邓小平在论述政治体制改革的必要性和迫切性的同时，也提出了这项改革的目的、原则和主要内容。1986年9月13日，他在听取中共中央财经领导小组的汇报时，比较具体地谈到我国政治体制改革的目的和内容。他说：“政治体制改革包括什么内容，应该议一下，理出个头绪。我想政治体制改革的目的是调动群众的积极性，提高效率，克服官僚主义。改革的内容，首先是党政要分开，解决党如何善于领导的问题。这是关键，要放在第一位。第二个内容是权力要下放，解决中央和地方的关系，同时地方各级也都有一个权力下放问题。第三个内容是精简机构，这和权力下放有关。”他还说，“改革总要有一个期限，不能太迟，明年党的代表大会要有一个蓝图”。
1986年11月9日，在会见日本首相中曾根康弘时，他再次强调指出，政治体制改革“要向着三个目标进行”。“第一个目标是始终保持党和国家的活力。这里说的活力，主要是指领导层干部的年轻化。”他发出感慨，“哪一天中国出现一大批三四十岁的优秀的政治家、经济管理家、军事家、外交家就好了。同时，我们也希望中国出现一大批三四十岁的优秀的科学家、教育家、文学家和其他各种专家。要制定一系列制度包括干部制度和教育制度，鼓励年轻人”。“第二个目标是克服官僚主义，提高工作效率。”邓小平认为效率不高固然同机构臃肿、人浮于事、作风拖拉有关，“但更重要的是涉及党政不分。在很多事情上党代替了政府工作，党和政府很多机构重复。我们要坚持党的领导，不能放弃这一条，但是党要善于领导”。“第三个目标是调动基层和工人、农民、知识分子的积极性。”他强调“领导层有活力，克服了官僚主义，提高了效率，调动了基层和人民的积极性，四个现代化才真正有希望”。
在论述政治体制改革的过程中，邓小平特别强调从中国的国情出发。他指出，中国的政治体制改革，既无过去的经验。又无现成的模式可循，所能遵循的只能是实事求是，一切从实际出发。1986年9月29日，他在会见波兰领导人时说：“我们两国原来的政治体制都是从苏联模式来的。看来这个模式在苏联也不是很成功的。即使在苏联是百分之百的成功，但是它能够符合中国的实际情况吗？能够符合波兰的实际情况吗？各国的实际情况是不相同的。我们现在提出政治体制改革，是根据我国的实际情况决定的。”在9月13日的谈话中，他还指出：“在改革中，不能照搬西方的，不能搞自由化。过去我们那种领导体制也有一些好处，决定问题快。如果过分强调搞互相制约的体制，可能也有问题。”
邓小平还一再强调政治体制改革“需要更加审慎从事”。他说：“政治体制改革的内容现在还在讨论。这个问题太困难，每项改革涉及的人和事都很广泛，很深刻，触及许多人的利益，会遇到很多的障碍，需要审慎从事。”他强调“国家这么大，情况太复杂，改革不容易，因此决策一定要慎重，看到成功的可能性较大以后冉下决心”。他还说：“搞改革完全是一件新的事情，难免会犯错误，但我们不能怕，不能因噎废食，不能停步不前。胆子还是要大，没有胆子搞不成四个现代化。但处理具体事情要谨慎小心，及时总结经验。小错误难免，避免犯大错误。”
在邓小平的建议下，1986年10月，党中央成立了政治体制改革研讨小组。在中央政治局常委的直接领导下，研讨小组在将近一年的时问里，组织各有关方面的实际工作者和部分理论工作者分专题就中国政治体制的利弊、宗旨、目标、内容等，进行了反复的讨论和研究，最后形成了政治体制改革的总体设想。这个总体设想，经党的十二届七中全会通过，同意交党的十三大讨论。十三大关于政治体制改革的系统阐述，是邓小平关于政治体制改革思想的集中发挥，为中国的政治体制改革指明了方向。