胃肠病日久，胃气损伤，邪气日重，再者反复用药，胃肠更加损伤，因此在治疗上应采用变通之法，方可取得长效与速效。
1.标实重痛甚者
患者痛苦异常，胃口较差，或持续性疼痛，活动后加重，或彻夜疼痛，直接影响正常生活。在辨证的基础上，应加大通调药物之量，方用丹参饮加瓜蒌、薤白。如温通，不用炙草，补气但易使壅滞，而重用干姜、乌药辛温散寒行气。
2.痞满较著者
七情自伤，气血痰火湿食内阻，患者胀满异常，由胃脘波及两胁、腹部。治疗关键不在祛邪，而重在补气、下气、排气，急则治其标，方用越鞠丸或柴胡疏肝散，加用破气药，如三棱、莪术、大腹皮、槟榔以破气开郁，重用莱菔子、连翘以开食郁，可迅速下气、排气，改善临床症状。
3.久病化火者
症见胃中灼热，口干，大便干燥，难以排出，痛苦异常。不及时治疗，可出现“关格”之症，此类患者究其原因，由于胃肠功能较差，每日饮食后难以完全消化，在肠道中停留，久而久之，水谷化热，邪热内盛，灼伤胃肠之气，胃肠蠕动减慢，胃肠之物难以排出，形成恶性循环，大便不爽不畅，甚至坚涩难排，治疗的关键应迅速清热泻火，通便排便，方用麻仁丸或通幽汤，加大生地10～12g、半枝莲30～50g，可迅速滋阴泻火通便，多可一、二剂取效。但应中病即止，否则又伤胃气，不可不慎。
4.病久胃阴亏损者
胃病日久，多可伤阴，出现胃黏膜萎缩变性，甚者出现肠化增生，临床治疗以养阴为主，但滋阴药多黏腻，影响胃气功能，应改变给药理念，不能直接养阴，而应以酸甘化阴，并加用调气和血，如用一贯煎合益胃汤，加用党参、白术、茯苓、甘草、乌梅、白芍、丹参、赤芍，不但可以温阳行气，提高胃肠功能，还可滋阴活血祛瘀，迅速取效。
《医宗必读》曰：“愚按脾胃者，具坤顺之德，而具乾健之运，故坤德或惭，补土以培其卑监，乾健稍驰，益火以助其转运。故东垣、谦甫以补土立言，学士、用和以壮火垂训，盖有见乎土强则出纳自如，火强则转输不怠。火者土之母也，虚则补其母，治病之常经。”