（3）恶性淋巴瘤。主要依靠瘤细胞的形态特点进行。目前，非霍奇金淋巴瘤的分类是基于形态学，结合免疫学和基因分析进行的。对细胞学诊断工作，建议参考2000年WHO恶性淋巴瘤分类方案，以便与病理组织学诊断一致。
非霍奇金淋巴瘤细胞病理学诊断主要依据瘤细胞形态特征和细胞成分的单一性或多形性改变。单一性是指70%～80%以上的细胞属相似形态。小淋巴细胞性淋巴瘤诊断准确性较低，中度和高度恶性的淋巴瘤诊断相对较容易。
霍奇金淋巴瘤细胞学诊断的特征性细胞是R‐S细胞（典型或诊断性、变异型）。另外，涂片中可见混合的淋巴细胞、滤泡中心细胞及嗜酸性粒细胞。虽然根据细胞学可作出诊断，但准确分型较困难。
淋巴瘤细胞病理学诊断应十分谨慎，诊断工作中经常遇到的问题是淋巴瘤与反应性增生的鉴别。虽然尽管现有许多抗体可用于鉴别诊断和确定淋巴瘤细胞系和亚型，但并非每例接受辅助检查的标本都有丰富的细胞，且在掌握标准上存在较大差异，故原则上均应在组织学检查确诊后进行治疗。
2.乳腺
乳腺针吸检查主要用于良、恶性病变的区别，但伴随着细胞蜡块技术的广泛应用和临床新辅助治疗的开展需要，乳腺细针穿刺细胞学检查不仅要求区分良、恶性，还被要求在术前作免疫组化甚至分子病理学检测以提供临床诊治依据，故应用前景十分广阔。
乳腺细胞病理学检查是人体所有部位针吸诊断敏感性和特异性最高的器官，在有条件的单位，对细胞学确诊无疑的病例，可作为临床新辅助治疗或手术治疗的依据。但必须强调指出，为确保安全治疗，临床医师既要重视细胞病理学诊断，也应密切结合临床资料及其他辅助诊断，综合分析后采用合理的治疗手段，在一般的基层医院尚不宜采用细胞病理学诊断作为唯一的诊治依据。
常见乳腺病变的细胞病理学特点如下：
（1）炎症性病变
①化脓性乳腺炎
临床表现剧烈，症状明显。
吸出物为大量脓性液体。
镜检：大量以中性粒细胞为主的炎症细胞及细胞碎片，可见组织细胞吞噬及多核巨细胞。
细菌学检查（＋）。
②导管周围炎
临床表现类似乳癌，易误诊。
镜检为大量炎症细胞，种类繁杂，通常以淋巴细胞、浆细胞及中性粒细胞为主，合并感染时则以中性粒细胞为主。
异物巨细胞常见且数量往往较多。
特征性表现的是见到成团的似类上皮样细胞团。
导管上皮细胞多呈退行性改变：胞浆嗜酸，核轻度胀大，可呈一定不典型性。
大量碎片状坏死（但无干酪样坏死）。
③脂肪坏死
局部脂肪坏死引起的慢性炎症。
可见坏死脂肪细胞及短形脂质：脂肪细胞变大而分散，胞浆结构模糊，空泡状，细胞边界不清。
炎症细胞散在分布，其特点是有大量吞噬脂质的泡沫细胞。
可有不同程度增生的纤维母细胞出现，有时粒大而畸形的散在异形细胞出现，易与癌细胞混淆，需要鉴别。
（2）良性病变或良性肿瘤
①乳腺良性增生性病变：包含一大类由内分泌紊乱引起的腺上皮及非上皮性成分良性增生性病变，分类繁杂，细胞学检查的意义在于确定其良性的本质，分类困难。
针刺感受独特，针尖似进入皮革样区，病变区质地坚韧，进、出针困难，吸出物通常较少，清亮液体或少量散在小颗粒状物。
导管上皮呈良性特征：小片状，小腺泡状、导管状，结合紧密，可见肌上皮包绕，染色质呈细颗粒状，细胞排列极向明显，二维平面。
散在的双核裸核细胞分布，通常量不大。
增生症患者通常可见大汗腺上皮细胞。
纤维性间质及成团脂肪细胞。
②男乳发育
细胞量少，质韧感明显。
镜下细胞单纯，双核裸核细胞少。
核比女性稍大，可见核仁，但一致性及极向良好。
③导管上皮的非典型增生
细胞量丰富，团块增大，但细胞黏着度尚可，单个散在异形细胞少或无。
双极裸核细胞数量减少，但常常容易找到。
三维立体细胞团可以形成，团内细胞尽管有异形，但一致性较好，无显着大小差异。
无明显的坏死，细胞碎片。
可见核仁且规则。
④纤维腺瘤：细胞病理学形态典型
导管上皮细胞丰富，乳头状、鹿角状等排列，边缘紧密，多无细胞重叠，呈二维平面感，细胞团周围常有肌上皮样细胞围绕。
大量出现的双极裸核细胞（特殊的诊断价值）：核短梭形，两端钝圆，染色质细腻，胞浆少常不易发现，大量散在分布。
疏松的纤维间质细胞团，伴或不伴有黏液样变性。
与增生症鉴别：其缺乏特殊的黏液样间质，鹿角状细胞团，而纤维腺瘤细胞丰富（导管上皮、双极裸核细胞），但多无大汗腺上皮及泡沫样组织细胞。
分化良好导管癌鉴别：缺乏特殊的纤维间质；鹿角状细胞团，黏着度良好，二维平面，或蜂窝状排列；大量的双极裸核细胞。
⑤导管内乳头状瘤
样本可有FNAC或乳头溢液取得。
细胞黏着成团，排列整齐而紧密、乳头状。
细胞团边界清楚，常见周围薄层细胞膜融合（核贴团边）。
双极裸核细胞少而多见血性背景。
泡沫细胞常见。
通常乳头状瘤与乳头癌鉴别困难而报告为“乳头状肿瘤，倾向良性或乳头状癌”。
（3）乳腺癌
①一般特点
散在及单个癌细胞的形态特点：核染色质粗细不匀，深染，分布杂乱；核膜增厚不规则，核仁明显，多核仁；大量核分裂相及病理性分裂相；不典型性及多形性。
癌细胞团主要指征：三维立体细胞团；细胞黏附性丧失；特殊的排列结构；细胞团内大小差异明显，分布杂乱；核深染，可见胞内细胞。
间接依据：大片肿瘤样坏死；双极裸核细胞及肌上皮包绕细胞缺乏；大量胞外黏液；无化生细胞和泡沫细胞。
②浸润性导管癌
细胞量丰富，不典型的恶相细胞明显多见。
三维立体细胞团，黏着度差，癌细胞团。
周围大量散落恶性细胞而缺乏双极裸核细胞。
60%可见坏死。
核增大，大于正常细胞两倍以上。团内核异形性大，大小不一，极性紊乱。
③浸润性小叶癌
细胞量少或中等，单个小细胞或小细胞团，呈条索状、镶嵌状或“列兵样”排列。
细胞形态圆或卵圆，常见细胞内黏液及其呈印戒样或空泡状。
无双极裸核细胞。
由于细胞形态较小，诊断困难，且易漏诊。
④髓样癌：相对其他类型而言，髓样癌细胞图像具有特征性，FNAC阳性率最高。
肿瘤细胞量丰富，细胞内疏松立体状。
细胞恶相明显，核异形性大，核仁显着。
良性淋巴细胞大量出现。
需与分化差的癌合并感染鉴别。
（4）其他恶性肿瘤：包括恶性淋巴瘤、转移性肿瘤等，通常定性相对容易，而确定其类型、原发部位等则须结合临床资料及组织病理学检查。
1886年，以美国细胞学学会为核心的有关专业学会，拟定了关于乳腺针吸细胞学检查的统一实施方案。现将有关诊断分类的具体规定摘录如下，供试行、参考。
（1）良性：无恶性征象。应进一步说明和分类，其所见符合乳腺脓肿或乳腺炎、脂肪坏死、非增生性乳腺疾病（囊肿、大汗腺化生等），不伴非典型性增生的乳腺增生性疾病、纤维腺瘤、妊娠相关病变或由治疗诱发的病变等。
（2）非典型性／中间型：其细胞学变化不具有诊断意义，应进行相应的说明和分类。如细胞变化提示：伴有非典型性的增生性乳腺病（非典型性的增生而非低度恶性癌）、乳头状病变（乳头状瘤非乳头状癌）、纤维上皮病变（纤维腺瘤而非叶状肿瘤等）。细胞学变化应与影像学及临床表现相符。
（3）可疑／可能恶性：细胞学变化高度提示为恶性，应做活体组织检查，以肯定诊断。
（4）根据细胞学变化确定为恶性（若可能应进一步的分型）。
（5）不能作出诊断的原因：细胞成分稀少，标本空气干燥、变形，造成人工假象，受血液成分或炎症干扰等。
细胞学检查很难区别浸润癌与原位癌、导管癌或小叶癌，但可根据细胞大小及形态区别巨细胞、大细胞、中等大细胞、小细胞及多形细胞型癌。
影响乳腺癌诊断准确率的主要因素有肿瘤大小（＜1cm者）及类型（小管癌、小叶癌、腺样囊性癌及分化好的腺癌等易误诊）。
假阳性可出现在炎症性病变、增生病伴导管上皮增生及异型、导管内乳头状瘤、纤维腺瘤及分泌期乳腺。
假阴性则多见于分化好的腺癌、伴坏死囊性变的癌、小叶癌等。
3.唾腺
除三大唾腺外，还包括口腔和其他部位的小唾腺。唾腺肿块针吸方便，用于诊断非肿瘤性病变与肿瘤及肿瘤良、恶性的区别。
唾腺良性和恶性肿瘤组织学类型较多，部分肿瘤细胞学和组织学上常互相重叠或有相似之处。有些肿瘤存在两种或两种以上的按不同比例构成细胞类型。肿瘤囊性改变常给诊断带来困难。
①多形性腺瘤：是最常见、诊断特异性最高的肿瘤。由成片上皮和肌上皮细胞散在于疏松黏液软骨样间质中，混合成不同图像。光镜下肌上皮细胞难以鉴别，上皮细胞短梭形或浆细胞样，黏液间质呈波纹状或絮丝状。当针吸仅见上皮细胞时，易误诊为单形性腺瘤。多形性腺瘤伴细胞不典型时，易作出假阳性诊断。
②腺淋巴瘤（Warthin瘤）：以成熟淋巴细胞为背景，其中有成片上皮细胞。上皮细胞胞浆丰富，嗜伊红；吸取物为囊液，常见细胞碎屑、炎症细胞、淋巴细胞；上皮细胞常发生鳞化；如炎症显着、囊内液较多、上皮细胞稀少或无，常被误认为良性囊肿，并应与腮裂囊肿鉴别。
另外，淋巴细胞少的淋巴性乳头状囊腺瘤针吸检查易与嗜酸细胞腺瘤混淆。
③黏液表皮样癌：高分化者，针吸诊断准确性相当低。针吸所得囊内液、上皮细胞稀少，或上皮细胞无异形性，或仅识别一种细胞类型（鳞／腺上皮），故易误认为良性囊肿。低分化者因黏液细胞少，而易误诊为鳞状细胞癌。若除黏液细胞外，表皮样细胞有核周空泡出现，则有助于诊断黏液表皮样癌。
④腺样囊性癌：癌细胞体积小，大小规则，核较圆，浆少。细胞排列成筛孔样及散在，孔内见玻璃样物，常见一致性小细胞群围绕红染透明球或嗜碱性黏液球核心。这种现象一般不见于基底细胞腺瘤，是针吸细胞学诊断腺样囊性癌的主要依据。
⑤腺泡细胞癌：细胞体积大，核圆形或稍呈卵圆形，偏位。胞浆丰富透亮，内含大量嗜碱细颗粒或细小空泡，似正常的浆液性腺泡细胞。裸核常见，分化好的，癌细胞和正常唾腺细胞相似或仅有轻度异型，易误诊为良性肿瘤。
⑥多形性腺瘤中的癌（由多形性腺瘤发展而来）：细胞学检查能作出直接诊断几乎不大可能，因针吸点局限，往往被诊断为多形性腺瘤，或诊断为癌。
4.甲状腺
甲状腺穿刺细胞学检查主要区别结节的良恶性，包括炎症、囊肿、结节性甲状腺肿和肿瘤。
甲状腺血管丰富，针吸常见的问题是多血，以致样品被稀释，要完全避免是不可能的。
以下几点可使血量减少：
（1）针只在一个平面上提插移动，如果改变针的平面，特别是针被埋在深部组织时，将会增加血量。
（2）若针一刺入肿物立即见血，只能提插移动4～5次就要拔针。
（3）从肿物的任何一个部位第一次取样通常含血较少，若肿物直径＞1.5cm，则应在两个部位做标准穿刺，这样可增加获取有代表性样品的机会。
（4）无负压穿刺可减少样品血量。细针刺入肿瘤，并上下提插移动，以采集细小的组织碎片。由于虹吸作用，这些细小的组织碎片就进入针内。
甲状腺穿刺出针后应注意压迫性止血，以防血肿形成。穿刺避免过深而损伤喉返神经。
若病变呈囊性，抽取液体较多可离心沉淀涂片，或液体吸尽后做第二次针吸。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎常见增生的非肿瘤性上皮和嗜酸性上皮，其核可增大，大小不一，甚至不典型，不要误认为癌。但也应注意到慢性淋巴细胞性甲状腺炎，有可能发展成黏膜相关淋巴瘤，也可合并甲状腺癌。若仅见单一淋巴细胞，无甲状腺滤泡上皮，应注意与淋巴瘤鉴别。
细胞学诊断甲状腺囊性病变（包括单纯性囊肿、甲状舌管囊肿、结节性甲状腺肿与腺瘤伴囊性变及囊性乳头状癌等），针吸常得囊内液，上皮成分稀少或无，作诊断或备注说明时应谨慎，不要轻易作出阴性诊断，因甲状腺乳头状癌及其淋巴结转移灶常呈囊性改变。另外，结节性甲状腺肿和大滤泡性肿瘤的鉴别亦较困难，应结合临床予以说明。