永历七年五月，郑成功侦知清军火药钱粮不继，于是诱敌决战，趁清军大举渡河之际，以火攻大破金砺，取得海澄战役的胜利，海澄得保安全。海澄战役以后，金砺被清廷召回京师，双方再度处于相持局面。
永历七年五月，清军两度大败后，顺治帝敕封郑成功为“海澄公”，郑成功不接受。十一月，顺治帝再度敕封，并承诺给予一府（泉州府）之地安置兵将，郑成功仍不接受。
永历八年，定西侯张名振见清军已将军力集中于福建，则江、浙等地防务势必空虚；于是乃向郑成功请师，率领百艘战舰北上，图取江南地区。张名振的北伐之师沿长江进攻，直达金山寺，威胁南京城；但因后援接济不及，只得回师。二月，清廷再遣使与郑成功，承诺给予兴化、泉州、漳州、潮州四府地方；郑成功再拒绝之。八月，清又遣使往议；郑成功谓“我一日未受诏，父一日在朝荣耀”，又一次拒绝清朝提出的条件，坚持抗清。
永历八年，南明西宁王李定国与郑成功联系，希望从东、西合力进攻广东，则明朝势力得以合流；若再沿长江北伐，攻赣、皖、苏各省，则复兴大业有望矣。郑成功派林察、周瑞督军西进，却因故延误了与李定国的约期；致使李定国孤军奋战，虽克复肇庆，却于广州城外大败而回。李定国本来对与郑成功会师北伐，抱有很大期待，甚至促成李、郑连姻来巩固盟谊；但却因郑成功屡愆军期而误了大事，李定国对此相当失望。
永历十二年，郑成功统率水陆军十七万与浙东张煌言会师，大举北伐。大军进入长江之前，于羊山海域遭遇飓风，损失非常惨重，只得暂且退回厦门。
永历十三年，郑成功再次率领大军北伐，会同张煌言部队顺利进入长江，势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，接连取得定海关战役、瓜州战役、镇江战役的胜利，包围南京，开始了江宁白土山之役。张煌言部亦收复芜湖一带十数府县，一时江南震动。后因郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败，损兵折将，包括甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英等大将皆死于是役。郑成功兵败后，试图攻取崇明县，做为再次进攻长江的阵地，却久攻不克，只好全军退回厦门。
南京之战可说是郑成功生涯当中最辉煌及最重要的一役，郑成功甚至为此写下了气吞山河的豪言：“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱。”然而此役却是先盛后衰，以大败收场，使郑成功的反清大业受到致命挫折。因此南京之战后，郑成功开始思考自己今后的去路。
“国姓爷，那个……张玉乔求见。”“张玉乔？哦，让她进来罢。”张玉乔对郑成功行过礼后便道：“妾身今日前来，是想冒大不韪，向国姓爷进言。”“哦？你有何要说？”
张玉乔娓娓道来：“自永历元年，国姓爷在小金门起兵抗清后，多年来转战浙、闽、粤等行省东南沿海，曾多次帮助大明宗室与曾渡海定居台湾及东南亚各地。此外，您还让商人们领取郑府令牌和‘国姓爷’旗号，以帮助保护他们在海外经商时的安全。然而如今，您统领数万人的大军抗清，却始终没能取得大面积土地的长期控制权，这便使得我军粮饷无以为继。若要筹备粮饷，只能通过海外贸易筹备粮饷。可这又实非长久之计。”