一百年之后，元朝（1297～1368）的吴澄接受了朱子的挑战，寻得了一个合理的结论，认为那些篇所谓“古文”不是真正的《尚书》的一部分，而是很晚出的伪书。因此吴澄作《书纂言》，只承认二十八篇“今文”，不承认二十五篇“古文”。
到了十六世纪，又有一位学者梅囗，也来研究这个问题。他在1543年出了一部书，证明《尚书》的“古文”部分是四世纪的一个作者假造的，那个作者分明是从若干种提到那些篇“佚”书的篇名的古书里找到许多文字，用作造假的根据。梅囗费了力气查出伪《尚书》的一些要紧文字的来源。
然而还要等到十七世纪又出来一个更大的学者阎若璩（1636～1704），才能够给朱子在十二世纪提出的关于《古文尚书》的疑惑定案。
阎若璩花了三十多年功夫写成一部大著作《尚书古文疏证》，他凭着过人的记忆力和广博的书本知识，几乎找到《古文尚书》每一句的来源，并且指出了作伪书的人如何错引了原文或误解了原文的意义，才断定这些篇是有心伪造的。
总算起来，阎若璩为证明这件作伪，举了一百多条证据。他的见解虽然大受当时的保守派学者的攻击，我们现在总已承认阎若璩定了一个铁案，是可以使人心服了。我们总已承认：在一部儒家重要经典里，有差不多半部，也曾被当作神圣的文字有一千年之久，竟不能不被判定是后人假造的了。
而这件可算得重大的知识上的革命不能不说是我们的哲人朱子的功绩，因为他在十二世纪已表示了一种大胆的怀疑，提出了一个很有意思的，只是他自己的工夫还不够解答的问题。
朱子对《易经》的意见更要大胆，大胆到在过去七百年里没有人敢接受，没有人能继续推求。他出了一部《周易本文》，又有一本小书《易本义启蒙》。他还留下不少关于《易经》的书信和谈话记录。他的最大胆的论旨是说《易经》虽然向来被看作一部深奥的哲理圣典，其实原来只是卜筮用的本子，而且只有把《易》当作一部卜筮的书，一部“只是为卜筮”的书，才能懂得这部书。
“八卦之画本为占筮，……文王重卦作繇辞，周公作爻辞，亦只是为占筮。”“如说田猎、祭祀、侵伐、疾病，皆是古人有此事去卜筮，故爻中出此。”“圣人要说理，……何不别作一书，何故要假卜筮来说？”“若作卜筮看，极是分明。”这种合乎常识的见解在当时是从来没有人说过的见解。然而他的一个朋友表示反对，说这话“太略”。朱子答说：“譬之此烛笼，添得一条骨子，则障了一路明。若能尽去其障，使之体统光明，岂不更好？”
这是一个真正有革命性的说法，也正可以说明朱子一句深刻的话：“道理好处又却多在平易处”。然而朱子知道他的《易》只是卜筮之书的见解对他那个时代说来是太急进了。所以他很伤心地说：“此说难向人道，人不肯信。向来诸公力求与某辨，某煞费力气与他分析。而今思之，只好不说，只做放那里，信也得，不信也得，无许多力气分疏。”
朱子的《诗集传》（1117）在他身后做了几百年的标准读本，这部注解也是他可以自傲的。他这件工作有两个特色足以开辟后来的研究道路。
一个特色是他大胆抛弃了所谓《诗序》所代表的传统解释，而认定《雅》《颂》和《国风》都得用虚心和独立的判断去读。另一个特色是他发现了韵脚的“古音”；后世更精确的全部古音研究，科学的中国音韵的前身，至少间接是他那个发现引出来的。
作《通志》的郑樵（1104～1162）是与朱子同时的人，但是年长的一辈，出了一部小书《诗辨妄》，极力攻击《诗序》，认为那只是一些不懂文学，不懂得欣赏诗的村野妄人的解释。
郑樵的激烈论调先也使我们的哲人朱子感到震动，但他终于承认：“后来仔细看一两篇，因质之《史记》、《国语》，然后知《诗序》之果不足信。”
我再举相冲突的观念引起疑惑的一个好例，也是肯虚心的人能容受新观念，能靠证据解决疑惑的好例。
朱子谈到他曾劝说他的一个一辈子的朋友吕祖谦（1137～1181），又是哲学上的同道，不要信《诗序》，但劝说不动。
他告诉祖谦，只有很少几篇《诗序》确有《左传》的材料足以作证，大多数《诗序》都没有凭证。“渠却云，‘安得许多文字证据？’某云，‘无证而可疑者，只当阙之，不可据序作证。’渠又云，‘只此序便是证。’某因云，‘今人不以诗说诗，却以序解诗。”
朱子虽然有胆量去推翻《诗序》的权威，要虚心看每一篇诗来求解诗的意义，但是他自己的新注解，他启发后人在同一条路上向前走动的努力，却还没有圆满的成绩。
传统的分量对朱子本人，对他以后的人，还太沉重了。然而近代的全不受成见左右的学者用了新的工具，抱着完全自由的精神，来做《诗经》的研究，绝不会忘记郑樵和朱熹的大胆而有创造性的怀疑。
朱子的《诗经》研究的第二个特色，就是叶韵的古音方面的发现，他在这一方面得了他同时的学者吴棫（死在1153或1154）的启发和帮助。
吴棫是中国音韵学一位真正开山的人，首先用归纳的方法比较《诗》三百篇押韵的每一句，又比较其他上古和中古押韵的诗歌。他的著作不多，有《诗补音》《楚辞释音》《韵补》。只有最后一种翻刻本传下来。
《诗经》有许多韵脚按“今”音读不押韵，但在古代是自然押韵的，所以应当照“古音”读：这的确是吴棫首先发现的。他细心把三百多篇诗的韵脚都排列起来，参考上古和中古的字典韵书推出这些韵脚的古音。
他的朋友徐蒇，也是他的远亲，替他的书作序，把他耐心搜集大批实例，比较这些实例的方法说得很清楚，“如服之为房六切，其见于《诗》者凡十有六，皆当为蒲北切（bek，高本汉读b’iuk），而无与房六叶者。友之为云十九切，其见于《诗》者凡十有一，皆当作羽轨切，而无与云九叶者。”
这种严格的方法深深打动了朱子，所以他作《诗集传》，决意完全采用吴棫的“古音”系统。然而他大概是为了避免不必要的争论，所以不说“古音”，只说“叶韵”，——也就是说，某一个字应当从某音读，是为了与另一读音显然没有变化的韵脚相叶。
但是他对弟子们谈话，明白承认他的叶韵大部分都依吴棫，只有少数的例有添减；又说叶韵也是古代诗人的自然读音，因为“古人作诗皆押韵，与今人歌曲一般”。这也就是说，叶韵正是古音。
有人问吴棫的叶韵可有什么根据，朱子答说：“他皆有据，泉州有其书。每一字多者引十余证，少者亦两三证。他说元初更多，后删去（为省抄写刻印的工费），姑存此耳。”朱子的叶韵也有同吴棫不同的地方，他在《语头》和《楚辞集注》里都举了些证人比较。
但是因为朱子的《诗集传》全用“叶韵”这个名词，全没有提到“古音”，又因为吴棫的书有的早已失传，也有的不容易得，所以十六世纪初已有一种讨论，严厉批评朱子不应当用“叶韵”这个词。
1580年，有一位大学者，也是哲学家，焦竑（1541～1620），在他的《笔乘》里提出了一个理论的简单说明（大概是他的朋友陈第[1541～1617]的理论），以为古诗歌里的韵脚凡是不合近世韵的本来都是自然韵脚，但是读音经历长时间有了变化。他举了不少例来证明那些字照古人歌唱时的读音是完全押韵的。
焦竑的朋友陈第做了许多年耐心的研究，出了一套书，讨论好几种古代有韵的诗歌集里几百个押韵的字的古音。这套书的第一种《毛诗古音考》，是1616年出的，有焦竑的序。
陈第在《自序》里提出他的主要论旨：《诗经》里的韵脚照本音读是全自然押韵的，只是读音的自然变化使有些韵脚似乎全不押韵了。朱子所说的“叶韵”，陈第认为大半都是古音或本音。
他说：“于是稍为考据，列本证旁证二条。本证者诗自相证也。旁证者采之他书也。”
为了说明“服”字一律依本来的古音押韵，他举了十四条本证，十条旁证，共二十四条。他又把同样的归纳法应用在古代其他有韵文学作品的古音研究上。
为了求“行”字的古音，他从《易经》有韵的部分找到四十四个例，都是尾音ang的字押韵。为一个“明”字，他从《易经》里找到十七个证据。
差不多过了半世纪，爱国的学者顾炎武（1614～1682）写成他的《音学五书》。其中一部是《诗本音》；一部是《易音》；一部是《唐韵正》，这是一种比较古音与中古音的著作。顾炎武承认他受了陈第的启发，用了他的把证据分为本证和旁证两类的方法。
我们再用“服”字作例子。顾炎武在《诗本音》里举了十七条本证，十五条旁证，共三十二条。在那部大书《唐韵正》里，他为说明这个字在古代的音韵是怎样的，列举从传世的古代有韵的作品里找到一百六十二条证据！
这样耐心收集实例、计算实例的工作有两个目的：