从历史来看农村义务教育免费先于城市，但农村的“先天不足”在义务教育普惠制体系下，仍是软肋，还需稳固。
县级政权作为我国的地方基层政权，承担着向全国70％以上的人口提供70％的公共服务。我国实施农村税费改革后，县级财政义务教育筹资渠道单一，义务教育投资更依赖于县(市)级财政预算内资金投入。农村每年教育经费来源至少减少200亿元。同时，县级财政扩大支出的压力却在不断加大，无法承担义务教育投资与财政收支、经济同步增长的重任。不少农村地区要巩固九年义务教育的成果困难极大，主要原因是农村义务教育经费严重不足。
我国有80％以上的小学，64％以上的初中设置在农村，县级财政支出远大于财政收入，赤字面很大。我国2860多个县（市）中，财政赤字县的比例高达73％，赤字问题占县级财政支出总量的77％；而全国县辖乡、村债务总规模更是高达5355亿元，乡、村两级公共债务平均每县高达2.55亿元。
在加大投入的同时，必须创新中央和省(市)对县级义务教育的转移支付力度。
中央、省、地(市)财政应建立义务教育财政转移支付预算，按照教育经费分担机制，各级政府把义务教育经费直接转移支付到县。同时计算义务教育预算内财政收入，凡义务教育预算内标准财政收入大于或等于义务教育标准财政支出的地区，不纳入转移支付的范围。
同时政府应考虑加大对幼儿教育的投入，最好能够将幼儿教育纳入义务教育，由政府财政买单。这笔费用是相当大的一笔支出，对于欠发达地区压力很大，可能一时在全国还实行不起来。但像经济实力不错的省份，可以考虑优先推行起来。在有条件的地区，鼓励率先实现幼儿教育义务化，这也是让老百姓分享发展成果的一个重要方面。
针对当前义务教育在城乡、区域、校际之间存在较大差距的现状，国家应建立并实施义务教育阶段办学的“国家标准”，避免教育资源分配不公。教育均衡并不是“劫富济贫”，而是在现有显而易见的非对称格局中找寻沿海与内陆、城市与乡村、重点校与薄弱校之间的平衡点。教育均衡并不是低水平、劫富济贫、削峰填谷式的均衡，而是通过提高办学门槛，实现义务教育水平的整体提高。
在农村，教师流失问题比较严重。中小学教师的待遇长期偏低，与城市地区教师同工不同酬、收入差距过大是造成贫困地区教师数量不足、素质普遍偏低、流失严重的重要原因。为此国家可以为贫困地区义务教育设立教师特殊津贴，这应该是为农村义务教育事业发展作出巨大贡献的农村中小学教师们应有的回报，也是保障并切实推进社会公平，体现国家对贫困地区教师高度重视与关怀的有效举措。
农村牧区义务教育保障经费滞留、挤占挪用问题突出。以内蒙古为例，截至2006年6月底，内蒙古尚有2832.5万元的资金滞留在旗县财政、教育部门，占全部资金的11%。其中，财政部门滞留1606万元，占全部资金的6.3%，教育部门滞留1226.5万元，占全部资金的4.7%。