发掘原始儒学的圣人修养论，以对抗当时盛行的道家修仙论和佛家证道论，是北宋新儒学的时代课题。程颐之论单刀直人，切中要害，对这个问题作了完全儒家式的回答，从而成为儒学界的一面旗帜。他指出，“人皆可以至圣人，而君子之学必至于圣人而后己。不至于圣人而后己者，皆自弃也。”他号召人们都来做第一流的人，成为超今迈古的大圣人。这是一个呼唤巨人而产生巨人的时代，和邵雍的《皇极经世》一样，程颐之论同样体现了一种高度发展的道德理性精神。
绍圣四年，党论大兴，程颐以六十三岁高龄被贬涪州，门人弟子四散。渡汉江时，恶浪涛天，船至中流几覆，舟中行人皆号哭，独程颐正襟安坐如常。当船靠岸时，同舟有老父问他说：“当船危时，君正坐色甚庄，何也？”程颐回答：“心存诚敬耳。”在涪州被管制期间，程颐失去了人身自由，但他潜心研究《周易》，终于完成了《伊川易传》这部千古名著。
十三年后蒙赦回到洛阳时，气貌容色须发皆胜往昔，门人问其故，他则说：“为学之力也。大凡学者，学到处患难贫贱而如同富贵荣达时，即不须学了。”于此可见，他的修养确是不同凡响。
当程颐正准备大有作为时，不幸又遭小人以虚辞弹劾，朝廷下令河南府“尽逐学徒，复隶党藉”。于是程颐又迁居龙门之南，并对弟子们说：“尊所闻，行所知可矣，不必及吾门也。”大观元年九月十七日，程颐与世长辞，享年七十五岁。后赐封伊川伯，从祀孔子庙庭。
儒、释、道三教的本体论虽不乏相通之处，却也各有所主：儒家本天，道家本道，而佛家本心。自孔孟及董仲舒以来，历代儒家大都是通过对天的解释来阐发其本体论思想的。二程的新儒学本体论，是用“天道生生之仁”这一传统儒学的核心内容来解释佛教华严宗的性空之理，从而把佛家的空理改造为儒家的实理，既吸收了其理事圆融的辩证内核，又显示出儒家本体论的特色。程颢所谓自家体贴出的“天理”二字，其实是用儒家的天来统帅华严宗的理，无愧为援佛入儒的一个成功范例。
《倜易》说：“昔者圣人之作易也，将以顺性命之理，是以立天之道日阴与阳，立地之道日柔与刚，立人之道日仁与义。”以天地人为三才，是象数易学的看法；义理易学则只讲天，以地和人皆归天，用天来指称全宇宙。二程说，地是天，人也是天，“天人本无二”，在天为天道，在地为地道，在人为人道，其实只是一个道。“夫天大无外，造化发育皆在其间，自无内外之别。”对于这个天，可以从不同的角度给予不同的说法。“夫天，专言之则道也。分而言之，则以形体谓之天，以主宰谓之帝，以功用谓之鬼神，以妙用谓之神，以性情谓之乾。”
我们看到的这个现象世界，只是狭义的形体之天，现象后面的本体之天称为帝，广义的天还包括现象与本体的交互作用及其神化、健生、妙用等性质。广义的天就是一切。后天的万事万物万理皆来源于这个囊括一切的天。“天所赋为命，禀之在我之谓性，见于事业之谓理。”“天所赋为命，物所受为性。”所谓命，是指造化。万事万物在形态、性质、数量、条件、环境等方面各不相同，这是天的赋与不同，也就是天地自然的造化不同，这就是命。因为造化的不同，万事万物各有其内在的规定性，这就是事物的性，在物为物性，在人为人性，人的一切行为其实就是人性与物性之间的交互作用，表现出来就是理。所以，性、命、理其实是同一个东西的不同表现或不同说法，“理也，性也，命也，三者未尝有异。”这个东西说到底就是天的内在必然性，称之为天理。
总的说，只是一个天理；分开说，则有造化之命、物禀之性和事业之理。“穷理，尽性，至命，一事也。才穷理便尽性，尽性便至命。此木可以为柱，理也；其曲直者，性也；其所以曲直者，命也。理、性、命，一而已。”事业、物性、造化所表现的只是一个东西，那就是天理。穷尽事理也罢，穷尽物性也罢，穷尽造化之秘也罢，其指向的目标只是一个，那就是天理。“天有是理，圣人循而行之，所谓道也。”
天理的具体内容是什么呢？圣人作易将以顺性命之理，因而有三才之道。所谓天理，在天叫阴阳，在地叫柔刚，在人叫仁义。三才之道其实只是天理一道。二程说：“一人之心即天地之心”，又说：“至显者莫如事，至微者莫如理，而事理一致，微显一源。古之君子所谓善学者，以其能通于此而已。”天理至微至远，而人心人事则至近至显，人事之理与天理又是一致的，所以只要在人事上穷理即可以了。只要穷尽了人事之理，便可事半功倍、一举多得，性命与天理都穷尽了。而圣人“立人之道日仁与义”，则穷尽了仁义之理就是穷尽地道的刚柔之理和天道的阴阳之理，一句话，仁义之理就是天理。
更进一步，程颢说：“学者先须识仁。仁者，浑然与物同体，义礼智信皆仁也。识得此理，以诚敬存之而已。不须防检，不须穷索。”五常之德统于仁，这个仁又是浑然与物同体的宇宙本体，则仁就是天理了。学者识仁，只是存诚持静的涵养功夫而已。涵养的关键是定性，“所谓定，动亦定，静亦定，无将迎，无内外。”定性是为了尽性，尽了性便识了仁，识了仁便识了天理。尽了心，知了性，明了天理，就是圣人。
在程氏看来，天地之化，自然生生不穷，往来屈伸，只是天理流行。“天理云者，这一个道理，更有甚穷已？不为尧存，不为桀亡。人得之者。故大行不加，穷居不损。
这上头更怎么说得存亡加减？是它元无少欠，百理俱备。”
天理是不以人的意志为转移的客观存在。“实有是理，故实有是物；实有是物，故实有是用；实有是用，故实有是心；实有是心，故实有是事。是皆原始要终而言也。”因为理是实实在在的，所以才有同样实实在在的万事万物。
具体说：“有理而后有象，有象而后有数。《易》因象以明理，由象而知数。得其义，则象在其中矣。”天理通过象和数产生了万事万物，圣人作《易》因象数以明天理，我们只要懂了易理就能明了天理。而所谓易理，也就是《周易》所说“一阴一阳之谓道”。程氏说：“离了阴阳更无道；所以阴阳者，是道也；阴阳，气也。气是形而下者，道是形而上者。”
理与气、形而上者与形而下者浑然一体，密不可分，圆融无碍。又说：“道之外无物，物之外无道，是天地之间无适而非道也。”“至微者理，至著者象，体用一源，显微无间，故善学者求之必近。”天理虽然精微，却可以通过象数来求得，义理与象数本无二。
程氏认为：“天地万物之理，无独必有对，皆自然而然，非有安排也。”“万物莫不有对，一阴一阳，一善一恶，阳长则阴消，善增则恶减。
斯理也，推之其远乎？人只要知此耳。”天地间万事万物的运动变化，只是一阴一阳的相互消长而已，“盖天下无不二者，一与二相对待，生生之本也。”具体地说：“天地阴阳，其势高下甚相背，然必相须而为用也。有阴便有阳，有阳便有阴；有一便有二，才有一二，便有一二之间，便是三，已往更无穷。老子亦言三生万物，此是生生之谓易，理自然如此。”
有一是指有理，有是理则有一阴一阳之道，这便是二；二气冲和，非一非二，便是三，是一个新的事物，也是万物生生的道理。
更进一步：“天地阴阳之运，升降盈虚未尝暂息。阳常盈，阴常亏，一盈一亏，参差不齐而万变生焉。”所谓一盈一亏，就是聚散攻取，氤氲交感。“天地之气相交而密，则生万物之化醇。醇谓浓厚，浓厚犹精一也。
男女精气交构，则化生万物，惟精醇专一，所以能生也。”总之，“阴阳交感，男女配合，天地之常理也。”所谓感，是指运动和感应，“感，动也，有感必有应，凡有动皆有感，感则必有应，所应复为感，感复有应，所以不已。”所谓动，是指翕辟开合，屈伸往来，“天地之气开散，交感而和畅，则成雷雨，雷雨作而万物皆生发甲坼。”凡物参和交感则生，不合分散则死；交感而和合，便是天理生生之常。
天地之生，万物之成，合而后遂。天下国家至于事为之末所以不遂者，由不合也；所以不合者，由有间也。故间隔者，天下之大害，圣王之所必去也。只有打破间隔，让事物自由地交感和合，不断地生生变动，才是常久之道。天下之理未有不动而能恒者也。动则终而复始，所以恒而不穷。凡天地所生之物，虽山岳之坚厚，未有能不变者也。故恒非一定之谓也，一定则不能恒矣。唯随时变易，乃常道也。二程对《周易》生生之理的发挥，达到了很高的思维水平。
至微莫如理，至显莫如事。“盖上天之载，无声无臭，其体则谓之易，其理则谓之道，其用则谓之神，其命于人则谓之性。”这个天理虽然无所不在，却是十分微妙的。然而，天理又必然通过人事表现出来，所以又是至显的。人只以耳目所见闻为显见，所不见闻者为隐微，然不知理却甚显也。天理无所不在，必然随处表现，因而在至著的事象中有至微的天理，“体用一源，显微无间，故善学者求之必近。”这个寻求天理的近处，就是人伦日用之事，“凡下学人事，便是上达天理”，一点也不复杂。
程氏说：“尽性至命，必本于孝悌；穷神知化，由通于礼乐。”只要在日常的礼乐孝悌上体会，便不难穷得天理。学生问：“孝悌之行，何以能尽性至命也？”程氏答：“世之言道者，以性命为高远，孝悌为切近，而不知其一统。道无本末精粗之别；洒扫应对，形而上者在焉。”洒扫应对之间，就有天理；为人处事，严格地遵循三纲五常等传统道德而行，就是天理的显现和流行。
程氏的全部学说，归根到底是要落脚到道德修养上来的，所以极为重视对人性和理欲的研究。“道孰为大？性为大。”天理通过造化之功体现在人身上，是人之至善的理性；天气通过生生之理表现在人身上，则是有善有恶的气禀，可谓生性或气性；人性进一步显形和发动，则是人心和人情。自理性而行则皆善，圣人因其善而为仁义礼智信。仁为全体，义礼智信为四肢。仁为性理之公，是人区别与动物的本质属性；义是性理之宜，是权衡是非轻重的原则；礼是性理之别，是立身处世的等级名分；智是性理之知，知而后能行；信是性理之真实无妄，是至诚。性理之善是“极本穷源之性。”
由气禀之生性，则有善恶的分别。禀清气者贤，禀浊气者恶，禀至清之气者则为圣人。天性之柔缓刚急，皆为气禀之性的表现。人的气禀又称为才，“大凡所受之才，难加勉强，止可少进，而钝者不可使利也。惟理可进。除是积习既久能变得气质，则愚必明，柔必强。”
天理又通过性而表现为心，“在天为命，在人为性，论其所主为心，其实只是一个道。”仁义礼智皆根于心，“心，一也。有指体而言，寂然不动是也；有指用而言者，感而遂通天下之故是也。”心之体寂然不动，谓喜怒哀乐未发之中，圣人之心平静如止水；心之用感而遂通，谓喜怒哀乐发而中节之和，君子极高明而道中庸。
人性之动，则表现为情，“若既发，则可谓之情，不可谓之心”。心是体，情是用，心本善，情则有善有恶。《颜子所好何学论》说：“其本也真而静，其未发也五性具焉，日仁义礼智性。形既生矣，外物触其形而动于中矣。其中动而七情出焉，日喜怒哀乐爱恶欲。情既炽而益荡，其性凿矣。是故觉者约其情使合于中，正其心，养其性，故日性其情。愚者则不知制之，纵其性而至于邪僻，梏其性而亡之，故日情其性。”
程氏说：“圣贤千言万语，只是欲人将已放之心约之，使反复人身来，自能寻向上去，下学而上达也。”而下学人事以上达天理的关键，则是寡欲。程氏认为，人性表现为人心时，有人心和道心的不同，人心是人欲，道心是天理。“人心私欲，故危殆；道心天理，故精微；灭私欲则天理明矣。”
具体说，如口目耳鼻四肢之欲，是性，而不是欲；“饥食渴饮，冬裘夏葛”这类自然需求，如果没有“私吝心”则是“天职”，也不是人欲。
“且譬如椅子，人坐此便安，是利也。”这不是人欲。“如求安不已，又要褥子，以求暖暖，无所不为”，甚至“夺之于君，夺之于父”，这就是人欲，是“趋利之弊”。正常的饮食、宫室、刑罚、征伐是本，进一步的峻宇雕墙、酒肉池林、淫酷残忍、穷兵黩武则是末。“先王制其本，天理也；后王流于末者，人欲也。损人欲以复天理，圣人之教也。”可见，程氏所谓“损人欲以复天理”，其实是指黜霸道而行王道，并不是要灭绝人的一切物质欲望，其实质是对统治阶级侈靡之风的一种批判。
程氏认为：“人之为不善，欲诱之也。诱之而弗知，则至于天理灭而不知反，故目则欲色，耳则欲声，以至鼻则欲香，口则欲味，体则欲安，此皆有以使之也。”当人对奉身的外物事事要好时，“却不知道自家身与心却已先不好了也。”为此，必须损人欲以复天理。
首先，要通过深思和反省来窒欲。“学莫贵于思，唯思为能窒欲。”