神甫会作为地产的主人对租种其土地的农民行使领导权，这些佃农都隶属于神甫会。而神甫会行政管理人则是弗龙堡神甫们的全权代表，主管佃农事务。佃农租种神甫会的土地一般按海乌姆诺的法律办理，只要能按时按量地交纳地租和其他费用，土地的使用权可以世袭。当时瓦尔米亚佃农的人身还是自由的，在算清账目和找到接替人的情况下，可以放弃自己所租赁的土地。在乡村里，农民的顶头上司是村长。在哥白尼生活时期，村长的职权仅限于协助行政管理人维持治安秩序。村长已经不再是很早以前那样能够决定农民租赁土地的问题了，这些问题要由行政管理人来决定。
从1516至1519年，哥白尼总共做了66次记录。到瓦尔米亚乡下65次，其中到奥尔什丁佃户区的农村53次，到皮耶宁日诺佃户区的农村12次。每次下乡都在登记簿上用拉丁文进行记录。这些记录都是一些简短的纪实性的文字，记的是下乡所解决的问题，譬如安置新佃户或交换地产等。哥白尼一般春天或冬天下乡的次数最多，也就是在播种之前。两名侍从陪着他，一名是青年人希耶罗尼姆，另一名是沃伊切赫·谢布尔斯基（或采布尔斯基）。有时奥尔什丁城堡的军队教士或皮耶宁日诺城堡司令也陪同他下乡。在哥白尼所做的公务记录中，很少有安置新人耕种撂荒多年土地的事情。在奥尔什丁佃户区仅有过两起，那是1519年在迪维塔村为撂荒很久的六畹土地安置耕种人。其他安置工作都和耕种撂荒地和扩大耕种面积无关，主要一些是土地转让问题，从这一用户转到另一用户手中（交换或者购买），这类事情共有32起。为暂时无人耕种的土地（农民逃走或者死亡）安排用户——这类事特别在行政管理人上任初期较多——也是32起。
为了不使外逃农民放弃的土地撂荒，哥白尼必须尽快为其安排新的佃户。哪里一旦发生农民外逃事件，哥白尼就要亲自到那里去，把被抛弃的土地、建筑物、牲畜、农业器具，甚至还有谷物一起转交给新佃户。有时还允许新佃户在头一年免交租税、劳役、公路养护费等。频繁的外逃事件促使哥白尼提出了一个新要求，那就是在签订新的租赁土地合同时，要有保人担保，如果被担保的农民弃田外逃，保人要承担物质责任。在这种情况下，保人有义务接管被抛弃的地产，并承担相应的义务：经营这些土地直到安置新的佃户为止。这种保人多由租赁者的亲属和熟人来担当，有时也由村长担当，签订土地合同时村长总要在场。哥白尼这种预防性措施并不过分，因为当时一块土地在短时间内就曾发生多次被放弃的事情。
在登记簿上哥白尼记载的另一类事情，主要是从形式上确认用户的变更情况，臂如用户出于某种原因把部分地产转让给其他农民等。也有时由于欠债原因，农民和伤残农民把财产转让给了别人，双方均未偿还拖欠的债务。对这种交易，哥白尼采取了宽容态度，武伊托沃村的孤寡老人老乌尔班的情况就是其中的一例。哥白尼称老乌尔班为“年岁和名字都体现其老的一位老人”，允许他卖掉自己的财产，自由地离开村子，尽管他的欠债尚未还清。哥白尼还允许利普诺村上了年纪的彼得·普雷乌斯出售一畹半土地，并且规定由新佃户每年向他提供一个半格利夫那作为他的终生养老金。这些事例说明，哥白尼一方面关心神甫会的物质利益，另一方面也对下属采取人道主义的态度。
到瓦尔米亚来的移民，很大一部分是来自玛佐夫舍地区的波兰农民，早在15世纪以前那里就有人移居奥尔什丁佃户区了。在瓦尔米亚回归波兰以后，向这里移居的人就更多了，到15世纪末已成为普遍现象。移民的到来，改变了瓦尔米亚农村的民族构成，原来居住在这里的农民以德国移民和当地土著居民即普鲁士人为主。
作为神甫会财产的管理人，哥白尼是一位好管家，他不只为神甫会服务，也为农民着想，当然，这限于当时的社会和法律条件允许的范围内。从哥白尼的行动中可以清楚地看到他所采取的人道主义态度，他希望在他所管辖的地区内，经济能够得到顺利发展。
哥白尼在奥尔什丁地区管理经济事务时期，正是以瓦尔米亚主教和神甫会为一方，以十字骑士团为另一方不断发生误会和冲突时期。哥白尼管理的地区和骑士团国家直接接壤，边界闹事和冲突事件不断给哥白尼带来麻烦。来自骑士团的威胁也妨碍了经济的协调发展。1517年6月，一位听命于骑士团的强盗塞巴斯蒂安·格劳辛因在瓦尔米亚抢劫被抓了起来，这使得形势达到了白热化，甚至导致了瓦尔米亚同骑士团国家在1517年9月29日中止了贸易往来。骑士团当局明显支持和纵容武装强盗在瓦尔米亚领土上从事抢劫活动。强盗们得到骑士团的支持后，更加大胆、肆无忌惮地蹂躏手无寸铁的居民。1517年8月底，他们纵火焚烧了皮耶宁日诺市郊及附近的两个村庄，后来又在布拉涅沃郊区纵火烧毁大片民房。瓦尔米亚行政管理人自身也不止一次遇到毗邻地区骑士团办事人员的挑衅事件。1517年3月，骑士团和神甫会的人就帕斯文克界河的捕鱼权问题发生争执。骑士团方面的一个人在捕鱼时被逮住，并被关进了奥尔什丁城堡。这成了骑士团人员攻击神甫会行政管理人哥白尼的口实，指责他对骑士团的人采取暴力行动。因为骑士团方面的人在奥尔什丁附近森林伐木，致使瓦尔米亚神甫和骑士团驻袍斯文克镇的统治者菲利普·格罗伊辛之间从1516年起开始了一场旷日持久的争论。格罗伊辛甚至迫使神甫会管辖下的一些农民向骑士团交租，通过这些手段同神甫会展开了一场“私人战争”。1518年，格罗伊辛向哥白尼控告奥尔什丁城堡司令克日什托夫·德劳希维茨，这使得双方的争论进入白热化阶段。神甫会要求哥白尼毫不迟疑地为司令官驳回指控，并消除导致指控和冲突的根源。为此事，哥白尼专程到利兹巴克去了一趟，征询主教的意见，探讨用什么方法打掉十字骑士团。1518年10月22日，哥白尼把同主教的谈话迅速写信报告了神甫会。他在这封信中写道：“昨天我从最值得尊敬的主教阁下那里了解到你们如何看待我正筹备的一次宴请。可以说，一切都已准备就绪，无论是在食鱼日，还是在食肉日举行都可以。菲利普·格罗伊辛的来信让我提前从奥尔什丁动身。我带去的奥尔什丁司令在那里详细地了解了情况，知道那个控告人是不能对他进行指控的，因为控告人并不承认他的权利。主教阁下也给我指示，如果回信还没有发出的话，要我劝你们，尊贵的先生们，在给大首领的回信中要加上这样一句：‘为了不违背神圣的公正原则，以免被人误解和篡改。阁下已经获悉，莫斯科和国王签订了永久和约。至于签约的条件是什么，阁下希望尽快了解到。这样一来，我们邻居的全部希望就破灭了。尊贵的先生们，拜托你们了。只要可能，我立刻就从这里动身。尼古拉·哥白尼。”
可惜，哥白尼高兴得早了些，因为就在一年半之后爆发了波兰同十字骑士团的战争，这场战争主要在瓦尔米亚地区进行。1519年11月8日，哥白尼被提升，神甫会任命他为神甫会办公厅主任。为此哥白尼回到弗龙堡，但在那里逗留时间很短，因为当时波兰和瓦尔米亚已经直接面临同十字骑士团发生战争的危险。