窖（池）氨化法处理秸秆的操作方法如下：
先将秸杆切至2厘米左右。一般的原则是，粗硬的秸秆（如玉米秸）切得短些，较柔软的秸秆可稍长些。每100千克秸秆（干物质）用5千克尿素（碳铵）、40～60升水。把尿素（碳铵）溶于水中搅拌，待完全溶化后分数次均匀地洒在秸秆上，入窖前后喷洒均可。如果在入窖前将秸秆摊开喷洒则更为均匀。边装窖边踩实，待装满踩实后用塑料薄膜覆盖密封，再用细土等压好即可。尿素氨化所需要时间大体同液氨氨化或稍长。
用尿素作氨源，要考虑尿素分解为氨的速度。它与环境温度、秸秆内生脲酶多少有关。温度越高，尿素分解为氨的速度越快，宜在温暖的地区或季节采用。一般认为，要是尿素分解快，在氨化过程中最好加些脲酶丰富的东西，如豆饼粉等。
用尿素或碳铵处理秸秆，要准确算出一定重量的秸秆所需用的尿素或碳铵的量。一般说来，不同季节和不同温度下，同一秸秆量所需用的尿素（碳铵）量不同。