称雄天下的元世祖
1251年7月，拖雷的长子蒙哥举行了登基大典，成为新的蒙古大汗。
蒙哥汗即位不久，就发动了对南宋的大规模军事进攻。公元1252年，蒙哥命忽必烈率军攻取大理，以便对南宋形成南北夹击之势。
忽必烈的进军路线是取道甘肃，进西藏，然后兵分三路，直取大理。西路军由蒙古老将兀良合台及其子阿术指挥，东路军的统帅是抄合和也只烈，忽必烈自率中路军，途中舍骑徒步，翻越高山峻岭，到达金沙江畔，乘皮囊和木筏强度，很快进入大理国境内。当时的大理国王叫段兴智，此人昏懦无能，一听说蒙古大军压境，吓得满头冒汗，怎么也想不出应付的办法。1253年农历十二月，忽必烈的大军已到了大理城下，未费一兵一卒，轻而易举地攻下了城池。大理就这样被征服了。
征服大理后，忽必烈将兀良合台父子留在大理驻守，继续灭却尚未降服的州郡，自己统领大军北归，等候蒙哥汗的再次调遣。可是，忽必烈一回到中原，便发觉情况有些异常，派亲信一探听，才知原来是蒙哥汗对自己起了疑心，已经派一个近臣阿兰答儿为首组成钩考局，专门是调查忽必烈及其文武大臣的。
蒙哥汗即位后，就委任忽必烈总理漠南汉地的军国庶事。忽必烈早在为藩王时，就热心于学习汉文化，他任用汉儒，改革吏治，发展经济，取得了明显的成效，更得到北方汉族地主阶级的拥护。忽必烈的势力和声望的发展，特别是他采用汉法，不免侵犯了习惯于游牧生活，随意勒索的蒙古、色目贵族的利益，引起了这些人的嫉恨。
1256年，有人便在蒙哥面前告发忽必烈及其幕府人员。告发的人，一类是蒙古宗亲，一类是掌握天下财赋的奸臣。罪名有二：一是忽必烈受到汉族知识分子的信任，都称他为“贤王”，视作“中国之主”，愿意为他效力。这种局面不利于蒙古族的统治。这对蒙哥汗来说，自然是一很大的威胁。二是忽必烈与蒙哥在财权上发生争夺。当时在蒙哥手下的侍臣塞呸旃被忽必烈收卖，偷偷将大汗国库里的钱财供应忽必烈。在掌管陕西、河南、邢州三地期间，忽必汗唆使其幕府人员把应归蒙哥大汗的一些税收擅自送往忽必烈幕府。
蒙哥汗也感到忽必烈有野心，不予以限制不行，于是他采取了各种措施。首先，解除忽必烈的兵权，令他在家“养病”。其次，蒙哥汗派遣其亲信大臣阿兰答儿、刘太平、脱因等到陕西、河南钩考钱谷，并委阿兰答儿为行省丞相，刘太平为参知政事，授以权柄。阿兰答儿等到河南、陕西后，搜罗当地的酷吏，组成了钩考局，召集陕西宣抚司、河南经略使大小官吏，发布142条条例，对他们进行钩校括索，大开告讦之风，罗织罪名，随意处死大臣。阿兰答儿等设钩考局的主要目的是削夺忽必烈控制地区的民政、财赋大权，打击忽必烈的政治力量和实行汉法的计划。
忽必烈一回到关中，便有不少官员向他反映了这一事实，忽必烈十分生气，说道：“我现在马上返回和林，向大汗澄清真相。”
谋士姚枢在一旁默不作声，等众人走后，才对忽必烈说道：“王爷，少安勿躁！您仔细思想，大汗为何如此呢？”
“我也不解其意，望先生明示。”
姚枢不慌不忙地说道：“王爷，您如今声望显赫，为天下人拥戴，必会引起某些人的莫名嫉妒。大汗轻信小人之言，必生戒心。”
忽必烈听罢如梦方醒，连说：“先生所言极是，所言极是！”
他又接着问道：“依先生之见，我该如何做呢？”
“依臣之愚见，王爷不如立刻赶回和林去见大汗，无须辩解，全当无此事，大汗自然不会怎样！”
“那阿兰答儿的钩考局之事呢？”
“王爷只要将家眷也带至和林，做长久住下去的打算，大汗便会马上下令撤掉钩考局。”
忽必烈听后还有些不大放心，姚枢却从容不迫地说：“王爷试想，大汗不放心的人就是王爷，王爷回去了，就说明没有二心，大汗的钩考局还有何用？”
忽必烈这才彻底消除了疑团，采纳了姚枢的意见，将大部队留在关中，仅带数百名亲兵，携妻儿回到了和林。蒙哥汗见到自己的亲弟弟回来了，似乎意识到自己误听小人的谗言，冤枉了弟弟。于是，君臣大礼行过以后，蒙哥汗特设家宴为忽必烈接风洗尘。兄弟两人寒暄一阵后，蒙哥对忽必烈说道：“皇弟远征大理，日久身劳，故而召归休养，别无他意。今日皇弟为何丢下军队，自己回和林来了！”
“大哥！”忽必烈含着眼泪，略带哭腔，说道：“我们乃一母所生，亲同手足。如今大哥做了大汗，小弟岂能有二心。军队本是大汗的军队，我只是代大汗暂时统领。我回到和林，实在是因为日夜思念大哥，梦中常梦到与大哥相见畅叙；我的妻儿们在南方生活不惯，常常回忆起大漠的生活，今后我出征时就不带他们了，就让他们留在和林，服侍大哥。小弟归心似箭，所以未得到大汗的允许，便急匆匆地私自回来，望乞恕罪！”
蒙哥仍蒙在鼓里，他完全相信忽必烈所说的一切。听完忽必烈的一番诉苦后，自己竟然也潸然泪下，并走到忽必烈身旁，用言语安慰道：“我听信了奸佞之言，以至冤枉了皇弟。望皇弟饶恕！”
“大哥，你折煞小弟了！千错万错，都是小弟我的错，大哥何必自责呢？”
两人对泣了一阵，彼此便不再说什么了。蒙哥汗当即下了一道诏令：撤销设在陕西的钩考局。
第二天，兄弟两人促膝畅谈，商酌今后的作战计划。忽必烈为进一步消除蒙哥对他的怀疑，主动提出为蒙哥在漠南另造一处皇宫，作为扫灭南宋的一个据点，并请蒙哥居住于此，以便于进行总指挥，蒙哥同意了忽必烈的建议。
蒙哥尽管撤销了钩考局，但是对忽必烈的戒心并未完全消除。自他即位，七年来一直住在漠北，把漠南的军事经营完全交给忽必烈。到1256年，他突然作出了亲征南宋的决定，其目的在于通过战争来提高自己的声望，夺回中原军政权力，削弱忽必烈在漠南汉地已造成的影响。
蒙哥命其幼弟阿里不哥留守和林，诸王塔察儿率师出东路，自率主力军经六盘山、大散关等处入四川。1257年冬，蒙哥渡漠南，次年十月渡嘉陵江至白水江。十一月，攻下长宁（今四川广元西南），顺流东下，至大获山（今四川苍溪东），南宋守将杨大渊率众全部投降。蒙哥汗派人与南、东两路军联系，六个月后，派往两处的人都回来了：南路军畅通无阻，已进军至长沙；东路军却仍阻在大胜关以北，离主攻的目的地襄樊还有很长的距离。因为东路军的塔察儿指挥不力，所以节节败退。蒙哥闻知火冒三丈，立刻下令解除塔察儿的兵权，不得已改命忽必烈统领东路蒙古军。忽必烈在开平接到蒙哥汗的命令，便让妻子和长子驻守开平，自己率领军队，日夜兼程地向前挺进。他军纪严明，行军路上，不准兵士随意抢劫财物，所以颇得民心。他们冲破了南宋的一道道关口，势如破竹，一直打到了南宋的鄂州（今湖北武昌）。
这时蒙哥汗率西路军渡鸡爪滩，至石子山，开始猛攻合州（今四川合川县）。宋朝的合州守将名叫王坚，此人骁勇善战，又颇有谋略。蒙哥汗第一次率军攻城，就吃了一个败仗。蒙哥召集文武大臣商议攻城对策，试图劝降王坚，却被王坚将使者斩首，悬挂城门楼上。蒙哥看见劝降失败，便发起强攻。合州军民，齐心协力，坚守城池，多次打败蒙古军的进攻，坚持六个月未被攻破。后来蒙哥又亲自率军攻城，不料被一块飞石击中了头部，落马而逃，撤回钓鱼山（四川合川县东）营中。时值盛夏，酷热难耐，加上南方的潮湿之气，蒙哥军中皆为蒙古人，不习南方水土，所以军中疫疠流行，兵士病死者甚多。蒙哥亦染疾，卧床不起，很快就死于钓鱼山。
忽必烈刚刚将鄂州城包围，蒙哥汗的死讯便传来了。蒙哥这一死，的确太突然了。而且他在生前也未留下任何遗言，究竟谁来继承蒙古大汗位。忽必烈的几个谋士都建议他立即罢兵北还，争夺大汗之位。忽必烈也感到现在是天赐良机，此时不夺汗位，更待何时？但是，他认为南宋尚未扫平，而眼看就要获胜了，此时北归，岂不前功尽弃！正在犹豫不决时，南宋政府屈膝投降，派右丞相贾似道来见忽必烈，要求媾和，忽必烈接受了这一要求。双方签订了“鄂州之盟”。按照盟约规定：蒙古军撤退北还，两国以长江为界，南宋每年向蒙古进贡白银20万两，绢20万匹。盟约签订后，忽必烈马上撤离鄂州，挥师北上，争夺汗位。
蒙哥的战死，使忽必烈少了一个劲敌，扫除了忽必烈成就王霸之业的障碍。忽必烈在征灭南宋中，又把东路军的军权控制在手里，加强了他的军事实力。然而这时，蒙哥的几个亲信旧臣，如阿兰答儿、刘太平等都站在了阿里不哥一方反对忽必烈，而漠南汉地的封建地主阶级士大夫几乎都一致地站在忽必烈一方。从此，另一场蒙古统治阶级内部的斗争开始了。
蒙哥汗战死钓鱼山，这使蒙古阵营群龙无首。于是，谁来继承大汗之位，成为急待解决的一件大事。
此时，忽必烈正在围攻南宋的鄂州城，闻知蒙哥汗的死讯后，仍不肯罢兵北还，说：“我奉大汗之命攻打宋，如今寸功未立，岂能无功而还？”忽必烈的谋士郝经、廉希宪向他建议道：“何不趁此机会北还即汗位！”郝经还建议：“现在应立即派军队去迎接蒙哥的灵车，抢先夺去大汗的宝玺。”忽必烈觉得所言有理，于是采纳了他们的意见，与南宋宰相贾似道签订了密约，免除了后顾之忧，就统领军队北还。
1260年3月，忽必烈在塔察儿、穆相哥、赤因铁木儿等一批蒙古贵族的支持下，在开平登上了大汗的宝座，建元中统。他任用汉地的知识分子，仿效汉人的政治制度，设立中书省、十路宣抚司及负责中原地区政务的燕京行中书省等行政机构，以巩固其在中原的统治地位。
于此同时，忽必烈的幼弟阿里不哥也在漠北的和林召开忽里台（蒙古语，即蒙古和元朝的诸王大会）。自立为汗，占据了漠北的广大地区。最初，蒙哥汗南征灭宋时，令阿里不哥驻守蒙古的大本营开平，并统领漠北的蒙军。蒙哥汗战死的消息传到和林后，皇后忽都台及蒙哥的几个儿子，还有窝阔台的后裔阿速带和察合台的后裔阿鲁忽，以及相当一批蒙古老臣都纷纷表示支持阿里不哥为汗，因为这些人早就对忽必烈的实行汉法措施大为不满，对忽必烈一直存有戒心。此外，驻军六盘山的蒙古军主帅浑都海、主持陕西政务的刘太平及四川的蒙古军的不少将领，也都拥戴阿里不哥继汗位。阿里不哥在谋士阿兰答儿的策画下，更是积极地谋夺汗位。
早在忽必烈征讨大理时，蒙哥汗就对他产生了怀疑，于是派这个阿兰答儿成立了一个钩考局，专门对忽必烈的文臣武将进行审查，审查的结果几乎要全部斩首。后来，由于忽必烈采纳了汉儒姚枢的意见，把妻儿送往和林做人质，并亲自向蒙哥请罪，这样做才使蒙哥消除了怀疑，罢去了钩考局，并将阿兰答儿调回和林。蒙哥汗一死，最有资格继承汗位的当然是拖雷的次子忽必烈，阿兰答儿此时感到，如果忽必烈一旦做了蒙古大汗，必然会将他治罪，所以他大力唆使阿里不哥与忽必烈争夺大汗之位。阿里不哥看到有如此众多的臣子忠于他，支持他，便毫不顾忌地公然自称大汗，根本不把忽必烈放在眼里。而“天上只有一个日月，地上如何有两个主人”，一国岂容二君！这兄弟二人互不相让，必然会爆发一场汗位争夺战。究竟鹿死谁手呢？
当时，忽必烈的主要势力在中原，阿里不哥的势力在漠北。他们两人都很清楚，若要战胜对方，必须夺得关右地区（即函谷关以西、包括今陕甘宁地区），于是双方都挑选最精锐的部队在关右驻扎。阿里不哥这一方派浑都海为关右主帅，主要将领有霍鲁海和刘太平等。忽必烈则委任自己的心腹赵良弼（女真族人，任内颇有政绩），赴关右考察军事地理形势。又命廉希宪任川、陕地区的宣抚使。这个廉希宪是畏兀儿（维吾尔）人，自幼笃好经史，满腹经纶，举止不凡。他深受汉族文化的影响，19岁时入侍忽必烈，常宣讲孟子的性善义利仁暴之说，人称“廉孟子”，颇受忽必烈的赏识。他在川陕地区大力推行汉法，加强了在秦、蜀、陇的政治、经济力量，对打败阿里不哥起到了关键性的作用。除了赵良弼、廉希宪外，忽必烈派到关右的主要战将尚有刘黑马、高鹏霄等，大本营设在京兆（位于今天西安市附近）。
浑都海的部队由六盘山大营出发，向京兆奔来；廉希宪的军队则由京兆出发，向六盘山进击。两军在中途相遇，廉希宪军中的老将刘黑马挺身而出，浑都海军中的刘太平拍马迎战。这个刘太平，原本是忽必烈的部将，后投奔阿里不哥。刘黑马一见刘太平，怒火中烧，大声吼道：
“乱臣贼子，尔昔日在我主帐下听令，我主待你恩重如山。如今我主登位，你不弃暗投明，反而兴兵做乱，实乃罪不容诛。还不下马受降，饶儿不死。若敢不从，今日便是你的死期！”
那刘太平气得哇呀哇呀地乱叫，岂能受了刘黑马的一番训斥，顿时火冒三丈，策马挺枪，与刘黑马展开激战。只见刘黑马轻轻一闪，躲过刘太平的一枪，这时刘太平收马不住，直冲过去，刘黑马背后一刀，只听“忽”地一声，刘太平匆忙伏在马上，头盔已被刘黑马一刀削在地上。刘太平见势不妙，急忙逃之天天，不料刘黑马如旋风一般，追上刘太平，从他的背后猛力一提，将刘太平生擒活拿。
在一旁观阵的霍鲁海，看到刘太平被擒获，一下子也乱了阵脚，一挥令旗，立即撤退。哪知高鹏霄早有所料，眼明手快，拍马舞刀堵住霍鲁海的去路。霍鲁海被逼无奈。只得硬着头皮与高鹏霄应战。几个回合之后，高鹏霄看出对方的破绽，虚晃一枪，霍鲁海侧身一躲，另一边露出空档。高鹏霄一枪扎在霍鲁海的坐骑上，战马受惊，腾空直立，将霍鲁海甩至地上。高鹏霄立刻令几个士卒，将霍鲁海来了个五花大绑。
廉希宪坐帐审问霍鲁海。霍鲁海如实招供，他说浑都海已经与驻守在四川的大将密里火者约定，准备共同起兵反叛。这个密里火者统辖着数十万的军队，过去蒙哥汗调往四川作战的军队，几近一半掌握在他的手中。如果密里火者反叛，从四川杀到关中，廉希宪等就会南北受敌，难以抵挡了。廉希宪暗自思想，考虑再三，最后决定先发制人，赶快除掉密里火者，然而，密里火者乃是控制一方的大将，除掉他决非易事，这样的大事自己岂敢擅自决定，然而若向忽必烈禀报，再取得其诏命，恐怕为时已晚。廉希宪当机立断，假传圣旨，先斩后奏。于是他将刘黑马找来，对之陈述了利害关系，布置了具体做法，刘黑马带上几十名亲兵往四川而去。
密里火者此时尚蒙在鼓里，思想毫无准备。听说刘黑马带来了忽必烈的诏令，急忙整衣齐冠，出营接旨。他万万没有想到，当他跪着去接圣旨时，刘黑马一转身，迅速抽出佩刀，手起刀落，密里火者当即毙命。这时，军中一下混乱不堪。密里火者的儿子和将领，见主帅被杀，纷纷持枪提刀地准备格斗。刘黑马却毫无畏惧地将佩刀入鞘，手拿诏书对众人说：
“我主圣明，看出密里火者勾结浑都海，密谋反叛，我奉诏而来清除逆贼。此事与诸位无关，望诸位效忠我主，勿起反叛之心。”
刘黑马说完，立刻上马，向随从大手一挥，回去复命了。密里火者的部将，都不知刘黑马是假传圣旨，都以为诏书是真的，有的大将还暗自埋怨密里火者。只有密里火者的儿子对刚才发生的一幕有点怀疑，心想：忽必烈远在天边，岂能知道我父有篡逆之心！他连忙写了一个奏折，派人星夜送往忽必烈的驻地。
忽必烈看到密里火者儿子的奏折，得知密里火者被刘黑马刀劈斩杀，一时被弄昏了头，不解个中之由。正在疑惑时，廉希宪的奏折也来了，奏折中详细叙述了诛杀密里火者的原因和经过，并且讲明了先斩后奏的道理，最后，请求忽必烈治他“假传圣旨”之罪。忽必烈看过这个奏折，才如梦方醒，明白了一切。他深感廉希宪是一难得的人才，能谋善断，何罪之有！他不仅不降罪于廉希宪，而且还下诏褒奖，对他的做法予以肯定。同时，忽必烈也给密里火者之子下了诏书：“杀汝父乃孤之诏命，皆因你父对孤不忠，起反叛之心，诛之罪有应得。”此事便如此地平息下去。
廉希宪受到褒奖，信心倍增，做事更加果断。他认为现在时机已经成熟，应当向盘踞在六盘山的浑都海部发起总攻。在此之前，浑都海已知自己的两员虎将刘太平和霍鲁海双双被俘，这如同失去了左膀右臂。这且不说，自己蓄谋已久的周密计划，也被廉希宪彻底粉碎，密里火者也被杀死，现已毫无优势可言，于是便带着军队退向六盘山以西。等到廉希宪的军队开拔到六盘山时，浑都海早已撤走了。
阿里不哥在和林听说浑都海在关右战败的消息后，坐卧不宁，急得不知如何是好。为挽救败局，只得派阿兰答儿进军西凉府，与浑都海部会合，并且遣派其子玉木忽儿和哈剌察儿南征。阿兰答儿与浑都海会师后，力量大为充实，军心也大为振作，数次打败廉希宪的军队。廉希宪不得不马上上奏忽必烈，请求增援，忽必烈看了奏折后，决定御驾亲征。
阿里不哥这时已把重兵派往关右，和林的驻军力量十分薄弱，当他听说忽必烈欲亲领军队征战时，感到形势不妙，难以招架，于是慌忙地逃往谦谦州（元属岭北行中书省，位于今天的俄罗斯西伯利亚叶尼塞河上游克穆河与克穆契克河畔），阿兰答儿和浑都海在军营中听到这一消息，乱了手脚，叫苦不迭。自己的主子如此怯懦，我们还在这里拚死拚活地卖命做什么！而廉希宪的军营中，将士听到阿里不哥逃跑，精神都为之大振，坚定了必胜的信心。
1260年9月间，廉希宪与阿兰答儿等在甘州（今甘肃张掖）东面山丹附近的耀碑谷进行了一次激烈的战斗。这天晚上，廉希宪的部将汪良臣，趁着黑夜，带领几千精兵闯入浑都海和阿兰答儿的中部，“冲啊！”“冲啊！”喊杀声震天，在山谷中回荡，他们将浑都海的部队斩做两截，迫使浑都海与阿兰答儿分别向两个方向逃窜。最后双双被围，做了阶下囚，将这两个罪大恶极的元凶斩首示众。从此，阿里不哥的军事力量被彻底打垮，已预示了失败的结局。
在谦谦州的阿里不哥，仍然是寝食不安，他一直担心忽必烈的大军追来将他抓获，便想了一个缓兵之计，遣一使者到和林，向忽必烈屈膝服罪。忽必烈心想：自己的这个小弟毫无主见，其所做的一切，都是那几个乱臣贼子给他出的鬼点子。现在，他的几员大将皆已兵败身死，我这个可怜的弟弟已到了穷途末路，故而愿归降于我。于是，忽必烈对使者说：“你回去告诉我弟，就说孤念及我们乃一母所生，他年少无知，对以往所干的坏事，孤不再追究。赶快让他来见我。”使者奉旨返归谦谦州。
孰料使者已回谦谦州一月有余，忽必烈仍未见阿里不哥前来领罪，这才知道中了阿里不哥的缓兵之计。不过，他觉得阿里不哥如今已元气大伤，不会再崛起了，所以并不放在心上。
阿里不哥在谦谦州住了一年，招兵买马，训练军队，妄图卷土重来。时机稍一成熟，便挥师南下。他首先突然袭击了和林，和林守将亦孙哥思想毫无准备，结果丢掉了和林。阿里不哥这下便肆无忌惮地攻打开平，军队距开平仅有一百多里了，忽必烈再次被迫御驾亲征，两个兄弟在开平至燕京一带，展开了激烈的争夺战。1261年11月，双方大战于昔木脑儿（今额尔德尼察干附近），阿里不哥遭到挫败，几个大将都被砍落马下，他不得不再次北逃。这次战斗，阿里不哥已陷入绝境，再也无招架之力了。第二年春天，追随阿里不哥的阿鲁忽（察合台之孙）也背叛了他，依附于忽必烈。阿里不哥闻讯后异常恼怒，引军西征，击败阿鲁忽，进据阿力麻里（元代西北重镇，曾是察合台汗国的首都，遗址位于今新疆伊犁哈萨克自治州霍城西13公里处）。阿里不哥在这里又大肆杀掠，此时正值阿力麻里饥荒，故民怨沸腾，阿里不哥的属下也起离散之心，阿鲁忽乘此机会，整军来攻，阿里不哥已力不能支，又遭惨败。1264年7月，阿里不哥亲赴开平向忽必烈请罪，忽必烈再次原谅了他，对他既往不咎，与阿里不哥的争夺汗位战争终于宣告结束，忽必烈大获全胜。
忽必烈与阿里不哥之间的斗争，实质上是蒙古统治集团内部新旧两种势力的矛盾的斗争。当时，很多守旧的蒙古贵族、藩王都极力反对忽必烈推行“汉法”的措施，阿里不哥正是这些蒙古保守势力的总代表。忽必烈战胜阿里不哥，意味着蒙古诸王保守势力受到挫折，使忽必烈能较少牵制地推行代表进步势力的“汉法”。
忽必烈一直重用汉人，只要你确有一技之长，他都积极任用。但是，无论谁若反叛他，他必将置你于死地，对汉人更是如此。
在阿里不哥叛乱的后期，山东的汉族军阀李璮举起叛旗，公开反对元朝政权，忽必烈很快采取措施将叛乱平定。
这个李璮，本是金末山东豪族李全之子，小字松寿。李全先投宋，后于1227年降蒙古，被任命为山东淮南楚州行省（又称益都行省）大都督。1231年，李全在攻打南宋属地扬州时，败死军中，李璮便袭父职而任益都行省大都督，拥兵自重。李璮是一个刚愎自用的武夫，并无多大才干，却不把北方的蒙古、南方的宋朝放在眼里，自己妄图称霸天下，可谓野心勃勃。
1259年，蒙哥去世，忽必烈夺得大汗的宝座。李璮的岳父王文统给他出主意。劝他将自己的亲生儿子李彦简送往开平作人质，以取得忽必烈的信任。在当时归降蒙古的汉将中，多有将自己的儿子送到京城做人质，表示自己永远归顺朝廷而决无反叛之心。忽必烈此时也正与阿里不哥展开激烈斗争，急需用人，因此，忽必烈很高兴，当即加封李璮为江淮大都督。
王文统亲自将李彦简送进开平，忽必烈接见了他。这个王文统原本是山东益都的一个书生，后来投靠李璮府中，为他出谋画策，颇受李璮瑾的器重，李璮又娶了文统之女，从此二人成为翁婿关系，十分亲密。王文统能言善辩，忽必烈与他一番交谈后，觉得此人聪明伶俐，是一难得人才。连有“廉孟子”之称的廉希宪以及饱读诗书的名儒刘秉忠也对王文统钦服不已，于是，忽必烈便留他在朝中做了平章政事。从此，翁婿二人，一个在朝，一个在野，里应外合，为后来制造叛乱打下了基础。
李璮企图割据称雄的野心开始暴露出来，他一方面蓄谋反叛蒙古，一方面假装服从忽必烈的调遣，攻取南宋的海州（今江苏连云港市）等四座城池，使忽必烈对他不存任何戒心。他积极加固益都城防，储存粮草，截留盐课。忽必烈多次欲在益都征兵，李璮却横加诡辩，说什么益都是南宋的航海要津，分散军队没有好处，实际上他是担心自己的军队力量受到削弱。时间一长，忽必烈便察觉到李璮有反叛之心。但是为了集中力量击败阿里不哥，所以他佯装不知，不仅不收拾李璮，反而给他加官晋爵，对他提出的要求也予以满足。有一次，李璮谎报军情，向忽必烈进言：“近来我们抓获了一名南宋奸细，经过审问，得知南宋在调集军队，准备攻打我们的涟水、许浦一带。臣立即派人赴敌处探听虚实，回报说那南宋奸细所供属实，如今南宋的战船已开赴射阳湖，直奔我益都，为保我主社稷江山，臣除激励将士严阵以待外，尚望加强城防，请我主诏示。”忽必烈虽明白李璮的险恶用心，但却不予戳穿，立刻批准了他的建议。这样一来，李璮骗来了不少城堑建筑费。过了一段时间，他又上一奏折，说由于城池加固，将士们作战勇敢，托我主爷的洪福，我们已将宋军打退。忽必烈立刻下诏，赐李璮金符十、银符五，作为对有功将士的犒劳。从此，李璮愈加猖狂，竟然逾权统领蒙古、汉军在边疆驻扎的军队，而且动辄上奏朝廷，请求增援兵力。
忽必烈这时正在漠北征讨其弟阿里不哥，无暇应付李璮。王文统认为此乃天赐良机，便让在京城作人质的李彦简回到益都，向李璮通了信，让李璮迅速起兵反忽必烈。
当时益都有一个蒙古的退休老臣王磬，平日闲居，常到李璮营中聊天，两个人谈得很投机。有一次，在谈话时李璮把自己反叛的计划全部合盘托出，王磬不露声色，表面上还赞赏李璮的勇气，但是回家以后，立即骑一匹快马连夜进京向忽必烈汇报去了。一个蒙古族的老臣，岂能不倒向忽必烈！
此时忽必烈讨伐阿里不哥，大获全胜，班师回朝。当他听了王磬的报告后，马上派人将王文统叫来，一见王文统，忽必烈满脸愠色，厉声质问道：
“王文统，你知罪否？”
王文统一听到这声震屋瓦的声音，吓得扑通跪下，“愚臣不知，望陛下明示。”
“孤在征伐阿里不哥期间，你与你的女婿李璮，都干了什么勾当！”
王文统知道事已败露，而仍巧言狡辩道：“李璮那小子，真不是人，他受陛下之恩如此深厚，却忘恩负义，妄图反叛。他派人下书一封，约臣下在京城之内与他配合起事，是我心生一计，给他回了书，说现在时机尚未成熟，暂时将他稳住。陛下刚刚得胜而归，愚臣正欲禀报详情，没想到陛下先问起来了。我对陛下的一片忠心，皇天后土，实所共鉴。李璮那小子若有篡逆之举，臣愿亲领军队，将他生擒活拿，然后千刀万剐。”
忽必烈冷笑一声，说道：“你的这张嘴真够利的。来人，将李璮写的三封信呈上来！”
话音刚落，内侍臣便将三封信呈交忽必烈。忽必烈将信摔至王文统面前，大声喝道：“你看这是什么！”这三封信都是李璮写给王文统的，大致内容是：小婿谨遵岳父大人之嘱，已准备就绪，请速定日期。王文统看见三封信后再也无言可辩，当时吓得缩成了一团。忽必烈又十分愤怒地说：
“我将你在平民布衣之中选拔出来，并授以权柄，待你不薄，你却忘恩负义，助纣为虐。今不杀你，怎解我心头之恨！”
忽必烈立即下令将王文统斩首，并诏告天下，兴兵讨伐李璮。李璮闻知岳父已死，便正式在山东举兵反叛，忽必烈召集群臣，商议对策。大臣姚枢说道：
“臣以为李璮贼子分三步棋走：第一步，他从水路进军，攻打燕京，然后北据居庸关，以阻止我们的军队前进。第二步，他会与南宋联合，进可攻，退可守。第三步，占据济南，等候他事先联系好的准备共同反叛的地方势力。妄图扰乱天下。”
忽必烈急着问道：“卿以为该如何对付李璮呢？”
姚枢答道：“李璮狂妄自大，他以为与他共同反叛的人，都与他是一条心。殊不知那些人皆是不忠不义之徒，有便宜才占，无利可图就会弃他而去。李璮占据济南，犹如瓮中之鳖。我们马上发兵济南，将城围困，便可瓮中捉鳖。”
忽必烈听罢喜不自胜，立刻下令发兵。
此次平叛的主帅是宗王合必赤和丞相史天泽。果然不出姚枢所料，蒙古大军一到济南城，就将济南城紧紧包围，根本无人来救援李璮。尽管南宋政府封李璮为齐郡王（因为李璮在反叛开始，将涟海三城献于南宋，故而受封），但是在军事行动上根本不给予有力配合。李璮在进攻济南时，还曾传檄河北，希望得到华北地区汉族地方军阀的支持，而响应者却寥寥无几，正因如此，李璮的处境完全孤立。
宗王合必赤见此情状，便要发动强攻。史天泽制止了他：“王爷，不可急躁！李璮虽困于城中，但他兵多将广，城内又有一定的积蓄，急攻恐为不妥！”
“丞相认为如何是好呢？”合必赤问道。
“依臣之见，先将他困在城中一两个月，截断城内与城外的交通，待他兵乏粮绝之时，发动总攻，定能一战成功！”
合必赤点头允诺。
却说李璮被困济南城中数月，粮秣告罄，军心离散，李璮这下着了慌，急得如热锅上的蚂蚁。他被逼得无奈，多次命令部队向外突围，然而兵士已疲惫不堪，哪里能突得动！都先后被蒙古军打退。李璮绞尽脑汁，无济于事。
李璮想尽千方百计突围，一次也未成功。看来只有死守待援了。但是，有谁能来拉他一把呢！时间一长，军粮已无一粒，他只好把士兵分到老百姓家里吃饭，再往后，连战马也被宰杀用来充饥。甚至有人吃人的，其状惨不忍睹。
蒙古军又展开攻心战，每天在城下呐喊：“李璮贼子，赶快投降，负隅顽抗，死路一条。众将士受其蒙蔽，本无罪过，凡归降者，皇上一律开恩赦免。如今兵临城下，指日可破。我主宽仁，不忍涂炭百姓，特一再晓谕，再莫犹豫不决，自取绝路！”
这一招真是有效，不少胆大的士兵不顾危险地跳下城投降，蒙古兵盛情接待，让他们拿着干粮，到城下边吃边向城内的兵士劝降，这样一来，投降蒙古的人越来越多，李璮已成了孤家寡人，陷于四面楚歌之中。他感到大势已去，末日来临，一不做，二不休，先手持宝剑，来到后庭，一剑将自己的爱妾杀死。甚至不顾骨肉之情，将自己的亲生女儿也劈胸刺死。然后独自来到大明湖边，驾一小舟向湖心划去，他想沉身湖底，了却残生。这时，蒙古兵乘船追来，李璮用宝剑将船底劈开，湖水从船底漫了上来，小船开始向湖底沉去。李璮这时狂笑不止，一副毫不畏惧的样子。只见船沉着沉着，沉不下去了。原来天旱水浅，湖水尚不到一人深。蒙古军的船只已划来，将他活捉。
蒙古军士兵把李璮五花大绑地提到合必赤帐前，史天泽说：“这个乱臣贼子祸国殃民，死有余辜。”他与合必赤发出命令，将李璮斩首示众。李埴叛乱终于被平定。古语说得好：“多行不义，必自毙”，“善有善报，恶有恶报，不是不报，时候未到”。李璮落得如此下场，正好应证了古语的正确。
李璮、王文统都被斩首了，可是忽必烈总觉得他们的阴魂不散，从这时起，他对推荐过王文统的刘秉忠等人产生了深深的猜疑。忽必烈开始废除地方诸侯世袭制，收归汉人的将兵权。后来又引用色目人作为其统治的帮手，对汉人进行多方面的牵制。这些措施，对元朝中央集权政治的加强，蒙古、色目贵族与汉族官僚之间矛盾的发展，产生了重大影响。
阿里不哥和李璮发动的叛乱，先后被忽必烈平定，这标志着统治阶级的内部矛盾斗争暂时告一段落。北方政局开始稳定后，忽必烈决定征服南宋，统一天下，于是发起了对南宋的进攻。
蒙古人对外侵略的传统使他们一直有灭掉南宋的打算，自蒙哥做了大汗之后，决定用迂回包抄的战略来对付南宋，1258年派忽必烈进攻鄂州（武昌），元帅兀良合台攻云南，而自己也亲自率军攻打四川，企图与忽必烈会师鄂州，顺江而下，直攻临安，灭亡南宋。
当时蒙军战事进展得并不很顺利，忽必烈攻鄂州由于没有水军协同，加之守将高达指挥有方，后援也逐渐到达，使蒙军处境危险。四川方面，蒙哥开始比较顺利，先后占领了北部大片地方，但在年底攻打战略要地合州（今四川合川）时受到了激烈地抵抗。守将王坚凭着钓鱼城山寨坚苦奋战，挫败了蒙古军队一次次的进攻，把蒙古军队牵制在钓鱼山下，使之半年没有前进半步。在7月的一场战斗中，蒙哥身负重伤，后死在军中。只有兀良合台一路过关掠地打通了道路，招降了大理政权，征服了吐蕃，形成了对宋的战略包围。
当时，忽必烈围攻鄂州，一直未下，宋廷又派出贾似道领着援军，增援鄂州，并且升他为右丞兼枢密使，统管鄂州战事。军队在开往前线时，几十万人马浩浩荡荡，五彩的战旗，在风中猎猎作响，光亮的盔甲照亮了天空，威风凛凛，直向前去。
战士们也是摩拳擦掌，希望有一个报效国家的机会，然而，坐在中军的统领贾似道却哭丧着脸，满肚子的苦水无法倾倒。这是为什么呢？这里，我们先说一说贾似道这个人。贾似道本是不学无术之人，靠着父亲的荫庇做了一个嘉兴县司仓的小官，后来靠着做皇妃的姐姐混了一进士出身之后，便又以此驰骋在官场，很快便扶摇直上。在37岁时，做到了两淮宣抚使等职，手握重兵。贾似道做官之后，不但没有收敛反而更变本加厉地贪污腐化。他治国无方，却敛财有术，他自己是一个昏聩专横的典型，却又忌妒有功之将领，只知在花园中斗蟋蟀，从不理军国大事。南宋朝廷的偏安政策本已使国家岌岌可危，而贾似道的掌权更使其雪上加霜。这一次，皇帝让他去鄂州退敌，他怎么能不发愁呢？
但他终于想到了一个绝妙好计。
一到前线，他便派人向忽必烈求和，忽必烈仗着优势兵力，不答应和谈，这可急坏了这位贾大人，如热锅中之蚂蚁，惶惶不可终日。恰在此时，亲王穆哥派人送来了蒙哥在钓鱼山战死的消息，忽必烈心里开始紧张起来，留在家中的爱妃又差人火速送来密报，说阿里不哥得知蒙哥汗死讯，企图夺取汗位。这消息至关重要，他必须立即撤兵回去解决汗位继承这个大问题。
但忽必烈却没有轻率撤军，而是下令猛攻鄂州，因为他已经看透了贾似道的心思，想利用这机会发一次财。
果然，在蒙古军几次猛烈的进攻之后，贾似道又派人来求和了，虽然他也已知道蒙哥死信，但他已被蒙军吓破了胆，不知作抵抗，只希望忽必烈早早撤军，自己好回到临安的安乐窝中，所以还是派人和谈了。
这一次和谈十分顺利，贾似道私作主张：宋向蒙古称臣以江为界，每年宋向蒙古进奉银20万两绢20万匹，忽必烈一看条件满不错，再加上已无心思在战争上，便答应了。旋即领兵北撒了。
忽必烈撤回大都，在自己一帮谋臣及将领支持下，赶走阿里不哥登上蒙古汗位。蒙哥虽然死了，但并没因此而改变蒙古人灭宋的想法。因此，他一上台，便差使臣郝经到宋去，找贾似道，要求履约，但贾似道怎敢践约呢？他更害怕消息传出对他不利，于是他扣留了郝经，以求保住官位。消息传到大都，忽必烈怒从心头起，遂即下了灭宋的决心。
忽必烈如何攻打南宋呢？他自有自己的想法。他深知宋廷虽已是风雨飘摇，但却仍有一定的实力，他也知道自己刚掌权，一切都不稳定，所以不可操之过急，须从长计议，以待天时地利人和。
他首先从地利人和着手，一边选中了襄樊为攻打目标，一边修内政以待时机。襄樊是处于江汉之间的军事重镇，上控四川下扼江汉，是南宋抗蒙最重要的战略地点之一。假如襄樊失守，则南宋危如累卵，因此南宋在此投入了巨大兵力。并且襄阳樊城夹汉水对峙，“植柱中流，联以铁垣”可以互相救助，忽必烈也知道拿下襄樊是件很不容易的事情，因此在攻宋之前做了大量准备，但仍三年攻而不克。
1270年三月，阿术与刘整上书言道：“围守襄阳，必当以教水军，造舰船为先务。”忽必烈欣然许之，让他们立刻训练水军七万人，造战舰五千艘，同年八月，又筑环城以逼襄阳。此时，宋廷眼看襄阳危急，派大将范文虎率兵船两千来支援襄阳，阿术与刘整引兵与范文虎交战于灌子滩，大败范文虎，并得到了战船三十，迫使范文虎引兵退走。襄阳更加危险了。
1271年三月，范文虎又领军前来支援襄阳，被打败在湍滩。五月忽必烈命令以东道兵围守襄阳，同时令赛典赤、郑鼎水陆并进赶往嘉定，汪良臣、彭天祥出重庆，札刺不花出泸州，曲立吉思出汝州，以牵制宋兵力，进攻襄阳的战争逐渐进入白热化。南宋看襄阳危在旦夕，立刻又派范文虎率苏刘义、夏松领舟师十万支援襄阳，又被阿术大败，并夺得战船百只，同时会合千户解汝辑攻打范文虎，范文虎被迫撤回。7月，驻守襄阳的宋军企图击退围攻襄阳的蒙军，以摆脱被动局面，组织了一次大规模的攻击，但也以失败告终，几次冲突反而增强了敌人的力量。
南宋政府看到从襄阳击退敌人似乎可能性不大，因此就在其他地方进行了几次攻击，以图减轻对襄阳的压力，但都没有成功。
襄阳守军在无外援情况下，一边加强防守，一边积极组织军队，力图打开元军对襄阳的封锁。1272年，襄阳守将张贵组织了一支船队，夜里顺流突击。元将阿刺海牙举燃烽火，顿时，长江之上犹如白昼，数万元军架船追击，舟师顺江而下，转战五十余里，直到柜门关，宋军大败，张贵及将士2千多人被俘，此役壮烈异常，但守军实力大受损失。从此，宋军再无能力从襄阳突击元军的包围了。
1272年十一月，元军拔柱断纷至短，切断了襄樊问水上联系。元将刘深等率军攻下了樊城外围，后集中力量围攻樊城，1273年正月，樊城陷落。进攻襄阳的元军将领刘整本是南宋驻四川的一员骁将，因受陷害而投降了元军，忽必烈派他驻守襄阳，多有战功。南宋欲派人暗杀他，但几次都未成功。又使了一个离间计，欲借蒙古人手杀之，刘整上书辩解，忽必烈很相信他，并命重赏刘整使他更甘心为其效力。恰在这时有人创造了新式巨石炮，用力少而射击范围大，忽必烈很高兴，马上命令在襄阳前线使用。
樊城陷落后，襄阳更加危急，守将吕文焕派人火速到临安求援，但在权臣贾似道的把持下，最终没有派出援军。而忽必烈在此时命令大将阿里海牙大举进攻，守将吕文焕因害怕而请降，二月襄阳失陷。襄阳号称“铁脊梁”，军民奋战六年而终因南宋朝廷不救而坐视陷落，从此，长江门户大开。
刘整在取得了攻襄胜利后，又请元朝廷在台、洋二州教练水军六万，在汴梁、襄阳造船三千余艘，准备继续东进。忽必烈很欣赏刘整，又赏给甲仗及水弩手，刘整趁此又攻下了襄阳南边的堡寨。
1274年，忽必烈招阿术等将领回朝，商讨平灭南宋大计。阿里海牙进言说：“荆襄自古用武之地，汉水之上已为我所有，顺流长驱，宋必可平。”又进一步指出：“宋兵已弱于往昔，今不取之，时不能在。”众人深以为然。忽必烈也认为乘此破竹之势，席卷天下已是时候了，于是下令发兵，大举进攻南宋。
忽必烈派两路元军，东路以博罗欢为统帅，从两淮方面进军，目的是牵制宋兵力。西路主力二十万人，由伯颜统帅，从襄阳沿汉水而下，直下鄂州。
鄂州地势险要，夹汉水，城万胜堡又作了许多战备工作，还有将士十余万战舰千余艘，同时又用铁絙横在江中，贯穿了几十艘大船，使元军不能通过。但宋军却疏忽了黄家湾这地方。黄家湾有一条河经鹞子山进唐港而汇入长江中，而宋军虽在这里建立堤坝、筑堡驻军，但人数相对薄弱一些。伯颜得知这一情况后，心中暗自高兴，立刻下令进攻堤坝，占领并摧毁了堤坝。乘船由唐港到大江。在阳罗堡与宋军大战一场，此时宋军已是无心恋战，一经接手便溃不成军，于是鄂州不战而降。元军浩浩荡荡向东开进，更是所向披靡。在这里值得一提的是在元军攻打汉口时，元将史格先率军渡江时，遭到宋将程鹏飞打击后败退，这是几个月中唯一给元军造成重创的战斗。
忽必烈看到宋将已是毫无斗志，下了一道圣谕，招降沿江各城守将，言明礼遇之，于是又有许多城池归了元军。这样，长江几乎已全部掌握在元军手中，南宋所凭借的天险已完全丧失了。
元军自鄂州大举东下，贾似道被迫亲自率军应战，1275年二月，双方军队在丁家洲（安徽铜陵境内）相遇了。
当时南宋集结军队有十余万人、战舰五千余艘，元军东下人马亦十万余，兵力相当，但宋军在物资地理条件、群众条件方面都比元军占有明显优势，但是贾似道一心求和，故伎重施，派计议宋京、承宣使阮思聪，同伯颜谈判，请还已降州郡，并表示愿意称臣，约贡岁帑。伯颜已承了忽必烈灭宋的旨意，那里肯谈判，但他又考虑到一连征战。士兵多已疲劳，这也是一次休整的好机会，于是让囊加带同阮思聪同到宋营报命，扣宋京以为人质。伯颜让使者告诉贾似道：“未渡江时，人贡议和即可，今沿江诸郡皆以内属，欲和则当面议也。”贾似道如何敢去，放囊加带回来，伯颜遂放还宋京。这时，蒙古军已休整完毕，并且借机选择了有利地形，而贾似道及宋军将领们只动摇观望，根本没有认真备战。
此时，忽必烈又下了一道旨令，让伯颜暂时按兵不动，同时又派人到沿江宋各州郡招降，说既往不咎，但也威胁道：“若执迷不悟，可不要怪我不客气了。”贾似道一看和谈无望才下了孤注一掷的决心，但已来不及了。他令孙虎臣、苏刘义集结兵船于大江南北，自己同夏贵统领后军、战舰二千五百艘，横亘于江中，企图和伯颜对峙。
然而，当第二天元军夹岸而攻、巨炮轰击南宋水军中坚时，宋军就动摇了。待到元军战舰一冲击，宋将夏贵怕死，马上开溜了。贾似道本来留夏贵是给自己壮胆的，见他跑了，吓得嘴张得老大，不知如何处置，鸣锣退兵。宋军于是大溃，元军乘胜追杀，夺的战船、物资数都数不过来，贾似道只带了一班人马逃回扬州。
元军乘此役余威，一路东进，羌湖、海州以及重镇江陵等沿江各郡邑“大小文武将吏，降走恐后”，不战而降。元军气势更盛，很快推进到长江下游。
7月，元军东西两路合军一处，大败宋军于焦山，切断了两淮与浙西的联系。后又三道分兵，形成了对南宋京城临安的包围。
1276年2月，元军进攻临安，宋王赵一看大势已去，招集百官于祥曦殿，商讨如何处置。群臣早已六神无主，纷纷表示愿为人之辅属，并派人将降表送于元军中。于是，宋王和太后率文武百官出城，以各自官职投降。元军进入临安城，清点府库，收百官印符、诰命，撤销宋官府，并且还派人进入宋王宫，将其中珍宝字画等贵重之物全部搜走。宋王让右丞相贾余庆充祈请使。同吴坚、文天祥一起到元之大都诣阙请命。南宋中央政权就此告亡。
然而，此后许多未被元军征服地方的宋朝军民，都作好了迎战准备。文天祥在前往大都中，很想组织力量，以图匡复国家。于是在镇江逃脱，历尽艰险，辗转来到江西赣州，同当地守军共同起兵救亡。同时，张世杰、陆秀夫在福州又拥立了益王赵昰做皇帝，重建宋朝廷，后因赵星病死，又拥立卫王赵爵，同元军继续斗争。
后，文天祥在潮阳港被元军打败后被俘，元军将领张弘范劝他投降，文天祥决计不从，只求速死，张弘范对他无可奈何，又逼他写信招降正在坚持战斗的张世杰等，遭到了严厉的拒绝，张弘范端来纸笔，更严酷地逼迫文天祥，文天祥抓起笔来，写下了“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”的千古绝唱。忽必烈听了此事之后，对文天祥敬佩不已，命人将文天祥押往大都，想亲自劝降文天祥，留为己用。但文天祥誓死不从。忽必烈无奈，却又不敢放了，留大都三年，文天祥依然不改志向，只好将他杀了。
陆秀夫和张世杰，艰难支撑，但在元军围逼之下，于1279年退守到广东新会厓山。元军看到背后已是大海，知道他们已无退路，下令猛攻，宋军又乘船到海上，元军穷追猛打，宋军被围。陆秀夫见大势已去，让家人先跳海自尽，自己又背起6岁的宋王赵呙跳人海中。张世杰也在突围时遭遇风暴，全军覆灭，海上漂起宋军尸首近十余万。
至此，宋的抵抗已微不足道，宋政权彻底灭亡，元朝皇帝忽必烈统一中国。
忽必烈在中国历代皇帝中，可算得是一位好大喜功的雄主。他妄图称霸天下，扩大元朝的疆域。因此，在灭南宋后，忽必烈并不满足已据有的地盘，对邻近诸国发动了一系列的战争。
忽必烈首先瞄准的是高丽（今朝鲜）。高丽乃一弱小国家，并无抵挡之力，很快臣服于元朝。征服高丽后，忽必烈又令高丽国王派使者诏谕日本归顺大元。当时日本是镰仓幕府执政时期，根本不听高丽国使者的劝降。这一下可惹怒了忽必烈，心想：一个区区日本，敢对我大元如此藐视，莫非欺我朝无人乎！至元三年（1266）秋，命兵部侍郎赫德，充国信使，礼部侍郎殷弘为副，携带国书东渡日本。经过高丽时，高丽国王王植派使者作向导，一起航海至日本，抵达日本口岸时，并未见有一人前来迎接，只好撤回。忽必烈第二次命起居舍人潘阜等持国书至日本，在日本滞留了六个月，连国王也没有见上，只得铩羽而归。
数次非礼之举，使忽必烈恼羞成怒，决定给日本国一点颜色看，于是派兵进行讨伐。
公元1274年，由唆都为元帅，率军2500人，大小战船数百艘，开始第一次渡海侵日。船行至对马海峡的对马岛，便遭到日本海军的偷袭。由于中日力量悬殊过大，日军守对马岛的只有千人左右，根本不是元军的对手，所以元军取胜。唆都并不甘心，继续率军队追击，直逼日本岛屿。尚未登陆，日军战船一下子全部迎击出来，战船之多，难以计数。双方喊杀声震天，一场激战，双方互有损伤。正在这时，海面上台风刮起，势头凶猛，日船却迅速驶入避风港，元军都是习惯于草原生活的蒙古族，陆战、马战都很精熟，对水战则不大擅长，加之地理不熟，只好任凭台风的袭击。战船在水面上横冲直撞，众多士兵落水而亡，少数幸存者，狼狈地逃回中原。
这次侵日，无功而还，忽必烈却不吸取教训，反而又在1281年6月，对日本发动更大的进攻。这次忽必烈分两路，北边一路由唆都带删人，从高丽出发，东渡对马海峡，再次从对马岛向日本进攻。这次日军早有准备，元军刚走到九州岛外围的吉贺岛便被日军团团围住，最终被日军彻底击垮。南路则由范文虎率新附军（元朝收编的南宋军队）从庆元（今浙江宁波）浮海北进。这路元军的命运更为悲惨，这个范文虎本为南宋降将，他手下的蒙古将领根本不听他的调遣。而且船行至日本鹰岛遇到飓风，顿时天昏地黑，四面阴霾，如车轮般的旋风，从海面腾起，只见白浪翻腾，啸声大作。各条战船荡摇不止，早已毁坏大半。再看舟内的将士，东倒西歪，乱作一团，有呕吐的，有眩晕的，溺死水中者不可胜数，又遭到日军掩杀，几乎全军覆没。
两次征日，大败而归，忽必烈十分恼怒，他见日本一时难以征服，便将东征问题搁在一边，而将注意力又转向南部的安南国（今越南北部）。
至元十九年（1282）又命唆都率战船千艘，道出广州，浮海至占城。占城出兵迎战，号称20万，两军在南海中展开鏖战，双方势均力敌，胜负难分。唆都一气之下，带领百名亲兵，鼓舟前进，各路军队也不敢怠慢，鱼贯而入，一下将安南的船舰冲开，趁势掩杀。占城的兵将力不能挡，死伤及溺于水中者，达五万人之多。唆都乘势直逼占城，安南王被迫撤离都城，带领残兵遁入山谷。至元二十一年至二十二年，忽必烈又令其子脱欢为镇南王，发兵侵安南，命唆都从占城北上助战，形成南北夹攻之势。安南王避其锋芒，率主力藏匿山林之中，避免与元军发生正面冲突；欲待元军疲惫，再出而攻击。脱欢寓居安南城中，粮草已供应不上，加上此时暑雨不止，军士多劳瘁，又不服水土，瘟疫开始流行，每天都有病死的兵士，脱欢被迫无奈，只得下令退兵。刚出安南城，正欲筑桥通渡，不料山林之中，早就埋伏着数万安南军。一声呼啸，伏兵四起，手持兵器，恶狠狠地扑向元军，恨不能将元军全都剁成肉泥。元军一见此情状，早已失魂落魄，根本无心应战。纷纷丢盔卸甲，落荒而逃。脱欢一面督战，一面令军士迅速筑浮桥，等到桥可通人，岸上的元军，已死伤大半。脱欢先自过桥，令李恒断后。安南军见元军以浮桥渡江，索性使用毒箭，顺风四射。元军边战边撤，而桥狭人多，加上毒箭飞来，左躲右闪，躲过毒箭，不免失足落水。因此，兵士们不是中毒箭而亡，便是溺水而死。李恒右颊中箭，血流满面，即刻毙命。脱欢则幸免于难，而唆都还在拼命与安南军厮杀，杀开一重又一重，等杀出重围，早已力不能支，遍体鳞伤。眼看前面就是江流。但无桥可渡，安南军的追杀声震天撼地，唆都进退无路，投江而死。可怜一代名将，竟惨死于这场不义战争中。
远征海外，必然加重国内劳动人民的负担。尤其是忽必烈的两次征日，受害最深的江南人民怨声载道，各地武装起义此起彼伏，起义达200次之多。而忽必烈却执迷不悟，仍然不断发动数次远征周边邻国的军事战争，皆大败而归。由于连年的穷兵黩武，政府的财政开支过大，忽必烈不得不起用所谓善于“理财”的官吏，如阿合马、卢世荣、桑哥等人，这些人都是口蜜腹剑的祸国奸佞，他们专权横暴，排斥异己，贪赃不法，引起满朝文武和广大人民的愤恨。忽必烈重用他们不仅不能解决政府的财政问题，反而激化了各种矛盾。不过，这些奸贼逆子，最终都被一个个地铲除。
忽必烈自攻打南宋以来，连年战争，加之宫廷廪禄、宗藩岁赐，都需要巨额经费来维持，为解决国用不足、财政危机的问题，忽必烈极力物色善于理财的大臣。只有如此，方能稳定政局，巩固统治。
忽必烈在扫灭南宋的战争中，由于不断向东南出兵，原先充实的府库，很快便空了起来，此时他急需要一位能理财的大臣。
朝中有一位官员刘秉中，推荐了一个名叫王文统的汉族官员，做了中书省副长官平章政事。这位王文统，原是金末进士，很有谋略，而且擅长于理财，忽必烈把钱谷方面的事都交由他处理，每件事他都办得很得体。忽必烈很赏识他的才干，常和他商议军政大事，并有意提拔他做丞相，但无奈，只因王文统是汉人布衣，忽必烈爱莫能助，只有在礼遇上更优待他。
在此时，1262年春，山东发生了惊人的事变，益都行省长官李璮起兵叛乱，虽然很快就被讨平，但却给当时政治产生了极大影响。
这个谋反的李璮，正是忽必烈重用的王文统的女婿，两人关系非同一般，据说，两人有书信往来，共谋反叛。
面对这一现实，忽必烈有一种被愚弄的感觉，一种不可名状的痛楚时时萦绕在他的心间。于是叛乱刚刚平灭，他就在中都挥泪斩了王文统。虽然杀了王文统，扫平了李璮叛乱，但忽必烈总觉得心里不踏实，王、李的阴魂不散，使他对汉族的文武大臣都产生了疑心。
一连几日，忽必烈脸上始终是没有笑容，他对身边的汉人官员已经灰心了，看到他这副模样，有一个平日受惯了汉人轻视的回回这次却幸灾乐祸，趁机在忽必烈面前火上浇油，说：“回回虽借管理赋税的机会贪污中饱，但绝不会像汉人那样胆敢造反，陛下亲谁疏谁，不是很清楚吗？”此话给了正痛苦的忽必烈一个很大的提示，他嘴上虽没有说话，可心中却已意识到汉人不能完全信赖。而回回人善于经商逐利，可供自己驱使，又是从中亚远道而来，绝不会构成对自己统治的威胁。他在反复权衡之后，他决定重用回回人。
在这种背景下，才做了开平府同知一年的阿合马被招到中央做官，领中书左右部，兼诸路都转运使。此人正是本文主人公。
阿合马本是按陈那颜帐下的一个奴才，后随那颜家察必姑娘一同来到了忽必烈藩邸，做丁忽必烈的随从。由于善于讨主人欢心，随着忽必烈登上汗位，他做了开平府同知。这一次他登上了这个位子，心中洋洋得意，觉得自己出人头地的机会来了。
阿合马知道此时的忽必烈急功近利，正是自己施展理财敛货本领的绝好机会，只要自己能设法使朝廷财政摆脱困境，一定可以得到皇帝的青睐。
阿合马初上任，便在河南整顿铁冶上下功夫，做为他的见面礼献给忽必烈。他首先从当地搜括了3000多民户，集中到铁矿上做工，这样一来，一年便可向官府交铁百万斤以上，实是不小的一笔财政收入。他又在各地推广西域惯用的包税制，使朝廷的收人大幅增加。仅以陕西为例，每年税额从原先的1.9万锭猛增到5.4万锭，差不多是原来的三倍。忽必烈见此，更觉得阿合马是一个不可多得的人才，他太需要他了，于是提拔他做了中书平章政事。
不过二三年光景。一个卑微的奴才便做到了副宰相，也许是升得过快的缘故，这位阿合马似乎已不知还有谁能和自己相比，他唯一清楚的就是加倍盘剥，进一步邀宠，以巩固自己地位。机会又来了！
随着对宋战争的展开，刚有起色的财政又陷入了困境，阿合马不得不想新招来应付眼前的饥荒，以求继续得到忽必烈的宠信，他想到两招，其一滥发钞币，二增加税收。大家知道，中国是最早使用纸币的国家，元代更是大量发行。几乎每一皇帝都有发行，忽必烈时发行的叫做“中统元宝交钞”，简称“宝钞”。它以银为本，每两贯钞折银一两，开始发行时信誉很好，可以随时持往官库兑换银两，币值也很稳定，民间很看重“宝钞”，甚至于“视钞重于银”。阿合马也重视“宝钞”，因为他已从“宝钞”中看到滚滚而来的财源。
他随心所欲地增加“宝钞”的发行量。从原先每年的十万锭增加到数十乃至最高达到一百九十余万。与此同时，他又把各地库中的钞本金银悄悄运回京城，借皇室官府挥霍，一时间，宝钞一下子变成了一文不值的废纸，造成物价飞涨，一石宝钞换不了一斗小米，人民怨声载道，憎恶阿合马到了极点。
他的第二个增加收入的方法是增加赋税，这是封建政府敛财的一个常用手段，只不过在阿合马手中玩出了新花样。粮、盐茶等税暂且不说，他还增加了醋税，甚至百姓家死了人，也要交“丧葬税”，至于其他由阿合马下令增加的五花八门税种更是多得像牛毛，数也数不过来。
经过阿合马的一番调理，元朝的财政又有了较大恢复，由此，忽必烈更加宠信阿合马，视他为自己最大的功臣，对阿合马的宽容也到了极点，只要没有冒犯自己的尊严，阿合马干什么坏事，他从不过问，实在过不去的，也只是打几板子，但平章政事一职，从未有动过。
由于忽必烈给与他的实在太多了，他希望别人也给与他更多东西，例如尊重，讨好等。然而事情却没有像他想的那么好，许多人都视他为小丑，讥讽从未断过。阿合马对这些人恨之入骨，他要想尽一切办法打击异已。
阿合马首先要排挤的是中书右丞相安童。安童系名门出身，13岁时做了“怯薛”首领，成为最显赫的四“怯薛”长之一。18岁时，他被任命为中书右丞相。他在汉人老师许衡的影响下，成为朝中汉法派代表，经常将些汉儒引入中书省，这些都极大地惹恼了阿合马，他要绕开安童。于是请求在中书省外设尚书省成为理财的最高机构，忽必烈同意了他的请求，并任阿合马为平章尚书省事。自此他就逐步敢与安童抗衡了。
他一心想排走安童，但他又知道安童不是一个普通人，只好利用暗地架空的手法。早在1268年，他就上奏皇帝，请求以安童为三公，说安童这样的名臣不位列三公之高位，实在说不过去。然而三公只是荣誉头衔，却没有任何实权，由于汉人官员的极力反对，阿合马的诡计才没有实现。后来由于忽必烈听信了阿合马的谗言，让安童随北平王南木合出镇和林，将安童挤出朝廷。阿合马更加跋扈了。
朝中有位畏吾儿官员廉希宪，接受了汉族文化，在忽必烈实现其雄心和抱负过程中，给了他很大的帮助，后任中书右丞和平章政事，与阿合马政见截然不同，并且由于廉希宪刚正不阿，在一次阿氏集团内讧中“穷治其事”，让一贯骄横的阿合马挨了几十大板，使他成了阿合马不共戴天的仇人。阿合马一直寻找机会剪除廉希宪，怎奈廉希宪十分清廉，又深得忽必烈信任，一时找不到借口，只有把仇恨埋在心里。过了几年，廉希宪由于当面顶撞了忽必烈，被罢了官。阿合马欣喜万分，然而又过了一段时间，忽必烈又想让廉希宪出任宰相，阿合马怎能让他再上台，极力编造理由，说服忽必烈让廉希宪行省荆南，远离京城。自这以后，廉希宪再没有机会掌握实权了。
阿合马在至元十年，请求忽必烈让其子忽辛担任一军事要职，许衡极力反对，说：“国家事权，无非兵、民、财而已。如今阿合马掌握民权与财权，又让儿子领兵，这可万万使不得。”忽必烈问道，“你难道认为他会造反吗？”许衡答道：“即使他不造反，也完全具备了造反的条件。”阿合马由此大恨许衡，时时刁难、甚至陷害。曾下令停止供应许衡主持的国子学粮食，使其粮绝炊断，诸生接连离去，许衡被迫辞职还乡。
更为疯狂的是阿合马还诬杀了曾在朝廷当着皇帝面指斥他的崔斌，以及上书参他一本的秦长卿，而且手段十分残酷。
阿合马在宫里如此胆大妄为，在外面也是十分骄横，他一听说谁家有漂亮的女儿，就派人到她父亲那里，说：“你有一个漂亮的女儿，嫁给我们的阿合马吧！他能叫你当三年封疆大吏，或其他高官，你以为怎样？”这些人往往因害怕而答应了，也有一些人利欲熏心献上女儿，于是阿合马便在皇帝面前启奏到：“某空缺或将在某日政府有的空缺，某人是这职务适当的人选。”忽必烈往往也说：“你认为谁合适就用谁吧！”于是这些人都马上去上任成为主管一方的大官。
出身卑微的阿合马，本是以横征暴敛起家的，从一开始就遭到朝中趋向汉法的蒙古贵族和大多数汉人官僚儒生的强烈反对，随着阿合马权势的增长，阿合马更变本加厉地为非做歹，使这种反对及斗争日趋激烈，甚至走向白热化。但由于忽必烈的宠信，阿合马一直平安无事。
阿合马的倒行逆施，引起了一个人的不满，此人正是当今太子——真金。真金是忽必烈第二个儿子，由于长子朵尔吉夭亡，成了事实上的长子。少年真金一直受到汉儒的影响，接受了汉族的先进文化。1273年，忽必烈正式册封真金为皇太子，授给真金玉册及皇太子印，并为他设立“宫师府”。挑选了一批儒臣为官属。真金又给自己挑选自己的侍卫军和官员，都是拥护汉法的。特别是那些汉儒们，眼见得忽必烈在采用汉法上逐渐消极，并一味宠信善于钻营的阿合马，只有太子真金仍继续主张学习汉法，因而视真金为后盾，纷纷聚集到太子门下。东宫逐渐成了汉法派中心。
真金对父汗任用阿合马实行盘剥深不以为然，对阿合马更是顶顶厌恶。每见到阿合马，就皱起眉头，从未给过他好脸色，有时甚至想动手揍他。忽必烈虽然很喜欢阿合马，但太子在他身上打几下，也是无所谓的。于是阿合马对太子真金又恨又怕，见了太子就像老鼠见了猫，平日里的威风早丢在九霄云外。但忽必烈对阿合马毕竟是十分信任的，在敛财上，两人是完全一致的，所以太子真金也不能将阿合马怎样，斗争于是变得更微妙，更复杂了。
1280年，名臣廉希宪已到了弥留之际。让太子派来探望的侍臣转告太子：“臣的病很重。恐怕是没救了。臣病能否痊愈，已无什么要紧，然而臣最担心的，就是如今大奸专柄，群邪蜂附，误国害民，殿下应当开导圣上的意志，赶快除掉奸邪小人，否则，积重难返，就无可救药了。”真金同许多汉法派官员都希望能通过正常途径除掉阿合马，但一切都表明是不可能的。素来“谦守退让”的真金太子也忍无可忍了。
据说，是太子真金派人暗杀阿合马的，但史无明据。这里说一下阿合马之死。1282年，忽必烈出巡上都，真金同行，大都交给阿合马和张易留守。就在这时，山东人千户长王著和一个苦行僧高和尚潜入大都，决定利用这一机会刺杀阿合马。
阿合马也知平日树敌太众积怨太深，一举一动极为小心谨慎，以防不测。但他却很怕太子，正是由于这一怕，才使自己早早死亡。
三月十七日晚，中书省来了两个僧人，说太子真金今晚要与国师回大都做佛事，让阿合马迎接。但宿卫士高筛恐其有诈，下令将此二僧拷问，没有发现破绽，但心中疑惧，加强了戒备，王著等人见事不宜迟，飞身上马，直见阿合马，说太子要到，令其带中书省官员到宫前迎接，阿合马因惧怕太子，也来不及考虑，便召集其他官员前去迎接。
王著等转往南门，正巧碰上了赶往迎接的阿合马。马上的假太子大发雷霆，呼阿合马上前，历数阿合马桩桩罪恶，未等阿合马明白过来，王著已从袖中取出早准备好的铜锤，奋力击向阿合马，顿时阿合马脑浆进裂，当场毙命，然而王著等人却未能逃脱。
忽必烈闻报大怒，派人急回大都查办，十九日，高和尚被捕，二十一日两人就义。
对于此案，忽必烈没有深究，因为他很快就发觉到此案牵扯一大批蒙汉官员，太子可能也在其中。因此，他只是让孛罗负责处理此案。
过了不久，孛罗和真金分别向忽必烈报告了阿合马生前的种种奸恶，最让忽必烈生气的是他竟然把各国商人献给大汗的一颗硕大无比美丽异常的宝石据为已有，犯下了欺君之罪。于是下令追查阿合马一党的罪恶，予以处治。原先依靠阿合马或献妻子姊妹的人全被罢官。阿合马的儿子也捕的捕，放的放。就连阿合马的尸体也被从地里挖了出来，在通玄门外戮尸，然后抛尸荒野，任一群野狗撕咬。一个生前被主子青睐的奴才，最终还是被主子抛弃了。
忽必烈是继“一代天骄”成吉思汗之后的又一位杰出的封建帝王。他顺应历史发展潮流，遵行“汉法”，重用汉族地主阶级知识分子，大刀阔斧地改革弊政。统一天下，建立元朝，结束了宋、辽、金、夏、蒙古几个分裂政权长达三百年的割据状态。在他统治时期，版图之辽阔，统治区域之广，在中国历史上堪称空前绝后。他对我国疆域的确立，做出了不可磨灭的成绩。忽必烈所采取的各种措施，维持了一个和平安定的局面，促进了中外经济文化交流，加强了各族人民的联系，为我国统一的多民族国家的巩固，作出了杰出的贡献。