“先生正派人，”李世民换上温和的面孔，“你忠于职守，正是我所赏识的。皇上现在已经赦免了所有人，我希望先生能够尽弃前嫌，为国效力。”
这话把魏征说得一愣。不是要追究我吗？我的智略给他们造成的伤害最深啊。但是很快魏征就反应过来，“感谢大王宽容，臣谨此谢恩！”他又拱了拱手，尽了礼节。
“我是真心诚意的，先生你很快就会看到。”李世民和蔼地说。“我希望自己能像齐桓公一样尊重贤哲，也希望你能像管仲一样爱惜自己的才干。我们现在在看古人的故事，后人也会看我们的故事。别让好名声都让古人享有了，我们完全可以做得比古人好。让我们一起努力，使大唐兴盛起来。”
这是李世民发自肺腑的话，这话也震动了魏征。难怪人们都说李世民胸襟辽阔，志气雄伟，魏征想。他的话，唤起了魏征心中遥远的梦幻。但是他还是有些难以置信。
这时候房玄龄和杜如晦进来了。“大王一直向我们夸赞你能耐大，直到我们去了城外才停。”杜如晦开了个玩笑，李世民和房玄龄都笑了。魏征脸上的肌肉勉强动了几下，不过心情开始放松。
“如果先生不嫌弃，就请先生明日便开始在东宫帮忙吧，职位以后再定。”李世民用商量的语气说。从众人亲切友好的态度中，魏征看得出，李世民是真心要借用他的才华。但今后能否有所作为，便要看李世民是不是识货了。
就在六月十二日这天，魏征被任命为詹事主簿。
为了向魏征表示诚意，李世民多次把他带入自己的卧室聊天、议事，亲密接触。天长日久，魏征也渐渐明白了李世民的真心。
有些学者认为，正是因为魏征那句“先太子早从征言，必无今日之祸”回答地巧妙，使他逃过一劫。其实这种解释有些牵强，使魏征逃过一劫的关键是他的才能，而且，这时候对于李世民来说稳定大于一切。任命了魏征之后，李世民又把因杨文干事件而被流放的王珪、韦挺召回长安，全部封为谏议大夫。
秦叔宝也升了
李世民虽然全力维持稳定，但流血事件还是不可避免地发生了。
先是益州行台仆射窦轨以“与建成同反”为名，杀了跟自己一直有矛盾的行台尚书韦云起，制造了不稳定因素。窦轨这是很明显的官报私仇。但是韦云起也是很不长眼的，跟谁结梁子不好，偏偏是李世民的舅舅。他死了也是白死，因为窦轨照样做他的皇亲国戚、当他的高官。
但是这年头，没有最倒霉只有更倒霉。庐江王李瑗比韦云起还倒霉。
李瑗任幽州大都督，先前的行台这时一律改制为都督府，都督府最高长官就是大都督。李瑗是李建成的死党，在朝廷召他回京的时候，他自己自作聪明地认为凶多吉少，就想造反。
结果可想而知，李瑗还没来得及出兵就被王君廓杀了，脑袋被送到了长安。这下不想回去也得回去了。
王君廓平反有功，不但升为左领军大将军兼幽州都督，而且李瑗家的全部财产、包括人员都赏给了王君廓。
当时，朝廷虽然再三表示不追究李建成和李元吉的旧部，但很多官吏还是积极主动地把那些旧臣抓起来，借此向李世民邀功。窦轨杀韦云起就是典型。针对这种情况，李世民采纳王珪的建议，以太子的身份下令不许再追究李建成、李元吉和李瑗的同党。接着，又派魏征到河北一带安抚慰问。来得早不如来得巧，魏征刚到磁州，就碰上当地政府押着原任太子千牛的李志安和齐王护军李师行去长安。
魏征前面已经得到了李世民的命令，要赦免李建成和李元吉的旧部，直接就把李志安和李师行给放了。魏征的使命就是安抚，他这么做正和李世民的心意，于是李世民就在功劳簿上大大地记下了魏征的名字。
立功必录，有功必赏。
在记下魏征功劳的同时，李世民又对玄武门之变的功臣们进行了提拔。七月的某一天，秦叔宝被任命为左武卫大将军，程知节被任命为右武卫大将军，尉迟敬德被任命为右武侯大将军。
这里需要注意的是秦叔宝。
为什么？我们来列举一下秦叔宝的战绩。美良川之战，正是他的骁勇才使得尉迟敬德大败；攻打王世充和窦建德的时候，秦叔宝一直担任冲锋陷阵的角色；李世民每次出征，只要看到敌方耀武扬威，都会派秦叔宝去PK（挑战应对），秦叔宝每次都是不负众望地取下对方的首级。但是你注意到没有，在玄武门之变中，几乎没怎么看到秦叔宝的身影，这可能跟李渊对秦叔宝的厚爱有关。美良川之战后，李渊曾派遣使者赐给秦叔宝金瓶，还说：“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况女子玉帛乎？卿当勉之。”平定王世充之后，秦叔宝又被李渊封为翼国公，得到了很多赏赐。
如果说秦叔宝碍于李渊的知遇之恩不愿在玄武门之变中太过积极，这是可以理解的。但在玄武门之变前，也没有看到过秦叔宝受李建成和李元吉拉拢的记载，更没有秦叔宝劝李世民除掉李建成和李元吉的记载，难道秦叔宝那时就已经拿定主意不掺和他们兄弟间的争斗了？这不太好说，但是秦叔宝在凌烟阁的排名确实很靠后的，这也许能说明点什么问题。
内阁大改组
一切似乎都已经就绪了，四天后李世民开始动手改组内阁。内阁肩负着制定国家要事的职责，这些人肯定都是李世民的心腹。高士廉被任命为侍中，房玄龄被任命为中书令，长孙无忌被任命为吏部尚书，杜如晦被任命为兵部尚书，萧瑀被任命为左仆射，因为他在玄武门之变后力劝李渊交班。
后来，宇文士及被任命为中书令，侯君集被任命为左卫将军，段志玄被任命为骁卫将军，张公谨被任命为右武侯将军。还有几个人和这批玄武门之变的功臣一起得到了提拔：封德彝被任命为右仆射，颜师古和刘林甫被任命为中书侍郎，六月初四还与李世民誓不两立的薛万彻被任命为右领军将军，长孙无忌的哥哥长孙安业被任命为右监门将军，李靖的弟弟李客师被任命为左领军将军。
在这里奇怪的是，李靖的弟弟都被提拔了，李靖自己却没有被提拔，原因就在于他和李世勣不仅没有积极地参与到玄武门之变中，而且还拒绝了李世民的邀请。
至于两人拒绝李世民的邀请的原因，可能有以下几种：
第一种可能，李靖和李世勣根本就没把自己当作李世民的人。虽然李世民曾救过李靖一条命，而且两人还共事过一段时间，但李靖的个性是只想发挥自己的军事才能而不热衷政治。他肯定不想加入任何政治集团，何况他离开李世民的帐下很久了，而他的才能已经得到李渊的认可和高度赞扬。至于李世勣就更容易理解了，他跟李世民关系并不密切，倒是李渊一直很赏识他，在他心里应该更向着李渊。
第二种可能，二人都不想钻入侯门太深。毕竟一入侯门深似海，这里面的权力倾轧太深太重，这二人的个性都是对此深恶痛绝的。
第三种可能，李靖和李世勣对李世民的胜利没有信心。因为李世民是以一敌二，胜算不是很大。不打无把握之仗，这是这些优秀军事人才的一项基本原则。
第四种可能，对于这种小规模作战，二人并不擅长。李靖和李世勣都属于善于谋划运筹，善于“打群架”的智将，冲锋陷阵不能显示他们的优势。何必勉强自己在这样的小领域表现呢？不如等到适合自己的机会再大放异彩。反正自己是金子，谁都舍不得扔掉。
内阁也改组了，从此国家的军政大权牢牢地掌握在了李世民手上。这样一来，李渊就是彻底的赋闲一族了。其实李渊也不容易，自己没事可干，还要处处看儿子脸色，小心不要惹到李世民，与其这样，不如让他自己去折腾。于是八月初八，大权旁落的李唐第一任皇帝李渊就下诏把皇位传给太子李世民。李世民在这里自然是要多多地表示谦虚和孝顺的，于是坚决不接受。李渊这个资质极好的演员也摆出了一副“你不听我的话我就要跳楼”的架势。李世民“迫不得已”听从了“慈父”李渊的安排，于八月初九登上了皇帝的宝座，时年二十七岁。几天后，李世民的妻子长孙氏被册封为皇后，而李渊从此退出了历史舞台的中心。
随后，李世民采取了一系列措施稳定局面、休养生息。一、登基当天就大赦天下、减免赋税。二、放部分宫女出宫。
这两项措施是很必要的，因为经历了隋末的战乱，国家最需要的就是稳定，休养生息，西汉的文景之治就是这么休养出来的，这是很好的例证。但是就在李世民致力于稳定国内局势的时候，却又要面临另一场危机的考验。