冤案传讯全国，南国刘宋的知识分子都纷纷扼腕叹息。作为教材告诫后人，撰写史书得留心项上头颅，为尊者讳，为王者讳，不惜制造假历史。所以后来史书信史者少，皆是因此谬种流传。