顺治继位时，索尼会同谭泰、图赖、巩阿岱、锡翰、鄂拜在三官庙结盟，誓辅幼主，六人为一体。但随着多尔衮擅权揽政，势力日益膨胀后，谭泰、巩阿岱、锡翰皆违背盟约，依附于多尔衮，他们对索尼不依附多尔衮很不满意。
顺治二年（1645年），索尼进二等昂邦章京（都统），多尔衮认为，索尼既然任都统了，就不应任文官，因此解索尼的启心郎职，但仍管理吏部事。
李自成败走前，放火烧了宫殿，朝议修建宫殿，但此时多尔衮也在营造自己的府第，招工备料，工部给造王府的工钱比较高，结果工匠们纷纷去王府工地干活，影响宫殿的工期。有个叫佟机的人对多尔衮提出异议，多尔衮大怒，要杀了佟机，索尼极力为其辩护，认为此人无罪，因此，多尔衮更加恨索尼。
英亲王阿济格轻慢皇上，视皇上为八岁小儿。索尼把此事告诉多尔衮，请治阿济格的罪，多尔衮却没有答应。多尔衮曾召集诸大臣议分封诸王的事，索尼认为不可，巩阿岱、锡翰等向多尔衮进谗言，说：“索尼这不是不让你平定天下吗？”请治索尼的罪，多尔衮也没有允许。索尼告发都统谭泰隐匿诏旨，谭泰因此被削去公爵。有一个人向索尼要古琴，索尼从库内取了一把漆琴给了他。索尼还曾令其仆从在禁门桥下捕鱼。另外，索尼见库院内的草长高了，便让牧者把马放进去吃草。这本来都是些无足轻重的小事，谭泰为报私仇，便胪列弹劾索尼，结果多尔衮命将索尼下法司查问，因此削去索尼的世职，永不叙用。
顺治三年（1646年）正月，图赖弹劾谭泰，涉及索尼。图赖在上疏中举报顺治初年，清军在西安剿贼，谭泰由于后到，没有战功，到大军南下时，谭泰有顾虑，便告诉图赖不想参与，并一副非常不满意的样子。图赖说，他让人把此书送给索尼，让索尼向多尔衮报告，但索尼并没有报告。把捎书的人找来问时，此人却无中生有，说：“我把书交给索尼时，索尼嘱咐我不要声张。”诸大臣议索尼此罪当斩。多尔衮亲自审问索尼，索尼感到非常奇怪，他说：“以前我告发谭泰擅隐谕旨罪，现在我还能藏图赖的书而包庇谭泰吗？”大臣们又一次讯问捎书人，才知是佐领希思汉怕谭泰获罪，将书扔到河里了。真相大白，索尼遂昭雪。不久被授为二等子爵。
索尼始终不依附于多尔衮，在政事上还常常与多尔衮争论，多尔衮因此怀恨在心。顺治五年（1648年），贝子屯齐等诬告索尼于崇德八年（1643年）与图赖等谋立肃亲王，私结盟誓之事，因此，议他为死罪。顺治下旨，免其死罪。多尔衮却坚持革去他所有的职务，籍没家产，遣其去守昭陵。