戴震的著述很多，而他最看重的是富含义理的《原善》和《孟子字义疏证》。他“发狂打破宋儒家中太极图”，因写《原善》而“乐不可言，吃饭亦别有甘味。”他自称“生平论述最大者”是《孟子字义疏证》，以其为“正人心之要”。此外，戴震的实事求是之学更延伸到自然科学领域，凡天文历算、推步之法，测望之方，宫室衣服之制，鸟兽虫鱼草木名状，音和、声限古今之殊，山川、疆域、州镇、郡县相沿改革之由，钟实、管律之术，靡不悉心探讨。因此，他又是一位很有成就的科学家。
戴震考据气学的突出特点，是继承了颜李学派狠批程朱的传统，着重从范畴史的角度对被满清统治者奉为官方哲学的程朱理学进行清算。
戴震所处的十八世纪，已是中国封建制度更趋没落、市民阶层进一步兴起的时代。满清统治者极力扶植早被心学思潮所否定的程朱理学，不仅是投合一部分理学保守分子以消弥其反抗心理，更重要的是利用其中的僵死教条来禁锢和束缚劳动人民。为了揭穿满清统治者所利用的理学教条的反动本质，戴震继承了王廷相和王夫之以来的气学传统，首先用考据方法对程朱理学的“理气”范畴进行清算。
程朱理学的核心和最高范畴是“理”。朱熹说：“理也者。形而上之道也，生物之本也。未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地，若无此理，便亦无天地。理在气先，理能生气。有是理便有是气，但理是本。”历代统治者正是利用这个高高在上的“理”来禁锢人民的。为此，戴震坚决否认有超然之理的存在。他指出：“六经、孔孟之言以及传记群籍，理字不多见。今虽至愚之人，悖戾恣睢，其处断一事、责诘一人，莫不辄日理者。自宋以来，始相习成俗，则以理为‘如有物焉，得于天而具于心’，因以心之意见当之也。于是，负其气、挟其势位、加以口给者，理伸；力弱气慑口不能道辞者，理屈。”而反动统治者更淆以无欲之说，于得理益远，于执其意见益坚，而祸斯民益烈。其实，理只是气化之理，理只在天地万物和人伦日用之中，根本不存在什么抽象的超然之理。统治者援以杀人的所谓天理是不存在的。
针对朱熹“道即理之谓也”的观点，戴震指出，道和理绝不可等同。
他通过考据的方法指出：“气化流行，生生不息，是故谓之道。《易》日：‘一阴一阳之谓道’。《洪范》：‘五行：一日水，二日火，三日木，四日金，五日土。’‘行’亦‘道’之通称。阴阳五行，道之实体也。古人言道，恒赅理气，理乃专属不易之则，不赅道之实体。而道、理二字对举，或以道属动，理属静；或道主统，理主分；或道赅变，理主常。此皆虚以会之于事为，而非言乎实体也。”总之，道是道，理是理，不可混同。而且，道和理都是指事物及其运动的规律，并不存在所谓理或道的买体。
针对朱熹“理也者，形而上之道也”的观点，戴震指出，宇宙之间气化流行，物质形态多种多样，所谓“形”是指具体事物，绝不可把气化也称为形。，《周易》所谓“形而上者谓之道，形而下者谓之器”，是把气化与品物相对照而分形而上、形而下的，“形谓已成形质，形而上犹日形以前，形而下犹日形以后。”形质产生以前，可谓形而上或形以前，那是气化流行尚未表现为形质的状态，并不是在气化和品物之前还有一个形而上或道的存在，“天地间百物生生，无非推本阴阳。”
与道气关系相联系，戴震又考察理事问题。所谓事，是指具体事物，事物内部的固有规律则称为理，不存在脱离具体事物的抽象之理。他说：“理者，察之而几微，必区以别之名也，是故谓之分理。在物之理，日肌理，日腠理，日文理；得其分则有条而不紊，谓之条理。”理是具体事物得以相互区别的特殊本质。宇宙之间气化流行，阴阳五行杂糅万变，及其流为形质，不仅各类事物、就是同类事物之中的不同个体也无不表现出各自的特质。这个万物“分之各有其不易之则”以互相区分的特质，就是理。“就事物言，非事物之外别有理义也。有物必有则，以其则正其物，如是而已矣。”他认为，天地、人物、事为。不闻无可言之理者也，《诗》日“有物有则”是也。物者，指其实体实事之名；则者，称其纯粹中正之名。实体实事，罔非自然，而归于必然，天地、人物、事为之理得矣。物是实体实事的客观存在，理是客观事物的必然之则，二者密不可分。
据此，戴震指出，被满清统治者奉为官方思想的程朱理学不仅是“空谈理义”，而且是“错谈理义”。他们把道和气、理和事截然割裂开来，把气化品物固有的内在规律神化为脱离气物的绝对理念，不说“天地、人物、事为之理”，而转语说“理无不在”；不说“事物之理”，而转语说“理散在事物”。这就使反动统治者有可能把一己之私加入其中，使理变成杀人不见血的软刀子。他指出：“宋以来，孔孟之书尽失其解，儒者杂袭释老之言以解之，而六经、孔孟之道亡。”其结果，尊者以理责卑，长者以理责幼，贵者以理责贱，虽失，谓之顺；卑者、幼者、贱者以理争之，虽得，谓之逆。于是，下之人不能以天下之同情、天下所同欲达之于上，上以理责，而在下之罪人人不胜指数。人死于法，犹有怜之者；死于理，其谁怜之？这一思想在近代对谭嗣同产生了积极的影响。
最后，他对反动统治以理杀人的罪恶控诉说：“酷吏以法杀人，后儒以理杀人！浸浸乎舍法而论理，死矣，更无可救矣！”戴震通过经学考据对程朱理学的清算和批判，不仅是有力的，而且是深刻的。在这方面，他已远远地超越了前人。
程朱理学家有一个重要观点，认为“理得于天而具于心”，认识须“冥心求理”。这一思想主要是受佛学影响的产物，它强调除了世俗尚“外求”的一般认识之外，宗教家所追求的“内求”和“证悟”对人的认识同样具有重要意义。
佛教崇内求证悟而贬外求知识，前者是能把握真如实相的圣智，而后者只能认识局部现象并起迷情的惑智。理学家对这一思想加以吸收利用，客观上有助于锻炼哲学思维和摆脱汉唐经学的束缚，并且使儒学系统化和哲理化，在儒学史上功不可没。程朱理学是比汉唐经学更进步的儒学形态，客观上适应了宋元社会的发展，而且对中国文化之走向世界做出了贡献。但是，随着历史的发展，尤其是随着资本主义因素的日益增长和封建社会之日趋没落，理学便逐渐变得落后和反动了。当朱熹集理学大成的时候，陆九渊便扛起了心学的大旗，表现出思想解放的倾向。之后，心学思潮进一步高涨，终于在明中叶以后逐渐占居主流地位。同时，随着心学思潮的强力冲击，程朱理学逐渐失去人心，并且向气学转化，罗钦顺和王廷相是这方面的杰出代表。
不幸的是，由于清人的入主中原，中国历史出现了向后徘徊的现象，已经没落的程朱理学死灰复燃，而蓬勃发展的心学和气学思潮却被无情地斩断和压抑了。因此，早就被王廷相和晚明诸大儒完成了的批判理学、崇尚气学的任务不得不由颜李学派和戴震等人断断续续地继续进行，一直延续到近代。戴震用考据的方法清算理学，乃是被迫用更笨拙的方法做晚明诸儒已经做过的事情。皮锡瑞说，戴震与朱子“只是争辩一个理字”，可谓一语中的。
戴震认为，人的认识只是求事物之理，“事物之理必就事物剖析至微而后得”，冥心求理必不可得。他说：“就事物言，非事物之外别有理义也。‘有物必有则’，以其则正其物，如是而已矣。就人心言，非别有理以予之而具于心也，心之神明于事物咸足以知其不易之则。”理不在天外，也不在心中，而在事物内部，人只有通过神明照物，剖析事物至微而后理得。所谓神明，是指此心的认识能力，它正是通过认识事理来发展的。
“味也声也色也，在物，而接于我之血气；理义在事，而接于我之心知。
血气心知，有自具之能：口能辨味，耳能辨声，目能辨色，心能辨夫理义。味与声色，在物不在我，接于我之血气，能辨之而悦之；其悦者，必其尤美者也。理义在事情之条分缕析，接于我之心知，能辨之而悦之；其悦者，必其至是者也。耳目鼻口之官接于物，而心通其则。耳之能听也，目之能视也，鼻之能臭也，口之能味也，物至而迎而受之者也，心之精爽驯而至于神明也。智于天地人物事为咸足以知其不易之则。”因此，认识的关键在于问学、在于扩充。“人与人较，其材质等差凡几？古贤圣知人之材质有等差，是以重问学，贵扩充。”他认为，人之幼稚，不学则愚，只有学而养其良，不断地慎思明辨笃行，才能充之而至于圣贤。
戴震曾用火光之照物来说明人的认识问题：心之神明，于事物成足以知其不易之则，譬有光则能照，而中理者乃其光盛，其照不谬也。心之精爽巨细不同，如光之照物，光小者其照也近，所照者不谬也，所不照斯疑谬承之，不谬之谓得理；光大者其照也远，得理多而失理少。且不特远近也，光之及又有明暗，故于物有察有不察，察者尽得其实，不察斯疑谬承之，疑谬之谓失理。失理者，限于质之昧，所谓愚也。惟学可以增益其不足而进于智，益之不已，至乎其极，如日月有明，容光必照，则圣人矣。
戴震认为，为了去愚而成圣，须为学日益。圣贤之学，由博学、审问、慎思、明辨而后笃行，则行者行其人伦日用之不蔽也。圣人之言，无非使人求其至当以见之行；求其至当，即先务于知也。凡去私不求去蔽、重行不先重知，非圣学也。但是，要获得真确的认识，却须亲自实践。他说：“凡事履而后知，历而后难。若夫依于传闻以拟其是，择于众说以裁其优，出于空言以定其论，据于孤证以信其通，虽溯流可以知源，不目睹源所导；循根可以达梢，不手披枝肆所歧，皆未至十分之见也。”
在他看来，读书学习和观察分析固然重要，而“手披枝肆”的实践尤不可废。真确的认识只能从实践中来，而且只有通过实践才能检验。“行之而当为得理，行之而不当为失理”，只有“本诸身行之不可废”者方为真理，否则只是意见。比如，理学家对天理的抽象规定和神化，就只是意见，而不是真理。
戴震运用考据训诂的方法清理程朱理学在认识问题上的神秘主义和主静主义，在乾嘉汉学空前兴盛的情况下，人手于考据而不止于考据，是十分可贵的。此外，在行的问题上，戴震显然有失颜元的传统，不免有重理智而轻行动的缺陷，这是特殊的时代使然。
程朱理学在清代死灰复燃之后，表现最反动的一点就是所谓“存天理，灭人欲”。在程朱理学中，天理和人欲是截然对立的。朱熹说：“天理人欲，不容并立。”只有“革尽人欲”，才能“复尽天理”。满清统治者乞助于程朱理学所倡导的“理欲之辨”，其反动实质是把广大劳动人民的正当要求归结为“人欲”，斥之为邪恶，而把他们的反动统治说成是“天理”，把腐朽的封建礼教作为禁铜思想和镇压人民反抗的工具。乾嘉考据家们纷纷钻入故纸堆，一方面是对古代文化进行整理和反思，同时也是对满清官方哲学的消极反抗。戴震的可贵之处，是用考据的方法解构程朱理学，用反映市民阶层要求的新的理欲观取而代之，因而是一种既沉稳又积极的反抗。
程朱理学之所以成为满清统治者以“理”杀人的工具，是因为它把理和欲截然对立起来，割裂了二者的辩证关系，使理成为异己的神圣权威。
为此，根据“气化即道，理在事中”的本体论思想，戴震提出了“欲出于性，理存乎欲”的辩证理欲观，把理和欲统一起来，以清除程朱理学的恶劣影响。
他认为，人欲出于性，性既善，则欲亦善，人欲正是天理的正常表现，天理就寓藏在人欲之中，绝不存在离开人欲的超然天理。他说：“凡血气之属，皆知怀生畏死，因而趋利避害。有是身，故有声色臭味之欲。
欲也者，相生养之道也。声色臭味之欲，资以养其生。人生而后有欲、有性、有知，三者，血气心知之自然也。给于欲者，声色臭味也，而因为爱畏；发乎情者，喜怒哀乐也，而因有惨舒；辨于知者，美丑是非也，而因有好恶。喜怒哀乐之情，声色臭味之欲，是非美恶之知，皆根于性而源于天。耳目百体之欲，求之故，本天道以成性者也。欲出于性，一人之欲，天下人之所同欲也，故日性之欲。”总之，人欲出于人性之自然，让它得到正常合理的满足，这才是仁，这才是善，也就是天理。“天理者，节其人欲，而不穷人欲也。天理云者，言乎自然之分理也；自然之分理，以我之情絮人之情而无不得其平是也。情得其平，是为好恶之节，是为依乎天理。”
为了以新的理欲观取代满清统治者的理欲之辨，戴震进行了详密的论证。他认为，理和欲是全然一体的，是自然和必然的统一。他说：“欲，其物；理，其则。人伦日用，其物也；日仁日义日礼，其则也。欲者，血气之自然，由血气之自然，而审察之以知其必然，是之谓理义。自然与必然，非二事也。就其自然，明之尽而无几微之失焉，是乃自然之极则。若任其自然而流于失，转丧其自然，非自然也；故归于必然，适完其自然。”