负责管理弗龙堡神甫广阔地产人的正式称呼为“尊贵的瓦尔米亚神甫会的共同财产管理人”，俗称“国家神甫”。这种管理人由神甫会全体会议选举出一名神甫担任，选举一般在每年的11月8日举行，每届任期为一至三年。1516年，患病的神甫克日什托夫·冯·苏赫滕在向神甫会提交传统的工作报告后提出辞职。神甫会接受了他的辞职请求，然后通过投票表决选举尼克拉·哥白尼接替苏赫滕的职务，这是对哥白尼的极大信任。哥白尼管理神甫会财产一直到1521年6月。担任神甫会财产管理人，要承担许多经济和行政义务，要掌管瓦尔米亚的两个地区，即奥尔什丁和皮耶宁日诺地区的经济收支。担任这一职务的人可以毫不费力地利用职权为自己捞取可观的资本，这是当时常见的现象。因此，人们总会选举特别信得过的人担任这一职务，希望能有一个有能力的好管家。神甫会章程规定，新当选的财产管理人要进行专门宣誓，保证如实地向神甫会报告奥尔什丁和皮耶宁日诺两个地区的所有收支账目。与此同时还采取了许多监督性措施，旨在把营私舞弊和贪污的可能性减到最小限度。管理人有权对奥尔什丁和皮耶宁日诺地区受神甫会统治的所有人，其中包括对居住在这里的贵族行使审判权，也有权罢免奥尔什丁和皮耶宁日诺的两座城堡的司令官。此外，还有义务对司库和其他掌管财务的人实行监督。管理人的工作主要是经济性的，因此他必须解决有关农村生活的所有问题，其中包括安置新移民、确定纳税标准等。哥白尼作为管理人必须与各乡村的村长保持经常联系，以从他们那里了解农村最紧迫的问题、逃跑的农民情况，以及农民之间的交易和纷争情况。许多问题都需要他亲自到当地进行干预。这就为他提供了一个空前的机会，使他有可能非常详细地了解瓦尔米亚，了解瓦尔米亚的需求和存在的问题。哥白尼甚至为此做了专门的笔记，记录了自己解决的问题。履行管理人义务占用了哥白尼很多时间，这使他经常忙忙碌碌。作为一名医生，他还要为病人治病，这又占去他不少时间。这样哥白尼用于科学研究和读书的时间就很少了。
哥白尼掌管的地产范围遍及奥尔什丁佃户区的59个村庄和皮耶宁日诺佃户区的60个村庄。除森林和湖泊外，土地总面积约为3600公顷。此外还管理位于这片土地上的两座城堡，并负责维持两座堡垒的防御性能，为此承担一些军事防御任务。作为行政管理人，他的办公地点就设在奥尔什丁城堡，该城堡位于奥尔什丁城西北部的韦纳河畔。奥尔什丁城堡连同这座建有堡垒的城市，是当时整个瓦尔米亚防御得最好的要塞。
虽然行政事务十分繁忙，但哥白尼并没因此停止天文学研究工作。奥尔什丁城堡里留下了他从事天文观测的痕迹。1802年，华沙科学之友协会的代表塔德乌什·查茨基和马尔青·莫尔斯基来到奥尔什丁城堡寻访有关哥白尼的文物时，在围廊下面的墙皮中发现了哥白尼制作的一个长705厘米、宽140厘米的天文观测记录板。这是哥白尼观测和研究地球轨道不均衡性时所使用的。哥白尼在奥尔什丁观测二分点（春分和秋分）时刻，首先是为了确定和计算出当时所使用的儒略历同实际情况的差距。公元325年，在威尼斯举行的主教会议上确定春分为3月21日，它成为推算复活节和其他不定期宗教节日的基础。由于当时历法的错误，致使每个历法年都比依据太阳通过两个二分点的时间计算出的天文年长11分钟。日积月累，历法年标示的二分点越来越晚，到哥白尼时期，误差已达10天之久。必须对历法进行修改，这成了当时学者们热烈讨论的话题，并提出了各种各样的修改方案。改革历法问题终于1512至1517年举行的拉特兰主教会议的日程上，哥白尼对这些问题也很感兴趣。哥白尼从弗龙堡来到奥尔什丁时，未能带上所有仪器。尽管如此，他并不想中断已经开始的研究和观测工作。为此，他才制作了这块测定二分点时刻必不可少的记录板。
哥白尼选择了西南方向上的一面墙来制作这块记录板，这块墙面被围廊遮掩着，他在顶棚上钻了一个小孔，阳光透过这个小孔射到墙板上。每五天观察一次阳光在墙上移动的路线，并在墙板上标出来。二分点时刻是主要的观察对象，同时也是做深入观测的出发点。每遇到观测日，哥白尼就不外出监督和视察。他对观测时间和外出时间的安排表明有两次和他的天文观测相冲突。哥白尼在奥尔什丁堡进行了许多次天文观测，《天体运行论》一书里描述了其中的四次。在奥尔什丁城堡生活的这段时间，是他一生中活动最多的时期。哥白尼在奥尔什丁收集了资料，并初步编定了关于货币问题的经济学论文。1519年5月，他还参加了防治瘟疫工作，这次瘟疫席卷了瓦尔米亚的北部地区。当然，在奥尔什丁生活期间，哥白尼的主要任务是履行其行政、经济职责，其他任务都是次要的。他的研究工作具有个人爱好性质，在计划中只能排在后面。
哥白尼在奥尔什丁负责管理工作时，正是神甫会的经济紧张重建和扩建时期。15世纪末和16世纪初，瓦尔米亚经历了经济困难时期，这使神甫会的经济也遭到挫折。在奥尔什丁佃户区，佃农手中的耕地近百分之四十被荒芜。对神甫会来说，这就意味佃租和其他收入减少了将近一半。种植谷物带来的可观收益刺激着神甫会，使它采取各种有力措施去垦荒地，并使现有农田得到充分的利用，以便从中获得尽可能多的收入。谷物当时在西欧很畅销，出口赢利很多。开垦荒地和监督现有土地的利用是神甫会财产管理人的基本任务。管理人的任务还包括安排新农户去代替那些没有能力或对土地利用不当的佃户，特别要接管那些因佃农死亡或外逃而遗弃的土地。随着佃农对地主承担义务的加重和对佃农自由限制的加深，佃农外逃现象日益严重，这是佃农对加重负担的一种反抗形式。从1481年起，神甫会财产的历届管理人都建有专用的经济簿，称之为“荒废农田登记簿”，在这里记录着神甫会财产拥有者和使用者的全部变动情况。从1500年的一本登记簿上可以看到，土地经营情况比以前有明显好转，荒芜农田只占四分之一左右。哥白尼来这里任职时正赶上这种移民活动的最后阶段。按照前任的做法，哥白尼也建立了登记簿，哥白尼做第一次记录的时间是1516年12月10日，最后一次记录是1519年8月14日，总共记了15页。