甲状腺分化好的滤泡性癌和富于细胞的滤泡性腺瘤不易明确区别，嗜酸性细胞腺瘤与嗜酸性细胞癌的鉴别也常会存在困难。这种情况常需术中作冷冻切片确诊。
甲状腺乳头状癌毛玻璃样核特征，在石蜡切片上常很明显，但在细胞学涂片中常不明显。核内胞浆包涵体可见于乳头状癌、髓样癌，亦可见于毛玻璃样变小梁状腺瘤，应根据多项细胞学特点，才能作出正确诊断。核内胞浆包涵体，应与两种制片人为假象（核内空泡、核区苍白）相区别，这些改变出现在涂片干燥的乙醇固定标本中。
美国国立癌症中心（NCI）2007年提出的甲状腺FNAC诊断术语／分类方法及形态学标准即六类别诊断系统如下：
（1）不具诊断性／不满意（Non‐diagnostic／Unsatisfactory）。由于标本中细胞稀少，无滤泡上皮细胞或固定及保存不良所致，可建议复查FNAC。
（2）良性（Benign）。包括但不限于结节性甲状腺肿、淋巴细胞性甲状腺炎及甲状腺肿中的增生性／腺瘤样结节等。
（3）意义不明的滤泡性病变（Follicular lesion of undetermined significance）。除细胞学形态特征不明确外，部分病例因取材（细胞过少或血液覆盖）不能肯定为“良性”类别，但也不足以诊断滤泡性肿瘤或疑似恶性肿瘤的病变，或制备（固定不良）欠佳，也可令诊断不明而归入此类。
（4）滤泡性肿瘤（Follicular Neoplasm）：非乳头性（乳头状癌）的滤泡状排列的病变／肿瘤（non‐papillary follicular pattern lesions／neoplasms）和Hurthle细胞病变／肿瘤。
（5）疑恶性肿瘤（Suspicious for Malignancy）。
（6）恶性肿瘤（Malignant）。
5.肝脏
肝穿刺的主要目的是确定其肿物是否为肝癌。
肝细胞性肝癌各种细胞形态特征中，最具有鉴别良性病变与肝癌的细胞形态特征有核浆比增加、异常裸核细胞、组织碎片呈小梁结构。其他细胞学特征按出现频率依次为癌细胞（由内皮细胞分隔或包围）、核内胞浆包涵体、细胞浆内空泡及胞浆或腺样腔隙内胆汁。细胞块的应用对肝脏肿瘤的诊断有很大的帮助。
肝细胞性肝癌细胞学诊断的难易与其分化程度有关。分化良好者，癌细胞具有肝细胞形态特征，有时与肝硬变结节、局限性结节增生及肝腺瘤不易区分，常需结合临床及影像资料作综合分析。另外，分化差或未分化者与肝低分化胆管癌及转移性癌亦不易区别。
肝硬变结节常伴有肝细胞的异常增生，可出现核大（大细胞型异型）或核浆比增加（小细胞型异型）。一般认为，前者与肝癌无直接关系，而后者与肝癌关系密切，针吸诊断时应注意区分。最好是用细胞块或活检切片来确诊。
6.前列腺
前列腺针吸检查用于区分炎症、良性增生及癌。针吸途径通过直肠或会阴。
对分化好的前列腺癌与良性增生或伴有异型增生者有时鉴别诊断会存在困难。细胞学诊断前列腺癌的主要依据为癌细胞核仁明显和组织碎片见微腺样结构。
细胞学诊断前列腺增生伴有异型者，应结合临床，并定期随访复查。
7.软组织肿瘤
软组织肿瘤及其组织类型繁多，其中一些肿瘤的细胞形态、类型及组织结构相互重叠，使一些肿瘤良、恶性不易区分和分型困难。因此，细胞学诊断在很多情况下不能照搬组织病理学的疾病分类和肿瘤分类。
软组织反应性或增生性病变常表现出明显的细胞多形性和核的不典型伴核分裂像增多，细胞学诊断不能完全依据这点来确定良、恶性肿瘤，否则会导致假阳性诊断。
软组织良性肿瘤针吸标本，细胞数量往往很少，且多为组织碎片。恶性者细胞数量一般较多，且分布散。
由于软组织肿瘤的细胞学诊断分型较困难，恶性者常依据瘤细胞形态特征，分为圆形细胞肉瘤、梭形细胞肉瘤及多形性细胞肉瘤，以适应针吸诊断的实际可能。上述三种细胞类型，包括具有相应细胞形态特征的各类型软组织肉瘤。因此，免疫组化和电镜等辅助检查在细胞学诊断中的应用就显得特别重要，但不是每一病例都能获得足够细胞量的涂片，最终还需冷冻快速切片诊断或组织病理学确诊。
对诊断恶性肿瘤者，若有可能应提示其恶性程度，即低度恶性或高度恶性。
四、针吸细胞学检查的质量控制（详见工作规范相关章节）
第八节 其他细胞病理学检查
一、食管细胞病理学检查
在纤维内窥镜技术未被广泛应用之前，食管脱落细胞病理学检查是术前确认食管病变，尤其是食管癌的最重要的病理学诊断手段。我国病理学者沈琼教授发明的食管拉网细胞病理学检查是当时最重要的细胞病理学新技术，曾经广泛应用于肿瘤学临床及食管肿瘤及癌前病变的早期普查，在国际上产生了较大的影响力。虽然随着纤维内窥镜技术被逐渐广泛应用，该项技术应用的临床价值有所下降，但其特有的优点针对我国的实际情况仍有一定的临床意义。
（一）食管细胞病理学临床应用
食管细胞病理学检查包括食管拉网细胞学涂片和纤维内窥镜刷取涂片两种方法。与纤维内窥镜下活检比较，食管细胞病理学检查具有以下优点：
1.取材范围广泛，能大范围收集黏膜层的上皮细胞，对多发性浅表性病变尤其有诊断意义。
2.操作简便，病人痛苦小，携带方便，非常适合在广大农村高危人口或高发地区大规模普查取样。
3.在尚未普及纤维内窥镜的基层医院或我国中、西部地区其应用意义更为明显，在一定程度上可解决食管肿瘤的临床诊断。
4.纤维内窥镜检查禁忌证者（适用拉网细胞学检查）。
5.诊断快速，正确性高，价格低廉。
当然须指出的是其与内窥镜检查相比较，细胞病理学取样诊断的精确性尚无法与组织学活检相提并论，拉网细胞学检查的定位及病变范围的确定也欠精确，这是其目前在大、中型医院的检查量日益萎缩甚至停止的主要原因。
（二）方法学
1.食管拉网脱落细胞涂片。曾经大规模地应用于肿瘤学临床，现检查量日益减少。
（1）食管拉网器的制作。食管拉网器目前已有商品化产品提供，自己制作也较方便。其主要由三部分组成，即套有粗糙网格状丝线的薄质弹性皮囊、输气的塑料软管及软管头部连接一个4cm左右长度的胶质皮套以便连接注气用注射器。
（2）操作步骤。气囊放空气体后由病人自行吞咽下，通过病变的狭窄区间后向皮囊内注气而使其膨大，然后向外抽拉，经病变区域时膨大部分摩擦其病变细胞，通过狭窄区域后（有脱空感）立即放气自口腔内取出。
（3）制片。拉出气囊后用以下两种方法制片。
①直接涂片：将气囊表面的黏附物迅速且均匀涂抹在干净的玻片上，制片2～3张，并立即固定在85%酒精或乙醚酒精液中。
②用生理盐水反复冲洗球囊表面使其细胞脱落于盐水后离心沉淀制片，后面步骤类似于浆膜腔积液的处理，可制作普通涂片、液基薄片或细胞蜡块。
（4）染色。常规使用巴氏染色或H.E染色。
（5）注意食管拉网检查的禁忌证。
①严重食管静脉曲张患者。
②中、重度高血压，癫痫或癔症，丧失自主意志力及合作困难患者。
③完全性食管梗阻。
④重度出血倾向患者。
2.纤维内窥镜下刷检
（1）适应证。
①大范围病变存在时的补充病理学取样手段。
②活检禁忌性病变。
③放射治疗后患者的随访。
（2）操作。由内窥镜室的专业医师在内窥镜直视下进行，刷取细胞后可直接涂片或涮洗在液基保存液中送病检。
（3）制片及染色方法同上述。
（三）细胞病理学诊断
食管的细胞病理学检查主要应用于食管癌诊断，由于其形态学特征突出，诊断相对方便、简单。
1.特异性感染。较少见，涂片中偶可发现念珠菌、疱疹病毒、HPV及巨细胞病毒感染，细胞学特点类似于宫颈细胞病理学，可参见宫颈细胞病理学检查相关章节。
2.反流性食管炎。可见大量炎症细胞及炎症反应性改变的鳞状上皮细胞，尤其是修复性／再生性改变细胞。表现为鳞状上皮细胞核轻‐中度增大，核仁明显，核膜光滑，染色质呈细颗粒状，胞浆少，炎性背景突出而无肿瘤性坏死。
3.放射治疗引起的上皮细胞反应性改变。主要表现为鳞状细胞呈巨细胞样或出现伴胞浆空泡的巨细胞，细胞浆丰富，嗜双色或多彩，核淡染肿胀，染色质不规则，可见核仁。
4.Barett食管。前提是必须在内窥镜下刷检取样定位精确的样本。涂片可发现食管远端衬覆的柱状上皮细胞代替了复层鳞状上皮细胞，细胞涂片中可发现以下三类上皮细胞：
（1）连接上皮（即胃贲门样上皮）：由类似于贲门腺体和小凹上皮细胞，可见胞浆富含黏液，而往往无主细胞、壁细胞、潘氏细胞、杯状细胞等。
（2）特征的柱状上皮细胞，同正常的胃上皮细胞。
（3）细胞形态不典型的肠上皮样细胞。
5.不典型鳞状上皮细胞（可疑癌细胞）。主要指上皮细胞发现一定程度的不典型性，考虑有不典型增生或癌的可能，但尚不能确认。
（1）上皮细胞数量增多，变密集，成团分布增加。
（2）核轻‐中度增大，染色变深，极向紊乱，大小轻度不一致，核仁通常不显着。
（3）胞浆浓缩，核浆比增高。
（4）无明显的坏死背景。
6.食管癌
主要类型是：
（1）鳞状上皮癌。分为高‐中低分化，细胞畸形性大，核染，核膜不规则，染色质粗且分布不均，核仁通常明显，胞浆在高分化鳞癌可呈蝌蚪状、纤维状等，低分化癌中胞浆稀少，核浆比显着提高，坏死背景多见。
（2）其他类型。腺癌、小细胞癌等相对少见，细胞形态学特点等同于其他章节叙述的相同类型。
二、纤维鼻咽镜及纤维胃镜刷检细胞病理学检查
由于在内窥镜直视下的刷检具有取样范围广、适应证较宽、并发症少等优点，因此常常同时作为活检取样后的补充取样方式，在特定情况下（如活检禁忌证或失败）作为唯一的病理取样手段，两者主要用于相关部位的肿瘤诊断。
（一）取样及制片
在内窥镜直视下由相关专业医师完成，通常直接涂片2～3张或将刷取物保存在液基保存瓶中作液基细胞学处理，直接涂片时必须立即湿固定后送检，液基制片类似于前述的方法，通常采用巴氏染色或H.E染色。
（二）细胞病理学诊断
1.纤维鼻咽镜刷检
（1）主要为鳞状细胞癌，分为角化性与非角化性鳞癌，进一步分为分化型与未分化型，细胞形态学改变类似于一般的各类鳞状细胞癌。
（2）其他类型恶性肿瘤：腺癌、恶性淋巴瘤、小唾腺源性恶性肿瘤等亦有所见，细胞学形态详见相关章节。
2.纤维胃镜刷检。主要为各种类型及分化程度的腺癌，通常对中‐低分化类型的癌细胞（尤其是肺型胃癌），由于其形态学特点明确而确认相对容易。
分化好的腺癌要注意与修复性／再生性细胞改变相鉴别，散在分布的印戒细胞癌则需与来自胃炎或胃溃疡的组织细胞相鉴别。
此类及纤维胃镜刷检标本中还可以发现恶性淋巴瘤、神经内分泌癌（类癌）等恶性肿瘤。
三、脑脊液细胞病理学检查
脑脊液细胞病理学检查的主要目的是寻找肿瘤细胞，包括原发性和转移性肿瘤。由于标本采集在作腰椎穿刺时可能损伤血管，通常用多支试管分别取样。血液成分仅见于开始滴流的标本，通常以无血标本为佳，离心沉淀后取沉淀物涂片，潮干固定。若疑为淋巴瘤或白血病，最好联合应用Wright染色。
由于脑脊液细胞含量较少，为提高阳性率，近年来采用液基薄层制片技术、细胞离心涂片机及微孔薄膜过滤法等技术使脑脊液中细胞浓集，效果良好。
四、外周血液细胞病理学检查
在外周静脉中抽取一定数量的血液（通常为10ml），查找血液中游离的恶性肿瘤细胞是近几年来时有报道的细胞病理学检查项目，其对恶性肿瘤的临床分期、预后、指导治疗方案等有重要的临床意义和一定的应用前景。
通常外周血液中查找游离肿瘤细胞的方法是：先通过一定的技术手段最大限度地去除血液中的正常细胞成分。如通过85%酒精加10%冰醋酸液破坏去除红细胞；用免疫磁珠吸附去除淋巴细胞、粒细胞等；然后离心沉淀制作涂片后再用相应原发肿瘤的免疫组化染色确认肿瘤细胞的存在与否。