1942年5月27日，农历四月十三日，星期三，包惠僧听妻子说老先生希望自己来，赶到了鹤山坪。陈松年告诉他，爸爸从上午九时起就昏迷不醒了。包惠僧要进房间看陈独秀，何之瑜说：“先不要进去，老先生以前也昏过，一会儿就醒的。”潘兰珍听见声音，忙从屋里走出来，拉着包惠僧进屋看陈独秀。包惠僧站在床前，注视着昏迷的陈独秀，墙角旮旯里有一堆潘兰珍自种的马铃薯，增加了室内的凄凉感。
邓仲纯轻声说，交替打了强心针和平血压针，也没有醒过来。过了一会儿，邓仲纯对陈松年妻子窦氏说：“先给包先生弄点吃的。”窦氏怀里抱着刚出生不久的女儿长玮，身边站着大女儿长玮和侄子长文。
下午，邓仲纯翻了一会日文医书，怀疑陈独秀是大脑中枢出血。晚上，潘兰珍喊包惠僧进去，她一手托着陈独秀的头，一手拉着陈独秀的手，说：“老先生，包先生来了！”陈独秀没有反应，潘兰珍用手拨开陈独秀的眼皮，似乎有感觉，还流了泪，然后就断了气。时间是晚上九点四十分。
潘兰珍和陈松年的妻子等嚎啕大哭。邓仲纯等人默默伫立在陈独秀的遗体旁，向这位六十三岁的老人，作最后的道别。
挂在东方山冈的月快要圆了。月华如水，覆盖着肃穆的山坳。山风起处，黄桷树叶一阵簌簌作响，似乎在诉说一个异乡客人的风烛残生……
陈独秀逝世后，《时事新报》、《新民报》发了消息，说“青年时代的陈独秀，向宗教宣战，向偶像宣战，一种凌厉之气，不失为一个先驱者”。对于陈独秀晚年，该文说“他究竟是一个操守者，因为我们还得到他身后萧条的消息”。
蒋介石听说陈独秀“身后萧条”，无钱安葬，捐款一万元。许静人捐款一万二千元。陈立夫、段书诒、王抚五各捐两千元。
国民党和青年党、民社党准备在重庆开追悼会。国民党军委会政治部副部长梁寒操来动员郭沫若做发起人之一，郭沫若说：“我不认识这个人。”见郭沫若拒绝，梁寒操拿出陈立夫等人签名的单子，说：“已有不少人愿意做发起人。”郭沫若看了名单，说：“有这些大人物够了，我这个小人物起不了作用。”郭沫若拒绝后，陈独秀在重庆的追悼会“因故延期”。
1942年6月1日清晨，一只江津粮站运米的木船携带陈独秀灵柩，由鹤山坪徐徐运到江津县城。安徽同学会赠送的四川香楠木棺材又小又重。陈独秀临时墓地选在江津县城西门外鼎山山麓、邓家“康庄”前坡。墓穴不远处，是江津义字号龙头大爷李孔修墓地。陈独秀生前曾表示，此地风水不错。墓垄及墓道由邓氏叔侄捐钱修筑。墓碑上刻有欧阳竟吾写的“独秀陈先生之墓”。
下午一时半，江津县名流、绅士，附近各乡团丁、国立九中师生、双石小学学生及陈独秀亲朋好友百余人参加了陈独秀安葬仪式。殡葬仪式由邓燮康、周光年、方孝远主持，何之瑜、段锡朋、邓仲纯、程小苏及潘兰珍、陈松年等家人聚集墓垄周围。
最后，人们依次向墓碑行三躬礼，结束殡葬仪式。
丈夫去世后，三十四岁的潘兰珍，先在重庆一家农场做工。后与一个国民党下级军官结婚，不久这个男人也病故了。1946年，播兰珍带着陈独秀留下的部分稿费、文稿、字画和五个古瓷碗等，重新回到上海，在浦东的一所小学做临时工（炊事员），与十八岁的养女潘凤仙相依为命。1949年10月30日，潘兰珍因患子宫癌去世，年仅四十二岁。