元军被关在博多湾里出不来，北海舰队开始打扫战场。赵昺说了，俘虏是要留下的，能救的都救起来，伤重的，那不好意思，自生自灭吧，伤轻的，简单包扎一下，看你运气，挺过来，祝贺你可以做劳工了，挺不过去，呵呵，日本海的鱼儿们被炮火打扰得很厉害，也应该给他们送点礼物什么之类的。具体战船，江南军的那些大船还是不错的，改装一下用途还能发挥用途。这个要拉到佐渡岛去。高丽的船，能用的当然要拉走，眼看着不行的，就让他自沉吧。反正高丽那些船，将来可以卖给日本人，自己是一定不会用的，那质量真的不好说。
时尽黄昏时，零星战斗总算结束。飞剪船在落日余晖中撤走了，海面上一下恢复了安静。
二十八日，元军就根本没敢出湾去，二十九日，派出几艘哨探船，周边却是一边安宁，宋军战舰一艘也看不见，不知他们都躲在何处。再说，元军哨探船也不敢再往远处寻找。到了第二天，还是没有动静，元军不免上下都奇怪，派出大量的哨探船，往更远处探寻，也是一点消息也没有。这更让元军感到惊奇，一时也不知如何是好。
前几日靠近海岸的日军，远远的看到了这次海战，都被大宋海军的威力惊呆了，在他们的印象中，就没有这样海战的概念，也从没有见识过如此巨大的战舰，装备威力如此巨大的火炮，打得元军满地都找不到牙。日军在这样威猛的火力下，心里都在想着，如果这样的军队是自己的敌人，那自己的结果又是如何呢？他们都不敢设想这个结局。
但是，第二天他们还想再看看这样免费的海战时，却发现宋军一夜之间似乎从这个世界上消失了一般，再也找不到他们的踪影，而且是连着几天都没有一点消息。但早些日子登陆的大宋海军陆战队，却开始放出话来，他们已经休整好了，要前去战场上。
其实，北海舰队并没有走多么远，他们往西行了一大段距离，来到上次侦察好的一个安静避风的天然港，全舰队沉锚，做好一切防护准备，大量人员下船登岸，然后开始占领所有路口和村庄，控制住沿岸所有的日本民众，只准进不准出，反正有日本向导手里北条时宗的手令，那些日本人还是特别聪明，况且，舰队的运输船上还搬来许多食物和战利品，反正这些东西也是蒙古人掠夺日本人的，给当地居民分点以安抚其心，也算是物有所值了。一时，北海舰队真的“失踪”了。
博多湾里的蒙古两路联军，莫名其妙就被打个半残，都蜷缩在湾里，几千只大小船停靠在一起，拥挤的连哨探船想挤过来汇报情报都不容易。
忻都论骑马射箭，上阵砍杀，还真是一员大将，但这海上行舟，好容易最近才不晕船了，让他来个指挥若定，胸有成竹，决胜千里，那还不难为死他吗？再加上大宋海军这一战，打得自己连藏身之地都没有，让他这辈子想起来做梦都要惊醒，所以，这两天只躲在船舱里不敢出来。按他陆上的经验，这人聚在一起才显力量，所以，看到一个湾里众多的船挤在一起，他也不觉得有什么大问题。
张禧由于上次海战的失败，虽说现在又跟着过来，但一败将地位总是低的，有些良好的建议也得不到重视。但范文虎久居江南，还是明白点水战，虽说那是江湖内河之战。他听张禧的建议，把自己周围的船疏散开一些，免得大风吹时，船与船互相碰撞。而且他也感觉到这天气反常，提出是不是注意做一些防风准备。但远征军的总指挥阿剌罕死了，接替者阿塔海这位总军又没有来，忻都作为东路军的总指挥，又是蒙古人，当然不会听丛范文虎的。而范文虎受阿塔海节制，头顶上司又没有来，他也不会事事都听从忻都这个外行。于是，大家互相扯皮推委，你也说服不了谁，一时，指挥陷入混乱。
张禧吃了败仗后，闭门深思，也想到一些抵抗宋军打击的设想，却身轻言微，又没有人肯听他的，自己的设想无法得到验证，心下苦恼，那肝火由不住就腾腾地往上反。他只能给范文虎建议，好在范文虎虽无能，却也是个明白得失的人，于是，范文虎身边的船难得安排的较稀疏一些，准备也充分了许多。没有办法，张禧只好先把自己能管得了的船安排好，以防万一。
八月一日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风，风暴持续四天，东路军因是高丽船，本身制造就有点问题，而且又都拥挤在狭小的海湾里无处可跑，一时你撞我挤，损坏大半。只有忻都和洪茶丘乘坐的大船夺路外逃，部分蒙古人乘坐的大船也趁机跟着闯了出去。但即使这样，被风吹翻的船也不少。
而江南军除了张禧早做准备，损失还算小的，别的近两千员船，要么船体过小，不抗风暴，要么是内河沙船，船底平整，台风一吹，几下就翻个底朝天。而且为了应付忽必烈的东征时限，那些船造得都不坚实，结构不合理，内河航行还可以，这大海上绝没有抗台风的能力，一时损失大半。连范文虎最后都被吹到海里去了。
这样，一场台风袭来，元军船毁人溺，师丧大半。
江南军张禧所部和也速得儿所部由于事先做了准备，损失不大。台风过后，张禧和也速得儿率部救援落难元军，落水的范文虎被张禧救起。
张禧看到如此情况，长叹一声，对范文虎说道：“我江南军士卒未溺死者尚有半数，而且都年轻力壮，如果将他们组织起来，强行登陆，作背水一战，置之死地而后生，也许能登陆成功。”
范文虎早被吓破了胆，哪里还敢反攻？能活下来就不错了，惊得手指张禧，半天说不出一句话来，最后，一跺脚，一咬牙，才嘣出一句：“要反攻，你自己去吧。”
气得张禧两手哆嗦，连那几根胡子都乱抖起来，他双眼含泪，胸脯起伏，最后终于抬头看天，然后闭着眼长叹一声：“唉，天亡我大元也。与匹夫谋，不足成事也。”
此时，平户岛尚有被救起士卒四千人无船可乘，范文虎命弃之不顾。张禧不忍，将船上的七十五匹战马弃于岛上，企图载四千士卒回国。
但张禧刚刚派人上岸整理人员，却不想，一股身穿作训服，身披战甲，手技火枪的人，利用台风过去，潮水低落之时，唿啸而来。
一时，枪声大作，箭矢如雨一般飞舞。那些江南军本来就被台风吹了几日，头重脚软，连走路都不稳。而岸上的人更是风雨中浸了几天，连口热水都没有喝过，更别说吃饭了。正软得瘫在岸上等死呢，哪里还有战力？
张禧一看，本还想组织人员抢滩抵抗，人员还没有组织好，对面已是杀到眼前。张禧的手下一看，死拉活扯，拥着张禧逃上了船。
也速得儿还不服气，仗着自己勇猛，领着一帮子蒙古人列阵冲锋。对面一点也不给面子，没有进入八十步时，对面一排烟火腾起，枪声连成一片，瞬时就被打倒了八九十号人，接着，又是两轮枪声，那帮子勇敢的蒙古人已不成队形。好容易冲到三十步时，对面火枪阵后又是一片黑点打来。好在那些铁疙瘩打在身上疼是疼点，只要不打在头上还一时死不了。大家正在庆幸，那些铁疙瘩接连炸响，顿时，地上站立的人就几乎看不到了。
等烟雾散去，这些草原上的勇士们早就死得差不多了，活着的也是身负轻重伤，没伤的也被吓呆了，跪在地上，只向着自己的长生天祈祷。
原来，张达领着陆战队，顶风冒雨，在风中坚难地行军两天，才克服了重重困难，沿途失踪、掉队、因伤减员上百人，终于在昨天赶到附近。海上一片混乱，周边日军也都撤得远远的躲避台风。这里几乎成了真空地带，正好做为海军陆战队的休整地方。他们利用附近残破的民房和防守工事，在雨中艰难地筑起营寨，赶紧休整，整理用油纸包裹的弹药，想法补充热食，恢复体力。
从这些行军和筑营，就可以看出赵昺训练的将士素质之高，陆战队已是一支当今世界上独一无二的强军了。
张禧一看，自己无能力，只好忍痛撤离。而范文虎早就被吓破了胆，哪里还顾得上别人？
当时，九龙山的海滩上尚留有近十万元军，这些人失去了补给和退路，又经台风肆虐了四天，早无斗志，又深知自己无力突破日军的防线，现在只能坐以待毙，望着天空等死。
等风一停，天气稍转好，张达已经下达了进攻的命令，他们慢慢排开步兵线阵，前面是火枪手，后面是弩弓手，再后面是拖拉战炮的队伍。全军齐头并进，把，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区，然后逐步攻击。
元军早失了斗志，又冷又饿，就是敢于反抗的蒙古勇士，也大部被杀，剩余的八万多人作了俘虏。
等日本人三天后准备进攻时，岸上石墙对面哪里还有蒙军？只看到成队的海军陆战队，排成整齐的队伍，来往于海滩上。而那些个俘虏早就被北海舰队的运输船接走，只留下了许多负伤的蒙古人、色目人、女真人和高丽人，当然还有成片的尸体。只不过高丽人不论受伤与否，全部留在当地。部分重伤汉人也被留了下来。
这些人按照赵昺的指示和命令，是要全部交给日本人处理的。日本人因为蒙古人征日，攻岛杀民，抢掠财物，对他们恨之入骨。所以，留下的人只是为了给他们出气的。果然，日本人把这些人残酷地杀害了。一时，几万人的尸体堆满了海滩，海水都被染成了红色。许多尸体直接被潮水冲入海中，剩余的尸体，张达怕热天，尸腐后易容易引起瘟疫，和日本方面商量后，挖一个大坑，堆起柴草，烧化后全部埋入大坑中。据说，几百后，博多湾还有一座名为“元冠冢”的小山，据说是当年元军将士的集体墓地。
范文虎逃回去后，向忽必烈汇报，说登陆将士不听从命令，后来大风起来，自己只好逃回大元，被免于惩罚。
在这次惨败中，江南军只有三名士兵逃脱，他们拼凑了一艘小船，幸运地漂回中国。忽必烈透过这三位幸存者终于知道了战败的真相，此次战争的副统帅范文虎被斩首，其他官员也受到不同程度的处罚。
二次征日，元军惨败，此次战役发生在日本后宇多天皇弘安四年，故史称“弘安之役”。