在陪同国王巡视王属普鲁士期间，哥白尼不得不在整顿普鲁士的内部秩序上花费精力，主要是解决有关行政、司法和治安方面的问题。瓦尔米亚主教对普鲁士内政有着决定性的影响，而作为主教助手的哥白尼，也拥有很大发言权。1506年8月20日至9月25日，普鲁士各界在马尔堡举行了一次重要的代表大会，以安杰伊·鲁扎·博雷绍夫斯基为首的钦差大臣们参加了大会。哥白尼不仅参加了这次大会，还参加了大会的筹备工作。通过这次代表大会，还哥白尼不仅了解到该地区的各种关键问题，也了解到普鲁士贵族、各城市以及神职人员之间的利害冲突。他亲身感受到十字骑士团对瓦尔米亚怀有野心。他亲眼看到，一方面是各界之间在无休止地争吵；另一方面是狡诈的十字骑士团正伺机反扑，企图再次夺回半个世纪前摆脱了他们统治的地区。
除了处理公事以外，哥白尼还要帮舅舅处理私事。他成功地调解了瓦尔米亚主教和格但斯克市民之间的冲突。这场冲突是因为一块封地而引起的。这块土地位于埃尔布隆格地区的维斯瓦河三角洲上，是一块沉积土地，土质非常肥沃。1457年，波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克将这块沃土当做抵押品租给了格但斯克市民。而1505年国王又把这块土地赠给了瓦兹洛德主教，这就引起了矛盾。主教想用很少的代价把这块土地赎买回来，而格但斯克市议会却不想出卖这块有利可图的财产，于是矛盾就尖锐起来。一向容不得反对意见的瓦兹洛德主教为此大发雷霆，他把钦差大臣们找来，请他们帮忙，共同商讨对策。为解决这个问题，还专门成立了一个委员会，哥白尼作为神甫会的代表参加了该委员会的工作。
之后，亚历山大·雅盖隆奇克国王的死，在普鲁士和利兹巴克官府引起了不小的混乱。普鲁士各界深感失去了一位可信赖的统治者，而对瓦尔米亚主教来说则失掉了一位从青年时代起就要好的朋友。无法预料新的王位继承人会如何行事，是否会承认和赞成普鲁士地区所享有的各种自由。1506年12月8日，齐格蒙特·斯塔雷被选为新国王。普鲁士各界派往彼得库夫的使团没能赶上国王的选举仪式，于是又前往克拉科夫，参加新国王的加冕仪式。这个使团由瓦尔米亚主教率领，在圣诞节前夕出席了在瓦维尔大教堂举行的加冕仪式。哥白尼也跟随舅舅参加了这次活动，如果不是作为瓦尔米亚神甫会代表的话，就是作为主教的随行医生。哥白尼和舅舅一道在克拉科夫逗留了两个多月。从上大学以来，哥白尼已三次经历并亲眼目睹了国王的加冕活动。这次他顺便游览了繁华的克拉科夫，访问了大学，见到了大学时期的老朋友和熟人，也结识了新的朋友。
齐格蒙特·斯塔雷的登基，揭开了波兰历史的新篇章，这个时期国家出现了空前的昌盛局面，经济和文化呈现出一派繁华景象。卡齐米日·维尔基国王及其继承者们所付出的努力在这个时期结出了丰硕的果实。齐格蒙特·斯塔雷是卡齐米日·雅盏隆奇克王子中最后一个登上波兰王位的。无论是国王还是王后都酷爱艺术，因此人们把国王伉俪称作“王位上的人文主义者”。
文艺复兴时期的文化、科学和艺术在整个波兰传播开去，并且在一些杰出的艺术品、文学作品和典型建筑中得到了充分体现，这些优秀作品至今令我们叹为观止。在舅舅身边工作，使哥白尼得到了不少从事行政工作的经验，遇事能够独立提出自己的见解。哥白尼的工作深得弗龙堡神甫会的赞赏，神甫会让他担任了各种职务。作为神甫会的视察员，他曾负责财政监督工作，对神甫会的全部财产和各种财政事务进行监督。从1510年起，哥白尼担任瓦尔米亚神甫会办公厅主任的高级职务，还负责食品供应处工作。这时期，哥白尼曾常常奔波于利兹巴克-弗龙堡-奥尔什丁-马尔堡这条线上。
哥白尼所做的旨在保障普鲁士内部安全的努力，主要是对付十分猖獗的强盗集团。然而，这些强盗集团是受十字骑士团支持的，这就造成了王属普鲁士和十字骑士团的紧张关系，矛盾日益尖锐。哥白尼还参与了波兰巩固国防的工作，当时波兰正面临鞑靼人入侵的威胁。在举行加冕典礼期间，国王齐格蒙特·斯塔雷就曾要求普鲁士各界出钱，以便加强波兰的国防，抵御外来侵略。国王说的外来侵略首先就是指鞑靼人的进攻。在1507年6月初，普鲁士各界在格鲁琼兹召开代表会议，会议通过了有关为共和国缴纳国防税的决议，但收税工作却进行得非常缓慢。为此，1507年9月1日在埃尔布隆格又举行了新的代表会议，再次讨论了税收问题和内部安全问题。哥白尼和舅舅，以及弗龙堡的神甫安杰伊·克莱茨一起参加了埃尔布隆格会议。马尔堡执政官安布罗斯·帕姆波夫斯基在会上向普鲁士各位议员提出，必须改进国防税的收缴工作。关于内政问题，讨论得最多的是如何与得到邻国——骑士团普鲁士支持和纵容的强盗集团进行斗争的问题。瓦尔米亚主教特别强烈地谴责了强盗及其披着教士外衣、带着黑十字的庇护者们。根据瓦兹洛德主教的建议，代表会议通过了致骑士团骑士和骑士团国家两座最大城市——克鲁莱维茨和巴尔什托什采的几封信，信中呼吁他们不要援助强盗。哥白尼从这里又一次看到，不断伤害波兰的骑士团的存在对他的国家构成了怎样巨大的危险。
通过参加瓦维尔宫的各种仪式，以及参加在彼得库夫——特雷布纳尔斯基举行的议会会议，哥白尼对全国性的事务有了更深入的了解。哥白尼也看到普鲁士议员们从地方利益出发所表现出的抵触情绪，他们反对统一普鲁士地区和王国本土的货币，因为普鲁士货币的汇率较高。他们也反对让安布罗斯·帕姆波夫斯基作普鲁士最高法官的候选人。但是，在恪守1466年《托伦和约》有关王属普鲁士同波兰合并的决议方面，没有任何异议。在更好地保卫自己的疆土和城堡免遭十字骑士团攻击方面，普鲁士议员们同国王的意见是一致的。
十字骑士团的情报机关对哥白尼也产生了兴趣，尤其是哥白尼的一些著作引起了他们的注意。作为一名天文学者，哥白尼熟悉制图工作，并且能绘制地图。舅舅曾吩咐他绘制一张瓦尔米亚和王属普鲁士西部边界的地图，也就是波兰和十字骑士团国家交界地区的地图。在去波兹南参加会议之前，哥白尼还没来得及画完这张地图，但具有远见的舅舅让他把未画完的地图也带上了。因此骑士团的奸细们无论在利兹巴克，还是在弗龙堡，把哥白尼的住处都翻了个遍，也未能找到这张地图。
法比安·泰延格·卢兹扬斯基和波兰的科希切拉克家族有亲缘关系，他的祖父在13年战争时期曾忠实地为卡齐米日·雅盖隆奇克服务过。法比安的父亲——尼古拉·泰廷格曾经置自己的家庭和个人的性命于不顾，遵照国王的命令保卫雷谢尔城堡。不幸，法比安落入了十字骑士团之手。十字骑士团为了迫使法比安的父亲交出雷谢尔，威胁要杀死法比安。后来，小法比安侥幸逃出了。在博洛尼亚学习时，他遇到了哥白尼。1490年，法比安进入瓦尔米亚神甫会，1512年至1523年担任瓦尔米亚主教。在这个时期法比安和骑士团保持着秘密往来。从他的书信中表明，他曾向十字骑士团许诺，如果有合适的机会，他将把哥白尼绘制的地图偷来献给大首领。1510年6月11日，法比安写信给等得不耐烦的骑士团大管事说，为了得到地图，他使用了许多办法，搜查了“尼古拉博士的所有房间”，但始终也没有找到，他想，大概是哥白尼“随身带走了，或者锁在箱子里了。”可以想象，法比安搜查了哥白尼在弗龙堡的住处，因为法比安是那里的神甫，并且住在那里。他没有搜查在利兹巴克主教官邸里哥白尼的住处，因为那会引起怀疑。虽然他想了许多办法，但始终没有偷到这张地图。后来，随着事态的发展，他改变了对十字骑士团的态度。哥白尼丝毫也没发现自己的大学同学、现在的亲密同事、一道管理神甫会财产的法比安，竟然和敌对的邻国有着秘密往来，并且一直在监视他的行动。
行政工作十分繁杂，而内政、外交事务也颇费心血，但就在这一片繁忙之中，哥白尼还是找到了从事科学工作和文艺创作的时间。在利兹巴克逗留期间，时间很紧张，但哥白尼正是在这段时间内完成了几年前在博洛尼亚开始的一项翻译工作。他把公元7世纪拜占庭作家泰奥菲拉克特·西莫卡塔的希腊文作品《风俗、田园和爱情信札》翻译成了拉丁文。这是哥白尼的第一部作品，出版于1509年，出版者是克拉科夫一位有名望的印书人——扬·哈菜尔。这部作品在波兰印刷史上占有重要地位，不仅因为它的译者很出名，也因为它是波兰印刷的从希腊文译成拉丁文的第一部作品。该书出版以后，哥白尼把一个题字的精装本奉献给舅舅，并顺便给舅舅写了一封信，信的内容如下：“尊贵的瓦尔米亚主教乌卡什先生：
“最值得尊敬的先生和祖国之父，我深深地感到……那位泰奥菲拉克特·西莫卡塔将自己的风俗资料、乡村通讯和爱情信札收集起来，大概是出于这样一种考虑，即认为没有什么能比多样化更吸引人的了。不同智力的人在不同的事物中得到乐趣，一部分人被严肃的重要事物所迷住，另一部分人则被轻松愉快的事情所吸引；有人接受冷静话语的诱惑，也有人却迷恋于童话故事，真乃各有所好。事情就是这样，轻松和严肃混合在一起，放纵与苛求融为一体，读者才可以从中加以选择，就像在百花园中采摘鲜花一样，每个人都能找到自己最喜爱的。此书包括许多有用的东西，我们不能把它单纯看做普通的书信，应该看作人类生活的规范。这些书信之精彩足以证明这一点。这里所收集的全是最精彩、最丰富的作品。对描写风俗习惯和田园风光的作品，人们一般不会产生疑虑；而描写爱情的作品，虽然从题材上看像是轻松愉快的读物，实际上却是很有分寸的，这些作品其实也应该划归风土人情一类，这就好像医生用来缓解药物苦味的糖一样。因此，认为只有希腊人才能读这本书那是不公道的。懂拉丁文的人对这本书了解得太少，于是我尽力把它译成了拉丁文。最值得尊敬的先生，我向您奉上这个小小的礼物，不成敬意，这和您的恩惠是无法相提并论的，然而，每当我付出努力或者我的微薄能力取得什么成果时，这一切都应该归功于您。”
哥白尼
哥白尼希望通过这些言辞表达自己对舅舅的感激之情，感谢他多年来的关怀和帮助。但哥白尼这里过分贬低了自己的能力，他的朋友瓦夫日涅茨·科尔文在为这本信札撰写的序言中高度评价了他的才能。科尔文也注意到了哥白尼的天文学爱好，在序言中他这样写道：“他注视着月亮的迅速运动、注视着太阳和星星，并且描绘它们在巨大天空中的运行轨迹。描绘天空这个杰出、万能的造物的形象以及各种天象形成的原因。最令人惊奇的是他能解释天体运行的规则。”
哥白尼还花费很多时间翻译一些700年前的诗歌。
哥白尼利用闲暇时间，对天体进行观测。但在利兹巴克生活期间，他可以从事天文爱好的时间是很少的。大约在1507年，他开始撰写第一篇天文学论文。在这篇论文里他勾画出自己学说的雏形。这篇论文的题目是《浅说关于天体运动的假设》。哥白尼在利兹巴克观测了月食，丰富了他多年积累起来的有关星际现象的知识。甚至在克拉科夫逗留期间，他就对1509年6月2日出现的月食作了观测。这对他的理论发展非常重要，因为这次月食同托勒密观察的月食非常相像。这使哥白尼有可能对希腊天文学家的计算加以验证。在哥白尼的一生中仅此一次，以后再也没出现这种观测机会。
在最后一段时期，哥白尼同舅舅的关系不大融洽。1510年秋，哥白尼离开利兹巴克，回到自己在弗龙堡的住处，并在那里生活了30多年。1512年1月19日，哥白尼在耶日·冯·德拉韦神甫陪同下在什图姆的城堡会见了舅舅。这是哥白尼最后一次同舅舅会面，因为不久之后瓦兹洛德主教就去世了。主教在温奇查突然患病，而且病得很厉害，3月26日被送回故乡托伦。3月29日为他做了弥撒，并由海乌姆诺主教扬·科诺帕茨基为他举行了临终涂油仪式。当时还派人去请一些最优秀的医生来给他看病，其中也包括哥白尼。但当舅舅的遗体下葬的时候，哥白尼才赶到。乌卡什·瓦兹洛德主教去世时64岁。葬礼于4月2日在瓦尔米亚主教所在地——弗龙堡举行。