朱熹说：“二气五行，天之所以赋受万物而生之者也。自其末以缘其本，则五行之异，本二气之实，二气之实，又本一理之极，是合万物而言之，为一太极而一也；自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体，故万物之中各有一太极。”字宙间的存在虽然纷繁复杂，却不外太极、阴阳、五行和万物等几个层次，太极寓于阴阳，阴阳寓于五行，五行又寓于万物，层次虽异，却一理贯穿。万物之理统于五行，五行之理统于阴阳，阴阳之理统于太极。所谓太极，其实是宇宙全息元，化生万象的全息胚。天理无所不在，以全息方式充塞全宇宙，又时时处处通过二气五行及万事万物表达出来，所谓天理流行也。
天理是全息结构，是全息存在，是宇宙因陀罗信息网，无不弥漫，无不充塞，无不渗透。天理信息是整体的存在，至大无外，至小无内，浑沌不分，其一点一滴就是全体，全体只是一个无内的点。天理信息是全宇宙，全宇宙就是天理信息，在天理信息这个“洁净空阔”的世界，天南就是地北，地北就是天南，此是彼，彼是此，感通妙应，不疾而速，不行而至，神无方而易无体，无在而无不在，一物之太极，便是全宇宙的太极，“洁净空阔”的天理只通过物物的太极表达自己。
朱熹说：“本只是一太极，而万物各有禀受，又自各全具一太极尔。
如月在天，只一而已，及散在江湖，则随处而见，不可谓月已分也。”用禅僧玄觉的《永嘉证道歌》说：“一性圆通一切性，一法遍含一切法：一月普现一切月，一切水月一月摄。”
朱熹又说：“论万物之一原，则理同而气异；观万物之异体，则气犹相近而理绝不同也。气之异者，粹驳之不齐；理之异者，偏全之或异。，，全宇宙一个太极，事事物物各有其太极，所有的太极只是同一个天理，这是气质不同而理同。万物的气质结构虽然千差万别，却不过是二气五行的不同结合方式，所谓气犹相近也。事物的阴阳五行结构之所以是这样而不是那样，又是因为理的作用有别，所谓理绝不同也。万物气质结构的不同，是二气五行的纯驳不齐，或阴多而阳少，或金水多而木火少，或为纯粹之金木，或为水土之混杂，所以不同也。
万物之理的不同，是对天理信息的表达有偏全之异。或此方面显著表达而彼方面隐而未现，或此方面在这时这地表达而彼方面于那时那地表达，所以看起来不同也。阴表达太极的翕聚之性，阳表达太极的辟散之性。金着重表达了天理的从革之性，木偏重表达了天理的曲直之性，水表达天理的润下之性，火表达天理的炎上之性，土表达天理的稼穑之性。植物放大了木之曲直之理而隐没了金水火土之理，金石珠玉放大了金的从革之性而隐没了木火水土之理，液态事物放大了水的润下之性而隐没了木火土金之理，火焰太阳等物放大了火的炎上离明之性而隐没了金木水土之理，大地沙土放大了土的生化稼穑之性而隐没了金木水火之理。所谓隐没，并非不显，只是难见而已。
自然事物有太极，人类社会亦有天理之流行。阴阳五行之理通过人类社会的放大，则表现为三纲五常及其他妙用。朱熹说：“万物皆有此理，理皆同出一原，但所居之位不同，则其理之用不一。如为君须仁，为臣须敬，为子须孝，为父须慈，物物各具此理，而物物各异其用，然莫非一理之流行也。”人人皆有天理的全部信息，但因气禀的偏全纯杂有别而表现了不同的个性，又因社会角色的不同而表现天理的不同方面，以显示天理的不同作用。仁义礼智信五常之德乃人人所具，但“得木气多者仁较多，得金气多者义较多。”同时，五常又因社会角色的不同而其表现有所偏主，为君当用仁，为臣当用敬，为父当用慈，为子当用孝，大家各演其角各行其事，共同构成和谐的天理秩序。
天理通过造化赋予万物的太极，又称为性或命。人得五气之灵秀与二五之精华，因而更为显著地表达出三纲与五常等天理信息。不同的人，又因气禀之厚薄清浊有别，造成了在体现天理的层次和程度上的不同，因而有富贵穷通及寿天等不同的命。气禀清者为圣为贤，气禀浊者为愚不肖，气厚者福厚而富，气薄者福薄而贫，得气之华美者富盛，得气之衰飒者卑贱，又因气禀之所拘、只通得一路而造成许多差别，“或厚于此而薄于彼，或通于彼而塞于此，有人能尽天下利害而不识义理，或工于百工技艺而不解读书。”然圣人之学，又有变化气质之道，只要循圣人之道而力行之，不断地存天理、灭人欲，格物以穷理，则又可下学而上达，变愚不肖为圣贤。但是，朱熹又认为，“富贵、死生、祸福、贵贱，皆禀之气，而不可移易者。”这显示了他的局限性。
朱熹竭平生之力作《四书集注》，以《大学》为人德之门，大阐其“正心诚意，修身齐家、治国平天下”的内圣外王之道，目的是用王道取代霸道，以实现传统儒学的政治理想。
按照儒家的一贯理想，皇帝应该由在道德和智慧方面修成正果的圣人来做，只有圣人才能成为真正合格的王者。可是，自有阶级社会以来，国家政权从来都是武力征伐的结果，没有任何一朝的江山是依靠儒家的道德修养才得来的，也没有任何一位具有圣人之德的大儒凭借其道德学问而取得过皇位。
对于这个无法回避的历史悖论，历代儒家不应该不清楚。为此，他们必须把已经夺取了政权的统治集团作为其哲学思考的中心目标，不断地纺织越来越精巧美妙的理论花环，随时随地都做好“请君人瓮”的思想准备，以便“引君当道”。
对于真正的大儒来说，引君当道的最好办法莫过于给皇帝当老师，不断地向他灌输儒家的修养功夫和王道思想。程颐有过这样的殊幸，他敢冒君道之大不韪而向皇帝摆师道尊严，他处处以仁德教育皇帝，希望能以盛德化成天下，以实现儒家的圣人之道。朱熹也有这样的理想，他继承和发展了张载和二程的人性论学说和道德修养方法，利用十分难得的入朝之机多次上封事向皇帝宣讲其理学思想，企图把用杂霸之术夺取了政权的宋朝皇帝引向王道政治的轨道。
荒淫成性的统治者没有接受他的说教，他失败了，他被诬为伪学之魁而遭受削职禁讲之难。一代大儒在“亲旧凋零，益无生意”中逝去，他留下了以“正君心”为核心的新儒学思想，这是无往而不在的“天理信息”
的又一个独特放大。
朱熹看到，自孔子和孟子发明内圣与外王相统一的王道思想以来，秦汉以下千有余年，没有任何君主符合其要求，其根本原因就是所有的君主都是些天良丧尽、人欲横流的东西。这是中国儒家对历代统治阶级丑恶本质和****政治的严正揭露和否定。他指出：“秦汉而下，二气五行自是较昏浊，不如太古之清明纯粹。”即便是被后世统治者奉为圭臬的汉唐之君，也不过是些利欲之徒。“汉高帝、唐太宗之所为，而察其心，果出于义耶？
出于利邪？出于邪那？正耶？若高帝则私意数，犹未甚炽，然已不可谓之无。太宗之心，则吾恐其无一念之不出于人欲也。直以其能假仁借义，以行其私，而当时与之争者，才能术智既出其下，又不知有仁义之可借，是以彼善于此，而得以成其功耳。”尤其可恨的是，千余年的封建政治“使膏梁之子弟不学而居士民之上，其为害岂有涯哉？且以汉诸王观之，其荒纵****如此，岂可以治民！”
虽然如此，朱熹又认为，造成这种状况的主要原因是圣人之道不传的缘故。他说：“自邹孟氏没，而圣人之道不传，世俗所谓儒者之学，内则局于章句文词之习，外则杂于老子、释氏之言，而其所以修己治人者，遂出于私智人为之凿，浅陋乖离，莫适主统，使其君之德不得比于三代之隆，民之德不得跻于三代之盛。若是者，盖已千有余年于今矣。”不仅如此，“秦汉以来，遗人而无用；语人者，不及天而无本；专下学者，不知上达，而滞于形器；必上达者，不务下学，而溺于空虚；优于治己者，或不足以及人；而随世以就功名者，又未必自其本而推之也。夫如是，是以天理不明，而人欲炽；道学不传，而异端起。人挟其私智，以驰鹜于一世者，不至于老死而不止，而终亦莫悟其非也。”他强调：“人只是这个人，道只是这个道，岂有三代与汉唐之别！但以儒者之学不传，而尧舜禹汤文武以来转相授受之心不明于天下，故汉唐之君虽或不无暗合之时，而其全体却只在利欲上。”
为此，朱熹以续接圣人之道于千年之后的大儒自任，竭平生之力以斟酌《四书章句》，决心以自己的理学思想一匡天下。基于千余年封建****的历史事实，朱熹认为，正天下必须从正君心开始。他指出，“天下万事，有大根本，而每事之中，又各有切要处。所谓大根本者，固无出于人主之心术；而所谓切要处者，则必大本既立，然后可推而见也。如任贤相、杜私门，则立政之要也；择良吏、轻赋役，则养民之要也；公选将帅，不由近习，则治军之要也；乐闻警戒，不喜导谀，则听言用人之要也。推此数端，余皆可见。然未有大本不立，而可以与此者，此古之欲平天下者，所以汲汲于立心诚意以立其本也。”
总之：“天下之事，千变万化，其端无穷，而无一不本于人主之心者。”“天下事有大根本，有小根本，正君心是大本。”只有首正君心，才能次正天下。他指出，天下之事，本于君心，君心不正将遗害无穷，“惟恐此心倾刻之间或失其正而已，原其所以然者，诚以天下之本在是，一有不正，则天下万事将无一物得其正者，故不得不谨也。”“人主之所以制天下之事者，本乎一心，而心之所主，又有天理人欲之异。”因此，欲正人君之心术，必须使其“革尽人欲、复尽天理”，以“严恭敬畏为先务，声色货利为至戒，然后乃可为者。”他上封事要求皇帝要“恭畏存心”，“兢兢业业，精之一之，克之复之，如对神明，如临渊谷，未尝敢有须臾之怠。”朱熹指出，“君心不能以自正，必亲贤臣远小人，讲明义理之归，闭塞私邪之路，然后乃可得而正也。古先圣王所以立师傅之官，设宾友之位，置谏争之职。”必须使君主自己反省自己、内修仁义，再由诸臣明谏规正，才能双管齐下，取得功效。
平心而论，朱熹此论不可谓不高伟。理学家们似乎认识到，中国的封建政治发展到宋代已经不可避免地要走下坡路了。按照邵雍的象数学，宋代历史已发展到了阳极返阴的“午会”之末，随之而来的将是二阴消阳的《遁》卦。朱熹本希望以“失传千年”的圣人之道为走向没落的封建社会培补阳气，却遭到了****皇帝的禁逐。朱熹死后，统治阶级终于对他的学说有所“领悟”，随即拿过来愚弄天下百姓，遂使中国本已黑暗的封建政治更加黑暗。
朱熹用以引导封建皇帝从霸道走向王道的具体方略，是由理学家们逐渐发明和完善起来的一套心性修养方法，即“明天理，灭人欲”。他说：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和，尊德性，道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》日‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’，圣人千言万语，只是教人明天理，灭人欲。”
具体怎么做呢？他提出要“主敬以窒欲”。他说：“欲，只是要窒。”
“敬，则天理常明，自然人欲惩窒消治。”他正是用这个方法来教导皇帝的。怎样落实这个“敬”呢？他说：“圣贤教人，必以穷理为先，而力行以终之。”先要用“格物致知”的方法穷理；穷了理，才能知得分明；知得分明，才能行的分明。只有见诸现实的行动，才能“革尽人欲，复尽天理。”所谓人欲，只是指人心出了毛病，“循之则其心私而且邪”，“只为嗜欲所迷，利害所逐，一齐昏了。”如果人心、尤其是君心出了毛病，被无限膨胀的人欲所驱使，势必祸国殃民，天下无宁日。“若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无！”“虽是人欲，人欲中自有天理。”
他以为，广大劳动人民维持生存需要的饮食之欲，乃天理之自然，绝不可窒。孟子讲民贵君轻，制民恒产，正是要满足这种欲望。只有统治阶级贪得无厌、声色犬马的腐朽要求才是人欲。所谓天理，“只是仁义礼智之总名，仁义礼智便是天理之件数。”朱熹在给孝宗皇帝的奏章中说：“三纲五常，天理民彝之大节，而治道之本根也。”君主应该以仁义治国，以道德化成天下，这就是朱熹所谓的天理流行。
朱熹说：“学者工夫，唯在居敬、穷理二事。此二事互相发。能穷理，则居敬工夫日益进；能居敬，则穷理工夫日益密。”首先要穷理，“万事皆在穷理后。经不正，理不明，看如何地持守？也只是空。”穷理要以虚心静虑为本，要“虚心切己，整齐严肃”。他说：“穷理者，欲知事物之所以然与其所当然者而已。知其所以然，故志不惑；知其所当然，故行不谬。”
具体说：“穷理，如性中有个仁义礼智，其发则为恻隐、羞恶、辞逊、是非，只是这四者。任是世间万事万物。皆不出四者之内。”其次要涵养，也就是做居敬的工夫。“敬之一字，真圣门之纲领，存养之要法。”所谓敬，“只是一个畏字”，只是内无妄思，外无妄动。“不恁地放纵，便是敬。”其具体德目，是“坐如尸，立如齐，头容直，目容端，足容重，手容恭，口容止，气容肃。”“人心常炯炯在此，则四体不待羁束，而自入规矩。”