他的政治理想是：“为人君者，正心以正朝廷，正朝廷以正百官，正百官以正万民，正万民以正四方。四方正，远近莫不壹于正，而无有邪气奸其间者。是以阴阳调而风雨时，群生和而万民殖，五谷熟而草木茂，天地之间被润泽而大丰美，、四海之内闻盛德而皆徕臣，诸福之物，可致之祥，莫不毕至，而王道终矣。”显然，董仲舒早已把人类看成了宇宙的主宰，并希望通过人间的努力使社会乃至整个自然变得美丽祥和。
根据同类相动的原理，董仲舒主张用人为的方法去除灾害，去否取泰。
“木有变，春凋秋荣，秋木冰，春多雨”，这是由于徭役繁多，赋税太重，百姓离散所致，应该用“省徭役，薄赋税，出仓谷，赈困穷”的办法来解决。
“火有变，冬温夏寒”这是由于君主不明，善人不赏，恶人不黜，庸人在位，贤士不举的缘故，应该用“举贤良，赏有功，封有德”的办法来解决。
“土有变，大风至，五谷伤”，则说明君主不信用仁义贤士，不敬父兄，****无度，宫室美盛；解决的办法是“省宫室，去雕文，举孝悌，恤黎元。”
以上是通过政策和行政办法可以解决的问题。至于求雨、止雨之类的事，则可用其他的办法。
董仲舒认为：“人之阴气起，而天地之阴气亦宜应之而起”，“四时皆以水日为龙，必取洁土为之结，盖龙成而发之。”在求雨之日，要开阴闭阳，“禁男子无得入市”，“丈夫欲藏匿，女子欲和而乐。”在他看来，“致雨非神也，而疑于神者，其理微妙也。”而止雨之法，则要“开阳而闭阴，阖水而开火”，“以土日塞水渎，绝道，盖井，禁妇人不得行人市。”董仲舒用于免除自然灾害的方法，完全是以天人感应、同类相动的理论为依据的。
班固说：“仲舒治国，以《春秋》灾异之变推阴阳所以错行，故求雨，闭诸阳，从诸阴，其止雨反是；行之一国，未尝不得所欲。”有一次，辽：东高庙、长陵高园殿发生火灾，董仲舒在家里用天人感应和阴阳五行学说推说其意，草成文章，被来访的中大夫主父偃看见，窃其书而上奏皇帝。
或许其中对朝政有所指责，汉武帝读后大为震怒，把董仲舒下吏入狱，判处死刑。后来终于因其弟子的百般请求，董仲舒才得以免死，从此遂不敢复言灾异。
今文经学与古文经学
纵观儒家经学的历史，在学术倾向上有汉学与宋学的区别。广义的汉学包括西汉的今文经学和东汉的古文经学及其支流；狭义的汉学则仅指东汉以后的古文经学。所谓宋学，则是指宋儒继承和发挥思孟学派的“性命义理”之学并且兼综佛道二家思想而成的“性理学”，也就是一般所谓宋明理学或道学，是儒家经学的一支突起的异军。实际上，宋学的思想是与思孟学派、董仲舒今文经学、魏晋玄学以及隋唐中国化的佛学思潮一脉相承的，因此它实际上是今文经学的一个变种。如此说来，中国儒学实际上只是古文经学和今文经学相互作用、交替登场的历史。所谓汉学与宋学之争，其实质还是古文经学与今文经学之争。
秦始皇焚书坑儒之后，儒家经典除了《易经》以卜筮之书得以幸存外，其余各经皆为秦火所毁。入汉之后，五经的传授全靠记忆，由师徒之间一代代口耳相传而来，汉人用当时通行的隶书记录成书。由于记忆不确、口音不清等原因，西汉的经学形成许多不同的师法和家法，而这些师法和家法又是不能随意改变的，所以汉武帝初设五经博士时，规定“各以家法教授”。后来增设博士时，这个传统被保留了下来。终西汉之世，共设了十四个博士，即三个易经博士（施氏、孟氏、梁丘氏），三个礼经博士（欧阳生、大夏侯、小夏侯），三个书经博士（申培、辕固生、韩婴），三个礼经博士（大戴、小戴、庆氏）和两个春秋博士（颜氏和严氏）。其中《春秋公羊传》强调大一统、华夷之别、尊主弱臣等内容，最得汉武帝宠信。所以有人说：“汉武帝独尊儒术，归根到底是尊《公羊》。”以上所传各经皆用西汉通行的隶书写成，所以称为今文经，这种学术也总称为今文经学。
在今文经学流传和发展的同时，又有一些古本经典从地下或孔壁中发掘出来。它们包括在孔子宅壁中发现的《礼记》、《孝经》、《尚书》和《论语》，以及通过其他途径发现的《左氏传》、《周官》、《毛诗》、《古孝经》和《礼古经》等。这些典籍是用先秦六国文字写成的，所以称为古文经。
在西汉两百年间，一直是今文经学占统治地位。古文经虽有传本，但或藏秘府，或为民间流传，不立于学官。西汉末年，刘歆向哀帝建议把《左传》、《毛诗》和古文《尚书》等列于学官，遭到今文学博士的反对，刘歆又写《移让太常博士书》予以反击，从此开始了两派的争论。王莽篡汉时，出于学习周公“制礼作乐”的政治需要，大力佑助古文经，《周礼》、《左传》、《毛诗》和《古文尚书》得立于学官。光武帝上台，又尽罢古文经，今文经又一次受到政府的尊崇和褒奖。但古文经并未被扼杀，古文经学家仍然可以做官和讲学。
由于古文经内容丰富而新颖，所以东汉时诵习者甚众，出现了许多古文经学大师，其中以马融的成就最大。马融学问广博，兼通各经，有弟子数千，他为群经作注，首开会通今古文经学的先河。马融的弟子郑玄更是博习古文、今文和谶纬之学，他采用今文经学的长处遍注群经，融今古文经学于一炉，从而结束了今古文经学的论争，成为两汉经学的总结者。从此，今文经学便由郑学取而代之了。
今文经和古文经原只是记录文字的不同，后来却成了两个相互对立的学术派别。他们各立师法、标榜门户，在史料解释、研究原则和方法上产生许多分歧。
今文经学家以为六经皆孔子手定，孔子删定六经是经学的开辟时代；古文经学家则认为，六经只是古代的史料，并非始于孔子。
今文经学家以孔子为政治家和教育家，尊孔子为有帝王之德而无帝王之位的素王，认为六经是孔子的治国之道，所以偏爱其中的微言大义，注重从中寻求和阐发治国安邦的大道理；古文经学家则以孔子为史学家，尊孔子为先师，把六经当史料看，因而有“六经皆史”的说法。
古文经学家把六经当史料，所以按时代顺序排列各经：伏羲画八卦，所以《易经》列第一；《书经》首篇为《尧典》，所以列第二；《诗经》中最早的是《商颂》，所以列第三；《礼》、《乐》是周公所作，所以分列第四和第五；《春秋》是鲁史，由孔子整理而成，所以列在最后。
今文经学家把六经当成是孔子教授学生的不同课程，其中《诗》、《书》、《礼》、《乐》是初级课程，因而分列在前；《易》和《春秋》是孔子哲学、政治学和社会学思想所在，是孔子授徒的高等课程，所以排列在后。
从学统上说，今文经学以《公羊传》为主，古文经学以《周礼》为主；今文经学家把六经看成是孔子“托古改制”的手段，古文经学家则只把孔子看成是古代史籍的继往开来者；今文经学家一般好讲阴阳五行、灾异谶纬及天人合一之学，古文经学家则注重名物训诂，学风朴实而流于繁琐。
此外，今文经学家以为古文经的传授不大可靠，疑为刘歆伪造，斥古文经学为变乱师法；古文经学家则以为今文经只靠口耳相传，是秦火的残缺之余，斥今文经学家为抱残守缺。
总之，今文经学长于哲学思维，是儒家哲学思想的创造者，受到哲学界的重视；古文经学长于考据训诂，是中国语言文字学的开拓者，多得语言学界的青睐。
东汉初年，儒家经学呈现出今文经学、古文经学和谶纬之学互相冲突的矛盾景象。总的情况是，古文经学势头日高，今文经学根基深厚，谶纬之学也登上了统治思想的宝座，形成三家鼎立的形势。
建初四年，杨终向章帝建议说：“宣帝博征群儒，论定五经于石渠阁。
方今天下少事，学者得成其业，而章句之徒破坏大体。宜如石渠故事，永为后世则。”所谓“章句之徒破坏大体”，是说各方经师皆以己说解经，标新立异，六经的章句越来越繁琐，而且内容互相冲突，已难以担当统治哲学的重任了，必须加以统一才行。
于是章帝下诏说：“盖三代导人，教学为本。汉承暴秦，褒显儒术，建立五经，为置博士。其后学者精进，虽日承师，亦别名家。孝宣皇帝以为去圣久远，学不厌博，故遂立大小夏侯《尚书》，后又立京氏《易》。至建武中，复置颜氏、严氏《春秋》，大小戴《礼》博士。此皆所以扶进微学，尊广道艺也。，中元元年诏书，五经章句烦多，议欲减省。至永平元年，长水校尉倏奏言，先帝大业，当以时施行。欲使诸儒共正经义，颇令学者得以自助。”
于是太常、将、大夫、博士、议郎、郎官及诸生诸儒共聚白虎观，讲议五经异同。由五官中郎将魏应提出问题，侍中淳于恭把渚儒的解答上奏，章帝亲临白虎观，以诏制作出裁决。后令史臣班固撰集成《白虎通德论》，又称《白虎通义》，简称《白虎通》。
参加白虎观会议的学者大都是今文经学家，讨论的也大都是今文经学的问题，所以《白虎通》基本上是一部统一今文经学的著作。同时，参加会议的还有贾逵、班固等少数古文经学家，而裁判者章帝也爱好古文经学，所以《白虎通》也受到了古文经学相当大的影响。谶纬之学的基本理论阴阳五行学说和天人感应论与今文经学是一致的，所以《白虎通》也保留了不少纬书中的内容。另外，在殿文中对答最好的是丁鸿，被誉为“殿中无双丁孝公”，丁鸿的特点是兼通今古文。总之，《白虎通》虽然以今文经学为主，却也可以视为对两家学说的一个初步综合，它实际上预示了东汉经学的发展方向，后来今、古文经学终于在郑玄等人的著作中达到了统一。
《白虎通义》一共汇集43条名词解释，内容涉及社会、礼仪、风习、国家制度、伦理道德等各个方面。如对爵、号、谥、三纲、六纪、宗族、姓名、嫁娶、崩薨、丧服、三军、诛伐、五刑、社稷、封公侯、巡狩、考黜、谏诤、致仕、耕桑、商贾等各个方面都有规范性的解释和说明，具有经义标准和国家法规的性质。
《白虎通义》的中心思想是为封建君主****作论证，所以首先对三纲六纪作了规定：“三纲者何谓也？谓君臣、父子、夫妇也。六纪者，谓诸父、兄弟、族人、诸舅、师长、朋友也。故《含文嘉》日：君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲。又日：敬诸父兄，六纪通行，诸舅有义，族人有序，昆弟有亲，师长有尊，朋友有旧。何谓纲纪？纲者张也，纪者理也。大者为纲，小者为纪，所以张理上下，整齐人道也。人皆怀五常之性，有亲爱之心，是以纲纪为化，若罗网之有纪纲而万目张也。
《白虎通义》的名词解释中也包含了不少哲学思想。如关于天地、五行、人、性情的解释。关于天地：“天者何也？天之为言镇也，居高理下，为人镇也。地者，元气之所生，万物之祖也。天道所以左旋，地道右周何？以为天地动而不别，行而不离，所左旋右周者，犹君臣阴阳相对之义。”
关于五行：“五行者何谓也？谓金木水火土也。言行者，欲言为天行气之义也。地之承天，犹妻之事夫、臣之事君也。谓其位卑，卑者亲事，故自周于一行，尊于天也。火者阳也，尊，故上；水者阴也，卑，故下；木者少阳，金者少阴，有中和之性，故可曲可直，可从革。”
关于人：“人含五常而生，声有五音。人所以有姓者何？所以崇恩爱、厚亲亲、远禽兽、别婚姻也。姓，生也，人所禀天气所以生者也。命者何谓也？人之寿也，天命已使生者也。命有三科以记验：有寿命以保度，有遭命以遇暴，有随命以应行习。死之为言澌，精气穷也。尸之为言失也，陈也，失气亡神，形体独陈。”
关于性情：“性情者何谓也？性者阳之施，情者阴之化也。人禀阴阳之气而生，故内怀五性六情。情者静也，性者生也。此人所禀六气以生者也。故《钩命决》日：情生于阴，欲以时念也。性生于阳，以理也。阳气者仁，阴气者贪，故情有利欲、性有仁也。”
《白虎通》的这些思想不仅是对今、古文经学的综合，也是对董仲舒思想的进一步发展。
王莽的灭亡和东汉的建立，士族起了决定性的作用。因此，在东汉初期，土族和与其关系密切的儒生们享受了空前的尊宠和荣誉。不仅“三老”、“五更”受到尊养，连皇帝本人也以充当经学大师的门生为荣。可是，随着士族力量的增长，他们总想把皇权置于自己的控制之下，这最终导致皇权与士族之间的尖锐矛盾。
在各种社会力量中，最便于皇帝利用的是宦官和外戚。皇帝信用宦官和外戚来对付士族，必然招致士族和儒生们的反对。如他们上书说：“地者****，当安静承阳，而今动摇者，****盛也。其日戊辰，三者皆土，位在中宫，此中臣近官盛于持权用事之象也。”“今梁氏一门，宦者微孽，并带无功之绂，裂劳臣之士，其为乖滥，胡可胜言！”这种矛盾的激化和升级，最终导致了党锢之祸。
所谓党锢之祸，其实质是宦官、外戚和皇权共同打击士族及经学知识分子的惨剧，其中的一个直接结果，便是导致盛极一时的两汉经学走向衰落。