在和骑士团的冲突不断加剧的形势下，波兰国王承担了保障瓦尔米亚安全的重要义务。从1511年起，阿尔布雷希特·霍亨索伦就一直担任骑士团的大首领。他是波兰国王齐格蒙特·斯塔雷的外甥，却与哈普斯堡人一道推行反对波兰的政策，不择手段地破坏《托伦和约》的规定，并企图侵吞整个王属普鲁士。从1515年，起受骑士团国家支持的匪徒和强盗就日益频繁地穿越边界，从骑士团国家窜到瓦尔米亚，对瓦尔米亚教区居民进行敲诈勒索。两国的政治关系和经济关系日趋紧张，贸易往来长期受阻，甚至一度中断。1516年7月，臭名昭著的马特恩强盗集团的残余分子袭劫了埃尔布隆格的商人尼古拉·布腾霍尔特，把他抢劫一空，并砍去了他的两只手。皮耶宁日诺的神甫会城堡司令驱散了匪徒，还在骑士团的领土上抓获了一名凶手。受十字骑士团大首领支持的指挥官提出交涉，要求交出被监禁的强盗，并且归还他的财物。瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基参与了这件事的处理。他征得神甫会同意后，对自己城堡司令的行动表示支持。这使瓦尔米亚同十字骑士团的矛盾更加尖锐，韦代尔的同伙在骑士团高级官员支持下对瓦尔米亚，特别是针对主教和神甫们，展开了一场独特的私人战争：毁掉他们的财产，袭击布拉涅沃附近的村镇，对居民进行恐怖活动。在这种情况下，神甫们向自己的统治者和监护者——齐格蒙特·斯塔雷国王控诉十字骑士团的罪行。
但国王没有迅速提供援助，直到1517年才派了一部分军队到瓦尔米亚去。在无外援的情况下，法比安·卢兹扬斯基主教亲自到骑士团大首领阿尔布雷希特那里进行交涉，但这次交涉并没有带来预期结果。因为十字骑士团诡称和强盗没有任何联系，也不承认向他们提供过什么援助。主教被十字骑士们编造的谎言所激怒，给大首领写了一封信，信中指出：“这些暴徒既不会飞上天，也不可能入地”。
面对强盗们的骚扰，必须组织防御，而这就需要有相应的财政投资。于是在1516年7月底，神甫会对自己的基金储备进行了清查，以便从中拨出一部分用作防御开支。在这种严峻的形势下，神甫会把自己的财产管理工作委任给了尼古拉·哥白尼。危难之时推举哥白尼担任此职，说明哥白尼在神甫会中是很受尊重的。从担任奥尔什丁和皮耶宁日诺神甫会财产管理人起，哥白尼的事业就揭开了一个新的篇章。
这个时候，哥白尼除了出版了一本译著——《泰奥菲拉克特·西莫卡塔诗集》以外，还从事了天文学及其他许多与之有关或无关的研究工作。最早在利兹巴克，即在舅舅官邸工作时，哥白尼就开始构思自己的天文学著作。他曾向要好的神甫透露过自己的理论，这些知情的神甫也鼓励他公布迄今所获得的研究成果。对哥白尼从事的天文学研究工作了解最多的，除了舅舅以外，就要属蒂德曼·吉斯了。他为神甫会从英国买回了一个太阳钟和一副观察昼夜平分时的仪器。虽然这些财产属于神甫会，但这些东西正是哥白尼从事天文观测所十分需要的。
大约在1515年前，哥白尼以书信形式撰写了一篇论文，寄给自己的朋友和自己熟悉的天文学家。这篇论文开头的一句话是：“尼古拉·哥白尼浅说自己提出的关于天体运动的假设”，于是这篇论文的名字就被简称为《浅说》。这篇《浅说》几乎传遍整个欧洲，哥白尼在这篇《浅说》中以简明扼要地阐述了他的日心说的基本思想：一、不存在一个所有天体及其轨道的中心点。
二、地球中心并不是宇宙的中心，只是重心和月球轨道的中心。
三、所有天体都围绕作为自己中心点的太阳运转，因此太阳位于宇宙中心附近。
四、地球到太阳的距离和天穹高度之比，就如同地球半径和地球与太阳间距之比一样渺小。地球到太阳的距离和天穹高度之比是微不足道的。这就是说，由地球绕太阳公转所造成的观察角度的变化（表面上看似乎是行星在移动），被称为视差位移，它和观察者与天穹，也就是观察者与各行星的距离相比，简直太小了，所以这个变化很难被发现。
五、在天空中看到的所有运动，都是由地球自己运动造成的。因为地球连同环绕它的自然要素（水和空气）一起，每24小时围绕对天空来说不变的两极连线旋转一周。
六、使人感到太阳在运动的一切现象，都不是因太阳运动产生的，而是因地球及其大气层运动造成的。地球带着它的大气层，像其他行星一样围绕太阳旋转。由此可见，地球同时进行着几种运动。
七、人们看到的行星向前或向后的运动，都不是行星自身的运动，而是因地球自身运动使人产生的错觉。地球运动的本身就足以解释人们在天空中观察到的各种各样的天象。
接着，哥白尼描述了太阳和月球的视运动，然后是3颗行星：土星、木星和火星，以及金星和水星的视运动。《浅说》用这样两句话作结尾：“这样，水星总共按7个圆运动，金星沿5个圆运转，地球沿3个圆转。月球围绕地球沿4个圆运转。而火星、木星和土星各沿5个圆运转。因此，总共有34个圆就足以说明整个宇宙的构造和行星所跳的全部舞蹈了。”
哥白尼在《浅说》中抨击了托勒密的理论。托勒密认为地球是宇宙的中心，所有天体，包括太阳，都围绕地球运转的。同时这一抨击也是对以托勒密地心说为基础的世界观和哲学体系的抨击，他使占星术失去了存在的意义，占星术通过观察天体运动来预测未来，曾被看成是一种“科学的”理论。前面所述的第三点和第七点是哥白尼日心说的基本含义。《浅说》中提出的地球每昼夜围绕自己的轴心旋转一周和每年围绕太阳旋转一周的理论是一条惊人的新闻。而哥白尼的这一惊人发现竟然是借助普通的简陋仪器——象限仪、三角仪和捕星器取得的。象限仪不过是用木板做成的一个正方形，板上绘制了四分之一弧，在圆心处钉上一根细棍，用于观测太阳的位置，主要是测量太阳在中天时的高度。三角仪是由三根活动的尺子构成的，用于观测月球。捕星器是由六个摆放在相应位置上的带有刻度的圆环构成的，用来测量月球与行星的位置及角度的工具。
哥白尼的《浅说》寄出后，并未引起收信人的很大兴趣，也未见到任何良好的反应。没有人敢违背以教会权威和圣经论述为支柱的公开理论来承认哥白尼的成果。所有人都保持了完全的缄默，也有人可能在内心里承认哥白尼是有道理的，但嘴上却不说什么。
随着时间的推移，《浅说》在欧洲越来越引人注目，并引起了截然不同的反应和争论。这时哥白尼已经在编撰自己的主要著作了。《浅说》为哥白尼赢得了一位最忠诚的学生，他就是威丁堡的数学家、天文学家和医生耶日·约阿希姆·冯·劳亨，又称雷蒂克。在了解了《浅说》的内容以后，他决定亲自结识一下作者，于是便在1539年来到了弗龙堡。他在瓦尔米亚主教区首府逗留了两年，了解到哥白尼学说的基本内容，也正是他说服哥白尼出版了《天体运行论》一书。
在从事天文学研究的同时，哥白尼还着手改革历法。1513年哥白尼接到改革历法国际委员会主席米德尔堡的保罗的邀请，让他参加改革方案的制订工作。不久之后，哥白尼把自己提出的历法改革方案寄给了该委员会的主席。但他拒绝到意大利直接参与这一工作，因为他认为，只有准确了解太阳和月球的运行情况后，才有可能进行历法改革，而当时太阳和月球的运行规律还在探讨之中。
鉴于对年、月以及太阳和月球运行轨道的长度尚缺乏精确计算，改革历法工作没有继续进行下去。30年之后，哥白尼在《天体运行论》一书中公布了自己的研究结果，这些结果成了1582年教皇格列高利十三世颁布以自己名字命名的格列高利历的基础。这个新历法取代了以前按儒略恺撒指示制订的儒略历，并一直沿用至今。