三、孙中山重返广州
从1月中旬到下旬，滇桂军将领纷纷到达广州。驻防潮梅的粤军将领洪兆麟、翁式亮等都表示愿意服从孙中山。孙复电叫他们带罪立功，派李烈钧前往汕头接收改编，并任命洪兆麟为潮梅绥靖处处长，尹骥、李云复、翁式亮、赖世璜为中央直辖粤军第一至第四师师长。
这时的广州，是滇桂军的天下，一切用人、行政、税收都被他们把持，各机关和公共场所，多被军队占为营房。沈鸿英原来只有五六千人，由于沿途招收降兵溃卒，骤然扩充为五个军，分布广州、肇庆和北江一带，此外广西平东、桂林一带，也有他的留守部队。沈鸿英忌讳别人称他为桂军，自称原籍是广东，他手下第一军军长李易标是广东人，所以称为广东第一军军长。沈这时的私心，就是想做第二个陈炯明。
广东人民曾经受过桂系军阀的蹂躏，对桂军很有恶感，对滇军也没有好感。广东军人一向具有地方主义的排外性，滇桂军这次驱逐陈炯明后，竟以新的统治者自居，广州人为之侧目。同时陈炯明早就散布了种种流言，说是“客军入境，广东亡省”。现在滇桂军所作所为正证明了陈炯明的话，因此广东军人就有“救省”的口号。
1月18日粤军第一第三两师由江门调回省城，召集海珠会议，公推魏邦平为广东讨贼联军总司令。19日魏邦平宣布就职，这是粤军团结御外，对抗客军的一次行动。
于是，粤军驻扎河南，滇桂军驻扎河北，形成了划河为界的相持状态。有人把这种情况向上海的孙中山报告，孙针对这种情况，打算第一步把滇桂军调出广州，第二步帮助滇军回滇，桂军回桂，湘军回湘。湘军是指驻扎西江的洪兆麟、尹骥等所统率的陈炯明旧部，他们虽然打着粤军旗帜，但是湘籍将领有一个师长和九个司令，两部兵士也以湖南人为最多。
粤军的团结和流露出强烈的排外性，引起了滇桂军的严重反感。1月22日沈鸿英部的李易松公然派兵进攻观音山，收缴了由邹鲁指挥的讨贼粤军第一路司令谭启秀的枪械。这一行动当然又激起了全体粤军的公忿，主客军互相敌视的情形更为严重。
沈鸿英有督理广东的野心，而传闻北京也有要发表沈为广东督理之命，所以沈部一入广州即盘据官署，占取税收，图谋不轨。同时向滇军煽惑，宣称魏邦平联合粤军，不日即将解散滇桂军，所以滇桂军必需要联合一致对付粤军，诱擒魏邦平。
滇军初抵广州，一切生疏，遂中了沈鸿英之计。
沈鸿英向杨希闵游说，杨竟被说动，于是用杨希闵、刘震寰的名义，于1月26日在江防司令部杨如轩的旅部，邀请在广州各军将领举行军事会议，讨论地方善后及分配防务问题。参加的人有省长胡汉民、特派员邹鲁，还有卫戍司令魏邦平、海防司令陈策等。李烈钧洞烛机先，仅派代表参加，一面于江防屠布防，预为防范。杨希闵称病派参谋长夏声代表出席。沈鸿英和他的部将李易标、刘达庆、黄鸿猷、陈天太等都携带枪械和卫队，在江防司令部四周密布步哨。开会时，刘震寰任主席。李易标诘问魏邦平：“陈炯明已走，为什么又有粤军讨贼总司令部之设立？是不是以滇桂军为贼？”魏邦平解释说不是，可是不能令滇桂军将领满意。魏邦平这时想把题目转换一下，建议各军停止开放赌禁，并将所占机关房屋和商店民房腾让出来。于是李易标忿然说：“我们是为了维持军队伙食，才抽收赌捐的。”接着他痛骂魏邦平是个反复无常、朝三暮四的小人，广东每次政变他都东倒西倒，指责魏没有发言资格，李的话才说完，沈鸿英就把枪拿出来，搁在会议桌上，大声说：“今天的会议，有不接受我意见的，我就请他尝试这家伙。”接着麦胜广和刘达庆跃起而擒魏邦平，从后握其两手，陈天太和沈部卫队即发枪示威，分向胡汉民、刘震寰、邹鲁猛击，一时秩序大乱。胡汉民在混乱中从楼梯上跳下，胡的两名卫士为流弹击毙，邹鲁避入杨如轩旅长的卧室，杨如轩正伏地避弹，刘震寰逃入后座，陈策则跳楼受伤。
滇军将领这时才知上了沈鸿英的当，原来沈想一网打尽，杀害胡、邹、刘、陈等人，不是当初所说只除魏邦平一人，于是杨希闵乃命杨如轩和夏声出而保护，亲送胡、邹等出险，魏邦平则留在杨希闵军中。
沈鸿英一计不逞，再施二计。他预料胡当晚必回大沙头寓所，乃密令旧官纸局所驻部队，预备机枪准备截杀，晚8时有一辆旁立卫队的汽车从东堤驶来，沈部即开枪轰击，结果却杀错了人，原来是沈部的军长刘达庆和参谋长黄鸿猷被误杀，胡汉民车在后，闻警乃驶回沙面，寄寓日本领事馆。
由于江防之变，广州陷入暴乱，胡汉民等无法执行权力，遂于1月27日乘卢山丸往香港，邓泽如、邹鲁、林直勉同行。沈鸿英派他的第二军军长古日光兼任广州市公安局长，李易标则派兵收缴警察枪械。
杨希闵、沈鸿英联名宣布魏邦平罪状，指魏勾结陈炯明，要魏的第三师缴械解散作为释放魏的条件，魏亲笔函劝第三师师长郑泽琦、公安局长吴飞不得进行抵抗。第三师将枪械缴与滇军，但是魏仍未获释。直到2月1日孙中山亲自致电杨希闵，要求释放魏邦平，才于五日后将魏释放。
孙本拟于1月27日由上海启程赴广州，因于26日晚获悉江防事变，乃临时中止启程。
江防事变后，刘震寰率领所部移驻石龙，粤军集中江门，程潜也在江门主持广州外围军事。朱培德部滇军开抵梧州，许崇智的东路讨贼军由福建回师广东。广州虽然还在滇、桂军控制之下，可是杨希闵的态度已逐渐和沈鸿英分离。因此，从2月4日起，沈的态度也有了转变，除发表宣言“援粤任务告终，应请孙、岑二老迅速回粤主持”外，又派郑士瞻到上海迎接孙中山回粤，并请胡汉民回省主持政务。同时咨请滇军接收市内防务，部队开往北江，他所委派的行政人员也纷纷退职。这才使广州情势逐渐恢复正常。
2月6日，英、美、日三国领事联袂赴农林试验场把魏邦平接了出来，魏已在那儿住了十天。魏恢复自由后，于8日前往香港休息，胡汉民则于9日由香港回到广州。
胡汉民抵广州的第二天，向上海孙中山处电告军情，略谓：
“据确报，陈逆在港会议：一、预计兵力，洪兆麟廿营在潮、汕，钟景棠十二营在梅县，陈炯光十四营在五华、兴宁，林虎五千人在兴宁，黄凤纶三营在蕉岭，翁式亮九营由揭阳开往梅县，杨坤如一千五百人在老隆，除某部外，均归林虎指挥。二、饷项由洪筹措，不足由林逆补之，闻潮、汕开赌，每日可得万余元。三、许军迫，则健部退入江西。四、与沈决裂时反攻省城。五、陈逆现在陈席儒家。七日蔡成勋有代表二人到，商对付闽粤办法。六、马育航在南京来电云得齐燮元助款云云，以上须注意，已电闽。”
沈鸿英派郑士瞻到上海谒见孙中山，表示服从命令，孙中山复书谕以大义，略云：
“国家之事须正当办法，乃能得正当解决。绝非挟私任术，好逞阴谋，与民治之道背驰者所能胜。中间或能侥幸，得一二胜利，结果亦终归于败，可以断言，此古今中外之成事具在，可资考证者也。”
孙这时在上海强化国民党党本部，制定“中国国民党中央干部会议规则”，并组织党本部军事委员会，以柏文蔚、吕超、黄大伟、蒋作宾、蒋中正、顾忠琛、朱霁青、路孝忱、叶荃、吴介璋、朱一鸣、吴忠信、熊秉坤为军事委员。
1923年2月15日孙中山偕谭延闿、杨庶堪、徐绍桢等由上海动身，17日抵香港即下榻杨西岩寓。
18日孙在香港发表蒋中正为大本营参谋长，并电催来粤，电云：
“介石兄鉴：顷阅兄与沧白、湘芹兄函，甚慰。展、季二兄现时均有重要职务，须暂留沪及赴浙、奉，此间须兄助至切，万请速来勿延，并已发表兄参谋长，军事枢机，不可一日无人也。”
20日孙中山在杨西岩宅对香港的工商领袖演讲“裁兵筑路”，略云：为实践裁兵宣言起见，当从广东裁兵始，或谓广东若裁兵，他省来攻奈何？则应之以兵不贵多而贵精，苟广东有10万兵，将其裁去一半，余一半之精兵，当能卫省及保护地方有余。至所裁之兵用以筑路，则全省道路自通，地方自然发展，则兵之工价虽厚于兵饷亦无妨，而兵亦甘于筑路而不愿当兵也。
21日，孙由香港抵广州，先至省长公署，接见各界欢迎代表后，即找邓泽如来，询问林树巍、林直勉、陆志云三人现在何处？邓答林树巍和陆志云在高州，林直勉已往香港，孙即嘱拍电，叫他们即日返穗。原来这三人是在陈炯明叛变时追随孙蒙难的侍从人员。
为了接待孙中山，滇军让出农林试验场为大元师府，孙自己改称大元帅，不再回任总统。
孙中山这次回粤，不再提护法二字，同时把所有军事力量改称为讨贼军，这是一大转变。由于直系军阀为了消灭南方护法的借口，唱出了恢复法统，同时恢复旧国会，实际上参加这个旧国会的议员都是热中名利投机钻营的政客。所谓的国会已经成为军阀的工具和摇旗呐喊的应声虫，因此以护法为目的的民主革命并不符合全国人民的愿望。此刻的目标应该是针对阻碍民国进步的南北各省军阀。孙中山回粤后不恢复总统名义而改称大元帅，同时宣布进入讨贼时期，这所谓的“贼”，就是反对民主、自私自利的各省军阀。因此讨贼时期就是反对军阀时期。而讨贼的意义更广泛，对象更实际，同时也正是千千万万中国人民的愿望。
大元帅府设立后，任命胡汉民为大本营总参议，与孙洪伊、汪兆铭、徐谦驻上海，廖仲恺为财政部长，邓泽如为建设部长，谭延闿为内政部长，伍朝枢为外交部长，古应芬为法制局长，刘纪文为审计局长，朱培德为参军长，杨庶堪为秘书长，林云陔为金库主任，徐绍桢为广东省长。
12月23日大元帅命令：
“桂军总司令沈鸿英着将所率全部移驻肇庆，所遗北江一带防地，着滇军总司令杨希闵迅即派队接防，西路讨贼军总司令刘震寰所部，着驻石门、东莞、虎门各地；东路讨贼军第四师长石春荣所部移驻罗定等地，此外各部队，就现在地点驻扎，自经此规定后，各部军队非奉本大元帅命令，不得擅自移动，致滋纷扰。”
李烈钧于1月奉命自港回粤后，即转赴潮汕等地收抚陈炯明部洪兆麟、尹骥、李云复诸悍将，打通了闽粤交通。同时收编尹骥、李云复、翁式亮、赖世璜、苏世安五师以待命。
李在汕头有电给孙中山云：
“此间情况日来甚有进步，以师长尹骥、赖世璜为主干，极便运用联络。现计划将全力离开潮梅，而凶寇方面进行详情，确定续报。需用开动作战费数十万元，恳电港沪筹助。”
孙批示云：“筹款不易，港商亦必畏缩，然当尽力去做。沪上潮商或有望，着潮汕各官联名发电来潮州会馆，请各潮商协力。”
3月17日任命李烈钧为闽赣边防督办，令与许崇智调防。李奉到命令即率部赴闽，以潮梅交许崇智接防。这时厦门闽军总司令臧致平颇持两端，李烈钧晓以大义，片言折服，臧遂以礼相待，并时加接济。
大本营成立后，孙中山首先致力于裁兵工作。先调查各军实数，限于3月20日前，将该军营数和驻扎地点，造具军官姓名、履历及兵士名册，呈报大元帅府，由大元帅派员分赴各军驻在地，逐一点验，倘有虚额不准再招，而老弱无枪支者，则一律裁汰。
3月20日孙中山发表“裁兵之重要与处置方法。”
孙此番回粤，对内布置情形已如前述，对外方面则力求西南各省步调一致，几经磋商，乃与唐继尧、刘成勋、熊成武、赵恒惕、谭延闿、刘显世等西南领袖联名通电，宣告对西南时局之意见，内称：
“我西南各省，决以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合。分灾恤患，载之简书，外间内谗，一切勿受。兵为防守，不为争夺，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躏，颇同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也。”
3月22日任命赵士北为大理院长。26日派谢持为全权代表，执行中国国民党本部党务事宜。28日沈鸿英电称遵照大元帅命令，移防西江，设司令部于肇庆。29日任命杨希闵为中央直辖滇军总司令，刘震寰为中央直辖西路讨贼军总司令。
4月3日把陆海军大元帅府由农林试验场迁至水泥厂。
蒋中正被任为大本营参谋长，时在上海，曾电许崇智，主张先破沈鸿英以防其引北军入粤。果然沈鸿英以移防西江为名，将所部集中新街、韶关等处，召开秘密军事会议，欲与北京勾结，遂其督粤迷梦。
4月中旬，沈鸿英终于叛变。
原来沈之参加逐陈，主要目的是为自己，当沈进入广州时，即欲恢复省议会，选举政学系林正煊为省长，借以取得广东的政权；又拟借江防会议，杀尽国民党要员。怎知这二事都失败，因此只好伪称服从孙中山，移防肇庆。北京任命沈为督理广东军务后，沈即于4月15日在新街就任督理，通电请孙中山离粤。
4月16日拂晓4时，沈军开始进攻，李易标六七营分三路扑攻广州市：一路由白云山向农林试验场猛攻滇军杨希闵总司令部，滇军已获沈军叛变的消息，所以立即出队抵御，孙中山亲偕杨希闵督战，沈军当场被击退。一路扑攻造币厂，为卢师谛部击退。一路进攻流花桥，为刘震寰部所阻，李福林闻警，即调所部福军八营，渡河助战。孙中山亲登观音山督战，广州市转危为安。
沈鸿英自任中路，沿奥汉铁路南下，沈荣光出英德、四会，直攻三水；西江一带之沈军亦响应沈鸿英。
孙中山以大元帅名义褫夺沈鸿英桂军总司令，电云：“沈逆鸿英，反复无常，奸诈成性，阴谋内乱，逆迹久彰。本大元帅念其微劳，怒其既往，展示优容，冀与感化。不意狼子野心，始终不悛，一面呈报移防，一面阴行鬼蜮。竟于昨夜擅自称兵，进袭省城，幸我军将士用命，戒备有素，当经击退。似此恣行叛逆，甘为戎首，扰乱军纪，贻害地方，实属罪不容逭，法所必诛。沈鸿英应即褫夺桂军总司令本职，着滇军总司令兼卫戍总司令杨希闵、东路讨贼军总司令许崇智、西路讨贼军总司令刘震寰、大本营驻江办事处全权主任古应芬、东路讨贼军第三军军长李福林、中央直辖第七军军长刘玉山、中央直辖第三军军长卢师谛、海军舰队司令温树德、驻汕海军各将领、广东江防司令杨廷培、广东海防司令陈策等，各督饬所部，分途兜剿，迅速扑灭，以正法纪，而遏乱源。”
孙同时电驻沪代表向王宠惠提出严厉质问：
“北方阳为言和，阴实迷信武力，且借以懈我之备，言之殊堪痛恨。”
17日孙中山函汕头许崇智，告以陈天太部已出四会，现战情已变，江门军当全数出三水、芦包，向高塘、新街方面进攻，以速扫灭袭击省城之敌为先，然后再为第二步进取。
18日滇军收复瘦狗岭，福军追击至龙眼洞，刘震寰收复小坪。19日滇、粤、桂、福联军予沈鸿英以决定性之一击，白云山一带完全克复，沈部狼狈向北路江村、新街败退。蒋光亮之第四师及第二混成旅胡思舜部担任三水、芦包、炭步等地右翼作战，以抵御西江一带沈军。
沈鸿英投靠北京，在广州叛变，当然是吴佩孚的策动。当时孙中山在广东的局势并不稳定，孙回广州后，沈鸿英虽在广州，却并未见面。至于滇军也有问题，孙早就发表杨希闵为广州卫戍司令，可是杨到了3月12日才宣布就职。当朱培德部滇军由广西开抵三水、河口的时候，孙即将该部改编为拱卫军，令其驻守广州。朱培德和杨希闵虽同为云南人，但完全是两个不同的系统，同时并不和睦，孙为了避免这两支滇军发生误会，所以指定以河南为朱部滇军的防区，自己也将大元帅府移往河南水泥厂。
孙虽然发表蒋中正为大本营参谋长，可是他还在上海，孙屡电催促来粤，杨庶堪、古应芬、廖仲恺亦纷电促驾，蒋中正乃由沪赴粤，途行五日，4月20日抵广州，就任大本营参谋长。26日孙偕蒋中正赴江村劳军，全体将士闻大元帅莅临，大为兴奋。
沈鸿英叛军于21日自新街退据源潭，和滇军杨希闵相持。25日滇军攻占清远，沈荣光先溃逃，29日滇、粤、桂联军以全力进攻粤汉路沿线之沈军，30日攻克源潭。5月2日滇、粤军克琶江。3日孙中山至源潭劳军，6日至三水慰问伤兵。各路将士在孙中山的感召之下，连下英德（6日），韶关（8日）。沈鸿英帅残部窜回贺县八步，北江战事遂告结束。同时，驻四邑的粤军第一师和由郑润琦重组的第三师等部在克复清远后，于5月6日开始向肇庆总攻，18日攻入肇庆城，沈军守将黄振邦被俘。西江下游的沈军纷纷向梧州溃退，粤军的海军沿江追击。西江叛军全部肃清后，讨沈战役告一段落。至此北江、西江流域和珠江三角洲均在大元帅府的管辖范围，而以其人力、物力、财力支持革命事业，使孙中山度过了最为艰苦的一段岁月。恰在此时，经过曲折严正的交涉之后，粤海关将自1920年以后违约节流的关税结余款项也如数交付。
自西路讨贼军克复广州后，陈炯明率残部叶举、熊略、杨坤如等部退守东江惠州一带。林虎则率黄任寰、黄业兴、王定华、刘志路等部退往兴梅、赣南一带；洪兆麟的尹骥、李云复等部仍盘踞潮汕一带。许崇智则在攻克泉州（1922年12月19日）后，于1923年2月1日率东路讨贼军12个旅（其中四旅留闽）自福州、泉州，经漳州分路入粤。一路经南靖、龙岩、上杭、峰市入大浦；一路从漳州、诏安入饶平。这时的叛军各部担心被前后夹击，乃向讨贼军输诚，先由洪兆麟率四个师通电独立，陈炯明则宣布下野，避往香港。孙中山对叛军的投降甚为怀疑，但是滇桂军入粤后骄横跋扈，日夜聚敛，而且沈鸿英部也有不稳迹象。无奈之下，只有安抚一途。乃先后派李烈钧，姚雨平分赴汕头、惠州，安抚叛军。李烈钧以大本营总参谋长名义赴汕头收抚叛军尹骥、李云复、翁式亮部，连同赣南的赖世璜部共编为四个师。姚雨平以安抚使名义赴惠州收抚杨坤如等部。
4月9日，孙中山命令尹骥等部移防闽南，潮汕防地由许崇智部接管。4月23日，东路讨贼军进驻潮汕，许崇智驻潮州。其张民达旅逐步向松口、梅县、兴宁推进。正在此时，传来广州沈鸿英叛变的消息。5月8日，杨坤如、翁式亮等部乘机复叛，妄图席卷东江，他们推叶举为总司令。黄大伟因为部队改编的事曾与许崇智大闹意见，一怒之下潜赴香港，投奔了陈炯明，此时也纠合旧部，同叶举等一起行动。随后，驻扎潮汕的洪兆麟部也乘乱起事。
在此种情况下，孙中山一面于5月20日将西江、北江的部队调集到石龙，任命程潜为东江讨贼军总指挥，统率滇粤桂联军直捣叛军巢穴——惠州，并下令通缉杨坤如、黄大伟等人；另一方面，于5月23日电令许崇智固守潮汕，牵制叛军。
许崇智对洪兆麟等的叛变估计不足，变起仓促，遭到叛军的突然袭击，损失颇大，被迫向揭阳撤退。另一部遭自赣南东下的林虎部截击，损失也相当严重。两部会合后，且战且走，沿东江老隆、河源观音阁一线向惠州前进。几经苦战，于6月中旬到达博罗、增城、惠阳等地，与西路讨贼军会师。至此，东路讨贼军辗转挫折终于回到大本营。而陈炯明的叛军盘踞东江惠州、潮梅一带，顽固抵抗，达两年之久。
沈鸿英、陈炯明的叛乱相继告一段落，广州革命政府暂告平静，但是局面更加错综复杂。当时驻扎在广州附近的部队有粤、桂、滇、湘、赣、豫、鄂等军，表面上都隶属于大元帅府，然而各部暗中各据一隅，开赌收税，弄得乌烟瘴气，怨声载道。
其中只有粤军是大元帅府真正所能掌握的。主要有第四军梁鸿楷部，辖第一师李济深，包括第一旅卓仁机，第二旅陈济棠，驻防于西江肇庆、梧州；第三师郑润琦（原为魏邦平，后陈章甫，江防事变后则为郑润琦），驻防于三水、广宁、四会之间；独立旅徐汉臣，支队司令丘耀西。另外东路讨贼军许崇智部，号称十二个旅，留闽四旅，八旅回粤，经过一月转战，只有王懋功、陈德平、张民达、许济等部还算完整，驻防于龙门、博罗、增城之间。
李福林的第三军只剩下残缺的两个旅，返回广州河南驻防。
以上各部总计约2。5万人。
滇军总司令杨希闵，所属五个旅，旅长分别为杨希闵、杨如轩、杨池生、范石生、蒋光亮。进入广州后，扩编为五个师。后来杨如轩、杨池生叛变，投奔江西赖世璜。滇军一部驻防东江，警戒陈炯明，另一部驻防广三铁路沿线，及南海、清远、广州之间。全军共约人枪2。5万。
桂军总司令刘震寰，大部分驻扎东莞、石龙、樟木头，警戒惠州，小部分驻扎广州。共约人枪1。2万。
赣军总司令朱培德（原驻粤滇军，曾改编为拱卫军，后改编为赣军。），驻于花县、从化、禺北一带，共有人枪4000余。
湘军总司令谭延闿，大部驻湘南，粤北，共约人枪2。4万。
豫军总司令樊钟秀，原属河南民军，对孙中山无限崇敬，千里迢迢来投奔革命。全军3000人枪，驻防南雄、始兴间。
此外尚有于右任的陕军，路孝忱的晋军，但懋辛的川军等，只有旗帜，没有军队。
陈炯明部叛军号称五万之众，盘踞东江，虎视眈眈。邓本殷则占据南路八属及海南岛，也拥众两万，不时骚扰。
在这种情况下，孙中山很清楚的认识到当前的第一要务就是：团结各方力量，巩固本党，统一广东根据地。做不到这些，建国大计就无从谈起。