1989年6月23日至24日，中共十三届四中全会在北京召开。全会分析了近两个月来全国的政治形势，指出极少数人利用学潮，在北京和一些地方掀起了一场有计划、有组织、有预谋的政治动乱，进而在北京发展成了反革命暴乱。他们的目的，就是要推翻中国共产党的领导，颠覆社会主义的中华人民共和国。在这场关系到党和国家生死存亡的斗争中，中共中央采取了坚决制止动乱、平息反革命暴乱的决策和一系列重大措施，都是必要和正确的。全会认为，赵紫阳在关系党和国家生死存亡的关键时刻犯了支持动乱和分裂党的错误，对动乱的形成和发展负有不可推卸的责任，其错误的性质和造成的后果是极其严重的。他在担任党和国家重要领导职务期间，虽然在改革开放和经济工作方面做了一些有益的工作，但是在指导思想上和实际工作中也有明显的失误。特别是他在主持中央工作以来，消极对待坚持四项基本原则、反对资产阶级自由化的方针，严重地忽视党的建设、精神文明建设和思想政治工作，给党和国家的事业造成了严重的损失。鉴于赵紫阳的上述严重错误，全会决定，撤销他的中央委员会总书记、政治局常委、政治局委员、中央委员和中共中央军委第一副主席的职务，对他的问题继续进行审查。随后召开的全国七届人大常委会第八次会议撤销了他的中华人民共和国中央军事委员会副主席的职务。
全会对中央的领导机构的部分成员进行了必要的调整：选举江泽民为中央委员会总书记，增选江泽民、宋平、李瑞环为中央政治局常委，政治局常委会由江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环6人组成；决定增补李瑞环、丁关根为中央书记处书记。免去胡启立中央政治局常委、中央政治局委员、中央书记处书记的职务。免去芮杏文、阎明复中央书记处书记的职务。这就形成了以江泽民为核心的中国共产党新的中央领导集体。这是继毛泽东为代表的第一代领导集体、以邓小平为代表的第二代领导集体之后确立的第三代领导集体。这对坚定不移地沿着有中国特色的社会主义道路继续前进，提供了最重要的组织保证。
1989年9月4日，邓小平致信中央政治局，向中央请求辞去现在担任的中共中央军事委员会主席职务。邓小平在信中说，1980年我就提出要改革党和国家的领导制度，废除干部领导职务终身制。近年来，不少老同志已相继退出了中央领导岗位。1987年，在党的第十三次全国代表大会召开以前，为了身体力行地废除干部领导职务终身制，我提出了退休的愿望。当时，中央反复考虑我本人和党内外的意见，决定同意我辞去中央政治局常委、中央政治局委员、中央顾问委员会主任的职务，退出中央委员会和中央顾问委员会；决定我留任党和国家的军委主席的职务。此后，当中央的领导集体就重大问题征询我的意见时，我也始终尊重和支持中央领导集体多数同志的意见。但是，我坚持不再过问日常工作，并一直期待着尽早完成新老交替，实现从领导岗位完全退下来的愿望。
邓小平在信中说，党的十三届四中全会选出的以江泽民同志为首的领导核心，现已卓有成效地开展工作。经过慎重考虑，我想趁自己身体还健康的时候辞去现任职务，实现夙愿。这对党、国家和军队的事业是有益的。恳切希望中央批准我的请求。我也将向全国人民代表大会提出辞去国家军委主席的请求。作为一个为共产主义事业和国家的独立、统一、建设、改革事业奋斗了几十年的老党员和老公民。我的生命是属于党、属于国家的。退下来以后，我将继续忠于党和国家的事业。我们党、我们国家和我们军队所取得的成就是几代人努力的结果。我们的改革开放事业刚刚起步，任重而道远，前进中还会遇到一些曲折。但我坚信，我们一定能够战胜各种困难，把先辈开创的事业一代代发扬光大。中国人民既然有能力站起来，就一定有能力永远岿然屹立于世界民族之林。
1989年11月6日至9日，中共十三届五中全会在北京召开。全会通过了《关于同意邓小平同志辞去中共中央军事委员会主席职务的决定》。全会认为，邓小平同志从党和国家的根本利益出发，在自己身体还健康的时候辞去现任职务，实现他多年来一再提出的从领导岗位上完全退下来的夙愿，表现了一个伟大的无产阶级革命家的广阔胸怀。与会全体同志对他身体力行地为废除干部领导职务终身制作出的表率，表示崇高的敬意。全会高度评价了邓小平的革命历史和对中国共产党和中华人民共和国建立的卓著功勋。
全会在充分酝酿的基础上，决定江泽民为中共中央军事委员会主席，杨尚昆为中共中央军事委员会第一副主席，刘华清为中共中央军事委员会副主席，杨白冰为中共中央军事委员会秘书长。
经过中共十三届四中全会、五中全会，中共中央已完成了第二代中央领导集体向第三代中央领导集体的交替。这对于保证党的政策的稳定性、连续性，实现国家的长治久安，具有极其重要的意义。
开辟对外开放的“西部通道”
自中共十一届三中全会以后，我国的改革开放迈出了强有力的步伐。东部沿海地区兴建了经济特区，大力发展外向型经济，取得了令世人瞩目的成绩，与此同时，我国西部地区也积极从自身优势出发，正在开辟一条对外开放的通道。这一对外开放的新途径即被称为“西部通道”。它是指西部地区利用西北穆斯林地区的关系，发展同中东阿拉伯国家、乃至伊斯兰世界的经济文化合作关系；大力开展西部边境贸易，发展同苏联等国，乃至东、西欧国家的经济技术交流。
改革开放以来，西北地区与中东阿拉伯国家间的经济文化关系，已由相互间的考察了解进入携手合作的新阶段；西部边境省区与邻国的边境贸易逐年成倍地增长。西北地区与中东阿拉伯国家之间在8C年代开始的那种官方和宗教界的“互访热”，已发展到经济、金融、工商等领域；西北的商品、劳务也进入了中东市场，并赢得了信誉。同时，中东的“石油美元”开始向我国投资。而在西部边境口岸，地方对外贸易也呈现出一派繁荣景象。据国家统计局报告，1988年中国同苏联、蒙古、巴基斯坦等国的边境贸易额达6.53亿美元，比1987年增长1.37倍。1989年头5个月均有更大发展。这表明，沉寂了不少世纪的“丝绸之路”正在悄然复苏，我国适时地开辟“西部通道”是势所必然。
西部地区地大物博，资源丰富，是块富有魅力的待开发宝地；农牧业较为发达，各工业门类初具规模，尤其是清真食品和轻工产品为中东和苏联及东欧各国所瞩目，西部的开发和开放，为这一地区带来了新的活力：西北五省区已办起三资企业120多家，利用外资近4亿美元，1988年五省区的出口创汇额已达9亿多美元；西部地区边境贸易发展迅速，如新疆1988年对苏联的地方贸易出口成交额达7.8亿瑞士法郎，比1987年增长近6倍，西部边境地方贸易已向工程承包、合资经营、来料加工、劳务合作、科技交流等多方面、多形式、多区域延伸发展。
国家对西部地区的对外开放，给予了积极的支持，并制定了许多优惠政策。西部地区也对未来充满了信心，积极改善投资环境，以谋求更大的发展。西北一些省区兴建一批铁路、机场，以改善交通。其中北疆铁路已在1990年与苏联接轨，已成为沟通亚欧两大洲的“大陆桥”。同时，西北地区还兴建了一批对中东和东欧适销的工农业出口基地，并联系内地一些省份扩大向西开放的经济势力。
总之，在国家的大力支持以及西部各省区的积极努力，这条对外开放的“西部通道”已成为我国对外开放的又一重要途径，并在我国的现代化建设中发挥着日益重要的作用。