全国整党工作从1983年冬季开始，经过3年半时间，到1987年5月基本结束。这次整党基本上都是按照中共中央整党决定规定的四项基本任务和基本方针、政策、部署进行的，并注意根据形势的发展和各单位各部门的具体实际，在突出解决的问题上各有侧重。三期整党相互联系、相互促进，形成整党的全过程。
1987年5月26日至30日，中央整党工作指导委员会在北京召开全国整党工作总结会议，标志着全国整党工作基本结束。中指委常务副主任薄一波代表中共中央和中指委，在会上作了《关于整党的基本总结和进一步加强党的建设》的重要报告。这次会议既是全国整党工作的基本结束，又是经常性党的建设的新起点。
薄一波在报告中对整党工作作了实事求是的评估。他说，总的说来，全党在恩想、作风、纪律、组织四个方面，都比整党前有了一定进步，党内存在的三个严重不纯的状况，已有了改变，同时，还积累了一些正确处理党内矛盾和问题的重要经验。这些都为新时期党的建设的加强和发展，奠定了一个比较良好的基础。但是，整党工作发展不平衡，有一部分单位包括一些高、中级党政领导机关，没有全面完成整党的四项基本任务，有的甚至走了过场，以致影响和损害了整党工作在群众中的声誉。整党搞得比较好的单位，在党风和其他方面也还遗留了一些问题，需要在今后经常性的党建中继续加以解决。
报告还指出了这次整党的主要经验。薄一波认为这次党的全面整顿，是新时期加强党的建设的一次重大实践，既有宝贵的经验，又有深刻的教训。他说，这次整党没有采取大轰大嗡，大搞“群众运动”的方式，成功地避免了过去政治运动中盛行的一套“左”的做法。在这次整党中，始终注意了正确处理整党工作同改革、经济工作的关系，做到了两不误。各级整党工作都坚持贯彻执行整党促改革、促经济的根本指导思想，注意结合改革、经济工作的实际并适应它们的需要，努力通过党的思想、作风、纪律和组织整顿，为改革和经济的发展创造条件，排除障碍，增加动力。他还说，整党的实践证明，一个地方、部门和单位的整党搞得好不好，成效如何，其关键是领导班子特别是主要负责人的思想政治路线是否端正，指导思想是否明确，作风是否过硬，能否作出表率，能否全面贯彻执行中央整党决定的各项规定。他进一步指出，整党的实践还证明，任何时候都要从实际出发，有“左”反“左”，有右反右，坚持两条战线的斗争。他指出四项基本原则是我们的立国治国之本，改革、开放、搞活是我们进行社会主义现代化建设的总方针总政策，是四项基本原则在新时期的正确运用和发展。它们是党的建设有中国特色的社会主义路线的两个基本点，是相互统一、唇齿相依，缺一不可的。不坚持四项基本原则，改革、开放、搞活就必然会滑向资产阶级自由化，就搞不下去；不改革、开放、搞活，四项基本原则就会失去同实际结合的活力，就会坚持不好。因此，我们必须认识到，只有坚持有“左”反“左”、有右反右的两条战线的斗争，才能保持两个基本点的统一，保证它们的全面贯彻执行，从而也才能保证和促进党的建设和社会主义现代化建设的健康发展。
薄一波还指出要在整党的基础上把党的建设推向前进。为加强新时期党的建设，薄一波提出了5条建议：（1）坚持党要管党的原则，切实搞好党政分开；（2）加强党的思想理论建设，努力提高党员的政治素质；（3）抓紧党的作风建设，密切党和群众的关系；（4）适应新形势新任务的需要，不断加强各级领导班子的建设；（5）健全党的组织建设和制度建设，进一步提高党的战斗力。
中共中央代理总书记赵紫阳在会上就今后党的建设如何保证十一届三中全会以来的路线的贯彻执行发表了重要讲话。中指委副主任、中央军委副秘书长余秋里对军队整党工作的情况和经验作了介绍，中指委副主任，中纪委第二书记王鹤寿就执政党自身建设问题发表了讲话。
通过这次大会，对全国整党工作作了全面的总结。总的来说，参加这次整党的党员有4300多万。经过整党，一批有严重问题不合格党员受到了组织处理，33896人被开除党籍，90069人不予登记，145456人缓期登记，受到其他党内处分的184071人，此外还对一批有问题和软弱涣散的领导班子进行了调整，县级以上领导班子有一半左右进行了不同程度的充实，有力地保证了党的方针、政策的贯彻执行。但党内思想作风和组织不纯的问题仍会不同程度地存在，需要在今后经常性的党建中继续加以发展。