督政府末期，在法国南部和中部所有道路上强盗盛行。这些强盗在光天化日之下，拦路抢劫，杀害公众，袭击村庄。拿破仑上台后，决定肃清这批匪帮。拿破仑颁布命令：不抓俘虏，一律就地正法。窝藏盗匪或者购买赃物者，或者与盗匪有联系者，一律处死。他派出大量军队，这些军队毫不留情地镇压了直接罪犯及其帮凶，并镇压那些姑息纵容的警官。
与此同时，旺代等地的王党活动非常猖獗。王党叛乱正在诺曼底、布列塔尼、旺代等地迅速蔓延，他们利用英国人从海上给他们提供的最好武器，借助森林和沼泽地带，进行长期的游击战争，反对一切革命政府。拿破仑对叛乱分子采取了软硬两手策略，他一面派出军队进攻叛乱分子，一面答应对立即放下武器的人实行特赦。这对分化瓦解叛乱队伍起了很大作用。
1799年11月24日，埃杜维尔将军代表法国当局同叛乱分子首领缔结了第一次停战协定。叛乱分子为了进一步摸清拿破仑的意图，看看拿破仑能否出来支持他们的复辟活动，便派代表前往巴黎同拿破仑会面。双方就不在叛乱地区征兵、欠税延期缴纳和归还逃亡者尚未拍卖的财产等方面达成协议。拿破仑一方面表示“我不是王党分子”，另一方面又说：“十年来，法国人的血流得够多了”，表示了和解的愿望。最后，拿破仑表示希望要同著名的叛乱首领乔治·卡杜达尔进行单独会谈，并保证他在巴黎期间的人身绝对安全。
这个身材高大、刚健有力的叛乱首领终于来到巴黎，同身材瘦小的拿破仑单独会面了。这次会见持续了几个小时。为拿破仑生命提心吊胆的副官们挤满了旁边的小屋，他们很清楚卡杜达尔为了自己的事业早已将生死置之度外，他是什么事都干得出来。然而什么事也没发生。拿破仑提议给他一个将军头衔，加入军队，同外国人作战，卡杜达尔表示拒绝，返回旺代。
1800年1月10日，拿破仑发表公告：“再也不能容忍那些没有信仰、没有祖国、堕落为外国敌人的可耻工具的人，及拿起武器反对法国的人。”他号召平叛军队打一场快速而漂亮的仗，对土匪们绝对不能手软，对其同党及其姑息养奸者一律格杀勿论。在军队的严厉镇压下，一度十分猖獗的叛乱在拿破仑上台不到3个月的时间内便被平定了。乔治·卡杜达尔顽固地拒绝投降，逃到英国去了。
为了团结一切可以团结的力量，拿破仑对亡命者采取了宽容的态度。他取消了禁止贵族和亡命者亲属充任国家公职的规定。1800年3月3日政府作出决定，不许在逃亡者名单上再增添新的名字，即1799年12月25日以后出国的人不许以逃亡者对待。拿破仑对亡命者的宽容态度使王党分子对他产生了幻想，他们希望与拿破仑合作，一起恢复波旁王朝，并且多次派人写信给拿破仑，要求波旁王朝复辟。拿破仑很快就断掉了他们复辟的念头。
复辟不成的王党分子决定采取另外一种手段。
1800年12月24日下午4时许，日头西斜，余晖中一匹黝黝的老黑马拉着一辆双轮破篷车缓缓前进，赶车的三个人都穿着蓝色罩衫，一副鬼鬼祟祟的样了。他们穿过克雷利大街，又走过胜利广场，最后到达圣·尼凯斯大街，在这里可以看见杜伊勒里宫。这时夜幕已经降临，王宫的所有窗户都亮着灯。这三个人将马车停放在一个阴暗的角落里，随即开始精心布置一项暗杀拿破仑的阴谋。他们在车篷里放了满满一桶火药，然后雇来一个14岁的小女孩，嘱咐她把马车横在大路上，并要她看着马，不要让马移动。
这天晚上，海顿的大型圣乐《创世纪》在歌剧院首次演奏。拿破仑对音乐颇有爱好，准备同约瑟芬一同前往观看。晚上8点，拿破仑的车队从杜伊勒里宫出发了，圣·尼凯斯大街上顿时沸腾起来了，行人停下脚步，临街的窗户一扇扇地被打开，人们一个个探出身子，高呼着：“他在那里！”“拿破仑万岁！”“第一执政万岁！”拿破仑的车队过来了，走在前面的是卫队，清一色的彪形大汉。后面的马车里端坐着第一执政和三位陪伴的将军。再后面的是约瑟芬的马车，因出门时为着装耽误时间太久，她与拿破仑的马车拉开了很长一段距离。
拿破仑的车队朝着那个装满炸药的马车飞奔而来，那个看车的小女孩已被这威武的场面吓得目瞪口呆。站在姑娘旁边的那个赶车人疯狂地翻动了一下篷布下面的东西，便慌忙躲到远处。刹那间，一声巨响震撼了大地，一道耀眼的光芒一闪即逝。石块、玻璃碎片、砖头、瓦片、泥块，犹如一场稠密的冰雹铺天盖地般地溅落下来。痛苦的吼叫声、焦灼的呼救声响彻漆黑的夜空。一群刚刚还是高高兴兴地欢呼着拿破仑的人都被炸得血肉模糊，看车的小女孩已被炸成碎片。炸药是在拿破仑和约瑟芬的马车之间爆炸的，拿破仑毫无损伤，唯有约瑟芬车内的博阿尔内小姐手上受了点轻伤。拿破仑的马车绕过圣奥诺莱大街的转角后停下，大家在等待第一执政的命令，拿破仑冷静地说：“去歌剧院。”
12月24日晚的爆炸事件使8个行人当场死去，60多人受伤，其中20人也先后丧命。阴谋的残酷激起普遍的恐怖和愤慨。在此之前，警方已破获暗杀第一执政的案件达30起以上。这些暗杀案件中，有的是不满独裁的雅各宾党人干的，有的则是保皇党人干的。为了镇压恐怖活动，拿破仑在全国范围内采取了坚决措施，逮捕、审讯、枪决、流放一批又一批王党分子和雅各宾党人，12月24日的谋杀者也被送上断头台。