在哥白尼生活时期，瓦尔米亚主教区的首府弗龙堡，大约有1500名居民。大教堂建在一个高地上，从那里可以俯瞰维斯瓦河入海口的景色。高地周围建有城墙，城墙里边是瓦尔米亚神甫会神甫的住宅。哥白尼花了175个格利夫那从神甫会买下了位于城墙西北角的一座房子。神甫住房、大教堂和要塞是同时建造的。1499年7月3日，仿照城市把塔楼、箭楼和城门划分给各行会负责维护和守卫的做法，神甫会也通过决议，把城墙上的所有塔楼都划分给具体的神甫管理，神甫有义务维护这些塔楼，并使其保持战备状态。这项决定对哥白尼而言具有十分重要的意义，哥白尼很快便把自己的塔楼改装成了天文观测台。
作为瓦尔米亚神甫会的成员，哥白尼必须承担神甫会交给他的许多行政事务。在舅舅身边时，他就接触了神甫会的事务，到弗龙堡长期定居后，需要承担的事务就更多了。在1510年至1516年期间，他担任过许多行政职务，履行过许多行政义务，但并没得到额外报酬。1510年11月8日，神甫会选举哥白尼担任视察员，对神甫会在奥尔什丁和皮耶宁日诺佃户区的财产管理工作进行督察。1511年1月初，哥白尼和自己的同事法比安·卢兹扬斯基一道在奥尔什丁进行了视察，收缴了一部分应上缴神甫会的钱款带回弗龙堡。从1510年11月到1513年11月，哥白尼担任很高的行政职务——神甫会办公厅主任。根据这项职务的要求，他负责编写给波兰国王和十字骑士团的信件，为各种正式文件加盖印章，监督神甫会的账目。1512年还管理过食品供应，即负责监督各面包厂、啤酒厂和磨坊的工作，以及神甫们日常食品的分配。此外，农村向神甫会缴纳的钱款也由哥白尼负责来接收。由于公正地履行这些义务，1516年11月8日，哥白尼又被选为任期三年的神甫会财产管理人。担任这些行政、经济职务，使哥白尼对经济问题有了实际了解，这对他成为神甫会经济和财政改革者起了重要作用。
舅舅去世不久，哥白尼就接触到选举主教的问题。这不仅对瓦尔米亚主教区和弗龙堡神甫会非常重要，对波兰也具有重要意义。这次选举引起了以国王为首的波兰重要政治势力的关注，也引起十字骑士团及其他邻国和梵蒂冈的关注。国王齐格蒙特·斯塔雷希望能把自己的意中人安插到瓦尔米亚主教的位置上，而神甫会的一些成员则渴望安排自己挑选的人。面对十字骑士团想攫取瓦尔米亚，甚至占领整个王属普鲁士的企图，国王特别希望瓦尔米亚主教能是一位可信赖的和忠于自己的人。乌卡什·瓦兹洛德主教临终前曾经嘱咐神甫会选举拉法乌莱什钦斯基或扬·奥莱希尼茨基担任主教。这大概是为了对付来自十字骑士团的威胁，因为这两位神甫都出身于波兰本土的富有家庭。然而，神甫会并没有尊重这位已故主教的意愿，在主教去世一周后，于1512年4月5日匆忙地推选法比安·卢兹扬斯基担任主教。选举法比安·卢兹扬斯基也是对国王意愿的迁就，因为卢兹扬斯基的祖辈曾参加过反对十字骑士团的“十三年”战争，坚定地站在波兰一边。他与骑士团的秘密往来和企图偷窃哥白尼绘制的地图一事，当时还是秘密，除十字骑士团以外，谁也不知道。哥白尼参加了神甫会的这次选举，但他只能服从多数人的意志，对新选出的主教投赞成票。新主教签署了所谓的选举协定，这个协定旨在保证神甫会对政治事务和瓦尔米亚管理问题具有决定性的影响，而这正是推选候选人时提出的要达到的一个目标。他们希望国王很快会接受这一既成事实。第二天，哥白尼和其他神甫们一道在神甫会的会议上签署了给蒂德曼·吉斯的全权证书，授权他到罗马去争得教皇同意此次选举结果。6月1日，神甫会派扬·斯库尔泰蒂和巴尔撒泽·斯托克菲希就这次选举结果去和国王进行协商。
然而，神甫会的希望落空了。国王齐格蒙特·斯塔雷认为这次选举破坏了他对瓦尔米亚的权利。尽管国王对法比安·卢兹扬斯基有好感，但并不想承认这次未经他允许的选举。可是波兰国王对法比安这个人并没有什么成见，鉴于法比安的祖辈曾对自己的父王卡齐米日·雅盖隆奇克做过贡献，国王已倾向同意瓦尔米亚的这次选举结果，但神甫会必须接受国王提出的一些条件。于是，国王给教皇写了一封关于选举法比安的信。1512年7月6日，王宫的特别委员会与神甫会的两名代表一道起草了一个协定。该协定草案说，当弗龙堡主教职务出现空缺时，神甫会将立刻派特使，把主教去世的消息报告给国王，并向国王提交瓦尔米亚所有神甫的名单。国王将从名单上选出四个合适的人选，然后再由神甫会在这四人中选出一名担任主教。神甫会要向国王报告选举结果，并请求国王把选举结果呈报教皇，以争取教皇的批准。教皇批准后，新当选的主教要宣誓效忠波兰国王。这个协定草案虽然遭到一些神甫的反对，但最终仍然获得了神甫会的批准。1512年12月6日，神甫会举行仪式，授权安杰伊·克莱茨神甫和扬·斯库尔泰蒂神甫到彼得库夫的议会继续与国王进行谈判。神甫会的使节竭力缓和协定中提出的条件，并一直为此争取到最后一刻，但国王的态度却更加坚决，一直不肯退让。12月7日，签署了有关瓦尔米亚主教选举的协定，这个协定在历史上被称为“彼得库夫协定”，250年来它一直是波兰国王处理弗龙堡主教选举问题的基础。圣诞节的第二天，神甫会批准了这项协定。哥白尼参加了这次神甫会会议。按照《彼得库夫协定》的规定，比安主教宣誓效忠波兰国王。