尊重科学有双重含义：一是坚持马克思主义的科学性，把马克思主义作为一门具有科学性的学说来研究、来应用，而不能以实用主义态度来对待马克思主义；二是马克思主义要成为科学，必须尊重其他科学，因为马克思主义的科学性是建立在总结和吸收其他科学成就的基础上的。从马克思主义发展史中我们可以看到，马克思主义的发展总是与新的科学成就相伴而行的。其他科学达到科学水平，为马克思主义科学发展搭起有利的平台。
我们是搞马克思主义哲学的，对我们来说，哲学和科学不能对立。在古代，哲学直接面对世界，不是也没有条件以科学为中介进行哲学总结，所以古代哲学具有直观性和智慧性的特点。它往往表现为格言、寓言或体悟，表现为诗化性的哲学智慧，而非规律。马克思主义哲学之所以不同于以往的哲学，是因为有两个客观条件。一个是社会条件，新阶级的出现，要求出现一种能科学地解释世界和能动地改变世界的哲学，这个条件决定不能再走经院哲学坐而论道的思辨哲学道路。如果马克思主义哲学走这条老路，无非是在一百种哲学中再增加一种哲学，一种新经院哲学，何来哲学变革？还有一个条件就是自然科学的进步。19世纪40年代自然科学理论进步，许多新自然科学的发现，突破了以往统治哲学领域的形而上学思维方法。马克思主义哲学之所以成为科学世界观，凭借的是19世纪40年代科学发展为它提供的材料，使它可能摆脱旧的经院哲学。严格说来，资本主义产生以后，不仅是自然科学的新发现，在人文社会科学领域中，哲学社会学说的成就，包括维科以后的社会历史观、空想社会主义学说、德国古典哲学的成就，其实都有助于马克思主义哲学的科学性的确立。后人是站在前人肩膀上。这个规律对马克思和恩格斯同样适用。
马克思主义哲学的科学性并没有使它变为一门实证科学，而仍然是哲学。因为它思考的不是某一专门领域中的问题，而是具有普遍性的哲学问题。这些哲学问题可以是曾经在思辨范围内争论过的老问题，也可以是新问题。马克思主义哲学与以往哲学的不同之处是在科学基础上对老问题的重新思考，又在科学新发现的基础上提出新的哲学问题。马克思主义哲学命题是哲学的，又是可以得到科学证明的哲学命题，而不是纯逻辑推论。例如，马克思主义哲学主张物质第一性、意识第二性，其中每一个方面的论证都离不开科学。物质第一性的主要表现是大脑是思维的器官，并不存在无头脑的思维。这个哲学命题同样为脑科学所证实。脑科学证明，人的大脑如果出现疾病就会影响人的正常思维。老年痴呆症就是最唯物主义性质的病例，只是至今人们还没有发现脑部变化的物质原因。唯心主义倡导的观念独立和绝对自由是毫无根据的。连唯心主义者自己都在用大脑思维，包括提出“我思故我在”命题的伟大哲学家笛卡尔也是用大脑思维才能提出这个哲学命题。如果较真，应该说是因为有笛卡尔这个人的存在，且他是个大脑正常思维的人，才有这个留名千古的哲学命题的提出。
物质先于思维而存在，这个哲学命题同样要借助科学。自然发展史、生物发展史都证明人和人的能思维的大脑是生物长期进化的结果，所以人和人的思维不可能先于物质世界而存在。自然界的优先地位的确立，是以全部科学为依据的。唯物主义强调人的思想内容是存在的反映。无所见则无所思。大脑只管能思而不管所思。没有可以思考的对象，则没有可思。没有见过牛的人的头脑中不可能有牛的形象。古人说南人未见过骆驼，谓之为马肿背。任何一个人的头脑中都不可能出现自己从来没有看到过的东西的真实形象，这就是思想是存在的反映的确切证明。妄想症的妄想是不正常的，是病态，可妄想的内容超不出社会上曾经发生过的事件的范围。无对象，则无关乎对象的思想，这是任何诡辩都驳不倒的唯物主义真理。
哲学不能违背科学而要借助科学，但哲学不等于科学，因为物质第一性、意识第二性是哲学命题而不是科学命题。没有一个脑科学或生命科学提出这个命题，哲学的内容远远超出自然科学的内涵。哲学关于大脑是思维的器官、思想是存在的反映的命题，是一个普遍性的命题，它适用于所有的人，任何民族和任何时代的人。脑科学是一门实证科学，它只研究大脑为什么能思维以及如何思维的生理学基础，但不能回答为什么同样是人脑会有不同的思维方式以及不同的思维内容。不同时代的人、不同国家的人为什么大脑结构相同，可对问题的看法以及各自的价值观却可能南辕北辙？这是脑科学无法解释的，必须求之于哲学。就以中国历史为例，自从秦始皇统一中国以来，人们的大脑变化不大，但思想内容则是不断变化的，否则就没有中国思想史。
世界上各个民族和种族的人具有相同的大脑结构和生理机能，但思维内容、价值观却如此不同。我们要跨越机械唯物主义进入历史唯物主义，因为人类认识离开认识者的社会地位和历史发展，光从大脑本身是无法得到解释的。毛泽东在《实践论》中开章明义就批评旧唯物主义：“马克思以前的唯物论，离开人的社会性，离开人的历史发展，去观察认识问题，因此不能了解认识对社会实践的依赖关系，即认识对生产和阶级斗争的依赖关系。”
马克思主义的唯物主义不是仅限于在科学范围内解释唯物主义，而是对唯物主义予以辩证法的理解。人的思想虽然依赖于人的大脑、依赖于社会存在，但它还具有能动性和相对独立性。对自然和环境的适应原则，无论是对人还是对高等动物都适用。但人的思想有能动性，也就是说人不仅有适应原则还有改造原则，即不仅是被动的而且是能动的。人的能动作用是使人超出动物的重要原因。因此，对马克思主义哲学家来说，只有从社会历史角度来考察，才能彻底地辩证地解决物质与意识、思维与存在的关系问题。既要考虑到人的自然属性，从人的大脑的功能角度考虑物质与意识的关系，又从人的社会性角度考虑物质与意识的关系。因此，马克思主义哲学中并不存在两个彼此独立的命题：存在决定意识、社会存在决定社会意识。它们本质上是一个命题，马克思主义哲学讲存在决定意识时，就包含着社会存在决定社会意识；反之亦然。因此，谁要在马克思主义的唯物主义和历史唯物主义关于物质与意识关系问题上划出一个绝对界线，就是从历史唯物主义倒退到旧唯物主义。