亚太地区领土争端产生的原因是复杂的和多方面的，而且视具体个案各有不同，但总起来看，主要有经济、历史、战略安全、国际法、国际政治等因素。
一、经济因素
亚太地区诸多领土争端在很大程度上是一种海洋资源之争。20世纪六七十年代，随着亚太地区国家经济的迅速发展，对资源的需求不断增加，同时科学技术的巨大进步，使得人类获取资源的步履由陆地移向蔚蓝的海洋，开发利用海洋资源的能力得到前所未有的加强。在此时期，亚太地区一系列海洋资源和油气资源勘探活动取得了巨大进展，一些在此前从未被人注意的蛮荒海岛地区被证明具有广阔的油气资源前景。1980年代《联合国海洋法公约》开始颁布和实施，其中有关设立专属经济区和划分大陆架的规定，进一步从法律角度强化了亚太地区各国关于海洋权益的观念。以此为背景，亚太地区的领土争端开始掀起了波澜。
南沙群岛海域在1970年代之前，局势相对平静。这一时期，虽然1955年成立的南越政权（RVN）声称对西沙和南沙群岛拥有主权，还发生了菲律宾人入侵南沙群岛的“克洛马事件”，但中国对该地区的主权地位并未受到多大的挑战，南沙群岛争端也不为国际社会所注意。但在1960年代末，在南沙海域进行的有关地质勘探活动发现，在该地区海底可能蕴藏着丰富的石油天然气资源。这一发现，昭示着南沙海域在经济方面的极大的价值，周边国家开始向这片海域投去觊觎的目光，竞相抢占南沙岛礁，使得南沙争端出现白热化 1973年世界石油危机的发生，更凸显了石油资源的重要性，加剧了南沙争端。
中日钓鱼岛争端的背后也有着十分明显的经济因素，同样与石油资源密切相关。从日本投降到1960年代末的20多年里，钓鱼岛问题并不突出。但在1967年，美国地质学家埃默里经过大量的研究后发表了《埃默里报告（Emery Report）》，该报告认为，在日本九州与台湾之间的地带具有很大的石油潜力。1968年，美国以“联合国亚洲经济委员会”的名义，勘测台湾海峡以北的海底资源，同样发现在钓鱼岛一带50万海里的海底蕴藏着丰富的石油资源。这一发现，使得缺乏石油资源的日本开始对钓鱼岛发生了浓厚的兴趣，从而开始了一系列有计划的侵占钓鱼岛的行动。
日韩两国竹岛主权之争同样具有经济背景，它同两国渔业界对日本海渔业资源的争夺，还有200海里专属经济区的划分紧密相关。按照日本的计划，它要在竹岛与郁陵岛中间划定200海里专属经济区的界线。这不仅牵涉到岛屿主权问题，同时关系到海底蕴藏的丰富渔业资源和非生物资源的分配问题。正如一位日本官员所说，“问题不在于领土及领海上”，关键是“要对新设立的经济水域内的管理做出规定，建立包括允许在对方水域捕鱼的新渔业秩序”。
二、历史因素
亚太地区领土主权争端的发生，大都有着历史背景，或是有关争议在历史上早已有之，或是某些特殊的历史因素充当了领土争端的诱因。
从历史上看，中国是最早发现、开发和经营南沙群岛的国家，南沙群岛理所当然的主人。这方面有大量、充分的历史和地理记载为证。截止到20世纪30年代之前，南海一直风平浪静，南沙群岛也本无争议。中国对南沙群岛的主权得到了世界范围的广泛承认，西方人把南沙群岛所在的南海称为“南中国海”（South China Sea）甚至“中国湖”（China Lake）。南沙群岛主权之所以后来成为“问题”并酿成争端，除了经济因素外，还与30年代以后外国殖民主义势力侵略南沙群岛的历史有着密切的关联。
19世纪下半叶，中国日渐贫弱，曾经享有赫赫声威的“中央帝国”已是日薄西山，西方殖民主义势力长驱直人亚洲，在经历了鸦片战争、中日甲午战争、中法战争等几次屈辱的对外战争之后，中国周边国家如朝鲜、越南等一一落人日、法等国家的殖民统治之下，中国南海也成为西方殖民主义的侵略对象，尤其是法国和日本先后对南沙群岛进行了一系列的严重侵略活动。1931年日本侵略中国东北之后，统治越南的法国殖民者乘人之危，于12月4日声称安南对西沙群岛拥有所谓“先有权”。1933年，法国派炮舰“阿勒特”号（Alerte）和一艘测量船侵占了南威岛等9座南沙岛礁，并与同年12月17日由法国总督巴士基下令将所占南沙岛礁划人南省管辖，时称“九小岛事件”。法国的侵略行为当时遭到了中国人民和政府的坚决反对和抗议。1939年3月30日，日本将法国人驱逐出南沙，取而代之。同年，日本将所占东沙、西沙、南沙等群岛一并命名为“新南群岛”，隶属台湾南雄县治。法国和日本对南沙群岛的侵略为日后南沙争端的泛起埋下了隐患。在南沙群岛多边争端中，越南是挑战中国南沙群岛主权的首要对手，它对南沙提出全部主权要求的主要依据就是所谓的“历史权利”它声称自己是从法国手中直接继承了对南沙群岛的主权。此外，越南认为，在战后于1951年签署的《旧金山和约》中规定日本“放弃对于南沙群岛及西沙群岛之权利、权利依据与要求”，但并没有明确规定日本放弃的这些领土具体由哪些国家收回，越南认为和约中的上述条款规定的是越南的权利，这是越南企图侵占南沙的另一个借口。
历史因素同样是造成日俄北方四岛争端的主要原因之一。《雅尔塔协定》中秘密条款的出台和苏军在日本投降后占领北方四岛都是在特定历史条件下的产物，这里既有一定的历史必然性，又有着偶然的历史因素在起作用。
三、军事战略与安全因素
亚太地区一些领土争议地区，恰好位于战略要地，对军事，安全具有十分重要的价值，从而引得各方竞相争夺，结果加剧争端或者因此而增大了解决争端的难度，使问题久拖不决。
从日俄领土争端来看，俄罗斯迟迟不愿归还所占日本四岛，原因之一就是军方的反对，军方认为，考虑到北方四岛的地理位置和它在军事上的重要性，归还该地将严重损害到俄罗斯的利益和在远东地区的战略地位冷战时期，苏联一直拒绝将四岛交还日本就主要是以安全为由。苏联解体后，北方四岛对俄罗斯在军事战略上的意义仍然十分重要。它是俄现今所剩无几的自由出海口中条件最佳的一个。而且，四岛与千岛群岛一起构成俄罗斯在远东的重要门户。有了这一门户，鄂霍次克海才能成为俄罗斯真正意义上的内海，部署此间的军事重地才得以免受外部的威胁。同时，北方四岛还充当着俄罗斯在远东地区牵制美、日的战略要点的作用。因此，俄罗斯军方一直反对向日本交出北方四岛。
南沙群岛是又一个典型的例子。南沙群岛不仅是一块资源宝地，而且地处险要，在地缘政治和军事安全上具有十分重要的战略地位。它位于海上交通要冲，西南部经马六甲海峡与印度洋相接，是从亚洲驶往印度洋、中东、欧洲的最近航路，沟通两大洋和联系三大洲的海上枢纽。世界上十分之一强的石油产品由中东运往日本和美国要取道马六甲海峡，中国和东南亚地区各国的海上货物运输也依赖这条海上航道。此外，它还是其他许多世界重要航线的必经之地。因此，谁拥有了南沙，就等于获得了“一笔战略财富”，可以对经过该地区的重要航路有效地施加影响。这一点无疑也是促使周边国家趋之若鹜争夺南沙的一个动因。而且，也正是考虑到南沙的重要战略地位，美、日等各大国均对南沙群岛争端始终给予了特别关注，并通过各种途径直接或间接地对南沙周边国家施加影响，以谋求或保障自身利益。
四、国际海洋法因素
亚太地区的几大领土争端问题几乎都与岛屿主权的归属有关，与此相联系，战后国际海洋法的实践无疑对这些争端的形成和发展产生了深刻影响。
二战以后，随着科学技术的进步以及人类开发和利用海洋资源的深入发展，世界各国争夺海上权益的矛盾变得突出起来，同时，战前存在的体现帝国主义发达国家利益的传统海洋法规已不能适应时代的需要，广大发展中国家掀起了反对海洋霸权主义、争取200海里海洋权的斗争，要求建立适应新形势的世界海洋新秩序。1958年联合国召开了第一届海洋法会议，通过了《领海及毗连区公约》、《公海公约》、《捕鱼与养护公海生物资源公约》和《大陆架公约》等四项公约。但这些公约仍然有许多不足之处，当时150个国家中，只有40个国家签字批准和加入。1960年代末至70年代初期，国际社会就进一步革新海洋法以及对勘探和开发海洋资源进行规划等诸多问题进行了数年酝酿和讨论。1973年联合国召开了第三次国际海洋法会议，正式开始讨论和修改现行的国际海洋法，此后经过了长达7年的协商，最终于1982年诞生了一部新的国际海洋法，即《联合国海洋法公约》。该公约的产生，一定程度上体现了发展中国家的要求，可谓是发展中国家与发达国家进行斗争的一个成果，对建立新的国际海洋秩序具有重要意义。
但与此同时，就亚太领土争端而言，战后一系列国际海洋法的出台也带来了一定的负面影响。首先，根据《联合国海洋法公约》的规定，位于外海的岛屿只要满足适宜人类居住和能够维持自身经济生活的法定条件，都可以拥有自己的领海、毗连区、专属经济区和大陆架。这些规定使得海洋中岛屿的价值突然为世界各国所重视，昔日一些无人问津的蛮荒海岛在新海洋法下也显现出可观的经济利益前景。这样，围绕有关岛屿进行的争夺海洋权益的斗争一时变得炙手可热，一些潜在的岛屿争议纷纷出现升温和激化的趋势。其次，国际海洋法是立足于国际社会的总体而制定的普遍性原则，是各种势力斗争和调和的产物，其中某些条款和规定难免失之于笼统和模糊》一旦应用于具体的、复杂的现实情况时便显得有些捉襟见肘，从而为争议方之间各种相互歧异的主张或解释留下了空间，为领土纷争埋下了冲突的种子。第三，20世纪50年代国际海洋法四项公约和80年代《联合国海洋法公约》的实施，成为刺激各国寻求和扩大自身海洋利益的一个契机，在实际上充当了亚太地区岛屿领土争端升级的催化剂。当各国根据相关国际海洋法公约纷纷扩大近海管辖权、设立本国的12海里领海范围和200海里专属经济区时，围绕有争议岛屿的所有权和法律地位而产生的严重利益冲突便凸显出来了。
从20世纪60年代末开始，菲律宾、马来西亚、文莱等从未对南沙提出过主权要求的东南亚国家纷纷侵占南沙岛礁，并以所占岛礁为基线划分专属经济区，他们恶意抗辩、挑战中国主权的主要法理凭据就是1958年的四项海洋法公约和1982年的《联合国海洋法公约》中有关大陆架和专属经济区划分的规定。中日钓鱼岛争端在60年代末70年代初随着日本进行的一系列侵占和控制行动，趋于激化。1992年，中国全国人大通过《领海及毗连区法》，其中写明“台湾及其包括钓鱼岛在内的附属各岛”为中国领土，日本对此反应强烈。1996年7月20日，日本政府宣布开始实施的200海里专属经济区范围，也将钓鱼岛包括在内。日韩竹岛争端也因涉及两国划分专属经济区的问题和渔业资源的分配而波折横生。由此可见，国际海洋法因素是影响亚太地区岛屿领土争端的要素之一。
五、政治因素
所谓政治因素，包含国内政治和国际政治两个方面。国内政治包括民族主义情感和政局变动等，国际政治主要指国家间关系和国际政治格局。
亚太地区国家大都在历史上程度不同地经受过西方列强的殖民统治。中国在百年近代史上，屡受列强入侵，饱尝签订不平等条约以及割地、赔款的屈辱，朝鲜半岛遭受日本残酷的殖民统治达半个多世纪之久，越南、菲律宾等国也有着长期遭受殖民统治的经历，历史的创伤使得这些亚洲国家对领土主权问题特别敏感，领土主权很容易勾起民族主义的情感，触及民族与国家尊严的神经。另外，国内政局的变动和党派斗争也可能波及到各国对待岛屿主权争端的政策。一国内部党派政治斗争的需要可能人为地将公众的注意力引向如领土争端之类的对外政策问题，导致争端升温。政局变动同样可以影响处理与别国领土争端的方式或政策倾向5如20世纪90年代随着日本政治的右倾化，日本在中日钓鱼岛争端问题上出现强硬化的政策趋向，日本右翼势力在钓鱼岛进行了诸如登岛、设置灯塔等多次挑衅活动。
一国国内政治的状况以及大国关系和国际政治格局也对亚太地区领土争端的演变有着重要的影响。举南沙群岛争端为例。一方面，南沙争端的发展状况受制于争端国之间的政治关系，关系状况良好时，争端形势呈现较为缓和的状态，当关系紧张时，争端也会加剧。另一方面，美、日、俄等大国从各自战略利益考虑，不愿任何一方独占南海主权，尤其是美国对正在崛起的中国处处抱着防范和遏制的态度，对中国拥有南沙持反对或消极态度，希望各国分割南沙群岛的局面能长期维持下去，这势必会对南沙争端的解决及其发展走向产生影响。