总之：“涵养中自有穷理工夫，穷其所养之理；穷理中自有涵养工夫，养其所穷之理。两项都不相离。”如何穷理呢？朱熹说：“穷理之学，诚不可以顿进，必穷之以渐，俟其积累之多而廓然贯通，乃为识大体耳。”为此，须不断地做格物致知的工夫，“须是物格知至，方能循循不已，而入于圣贤之域。”
“所谓格物，便是要就这形而下之器穷得那形而上之道理而已。”首先，“大而天地阴阳，细而昆虫草木，皆当理会；一物不理会，这里便缺此一物之理。”其次，“格物，为人君止于仁，为人臣止于敬，事父母则当敬孝，处兄弟则当尽其友，如此之类。”“如今说格物，只晨起开目时，便有四件在这里，不用外寻，仁义礼智是也。”“须要穷个根源来处。如为人父如何便止于仁慈，为人子如何便止于孝，为人君为人臣如何便止于仁止于敬。”
穷理的方法很多，“如或读书，讲明道义；或论古今人物，’而别其是非；或应接事物，而处其当否，皆穷理也。”而读圣贤之书尤其重要：“天下之物莫不有理，而其精蕴则已具于圣贤之书，故必由是以求之。然欲其简而易知，约而易守，则莫若《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》之篇也。”
要格物，更要致知。“致，推极也；知，犹识也。推极吾之知识，欲其所知无不尽也。”“致知，谓天下事物之理知无不到之谓。若知一而不知二，知大而不知细，知高远而不知幽深，皆非知之至也。要须四至八到，无所不知，乃谓至耳。”朱熹认为，“欲养其知者，惟寡欲而已矣。欲寡则无纷扰之杂，而知愈明矣。”他说：“致知，乃本心之知，如一面镜子，本全体通明，只是被昏翳了。而今逐旋磨去，使四边皆照见，其明无所不到。”
关于格物与致知的关系，朱熹说：“致知是自我而言，格物是就物而言。”“格物以理言也，致知以心言也。”“格物是逐物格将去，致知则是推得渐广。”“格物是零细说，致知是全体说。”其实，“致知格物是一事。”
“格物者，穷事事物物之理；致知者，知事事物物之理，无所不知，知其不善之必不可为。”总之，致知是为了穷理，而穷理又须从格物开始。”
“所谓致知在格物者，言致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理，惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以《大学》始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至于其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不致，而吾心之全体大用无不明矣。此谓格物，此谓知之至也。”只要按如上的方法去做，“则天理自明，人欲自消。”
最后，朱熹强调：一切道德修养最后都必须落实到现实的行动上，知行工夫要“相须并通。”他说：“致知力行，论其先后，固然以致知为先；然论其轻重，则当以力行为重。”“学之之博，未若知之之要；知之知要，未若行之之实。”“欲知知之真不真、意之诚不诚，只看做不做如何，真个如此做底，便是知至意诚。”“为学之实固在践履，荀徒知而不行，诚与不学无异。”所以说，“功夫全在行上。”
总之：“格物、致知，便是要知得分明；诚意、正心、修身，便是要行得分明。”只有把格物、致知、诚意、正心、修身等知行功夫做好了，才能做好齐家、治国、平天下的外王之事。封建皇帝必须补修居敬以修身、存天理以灭人欲这一课，只有使自己在道德修养上达到内圣的境界，然后推广出去，才能符合儒家王道政治的要求。
对朱熹来说，用他的理学思想“正君心”固然重要，但是用他的学说培养崇德化民、辅政治国的儒学人才似乎更为基本。所以，他在出仕与干政的同时，几乎把所有的精力都投人了教育事业。他一生从事教育达五十年之久，曾整顿过县学、州学，创办了同安县学、沧州精舍、武夷精舍、考亭书院，重建了白鹿洞书院和岳麓书院，并同十八所书院发生教育上的联系。他培养弟子无数，其中高足六十八人，见称者七十一人，存姓者一百八十人。他一生不停地著书立说，不倦地授业解惑，留下了大量精辟的教育思想，无愧为我国历史上继孔子之后最伟大的教育家。
朱熹认为：天地生人，有理有气；由天理信息之投射，有天命之性；由理气之相杂，有气质之性；由天命之性，便有仁义礼智五常诸德；由气质之性，便有贤愚善恶诸事；天命与气禀通过心灵的放大，便产生了体现天理的道心和体现人欲的人心。为了维持社会的安定与和谐，必须对其全体成员进行开发天理和良知的儒学教育。上自帝王元子，下至庶民百姓，只有通过儒家的圣学教育，才能变化气质、下学上达，成为合格的圣王、贤臣和王者之民。
他说：“古之圣王，设为学校，以教天下之人，使自王世子、王子、公侯、卿大夫、元士之适子，以至庶人之子，皆以八岁而入小学，十有五岁而人大学，必皆有以去其气质之偏、物欲之蔽，以复其性，以尽其伦而后已焉。”圣王设教的目的，是要恢复人人本具的先天善性，以便按照天理原则扮演好各自的社会角色。“昔者圣王作民君师，设官分职，以长以治，而其教民之目，则日：父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信，五者而已。盖民有是身，则必有是五者，而不能以一日离；有是心则必有是五者之理，而不可以一日离也。是以圣王之教，因其固有，还以导之，使不忘乎其初。”人有气质之身，便有五伦之事；人心中有天理的遗传信息，便有五伦之理。圣王设教，只是因势利导，令其恢复本来的天理秩序。同时，“圣贤教人为学，非是使人缀缉言语、造作文辞，只为科名爵禄之计，须是格物、致知、诚意、正心、修身，而推之以至于齐家、治国，可以平治天下，方是正当学问。”
在复性、明理以尽伦的同时，更要培养内具圣人之德、外有王者之才的圣、王合一型人才，以担负治国平天下的重任。他指出：“今之公卿子孙，亦不可用者，只是不曾教得，故公卿之子孙莫不骄奢淫佚。不得已而用草茅新进之士，举而加之公卿之位，以为荀胜于彼而已。然所恃者，以其知义理，故胜之耳。若更不知义理，何所不至！古之教国子，其法至详密，故其才者既足以立，而不才者亦得以薰陶渐染，而不失为寡过之人，岂若今之骄横淫奢也哉！”
朱熹认为，人才的培养应按年龄的不同分设小学和大学，逐次进行不同内容的教育。他说：“人生八岁，则自王公以下，至于庶人之子弟，皆人小学，而教之以洒扫、应对、进退之节，礼、乐、射、御、书、数之文。”小学教育的主要内容是仪礼规则和知识技能，只是教他按规矩去做，至于其中道理则只说个大概，到了大学再详细讲。“及其十有五年，则自天子之元子、众子，以至于公卿大夫元士之适子，与凡民之俊秀，皆人大学，而教之以穷理、正心、修己、治人之道。”大学教育的内容是儒家的内圣外王之道，使受教育者“无不有以知其性分之所具有、职分之所当为，而各俯焉以尽其力。”小学教育只是要其懂规矩，大学教育则是要其懂得道理后自觉地按规矩去做。
大学阶段要博览群书，但须有次第。他说：“某要人先读《大学》，以定其规模；次读《论语》，以立其根本；次读《孟子》，以观其发越；次读《中庸》，以求古人之微妙处。《大学》一篇有等级次第，总作一处，易晓，宜先看。《论语》却实，但言语散见，初看亦难。《孟子》有感激兴发人心处。《中庸》亦难读，看三书后，方宜读之。”他的《四书集注》充分发挥其理学思想，元末明初以后成为科举考试的标准课本。
他还说：“凡读书，先读《语》、《孟》，然后观史，则如明鉴在此，而妍丑不可逃。若未读彻《语》、《孟》、《中庸》、《大学》便去看史，胸中无一个权衡，多为所惑。”关于读史，他提议“先读《史记》，《史记》与《左传》相包，次看《左传》，次看《通鉴》，有余力则看全史”。当然，最重要的还是要研读六经：“古之圣人作《六经》以教后世。《易》以通幽明之故，《书》以纪政事之实，《诗》以导情性之正，《春秋》以示法戒之正，《礼》以正行，《乐》以和心。其于义理之精微，古今之得失，所以该贯发挥、究竟穷极，可谓盛矣！”
对于具体的教学方法，朱熹亦有很多论述。他说：“圣贤教人，下学上达，循循有序，故从事其间者，博而有要、约而不孤，无妄意凌躐之弊。”教学必须循序渐进。其次，“君子教人，但授以学之之法，而不告以得之之妙。”他强调：“事事都用你自去理会，自去体察，自去涵养。书用你自去读，道理用你自去究索。某只是做得个引路底人，做得个证明底人，有疑难处同商量而已。”必须确立学生的主体性。再次，“圣贤施教，各因其材，小以成小，大以成大，无弃人也。”他指出，“德行者，潜行体道，默契于中，笃志力行，不言而信者也；言语者，善为辞令者也；政事者，达于为国治民之事者也；文学者，学于诗书礼乐之文，而能言其意者也。盖夫子教人，使各因其所长以入于道。”必须因才施教，不能用一个模子匡人。总之，“草木之生，播种封植，人力已至，而未能白化。所少者，雨露之滋耳，及此时而雨之，则其化速矣。教人之妙，亦犹是也。”
以上是就教师方面而言。
作为学生，则应该从立志、猛进、内求、博览、持敬、践履等六个方面着手。他说：“学者大要立志，才学，便要做圣人是也。”“为学须是痛切恳恻做工夫，使饥忘食，渴忘饮始得。”具体说，天理要反躬内求，“理不是在面前别为一物，即在吾心，人须是体察得此物诚实在我方可。”“天地间只是这个道理流行周遍，不应说圣人不言此道理便不在，这道理自是长在天地间，只借圣人来说一遍也。”
理学的演变
南宋乾淳年间（1165～1194），由于东南三贤朱熹、张杖和吕祖谦及陆九渊等硕儒的理论创发和讲学活动，使自北宋五子以来的理学思潮一时大兴。可是，由于朱熹“正君心”的失败，以及统治集团内部赵、韩两派的权力之争，遂致庆元年间（1195～1200）的学禁之祸；理学家被当作“逆党”而纷纷贬逐，理学则被视为“伪学”惨遭禁止，一时间从游之士伏壑匿影、销声四散，甚至“变易衣冠、狎游市肆，以自别其非党。”此后的二十余年间，理学一直被禁锢和压抑，“老师宿儒，零替殆尽；后生晚辈，不见典型。”
这是宋明理学在其发展的高潮期所遭受的一次严重挫折。在这“门前冷落鞍马稀”的清零季节，却有两位“志同气合”的朱学后劲在为理学的命运奔走呼号。他们“慨然以斯文为己任”，对朱子之学讲习而服行之，终于使党禁解除后“正学遂明于天下后世。”这两位为理学在政治上争得统治地位的人物，就是真德秀和魏了翁。
真德秀（1178～1235）号西山，建宁浦城（今属福建）人；魏了翁（1178～1237）号鹤山，邛州蒲江（今属四川）人。二人同为庆元五年进士，同被理宗召入朝廷。真德秀为户部尚书，后改翰林学士，拜参知政事而卒，谥文忠；魏了翁为礼部尚书兼吏部尚书，官至签书枢密院事，资政殿大学士，卒谥文靖。黄百家说：“从来西山、鹤山并称，如鸟之双翼、车之两轮，不独举也。”
魏了翁的一生，主要致力于提倡理学以矫正士习、转移风气的活动。
在正当世人都讳言理学的时候，魏了翁首起为理学辩诬。他说：“所谓伊洛之学，非伊洛之学也，洙泗之学也；非洙泗之学，天下万世之学也。
……奚其伪？而被以此名，屏不得传？”他认为程朱理学就是当代的孔孟之道，理当发扬光大。他上奏疏说，圣学之兴衰关系着世道之治乱：孟子之后圣学不传，故治日少而乱日多，至周、程出，才使圣学中兴，人们“始得以晓然于洙泗之正传”，因此应该给周、程赐爵定谥，以便“开阐正学”。可是，谥法历来受品秩的限制，周敦颐与程颢未曾显仕于朝，因而难以准奏。不过，由于魏了翁的一再请奏，朝廷最终还是为周子与二程赐了谥，正式表彰其开创理学的功绩。于是，各州郡纷纷为周、程建祠，而魏了翁则到处为其作祠礼，大张理学旗帜。他说：“不有周、程诸子为图为书，振聋发瞽，如是而为极、为仪、为性命、为仁义礼智、为阴阳鬼神，即躬行日月之常、示穷理致和之要，则人将泯泯愦愦，无所于闻。”
“夫人生于两间，而与天地同体；出乎百世之下，而与圣贤同心。使皆能以周子之说反而求之，寡欲以养其心，养心以极于无欲，则是心之运，明通公溥，岂有一毫之私间之哉！”