在庆元党禁期间，由于体现时代精神之精华的理学被禁，学子们无所归依，社会风气遭到严重破坏。“比年以来，士大夫不慕廉靖而慕奔竞，不尊名节而尊爵位，不乐公正而乐软美，不敬君子而敬庸人，既安习以成风，谓荀得为至计。良由前辈长老零落殆尽，今之负物望、协公论者不聚于朝廷，后进晚进议论无所宗主，正论益衰，世风不竞。”面对这种情况，魏了翁上疏说：“嘉定以来，虽日更辙，然后生晚学小慧纤能，仅于经解语录揣摩剽窃，以应时用，文辞剽浅，名节堕顿。盖自始学，父师所开导，弟子所课习，不过以哗众取宠，惟官资、宫室、妻妾为计；及其从仕，则上所以轩轾，下所以喜悦，亦不出诸此。”为此，他请求说：“愿陛下毋以书生为迂腐，毋以正论为阔疏，敷求硕儒，开阐正学。”通过他的努力，理学不久便兴隆了起来。
与魏了翁相呼应，真德秀则主要致力于朱熹之学的改造与提炼，以便更适于“正君心”的需要。他用颇具神秘性和权威性的“天”来取代朱熹的“理”，提出“德性天与”的命题，并用“穷理持敬”的修养方法来教导皇帝。他自作《大学衍义》呈进于皇上说：“为人君者，不可以不知《大学》，……《大学》一书，君天下者之律令格例也，本之则必治，违之则必乱。格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下八条之教，为人君立万世之程。”幸运的是，理宗总算接受了他的说教，并称赞说：“《衍义》一书，备人君之轨范焉。”从此，理学家苦心编制的内圣外王之道，算是被封建统治者明确接受了。
可是，在普天之大归于一人的封建社会，皇位只是家传的法宝，皇帝是老子天下第一，做不做内圣的功夫只是他个人的事，别人管不着。所以，所谓的“大学之道”，对于为所欲为的封建统治者来说，多半只是哗众取宠的摆设而已，这顶本为统治者准备的金箍咒，最后被不折不扣、甚至变本加厉地套在广大劳苦群众的头上，成为华夏百姓沉重的精神枷锁。
当然，由于理学受到统治者的提倡，使一些确实践履大学之道的真儒有可能跻身于朝廷，这对整个国家和民族还是有好处的。所以后儒称赞说：“乾淳诸老之后，百****推，以为正学大宗者，莫如西山。”“党禁开而正学明，回狂澜于既倒，盖朱子之后一人也。”
真德秀用天来代称朱熹的理，颇有点董仲舒以天压君的味道。他说：“天地赋我以此形，与我以此性，形既与禽兽不同，性亦与禽兽异。何谓性？仁义礼智信是也，惟其有此五者，所以方名为人。我便当力行此五者，以不负天之所与。”“帝王当尊者莫如天，所当从事者莫如诚。……夫天道甚明，不可欺也；天命惟艰，不易保也。昧者徒日：‘高高在上，不与人接。’而不知人君一升一降于事为之间，天之监视未尝不一日在此也。”“为人君者，但当恪守一敬，静时以此涵养，动时以此省察，以此存天理，以此遏人欲，工夫到极处，即所谓致中致和，自然天地位、万物育。”真德秀倡导的所谓“正学”，不过如此而已。
任何高雅的学术，一旦到了反动统治者手里，必然会变得庸俗不堪。
理学成为官方思想之后，马上就成了利禄小人的玩具。魏了翁指出：“自比岁以来，不惟诸儒之祠布满郡国，而诸儒之书家藏人诵，乃有剽窃语录、袭义理之近似，以眩流俗，以欺庸有司，为规取利禄计。此又余所惧也。”为此，他特别强调，如果只看先儒解说而不读《六经》，“不到地头亲自涉历一番，终是见得不真；又非一一精体实践，则徒为谈辩文乘之资耳。”他要求，学者不应“于卖花担上看桃李，须树头枝底见活精神也。”
后来，他干脆转而尊信起心学来。他说：“心者，人之太极，而人心又为天地之太极，以主两仪，以命万物，不越诸此。”“乾道变化，各正性命，根于理者为仁义礼智之性，禀于气者为血肉口体之躯，而心也者，理之会而气之帅，贯通古今，错综人物，莫不由之。”“此心之外，别有所谓天地神明者乎？抑天地神明不越乎此心也。”“人与天地一本也。天统元气以覆万物，地统元形以载万物，天地之广大，盖无以加也。而人以一心兼天地之能，务万物之体，以成位乎两间，以主天地以命万物，辟阖阴阳，范围造化，进退古今，莫不由之，其至重至贵盖若是。”魏了翁提倡心学，本来是要救正理学的流弊，并矫正士习的。可是他这样一来，势必造成心学的逐渐滋盛，反而加快了理学的衰落。这个二难的事实说明，由于封建政治本身的腐败，新儒家的理论救正已经很难奏效了。
在蒙古人人主中原的元代，有三位大儒颇得后人称道，那就是许衡、刘因和吴澄。世称许衡与刘因为“北方两大儒”，是“元之所籍以立国者”。刘因本为金人，祖上世代业儒，元灭金、宋后，他眷恋金朝文物，视为亡金遗血，屡作哀文，悲恸之极。因为其思想感情一直与元蒙格格不入，所以虽曾被荐入朝，却不到一年即借故辞归，四十六岁便离开了人世，因而其影响远不及许衡。比许衡稍后，吴澄在南方直承宋学端绪，被誉为“正学真传，深造自得”。因此，后儒又有“南吴北许”之称，二人实为元代初中期的理学代表。
许衡（1209～1281）字仲平，河内（今河南沁阳）人，又称鲁斋先生。自幼好学，因家贫无书，每当听说别人有书时，必前往求观，即便在蒙人灭金的乱世中仍嗜学不辍，待河内安定后即开始讲学授徒。二十九岁时，蒙古贵族在河内取士，许衡入选为儒。宋元鼎革之际，南宋的理学逐渐北传，赵复“传正脉于异俗，衍正学于异域”，被誉为“人元开道统”
的功臣。姚枢获赵复所传程朱之书，隐居苏门（今河南辉县西北）讲学。
许衡当初所学，不过是金朝“落第老儒”的旬读之学，待从姚枢那里获读并抄录《伊川易传》、《四书集注》、《小学》等理学著作后，便对弟子们说：“昔所授受，殊孟浪也，今始闻进学之序。若必欲相从，当悉弃前日所学章句之习，从事小学洒扫应对，以为进德之基。不然，当求他师。”
众弟子元不欣然，许衡“遂悉取向来简帙焚之，使无大小，皆自小学入。”
他自己“亦旦夕精诵不辍，笃志力行，以身先之。”就这样，许衡终于成了有元一代的理学宗师。
面对蒙古人的异族统治，许衡的夷夏观已比前儒有很大进步，他赋诗说：“直须眼孔大如轮，照得前途远更真。光景百年都是我，华夷千载亦是人。”他根据《中庸》“素夷狄行乎夷狄”一语，理直气壮地说：“见在夷秋，便当行那夷狄所当行之事。”从而积极地投入到元王朝的政治生活中去，成为推动元朝统治者“行汉法”的中坚人物。元世祖召许衡入朝，任命为集贤殿大学士和国子祭酒，他欣然应召，并对忽必烈说：“考之前代，北方之有中夏者，必行汉法，乃可长久，故魏、辽、金历年最多；他不能者，皆乱亡相继，史册具载，昭然可考。使国家而居朔漠，则无事论此也。今日之治，非此奚宜？夫陆行宜车，水行宜舟，反之则不能行；幽燕食寒，蜀汉食热，反之则必有变。以是论之，国家之当行汉法，无疑也。”据此，他书奏“时务五事”，包括立法、用贤、修德、爱民、以及重农桑、设学校、定民志等内容，颇得重视。于是，他又历考古今制度，“援唐宋之故典，参辽金之遗制，设官分职，立政安民，成一代王法。”对此，后儒评价说：“夷狄之俗，以攻伐杀戳为贤，其为生民之害，大矣。
荀有可以转移其俗，使生民不至于鱼肉靡烂者，仁人君子尽心焉。况元主而知尊礼公（许衡），而以行道济时望之，公亦安忍犹以夷狄外之，固执而不仕哉！”
身处宋元鼎革的历史时期，许衡在坚持理本论的同时，尤其强调了随时通变的辩证观念。他指出，宇宙就是个生生不息的大历程，“造化万物，日新无敝”，人们应该以变为常，“遇变而通之”，以达于“自然之数”。
他说：“天下事，常是两件相胜负，从古到今如此，大抵只是阴阳刚柔相胜。但胜者不能止其分，必过其分然后止；负者必极甚然后复。各不得其分，所以相报复，到今不已。”又说：“日月行有度数，人身血气周流亦有度数，天地六气运转亦如是也。”“天地间为人为物，皆有分限。分限之外，不可过求，亦不得过用。暴殄天物，得罪于天。”
关于治心与践履，许衡也有些独特的说法。他认为，“人心虚灵，无槁木死灰不思之理。”“人之一心虽不过方寸，然其本体至虚灵，莫不有个自然知识，惟知故能思。”同时，“人禀天地之性为明德，本体虚灵不昧，具众理而应万事，与尧舜神明为一。”“明德虚灵明觉，天下古今无不一般，只为受生之初，所禀之气有清者，有浊者，有善者，有恶者，得其清者则为智，得其浊者则为愚，得其美者则为贤，得其恶者则为不肖。若得全清全美，则为大智大贤，其明德全不昧也，身虽与常人一般，其心中明德与天地同体，其所为便与天地相合，此大圣人也。若全浊全恶，则为大愚大不肖，其明德全昧，虽有人之形貌，其心中暗塞，与禽兽一般，其所谓颠倒错乱无一是处，是大恶人也。若清而不美，则为人有志而不肖；若美而不清，是为人好善而不明。”
总之，“天下之人，皆有自己一般的明德，只为生来的气禀拘之，又为生以后耳目口鼻身体的爱欲蔽之，故明德暗塞，与禽兽不远。”为了“明明德”，使本心重放光明，须作持敬、存养、省察的修养工夫。“为学之初，先要持敬。”“静时德性纯全要存养，动时应接事物要省察。”同时，“学问思辨，既有所得，必皆着实见于践履而躬行之。”
此外，许衡也是一位非常杰出的教育家，他受命主持太学，为元朝培养了大批治国之才。“数十年间，彬彬然号称名卿士大夫者，皆出其门下。”他教学以“明人伦”和“为国用”为宗旨，而以《小学》和《四书集注》为主，认为精通此二书，“他书虽不治可也。”在官立学校中以朱熹所编《小学》和《四书集注》为正式教材，便始于此，后来它成了元、明、清各代官私学校教育的定则。许衡的教学方法，亦很有特色。他说：“大概人品不一，有夙成者，有晚成者，有可成其大者，有可成其小者，且一事有所长，必一事有所短，千万不同，遽难以强之。故教人者，不止各因其材，又当随其学之所至而渐进也。盖教人与用人相反，用人当用其所长，教人当教其所短。”他教学尤强调少而精，并要求学以致用。遇难解处，必引证设譬，使人人通晓而后已。“尝问诸生，此章书义，若推之自身，今日之事，有可用否？大凡欲其践行，而不贵徒说也。”同时，他极善寓教于乐，创造了许多方法来调动学生的积极性，取得了良好的教学效果。
由于许衡的努力，程朱理学成了元朝的官方哲学，并成为在整个元代社会占支配地位的统治思想。全祖望说：“有元立国，无可称者，惟学术尚未替。”这个功劳应归于许衡。
元代中期，在许衡之后堪称理学大师者，当首推吴澄。
许衡之为有元一代的理学宗师，其理学修养只是通过间接的方式“私淑”程朱而来，他的工作主要是向元蒙宣传、推广和普及理学，他无愧为一位程朱理学的忠实信奉者和杰出实践家。与许衡不同，吴澄本为南宋人，他自幼即通经传，“知用力于圣贤之学。”十五岁便读朱熹的《大学章句》，十六岁拜程若庸为师。程若庸是饶鲁的弟子，而饶鲁则为朱熹的高弟及女婿黄干的门人，所以吴澄乃是朱熹的四传弟子，得其正传。吴澄二十七岁时蒙亡国之耻，忽必烈派程矩夫到江南求贤，他被荐于京师，虽历任江西儒学副提举、国子监丞、翰林学士、经筵讲官等职，却也是“旋进旋退，官止于师儒，职止于文学”，多数岁月身处陋乡，“研经藉之微，玩天人之妙，”以指点山中后学为业。所以，与许衡的“粗迹”之学相比，吴澄得“正学真传，深造自得”他才是程朱理学在元代当之无愧的继承者和发展者。
吴澄（1249～1333）字幼清，抚州崇仁（今属江西）人，因其所居数间草房被同门程矩夫题名为“草庐”，人们又称草庐先生。吴澄十六岁即已“厌科举之业，慨然以豪杰之士自期。”他所谓的豪杰，其实是指圣贤。