党锢之祸连续发生过数次。第一次是在延熹九年（166年），“时河内张成善风角，推占当赦，遂教子杀人。李膺为河南尹，督促收捕，既而逢贿获免。膺愈怀愤疾，竞案杀之。”于是张成弟子勾结宦官，“上书诬告李膺等养太学游士，交结诸郡生徒，更相驱驰，共为部党，诽谛相廷，疑乱风俗。”皇帝早想收拾这帮士族知识分子，得此借口，马上下诏逮捕李膺等二百多人入狱。后虽释放，却终身不许做官。
三年后，灵帝在宦官侯览、曹节挟持下，又收捕李膺、杜密等一百多人下狱处死，并陆续杀死、流放、囚禁六七百人。熹平五年（176年），灵帝又在宦官挟制下命令凡党人之门生故吏，父子兄弟都免官禁锢，并连及五族。这被称为第二次党锢之祸。司马光说：“天下豪杰及儒学有行义者，宦官一切指为党人。”所以，两次党祸，对儒教经学造成了致命的打击。
党锢之祸的发生，也与朝政的腐败及广大儒生对弊政的尖锐抨击有关。“逮桓灵之间，主荒政缪，国命委于阉寺，士子羞与为伍，故匹夫抗愤，处士横议。遂乃激扬名声，互相题拂，品核公卿，裁量执政。婢直之风，于斯行矣。”汉代儒术独尊，经学繁荣，社会上儒生的数量激增。儒生们手捧经书、志行高洁，自以为“修大道”、“有经艺之本”，“道胜于事”，因而看不起文吏和官场的黑暗与腐败。与儒生们怀才不遇的心情和对官场的激烈批评相反，文吏们却看不起这帮在野的知识分子，把他们看成是一帮死守章句、不晓事理的废物。
王充说：“儒生不习于职，长于匡救，将相倾侧，谏难不惧。案世间能建蹇蹇之节、成三谏之议、令将检身自敕而不敢邪曲者，率多儒生。阿意荀取容幸、将欲放失、低嘿不言者，率多文吏。文吏以事胜，以忠负；儒生以节优，以职劣。儒生无阀阅，所能不能任剧，故陋于选举，佚于朝廷。文吏幼则笔墨，手习而行，无篇章之诵，不闻仁义之语。长大成吏，舞文巧法，循私为己，勉赴权利。考事则受赂，临民则采渔，处右则弄权，幸上则卖将。一旦在位，鲜冠利剑，一岁典职，田宅并兼，性非皆恶，所习所为者违圣教也。儒生学大义，以道将事，不可则止，有大臣之志，以经勉为公正之操，敢言者也。”
儒生与文吏之间的矛盾不断激化，再加上宦官外戚专权和政局的腐败，使儒家知识分子与朝廷的矛盾更为尖锐：“流言转入太学，诸生三万余人，郭宗林、贾伟节为其冠，并与李膺、陈蕃、王畅更相褒重。学中语日：‘天下楷模李元礼，不畏强御陈仲举，天下俊秀王叔茂？又渤海公族进阶，扶凤魏齐卿，并危言深论，不隐豪强。自公卿以下，莫不畏其贬议，屣履到门。”
这帮儒生博通经籍，持志清高，“隐不违亲，贞不绝俗，天子不得臣．诸侯不得友”，最终被皇帝联合宦官和外戚一网打尽。
党铜之祸后，经学的力量元气大伤，盛极一时的两汉经学不可避免地走向了衰落。遭受党锢之祸的经学大师郑玄隐居不出以避祸，同时开始了两汉经学的总结整理工作。郑玄之后，儒学的主流表现了明显的清谈倾向，开始向玄学转化。
郑玄（127～200）字康成，北海高密（今山东高密）人，出身于没落的封建士大夫家庭。身长八尺有余，美目秀眉，尤喜饮酒，年青时曾作过乡啬夫（掌管听讼、征收赋税的小吏）。
家境贫寒，却不愿为吏，一心向往师儒之道。他先师事京兆第五元先，学习《京氏易》、《公羊春秋》、《三统历》和《九章算术》，熟悉了今文经学；后来又随东郡张恭祖学习《周官》、《礼记》、《左氏春秋》、《韩诗》和《古文尚书》等古文经，打下了坚实的古文经学基础。在此期间，他还往来南北游学十余年，凡“在位通人，处逸大儒，得意者成从捧手，有所授焉”。在此基础上，他又西行人关，以扶凤经学家马融为师。
马融（78～166）是马太后（明帝皇后）的侄子，贵族地位增强了他作为经师的声望。他当时已有门徒四百多人，其中优秀者五十余人。他只对少数高材生面授，然后由这些学生转相传授。郑玄在马融门下三年，却未得见其一面，只是通过他的学生学习其经说。后来，马融召集门徒讨论图纬，听说郑玄擅长历算，才召见了他。郑玄这才得到机会向他请教了自己在治学中遇到的问题。请教完毕，郑玄即告辞回乡，马融这才发现郑玄是个人才，他感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”
郑玄回乡时已四十多岁，由于家境贫困，他一边躬耕田里，一边授徒东莱，从学的弟子成百上千。以他的学识和名望，本来可以出仕为官；但由于党锢之祸，他被禁锢十四年之久，不许做官。于是，他专心著述，隐修经业，闭门不出，学问大进。
当时任城经学家何休独好《春秋公羊传》，曾用十七年时间写成《公羊春秋解诂》一书，在社会上有较大的影响。他还写了《公羊墨守》、《左氏膏肓》和《谷梁废疾》三文，认为《春秋》三传中只有《公羊传》义理深远，而《左传》和《谷梁传》则不值得研究。针对何休的文章，郑玄分别写了《发墨守》、《针豪肓》和《起废疾》三文予以驳斥。何休读了郑玄的文章后叹服地说：“康成人吾室，操吾戈以伐我乎！”
汉灵帝末年，党锢解禁，大将军何进钦慕郑玄的学问和名望，请他去做官。郑学不肯去，后来被迫见面，住了一宿便告辞了。后来北海相孔融对郑玄很敬佩，指令高密县令为他特立一乡，称“郑公乡”，并号称他的家门为“通德门”。董卓迁都长安时亦曾推举郑玄为相，大将军袁绍也推荐他为左中郎将，他都没有就职。建安五年，袁绍与曹操在官渡会战，袁绍的儿子袁谭强迫郑玄随军而行，遂于六月病逝，享年七十四岁。
郑玄一生博览群经，尤擅训诂。他以古文经学的立场遍注群经，同时兼采今文经学的观点，择善而从，创立了融今古文经学为一体的新经学——郑学。郑玄注《易》用费氏古文，注《尚书》兼采今古文，笺《诗》以《毛诗》为主而兼采鲁、齐、韩三家诗说，注《仪礼》并存今古文，注《论语》以《鲁论》为主而参考《齐论》和《古论》，注《孝经》则多从今文说。
郑学的这些特点，逐渐泯灭了今古文经学的界限，使两汉以来的经学出现了一个小统一的局面。郑玄的经注出现以后，原来各守门户的今文经学和古文今学逐渐不为人们遵信，学者们转而崇尚郑学，郑学因而成为天下所宗的儒学。
谶纬之学
“谶”是神的预言。《三苍》说：“谶，秘密书也。”许慎《说文解字》说：“谶，验也。有征验之书，河洛所出书日谶。”
以神学语言的形式预言人间事务之祸福吉凶的书称为谶书。谶书往往附图说，又称图谶。《隋书·经籍志》说：“汉末郎中郗萌集图纬谶杂占为五十篇，谓之《春秋灾异》。”这是把图谶和杂占当同类性质的书看待的。
谶的起源很早。《史记》载，秦缪公病，七日而寤，对人说：“我之帝所，甚乐。帝告我：‘吾国将大乱，五世不安；其后将霸，未老而死；霸者之子且令，而国男女无别。’公孙友书而藏之，秦谶于是出矣。”
古代的谶语大都与政治有关，是预言政治事件的隐语。如秦始皇令徐福人海求仙，徐福回来后献以《图录》。其中说：“********也。”秦始皇以为“胡”是指胡人，即北方的匈奴，于是派蒙恬领三十万大军北筑长城以防之。后来秦朝亡于二世，秦二世名胡亥。当然，秦始皇劳民伤财以筑城，未必不是其灭亡的一个原因。再如，《尚书·帝帛验》有如下一则谶语：“天鼓动，王驽发，惊天下，贱类出，高将下。”据说“贱类”是指秦始皇，“高”是指赵高。当然，这则谶语并不是什么神的预言，多半是秦朝的儒生们编出来骂秦始皇的。不管怎么说，谶的产生一开始就与政治有关，它似乎是伴随着封建政治而起的一种副产品，与统治阶级的政治阴谋和劳动人民对现实的不满有关。
“纬”是对“经”而言的。经是竖直的主线，纬是横交的副线。我们为地球设置经纬线，是要确立一个科学研究的坐标系，以便准确地把握特定地区的经纬度。夏商周三代的贵族教育有“六艺”，后来孔子删定《六经》作为教授弟子的基本教材，但当时并不称为“经”。孔子对弟子讲授《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》六艺时，留下许多口义，《论语》便是这些口义中的一部分。其他与每一艺关系密切的口义弟子们心领神会，口耳相传，后来逐渐整理成册，称为《传记》。如《易》有《易传》，《书》有《书传》，《礼》有《礼记》，《乐》有《乐记》，《诗》有《诗传》，《春秋》则有《公羊传》和《谷梁传》及《左传》等。
传记是辅助六艺本文的，只有把本文与传记结合起来才能全面把握孔子所传六艺的全貌。有了传记之文后，六艺的本文便称为经文，所以经的名称是随着传的产生而产生的。历史发展到汉代，六艺的经和传都有点不符时用了，儒生们对经和传的内容作进一步的发挥，便出现了所谓的“纬”。
他们说，孔子作六经后，又作了一些补充和说明，称为纬。圣人传六艺，有经有纬才符合常道。然而，所谓纬，实际上是他们对六经的一种神学式的附会，只是假托孔子之名罢了。清代《四库全书总目》说：“纬者，经之支流，衍及旁义。盖秦汉以来，去圣日远，儒者推阐论说，各自成书，与经原不相比附，如伏生《尚书大传》，董仲舒《春秋阴阳》，校其文体，即是纬书，特以显有主名，故不能托诸孔子。其他私自撰述，渐杂以术数之言。迨弥传弥失，又益以妖妄之词，遂与谶合而为一。”清儒王秭作《青岩丛录》说：“大抵纬书之说，以谓孔子既叙六经以明天人之道，知后世不能稽其意，故别立纬谶以遗来世，其书出于汉哀平之世，盖夏贺良之徒为之，以为有经则有纬，故日纬书。”
图谶在汉代空前兴盛并发展为谶纬，同样与汉代的封建政治有关。
《汉书》述哀平之世的情况说：“阴阳错谬，岁比不登，天下空虚，百姓饥谨，父子分散，流离道路，以十万数。而百官群职旷废，奸宄放纵，盗贼并起，或攻宦寺，杀长吏。”在统治阶级内部，豪强、宗室及后党、外戚争权夺利，各自编造谶语来为其政治斗争服务。
如刘氏皇朝为神化其政权编谶语说：“卯金出轸，握命孔符。”“帝刘之秀，九名之世，帝行德封刻政。”“刘受纪，昌光出轸，五星聚井。”等等。反映后宫和外戚专权的谶语如：“后族专权，地动摇宫。”“星在月角者，臣与黄门僮****奸为贼。两星在月角者，臣与人君共作奸。一星在月中者，臣与妇女共做奸谋。一星在月下者，后宫列女要臣为奸也。”等等。
而反对刘氏皇朝者也利用谶语来蛊惑人心：“君臣无道，不以孝德治天下，乌云蔽日，茫茫混混，四方凄惶。”“岁星人北斗，天下大乱，国有大丧，期三年。”“日蚀之后，必有亡国杀君，奔走乖离，相诛，****拥主，灭兵车，天下昏乱，邦不宁。”等。
建平四年，夏贺良向哀帝奏谶说：“汉家历运中衰，当再受命，宜改元易号。”于是哀帝即改建平四年为元寿元年，改称号为陈圣刘太平皇帝。
统治者可以利用谶语来达到其政治目的，农民起义也可以利用谶语来达到自己的目的，如黄巾起义中所谓“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口诀，其实也是一种谶语。
早在孔子之前，儒者即被称为术士，如许慎《说文》说：“儒，柔也，术士之称。”儒者不仅懂六艺，而且富于天文地理知识。孔子之后，大部分儒者沿着《六经》的方向发展，按照孔子的要求塑造其人格形象。但也有一些儒者不能完全摆脱旧传统的影响，继续走术士的路子。秦时图谶的产生，便与这帮方士化的儒生有关。董仲舒既讲公羊大义，也讲天人感应，曾因言灾异而触怒武帝，险些送命。董仲舒还善于用巫术求雨和止雨，据说很灵验。可见，即便象董仲舒这样的“醇儒”仍然有不少方士化的气质。秦汉之际大量方士化儒生的涌现，当是伴随着封建政治而起的一种时代思潮。邹衍出于儒门，后来却成了阴阳家的集大成者。董仲舒吸收阴阳五行思想人儒之后，更为儒生的方士化创造了条件。方士化儒生的一个重要工作是神化孔子，并托孔子以造谶。
儒生们神化孔子，大致从感生、异表、符命、制法、先知等五个方面进行。《论语·撰考谶》说：“叔梁纥与征在祷丘山，感黑龙之精，以生仲尼。”《春秋。演孔图》说：“孔子母征在游于大冢之陂，睡梦黑帝使请己。
己往，梦交。语日：‘汝乳必于空桑之中。’觉则若感，生丘于空桑之中，故日玄圣。”儒生们认为，“夏，白帝之子；殷，黑帝之子；周，苍帝之子。”孔子殷人之后，故为感黑帝精而生。这是从“感生”方面对孔子的神化。
儒生们认为，“圣人皆有异表。”所以他们在纬书中这样描绘孔子：“孔子反宇（谓其头顶像反置的天穹），是谓尼丘，德泽所兴，藏元流通。”
“孔子长十尺，大九围，坐如蹲龙，立如牵牛，就之如昴，望之如斗。”
“仲尼斗辱，舌里七重，吐教陈机受度。”“仲尼虎掌。”“仲尼龟脊。”“夫子辅喉骈齿。”“孔子海口，言若含泽。”“孔子胸应矩。”“孔子之胸有文，日：‘制作定，世符运。”’这是从“异表”方面对孔子的神化。