顺治二年，弘光二年，清军抵达扬州，集结了大批军队，形成重重包围。奉命镇守扬州的史可法上书南京请求派兵支援，又飞檄各镇召集援兵，但南明权臣马士英不加理会，各镇总兵仅刘肇基自高邮来援。
清军包围扬州后连连向史可法招降，均遭史可法严词拒绝。史可法面对来使，毅然回答道：“天朝无降宰相，有与城尽耳！”此时，部将李栖凤、高凤歧出城叛降，守城兵力极为孱弱。时穷节乃现，危难见英雄。留下守城御敌的均是为民族大义和史可法高风亮节所感染的豪杰之士。他们怀着与城共存亡的决心日夜坚守，屡退清兵，杀敌数千。
一个月后，清军以红夷大炮猛攻扬州西北隅，守城军民在史可法率领下前仆后继，浴血奋战。十二日后扬州城为清军所破，清军蜂拥而入，史可法自刎不及，为清军所俘。敌人百般利诱，许以高官厚禄，史可法不为所动，慷慨就义。
史可法被俘身亡后，高邮总兵刘肇基率领军民与清军展开巷战，直至人尽矢绝。清军将领多铎王爷痛恨扬州军民的拼死抵抗，下令屠城十天，纵兵抢劫屠杀，约八十万人惨遭杀害。史称“扬州十日”，在华夏历史上以血泪书写了极为惨痛的一页。
扬州军民可歌可泣，江北的明朝军队却“二十万人齐卸甲”。江北四镇之一的高杰部下，李本深、李成栋等人，望风而降。
但是颇具讽刺意味的是，这投降的二十四万明军，剃发改装之后，为清朝打起仗来，却是勇猛无比，攻无不克，立刻成为了清朝平定江南、两广的得力干将。
清军铁蹄已兵临南京城下，然弘光君臣却毫无紧张之感，以为凭借长江天险便可守住江南半壁江山。弘光帝朱由崧日日沉迷酒色戏曲，建广厦、选秀女、耽声色。一旦有人进谏，朱由崧便言：“天下有老马（马士英）在，我又何虑？”
然马士英不过庸常之人，胸无大略，难堪大任。他信任阮大铖，而阮大铖只知编写戏剧取悦弘光帝。时人曾在长安门上写下一副对联，讽刺当时之势：
弘主沉醉未醒，全凭马上胡诌；羽公凯歌以休，且听阮中曲变。
扬州失守三日后，马士英方才召集朝臣商议防御之事。然而朱由崧对此全无兴趣，他喝断了大臣们的争执，称：“大婚要紧！”于是，朝臣、太监们便开始忙着四处选秀女、索珍宝。
清军自镇江渡江，一路南下，如入无人之境。弘光帝忙弃南京逃往芜湖。在芜湖，江北四镇之一的靖南侯黄得功为护主力战而死，弘光帝被擒。
朱由崧被押解途中，沿途百姓知是弘光帝，夹道唾骂，甚至投石相击。朱由崧经受了一路的凌辱，到北京后即被清廷处决。至此，弘光一朝的短暂春梦，彻底梦碎！
南京洪武门大开，时任南京守备的明朝勋臣之后赵之龙率保国公朱国弼、隆平侯张拱日等人垂首迎降；文臣除了王铎、钱谦益以外，还有大学士蔡奕琛、侍郎朱之臣等人，皆跪而降清；而翰、詹、科、道、部、寺官，投降者不可胜记。
钱谦益，明末和弘光朝著名的“清流”，东林党领袖，秦淮名妓柳如是之夫。柳如是志操高洁，慷慨爱国，铮铮风骨。清军兵临城下时，柳如是劝钱谦益与其一起投水殉国，钱谦益沉思无语，最后走到池边，言道：“水太冷，不能下”。柳如是“奋身欲沉池水中”，却被钱谦益救起。
钱谦益降清后，以赵之龙的名义发檄四方，谕命降顺，洋洋洒洒，将大清的功德赫赫，渲染得淋漓尽致，义正辞严。
南京城中，并非“更无一个是男儿”。赵之龙出降前，为清朝入户部封库，进士出身的户部郎中刘成治奋拳殴之。听说众臣齐降的消息，刘成治慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报大明朝廷吗？”他题字壁上：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”之后掷笔于地，自缢殉国。
同时，南京镇守太监韩赞周，听闻清军进程，立即悬梁自尽，以残身殉国。常在秦淮河百川桥下行乞的一名乞儿，在桥上题诗：“三百年来养士朝，如何文武尽皆逃。纲常留在卑田院，乞丐羞存命一条。”写罢，投河殉国。