1933年春天，陈独秀接到江苏省高等法院起诉书。朱隽检察官在准备《起诉书》时翻阅了十箱材料。陈独秀的罪名是：“作为共产党左派反对派一党之首脑，宣传共产主义，攻击国民党政府。察该被告所为，仅只共产主义宣传，尚未达于暴动程序。然以危害民国为目的，集会组织团体，并以文字为叛国宣传，则证凭确实，自应令其负责。”
4月14日上午九时，江宁地方法院在法刑二庭第一次开审陈独秀等人。审判长胡善偁及推事、检察官、书记官五人升座，章士钊等五位律师入辩护席，然后带入陈独秀等十人。闻讯前来参加公审各届人士百余人，挨肩擦背，挤满了旁听席。留着短短胡髭的陈独秀面色红润，已无病容。他被带进法庭后，四面瞻顾、神情自若。
审判长胡善偁在问了陈独秀姓名年岁籍贯等问题后，问：“对于红军主张如何？”陈独秀答：“红军为特别组，要先组织苏维埃政府，照现在状况尚用不着红军。”问：“《告党内同志书》一文，内有共党领导实行暴动，曾有信去指说现在尚未至革命高潮，国民政府尚不能崩溃，是否是你作的？”答：“是有的。”问：“几时生病？”陈答：“去年8月。”问：“被捕十人中，有几人认得？”答：“以政治犯资格，不能详细报告，以政府侦探，只能将个人情形报告。”问：“何以要打倒国民政府？”答：“这是实事，不否认。至于理由，可以分三点，简单说明之，（一）现在国民党政治是刺刀政治……（二）中国人穷至极点……（三）全国人民主张抗日，政府则步步退让……”
胡善偁对陈独秀的审讯，一直持续到中午十一时三十三分。旁听席上交头接耳、啧啧赞赏。这一天，审讯了陈独秀、彭述之、濮德治、宋逢春四人。
第二天继续审讯，审讯了王子平、何阿芳、王兆群、郭竟豪、梁有光、王莹堂六人。陈独秀在开庭初修正了一下昨日自己的答话，然后被带到庭外等候。到了中午，陈独秀又被带到庭上。胡善偁问：“托洛茨基派之最终目的如何，是否为推翻国民党，无产阶级专政？”陈独秀答：“是。”胡善偁不再问陈独秀，转问彭述之去了。
过了五天，4月20日第三次开庭，系最后法庭审讯，允许律师辩护和陈独秀等人自辩，因此旁听的人特别多。不少人从镇江、无锡、上海专程赶来旁听，因为法庭小，门厅、过道、窗外、记者席都站满了人。一位记者估计，约二百多人。
审判长胡善偁等人上堂后，律师章士钊、彭望邺、吴之屏入律师席。然后带入陈独秀等十人。辩护开始，陈独秀对前几日审讯记录中托派最终目的问题作了修改。问过其他人问题后，朱隽检察官宣布陈独秀法庭审问结论，说：“史托两派不同的地方……都是内部问题……目的都是共产，都是危害民国……所以被告负有两个责任（一）组织左派反对派他是主脑，所以无论宣传命令，他都要负责，被告个人之言论著述，当然亦要负责。（二）宣传部分，他们有一个系统，向一个目标进行，著作很多，被告当然亦要负责……综合所述被告实犯危害民国紧急治罪法第六条及第二条第二款。”
下午一时四十五分，朱隽宣布完毕。
胡善偁问：“是否尚有抗辩？”陈独秀说：“有抗辩。”陈独秀说：“我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国，因为政府并非国家……孙中山、黄兴等，曾推翻满清政府，打倒北洋政府，如谓打倒政府，就是危害国家，那么国民党岂非已叛国两次。”旁听席上传出一阵阵哄笑声。陈独秀将他反对国民党、反对国民政府三点理由详细地陈述了一遍后，说：“检查官之控告，根本不能成立，应请庭上宣判无罪。”
这时，免费替陈独秀做辩护律师的章士钊起身为陈独秀辩护。他认为陈独秀，第一，言论无罪；第二，行动无罪；第三，说叛国危害民国罪没有根据。审判长问陈独秀与斯大林干部派何意见时，陈“惨然不答并求审判长勿复进叩党事，致陷彼于自作侦探之嫌”。章士钊说，陈独秀“不得视为表里如一，首尾一贯之共产党……托洛茨基派多一人，即斯大林派少一人，斯大林派少一人，即江西红军少一人，如斯辗转，相辅为用；谓托洛茨基派与国民党取犄角之势以清共也，要无不可”。考虑陈独秀的苦心，章士钊补充说：“此义陈独秀必不自承。”最后他说：“应请审判长依据法文，谕之无罪，以保全读书种子，着重言论自由，格守法条之精神，省释无辜之系累。”章士钊辩护词洋洋千言，辩护时间达五十三分钟。
章士钊发言一结束，陈独秀当庭声明：“章律师辩护词只代表他的意见，我的政治主张，要以我的辩护诉为准。”台下哗然，议论纷纷。
下午六时三十五分，法庭辩论结束了。
六天后，即4月26日下午二时，宣判的最后时刻来到了。“陈独秀、彭述之共同以文字为叛国之宣传，各处有期徒刑十三年。褫夺公权十三年……”不知什么时候，法庭内一片安静，朱隽宣判结束了。突然，陈独秀吼道：“裁决不公，我要上诉！”彭述之、王子平、何阿芳等人也一起喊冤。一时律师、旁听席上人也纷纷叫道：“判得太重。”胡善偁立即宣布：“宣判结束，退庭。”
陈独秀判了十三年刑，没有被杀头。中央苏区《红色中华》载文评论：“陈托取消派跪在国民党法庭面前如此讨饶，所以保住了性命。”
亚东图书馆抓住这个时机，拟出版陈独秀的《独秀文存》，一则可能好卖，再则帮助仲叔解决生活费用。和陈独秀商量后，汪孟邹出面请蔡元培写《独秀文存》序，蔡元培写道：“后来陈君离了北京，我们两人见面的机会就很少；我记得的，只有十五年冬季在亚东图书馆与今年在看守所的两次。他所作的文，我也很难得读到了。这部文存所存的，都是陈君在《新青年》上发表过的文，大抵取推翻旧习惯、创造新生命的态度；而文笔廉悍，足药拖沓含糊等病；即到今日，仍没有失掉青年模范文的资格。我所以写几句话，替他介绍。”
“今年在看守所的两次”，说明蔡元培在1933年春天，陈独秀关押候审期间，到看守所看了陈独秀两次。