象北宋诸大儒一样，他不仅仅以学圣贤之学为满足，而是要自做圣贤。他曾努力践履圣贤之道，觉得“豁然似有所见，坦然若易行，以为天下之生我也，似不偶然也，吾又何忍自弃于是？”他曾颇有深意地说：“程、朱夫子十七八时，已超然有卓绝。……今愚生十有九年矣。”于是作《道统图》，以朱熹之后的道统自居。他把儒家的历史按顺序分成上古、中古和近古--"i"Dg～，每一阶段又有元、亨、利、贞四个小段。他说：‘‘道之大原出于天，神圣继之。尧舜而上，道之元也；尧舜而下，其亨也；洙泗邹鲁，其利也；濂洛关闽，其贞也。分而言之，上古则羲皇其元，尧舜其亨，禹汤其利，文武周公其贞乎！中古之统，仲尼其元，颜曾其亨，子思其利，孟子其贞乎！近古之统，周子其元，程张其亨也，朱子其利也。敦为今之贞乎？未之有也。然则，可以终无所归哉？”显然，他是以贞自任了。他用豪杰之士来说儒家的圣贤，认为孔子之学曾被杨、墨之学所淹没，孟子生当其时，独愿学孔子，而卒得其传，可谓“旷古一人，真豪杰之士！”孟子之后，千有余年，“溺于俗儒之陋习，淫于老佛之异教，无一豪杰之士生于其间。”直到北宋，才出了周、张、程、邵几位豪杰，朱熹是南宋的豪杰。“以绍朱子之流而自任者，果有其人乎！”他要继朱熹之后做元代的豪杰。
吴澄在仕之日不长，主要以校定五经和授徒讲学为业。早从朱熹二传饶鲁开始，其学已“多不同于朱子”。吴澄曾师事主张“和会’’朱陆的程绍开，因此也有调合两家之意。一方面，他推崇朱熹的格物、诚意说，认为“朱子于道问学之功居多”；另一方面，他又推崇陆九渊的尊心之说，认为为学之要在于心，而陆九渊则以尊德性为主。他说：“问学不本于德行，则其弊必偏于言语训释之末，故学必以德性为本，庶几得之。，，有人甚至以此而视吴澄所治为陆氏之学。然全祖望说：“草庐之著书，则终近乎朱。”吴澄晚年有《五经纂言》问世，其《三礼纂言》实际上完成了朱熹的未竞事业。汉代以来，三礼‘‘残章断简，无复铨次”，在五经中号称难治。朱熹曾与吕祖谦订其篇次，欲为校订注释，却终于未能完成。朱熹曾打算以《仪礼》为经，取《礼经》及诸经史杂书所载有及于礼者附其下，以成《仪礼经传通解》，却只留下一个“草创之本”，临终嘱咐黄干完成，黄干虽曾用力其中，却没有完成。直到吴澄，才积数十年之功，发朱熹未尽之意而成书。学者们认为吴澄疏解三礼，继往开来，为治礼学之最著者。此外，《五经纂言》中的《易纂言》亦颇见功力，有丰富的哲学思想。吴澄表示，他对此书“用功至久，皆自得于心，有功于后世为最大。，，吴澄认为，太极本是“全体自然”，可称为理或天，其赋予万物者可称为命，物受以生则为性，具于心则又为仁，理、命、心．、性、仁本来为一，那就是全体自然的太极。体悟天理须以尊德性为本，要从自己身上实学，反求诸己方可。吴澄还有以象数学为基础的宇宙论，认为天地日月和人物的形成皆本于一气。所谓一气，是清浊未分的混元太一，太一之上是太极。太极无象状，无增减，寂然不动，是至尊至贵无以复加的宇宙本原。太极寓于阴阳之中，含动静之理，主宰太一之气，化生二气五行以至天地万物。从太一、二气、五行以至于天地万物皆因阴阳的交感而导致矛盾运动，整个宇宙就是一个不同物质层次之间相互转化的永恒过程。吴澄一生以讲学为主，“出登朝暑，退归于家，与郡邑之所经由，士大夫皆迎请执业，而四方之士不惮千里，蹑屐负籍来学山中者，常不下数千数百人。”在元明交接之际，吴澄无愧为一位承前启后的理学宗师。
有元一代，除了许衡和吴澄外，元末还有一位非常重要的理学大师，名叫许谦，后儒把他和许衡并称为“二许”。《增补宋元学案》说：“程子之道，得朱子而复明；朱子之道，至许公而益尊。”由此可见他在理学史上的崇高地位。和吴澄一样，许谦之学也出于黄干，但属于另一个传承系统。
南宋末年，黄干任临川令时收了一位弟子，名叫何基，他教导说：“为学须办得真心刻苦工夫，随事诱掖，始知伊洛之渊源。”临别时，他又说：“但熟读四书，使胸次浃洽，道理自见。”何基告别乃师后返回浙江，隐居于金华北山的盘溪，“研精覃思，平心易气，以俟义理之自通，”终于有所心会，遂开金华一脉，人称北山学派。何基终生不事科举，“闭关方喜得幽栖，不将一步出盘溪。”但他名声在外，闻而来学者“次弟汲引，而愿执经门下”，于是执教乡里，而王柏登其门。何基说：“某少受学勉斋黄先生，授以紫阳夫子之传。”但他“未尝立异以为高，徇人而少变”，《宋史》称其“绝类汉儒”。王柏字会之，号鲁斋，南宋金华人，“幼孤失学，颠倒沉迷，浸浸乎小人之归矣。一日幡然感悟，弃其旧习，杜门谢客，一意读书，屏绝科举之业，克去禄仕之念，日夜探讨洙泗伊洛之渊源，与圣贤相与周旋于简册”，遂开一代新风。王柏“相与周旋”的圣贤，实指何基。与何基之柱守古训不同，王柏极富怀疑精神，“质问难题，或一事至十往返”，致使何基“文集三十卷，而与王柏问辩者十八卷”。王柏多次任教于丽泽书院，晚年犹受聘主讲于天台上蔡书院，弟子众多，而金履祥为高。
金履祥（1232—1303）字吉文，号次农，家居兰溪仁山之麓，人称仁山先生。年十八而中待补太学，二十三岁受业于王柏，并从登于何基之门。以宋之国事不可为，乃绝意进取，执教于严陵（今浙江桐庐）钓台书院。元蒙灭宋，深怀亡国之痛，作《广箕子操》，以抒胸志。不仕新朝，乃携妻避居金华山中，后以讲学、著书终其年。金履祥不仅博学多识，对天文、地理、礼乐、田乘、兵谋、阴阳、律历有很高造诣，而且治学极善由博返约，“不为性理之空谈”，全祖望说他“尤为明体达用之儒，浙学之中兴也。”
金华许谦（1270～1337）字益之，自号白云山人，九岁时国亡家破，遂侨寓借书，刻苦攻读。三十一岁就学于金履祥时，乃师已年届七十，门下弟子数十，而许谦独得器重。许谦为北山学派的最后传人，与其师祖合称“北山四先生”，虽隐逸不仕，而声名自溢，从学者翕然。远而幽、冀、齐、鲁，近而荆、杨、吴、越，莫不有寻访之士。他垂师四十年，著录弟子千余人，“四方之士以不及门为耻，缙绅先生之过其乡邦者，必即其家存间焉。”而三先生之学，卒以大显于世。许谦晚年，“独以身任正学之重，远近学者以其身之安否为斯道之隆替焉。”后儒誉他为“朱熹之世嫡。”
许谦幼时记忆力超人，其母口授《孝经》与《论语》，“入耳辄不忘”。稍长，即制定计划，将经史子集四部之书昼夜诵读。及受业金履祥，尽得其精华，并受其影响，于书无所不读，对天文、地理、典章、制度、食货、刑法、字学、音韵、医药、术数及释、老之说无不极深研几，穷其畸奥，却唯对朱熹《四书集注》推崇备至，曾说：“学以圣人为准的，然必得圣人之心而后可学圣人之事。圣人之心，具在《四书》，而《四书》之义，备于朱子。”《元史》称，“何基、王柏、金履祥殁，其学犹未大显，至谦而其道益著。’j这与他既有宽广的知识面，又得理学正传有关。许谦的治学方法尤其非同一般，他极重自我检讨，每天夜间必将当天所为记录在册，辑为《自省编》，如果有的行为不便记录，他就誓不去做，这不仅使他人格醇正，而且恰当地实践了强调内省的先儒箴言。，他擅长诗文，可如果不是有益于发挥经义，或者对世教有所帮助，便不肯轻易下笔，这就使他的诗作极为清醇且富于哲理。许谦虽然服膺朱学，却并不柱守一家，而兼受陆九渊的本心之论。他说：“心妙众理”，“此心即有此理”，“天者理之所出，心者理之所存”，“格物之理，所以推致我心中之知。”这种和会朱陆的倾向，显然是欲对朱学的流弊有所矫正。于此可见，由理学向心学的过渡，自有其内在的必然逻辑。
在理学思想方面，许谦的许多论说颇为精当。他说：“夫太极，理也；阴阳，气也；天地，形也。合而言之，则形禀于气，而理具于气中；析而言之，则形而上、形而下，不可以无别。”“理为之体，而气为之用也。盈天地之间者唯万物，其所生物者气也，其所以生物者理也。”“太极生阴阳，而太极即具阴阳之中；阴阳生五行，而太极、阴阳又具五行之中，安能相离也？”于此可见，许谦对象数学有极深的领悟，并把其中的精义融人了他的理学思想。因为许谦精通术数，所以其辩证思想也高出朱熹一畴。针对《太极图说》的不当之处，他说：“易以阴阳之消长概括事物之变化，《图》明阴阳之流行，而推原生物之根本。《图》固所以辅乎《易》也，惟以两仪为天地，则大不可明。《易》之两仪为天地，则四象、八卦非天地所能生；以《图》之两仪为天地，则五行亦非天地所可生也。…‘太极之中本有阴阳，其动者为阳，静者为阴，生而具生，非可以先后言也。
一元浑沦，而二气分肇，譬犹一本析之为二，而半同形，何先后之有？”
“动静开阖，往来屈伸，只是两端而已，故圣人定阴阳之名；然消必不能遽长，暑必不能遽寒，皆有其渐，故不定五行之名。五行之名既立，则见得造化，或相生以循理，或相制以成物，错综交互，其用无穷矣。然而，阴阳生五行，而五行又各具阴阳，亦不可指其先后也。”此外，许谦还极善用诗句来表达“气流物化”的辩证思想：“大化运甄陶，众汇归冶锻，譬彼阴阳流，屈伸理相继。”“林间十亩地，坐笑观枯荣；白云与流水，无心谁能争？”“一叶异颜色，元气已不贯。是中毫厘差，遽尔生死判！”
等等。
关于心性修养和知行工夫，许谦亦不乏妙语。他说：“人之所得乎天，原明德之所从来。虚灵不昧，解明字；具众理，应万事，解德字。虚灵，正说；不昧，反说。惟虚故灵，虚是体，灵是用；惟虚灵故不昧，故能具众理。虚灵不昧是体，具众理是用；惟其具众理，故能应万事，具众理是体，应万事是用。又分看，惟虚灵，故能具众理；惟不昧，故能应万事。”
“气禀是内根，物欲是外染。气禀浊驳有微甚，则物欲所染有浅深。明明德，是要变化气禀，清除物欲。气禀已一定，物欲则日增。用功者，但要随时随事，止遏物欲使不行，开廓气禀使通畅。是皆开发吾本有之光明所能至。”又说：“人之于道，不过知行两事耳。知者，智也；行者，仁也。”
而在行的问题上，他又强调择善而从，动则中理。他说：“古今之德皆可师，而制行不同，不可拘一定之师，在于择其善而已。天下之理虽善，而随时取中，则又不可拘一定之主。所以，参会考比之者，又在于此心之克一而已。盖古今之德，或柔或刚，或正直或清，或和或无为，或勤劳，在我不可拘一定之法，必择善者从之。”“善无定主。均一事也，或施之彼时则为是，施之此时则为否；均一节也，或用之此事则非，或用之彼事则是，所谓时中是也。”总之，“于接物之际，动皆中理。”“动与天理合，而天自然归之。”
朱元璋推翻元蒙的统治、建立明王朝后，为了加强皇权，在用内阁制取代丞相制的同时，又强化科举制，规定以八股取士，专以四书五经命题试士，“一宗朱子之书，令学者非五经孔孟之书不读，非濂、洛、关、闽之学不讲”。明成祖朱棣命胡广等儒臣纂修《五经大全》、《四书大全》及《性理大全》，亲自作序，颁行天下，“使天下之人获睹经书之全，探见圣学之蕴，由是穷理以明道，立诚以达本，修之于身，行之于家，用之于国，而达之天下；使家不异政，国不殊俗，大回淳古之风。以绍先王之统，以成熙雍之治。”在皇帝的亲自倡导下，朱熹的理学一时兴盛到了极点。
然而，由于行政手段的干预，破坏了学术的正常发展，其流弊也达到了空前的程度。“当日儒臣奉旨修四书五经大全，仅取已成之书，抄誊一过，上欺朝廷，下诳士子，无非盗窃而已。”上面如此，下面亦然。“有明学术，从前习熟先儒之成说，未尝反身理会，推见至隐，所谓‘此亦一述朱，彼亦一述朱’，更为严重的是，“世之治举业者，以《四书》为先务，视《六经》为可缓。以言《诗》，非朱子之传义弗敢道也；以言《礼》，非朱子之《家礼》弗敢行也。推而言之，《尚书》、《春秋》非朱子所授，则朱子所与也。言不合朱子，率鸣鼓而攻。”其败坏士习如此！
其结果，“士以为爵禄所在，日夜竭精敝神而攻其业，自《四书》一经外，咸束高阁，虽图史满前，皆不暇目，以为妨吾之所为。于是，天下之书不焚而****矣。”除此之外，试风尤其败坏，“今日科场之病，莫甚乎拟题。且以经文言之，初场试所习本经义四道，而本经之中，场屋可出之题不过数十。富家巨族，延请名士，馆于家塾，将此数十题各撰一篇，计篇酬价，令其子弟及僮奴之俊慧者记诵熟习，入场命题，十符八九，即以所记文抄誊上卷。《四书》亦然。发榜之后，此曹便为贵人，年少貌美者多得馆选，天下之士靡然从风，而本经亦可以不读矣。”