“以前反日情绪非常激烈的时候（有人）问软银跟我们什么关系，我觉得没有关系，孙正义要是控制得了马云，那我就不是马云了。其实孙正义（在阿里巴巴）股份是很少的，我们之间永远明白这个道理。我上次讲过这个理论，我是阿里巴巴自己的家长，投资者是‘娘舅’，他只是给一点钱，可以说阿里巴巴这个手术台上我是医生，我自己开刀，所有的投资者都是护士，我要刀他给我刀，都是我决定，任何人都是我的助手。”
同样在说到投资者控股的问题上，马云是不会让任何人控股阿里巴巴的。早在阿里巴巴收购雅虎中国的时候，雅虎用10亿美元的资金投资阿里巴巴，占了40%的股份后，阿里巴巴仍未被控股。在控股的原则上，马云从不让步，他发表声明说：
“事实上收购雅虎是我们自己提出的整个模式，我们收购了雅虎，雅虎又在我们的总部占40％的股份、35％的投票权。这个想法是我们自己独创的，华尔街没有这样的模式，全世界也没有听说可以这样收购的。为什么这么做呢？第一，电子商务在中国的发展必须有搜索引擎这样的工具，我们考察了大批搜索引擎后发现只有雅虎合适。一般合作伙伴要选择犯过错误又很聪明的人，所以我们选择好就和雅虎谈了。
第二，必须给雅虎面子，我们就想了一个办法：我们收购你雅虎中国，而你在阿里巴巴总部必须拥有一些股份，但以这个股份不能控股阿里巴巴，永远不能控股阿里巴巴，也不能操纵阿里巴巴。因为从我们这个公司成立的第一天起，我们的使命是使阿里巴巴成为在中国诞生并由中国人创办的世界级公司。因为这个使命，我们股份控制的结构必须改变，不能让任何人控一股，所以我们从第一天起就控制这样的事情。所以大家猜测是孙正义控股还是杨致远控股，我很负责地告诉大家，我不会让任何人控制这家公司。这家公司是中国人在市场经济下创办，并在全世界发展的。所以我们的结构非常巧妙。
做整个收购，获得了雅虎投入的全世界看起来不可思议的10亿美元，还有折合7亿美元的雅虎中国的所有资产、所有品牌和技术，这是去年世界上最大的收购案。我们没有聘用顾问公司，因为我们不相信顾问公司。这些公司说的、写的全都对，干起来全是错的。我们也没有请投资银行，我们觉得对就做下去，做一切对的事情。如果加上投资银行这个事情会变得很复杂，所以我们快速地作了这个决定。给了雅虎面子，同时在整个组织结构里面不让任何人控制这家公司。”有记者通过马云收购雅虎中国的事件访问他“如何处理公司控制权”的高端问题，马云也作出了客观巧妙的回答：
“投资者可以炒我们，我们当然也可以换投资者，这个世界上投资者多得很。关于这个问题，我希望给中国所有的创业者一个声音，投资者是跟着优秀的企业家走的，而企业家不能跟着投资者走。所以，即使我只有百分之几的股权，甚至我只有一股或者是两股，我觉得这个公司我还是可以影响的。”
马云说他的回答是依据阿里巴巴团队内部倒金字塔的定位，他说：“在公司的经营结构图上，第一层是客户，第二层是一线员工，第三层是中级主管，最底层才是CEO。”而对于员工、客户与股东三者的关系，他是这么处理的：“对股东，我尊重他们，我倾听他们，但我会按照我自己的想法做；对员工，我倾听，但我会按照我认为对的去做；对于客户，大部分我是跟着客户去走的。客户第一、员工第二、股东第三，上市后我还是如此，不会因为股市改变方向。美国，杨致远为主；日本，孙正义为主；中国，我为主。这是大家合作的基础，我们是伙伴关系。八年来，我问过所有的投资者，哪个季度让他们失望过？哪个季度我没说到做到？我们每年做的都比说的好。”这就是为什么投资者虽然没有掌握控制权，却都认为马云和他的阿里巴巴是一流的投资对象。软银的孙正义就曾经说过：“阿里巴巴是来自中国的最具震撼性的互联网成功的典范之一，其强大有效的营运模式和优秀的管理人才使公司在市场中成为企业与企业间（B2B）贸易的先导。我们与阿里巴巴的合作是重要的战略性的举措，我深信阿里巴巴将能凭着软银的全球资源和本地市场经验，体现其领导全球企业与企业间电子商务市场的潜质。”
上市套现不是目的
“对现在的阿里巴巴来讲，在不需要钱的情况下，私募比上市要好，因为完整上市是一个自然的过程，这不是我们的目标，更不要成为我们的一个结果，否则就乱套了，为了上市而上市。”
——马云
吸纳风险资金、上市、圈钱、分红，几乎所有中国互联网企业都是这么做的。但马云对企业上市却有着自己的看法，他认为不能为了上市而上市，因为“阿里巴巴希望持续经营，上市套现不是阿里巴巴的目的。”所以，直到2007年7月，马云才将阿里巴巴旗下的B2B业务启动上市。
从1999年阿里巴巴成立到它上市前，阿里巴巴其实有很多次上市的机会，但马云都放弃了。在互联网公司纷纷追逐资本的时候，马云仍然保持着他清醒的头脑。他不是不愿意上市，而是在找更合适的机会。因为马云觉得“我们是‘满汉全席’，不能卖出‘清汤白菜’的价格”。
让我们来看看一直为互联网业界所关注的阿里巴巴上市之路。
早在阿里巴巴创立之初，马云就曾经表示过“阿里巴巴要在3年内冲到纳斯达克”。但是，在2000年年底，许多互联网公司争先恐后去纳斯达克上市的时候，马云却宣布阿里巴巴短期内不会上市。他给出这个决定的解释是“上市并不是终极目标，在网站未有赢利收入前，阿里巴巴网站不打算上市。”但是，人们猜测阿里巴巴决定不上市，实际上是因为资金的短缺。
马云坚决否认了外界对阿里巴巴的猜疑，他承认阿里巴巴目前仍面临着一些困难，但这些困难和钱没有关系，“我说了很多次，如果大家依然不相信阿里巴巴的财务数据是真实的，我也没有必要再解释什么。想把企业做多大，希望企业往哪里走，企业怎么样会更好，每个人的选择是不一样的。有人觉得上市圈到钱就行了，而阿里巴巴希望成为世界十大网站之一，希望影响互联网。”他还补充道：“阿里巴巴一定会上市，只是时间问题，现在条件还不成熟，也没有上市的必要。”
2003年，关于阿里巴巴上市的问题，马云的回答是：“每个人都在问我上市的事情。我最后重申一次，我现在不想上市。我本人希望早些上市，但阿里巴巴太年轻了，公司创建才4年，员工的平均年龄才27岁，内功还不够好。但我不是说我绝对不会上市。我的逻辑是，如果今年上市只能支撑10元的股价，而3年后可以达到30元，那为什么不等到3年后呢？”
他还说道：“阿里巴巴现在赢利非常好。公司就像结婚一样，好不容易有了好日子，生个孩子又苦了。所以我们打算结婚后过几天好日子。今天我觉得我们自己的内功还有待加强。我向往着上市，并没有不屑一顾。”
到了2004年，阿里巴巴已经做到了国内第一，还获得了软银再次注入的8000多万美元，人们认为阿里巴巴已经完全有能力上市了。而且这一年“e龙”、“金融界”和“51job”在美国纳斯达克的挂牌，又一次引发了人们对B2B龙头阿里巴巴上市问题的关注。
但是，马云还是认为阿里巴巴上市的时机还没有到来。他认为目前要做的是把阿里巴巴做得更加完善，把客户服务得更好。“对眼下的阿里巴巴而言，做大做强比上市更迫切，与其迫于竞争压力和舆论压力被动上市，不如不上市。”
另一方面，马云觉得不上市有不上市的优势——“不上市你面对的是5个投资人，你上市就要面对5000个投资人”，而“上市后不可避免地要应付每个季度的报表，它可能会让我们放弃更长远的策略。”对于已经上市的三大门户网站，“你可以看到现在它们只能考虑下一季度怎么办，而我们今天的资金可以让我们考虑3年以后怎么布局。”
2005年，阿里巴巴收购雅虎中国的举动又重新将人们关注的焦点引到了阿里巴巴上市的问题上。人们认为马云收购雅虎中国就是为了上市。然而，马云又一次否定了人们对于阿里巴巴即将上市的猜测。
我们要做一家102年的公司，而现在我们才走了6年，公司还很年轻，包括我们公司员工的平均年龄也只有27岁，如果贸然上市，很可能会因为“年轻”而付出不小的代价。
从业务层面来看，去年中国进出口总额1万亿美元，其中有100万美元通过阿里巴巴实现。目前，中国1300万家企业中，大概700万家是阿里巴巴的客户。也就是说，阿里巴巴目前还不是一家大企业，面临的发展空间很大，同时危机和挑战也很多。这种情况下，我们可以，也必须按照自己的规划一步一步地走下去，而一旦上市，就要对投资者负责，也可能因为我们的年轻而让阿里巴巴太多地受到资本市场的影响，这样对我们的业务发展不太有利。
我们希望，等到阿里巴巴足够成熟，可以领导投资者之后，再去认真考虑上市的问题。
直到2007年，随着阿里巴巴、淘宝、支付宝的市场占有率越来越大，马云开始决定上市，以期获得电子商务的长远发展。
2007年7月28日下午，马云在杭州黄龙体育馆里向在场参加年会的6000多名员工宣布——阿里巴巴正式启动旗下B2B业务的上市程序。听到这一消息后，全场顿时一片沸腾。至此，有关阿里巴巴上市的种种传闻，都会在不久后一一得到验证。
对于阿里巴巴的上市，马云说：“有人说我是终于拿到毕业证书的留级生，也许我不着急毕业，是因为大学里面能够给我提供很多研究和学习的环境。普通人觉得上市有现金、有股票就是成功。经营企业更重要的是一个过程，是一个经历，爬上掉下、掉下爬上的人很多。对我来说过程的味道更重要，即便比张朝阳再早上市也没有意义，也许我的痛苦他们没经历过，但他们的好处我还没尝到。我觉得一个企业最重要的是耐得住寂寞，挡得住诱惑。第二拨上市容易，第三拨更容易。”