波兰和十字骑士团的关系日趋恶化，瓦尔米亚则从中尝到了特殊的苦头。十字骑士团的袭击活动越来越频繁，他们所到之处，不放过任何人和目标，连教堂也成为他们的抢劫对象。应瓦尔米亚主教和神甫会的请求，国王齐格蒙特·斯塔雷派来40名骑兵。起初，国王曾试图劝说自己的外甥——敌视波兰的十字骑士团大首领阿尔布雷希特放弃战争冒险活动；但当他意识到会谈不会有多大结果时，便开始了备战。
法比安主教惧怕战争，他做了一系列努力，竭力避免战争和冲突。他不但向克鲁莱维茨派遣了使臣，甚至还亲自去和大首领会谈。他警告大首领说，波兰不会允许骑士团剥夺它的财产和自由占领王属普鲁士。主教懂得，一旦发生战争，瓦尔米亚将会成为战场，那势必给主教和神甫会的财产带来不可估量的损失。最后，主教只能把全部希望寄托在波兰国王的强大实力上，指望他能在尽可能短的时间内解决骑士团问题，并使骑士团永远不敢再有攫取王属普鲁士，特别是攫取瓦尔米亚的野心，因为主教和弗龙堡神甫们的财产都在瓦尔米亚。
十字骑士团的紧张备战活动迫使波兰开始征讨不安分附属国的战争行动，虽然它远未做好战争准备。1519年12月11日，波兰议会同普鲁士各界代表大会在托伦举行联席会议。会上一致通过决议，对十字骑士团采取战争行动。12月底，波兰部队从托伦出发，向十字骑士团控制的普鲁士进军，迅速占领了位于玛祖尔地区和维斯瓦河流域的几个较小的边境城镇，并继续向克鲁莱维茨方向挺进。阿尔布雷希特早已把自己的武装力量集中在同瓦尔米亚交界的北部边界上，在1520年新年他跨过边界线进军到布拉涅沃城下，并宣称他是来向波兰国王进贡的。这时他还不知道波兰已开始了战争准备。当十字骑士们来到城下时，正值凌晨，浓雾妨碍了布拉涅夫塔楼的视线，另外，这座塔楼当时也没有人守卫。同骑士团友好的布拉涅沃市长菲利普·特施内尔为骑士团的军队打开城门。十字骑士们毫不费劲地占领了布拉涅沃城堡。弗龙堡距离布拉涅沃仅有10公里，弗龙堡的神甫们听到这个消息后无不大惊失色。大首领则竭力向主教解释，说他是受教皇委托来占领布拉涅沃的，旨在保护主教区免遭波兰军队的抢劫。
主教和神甫会面对这样的巨大威胁，立即展开了一场外交活动。1920年1月4日，从弗龙堡派出的两位神甫作为使节去会见阿尔布雷希特。这两位代表，一位是从前的神甫会成员、副主教扬·斯库尔泰蒂，他对大首领周围的人特别熟悉；另一位就是尼古拉·哥白尼。两位使臣的任务是对骑士团向没有武装的瓦尔米亚采取战争行动表示震惊，并建议大首领与波兰国王开始和谈。主教请阿尔布雷希特为哥白尼发放安全通行证，让哥白尼能在弗龙堡和奥尔什丁之间自由通行，以便使他能够充当住在利兹巴克官邸的主教和弗龙堡神甫会之间的联系人。为了能在大首领和主教之间做中介人，斯库尔泰蒂也得到了一张安全通行证。尽管得到了安全通行证，但哥白尼此后再也没到布拉涅沃去。十字骑士团还没等收到神甫会的回音，就对弗龙堡发起了武装进攻。神甫们都纷纷离开弗龙堡，逃到没有战争危险的地方去。
神甫会成员中只剩下尼古拉·哥白尼一人还留在孤独的弗龙堡。没有大炮，十字骑士团无法越过大教堂的围墙，于是他们就纵火焚毁城市和围墙外面的神甫住宅。尽管哥白尼顶住了十字骑士团对弗龙堡发动的攻击，但因为他的家已被焚毁，不得不离开这里。1520年1月23日，哥白尼前往奥尔什丁，在奥尔什丁一直停留到1521年6月。
战争风云席卷了整个瓦尔米亚和骑士团国家。波兰军队主力由王国大统帅尼古拉·菲尔莱伊指挥，开进了骑士团控制的普鲁士，占领了一些地方，包围了另外一些地方。十字骑士团怕吃败仗，避免在战场上与波兰军队直接交锋。他们不敢面对波兰军队，却对被占领地区手无寸铁的居民大肆烧杀抢掠。在这种情况下，尼古拉·菲尔莱伊征得法比安·卢兹扬斯基主教的同意后，向各城镇和城堡派驻波兰军队，以保护这些地方避免十字骑士们的蹂躏。在弗龙堡驻扎了400名波兰雇佣兵，在奥尔什丁驻扎100名，在利兹巴克开始时驻扎300名，后来增加到1000名。
当法比安主教认识到依靠谈判无法使瓦尔米亚免遭骑士团抢掠时，他便坚决地宣布站到波兰一边。主教向神甫会提出要求，要求加固要塞，改善食品和弹药供应，同时也指出了神甫会在处理这些问题时表现出来的惰性。无论是神甫会，还是主教都要承担瓦尔米亚的防御费用，双方都想把更大的负担推给对方。但是，当局势发展到特别危险时，双方都停止了争论，在组织防御工作中神甫会向主教提供了充分的支持和帮助。如果没有波兰卷入战争，瓦尔米亚抵抗十字骑士团的斗争是不会坚持多久的。波兰军队开进了王属普鲁士，当时最杰出的波兰指挥官之一雅努什·希维尔乔夫斯基来到了前线，这使人们对胜利结束这场战争增强了信心。
当时哥白尼在奥尔什丁市迅速投入备战工作，为防御十字骑士团的进攻积极做准备。为了最大限度地加强奥尔什丁的防御能力，哥白尼付出了巨大努力。2月中旬，他从埃尔布隆格调来了防御武器等设备，其中包括17杆火绳枪。即使在如此动荡不安的局势下，哥白尼仍注意抓经济问题。有的农民害怕战争，抛弃家园逃走了，哥白尼就在那些被遗弃的土地上安置了新的佃农。在这个时期，哥白尼必须对神甫会的财产给予特别的关心，因为奥尔什丁佃户区已成为神甫会唯一的财政收入来源，皮耶宁日诺佃户区已经被十字骑士团洗劫一空。对于防御工作，哥白尼关心的不仅是他所在的奥尔什丁要塞，而是整个城市。为了保卫城市，他从外地运来了武器和装备。在这期间，哥白尼还处理了去世的瓦尔米亚神甫会成员巴尔撒泽·斯托克菲希的遗嘱和遗产问题。与此同时，哥白尼必须警惕地注意着那些对十字骑士团怀有好感或者阴谋反对波兰的神甫会成员。
战争期间，哥白尼坚定地站在波兰一边，忠实地继承了与十字骑士团斗争的家族传统。保卫神甫会财产的重担就落到了他的肩上，保卫财产就是保卫瓦尔米亚免遭骑士团的蹂躏。哥白尼帮助法比安主教组织防御工作，同时动员他采取更加坚定的立场。哥白尼约束自己手下的人不得和十字骑士团的人进行任何可疑的接触。
在1920年4月29日写给主教的一封信里，哥白尼叙述了神甫们积极参加瓦尔米亚防御工作的情况，并请求主教把财政援助再增加相当于神甫们贡献的三分之二的数量。在这封信里哥白尼还建议主教和军队总指挥尼古拉·菲尔莱伊保持密切联系。这期间尼古拉·菲尔莱伊又调来20杆火绳枪以加强弗龙堡的防御力量。