在美国的内政问题上，当时最敏感也最棘手的就是种族问题。
大家对美国的黑人问题都很熟悉，因此我们不想对此问题的前因后果多加叙述，只简单地谈一下肯尼迪在总统任期内所发生的两件比较大的事件。
其中之一发生在1962年10月初，一位名叫杰姆斯·马拉第斯的黑人学生想进入密西西比州立大学念书，结果引起反对黑人者的强烈不满，在杰姆斯入学当天发生了一场骚动。
那些极端的种族歧视者非常顽固，凡是学校、餐厅、交通工具等都严格实施黑白分离的政策。他们对杰姆斯的入学更是想尽办法阻拦，除口诛笔伐之外，有些暴徒甚至混进密西西比州立大学校园内，准备闹事。
密州州长巴瑞特面对这种情势，曾经下令本州的军队出动镇压，可是临时又改变了主意予以撤回。当时，杰姆斯仍在校园中，没有人敢想象将会发生什么事。
在白宫的肯尼迪总统与司法部长罗伯特，不断地用专用电话和巴瑞特州长保持联系。
巴瑞特在电话中求援说：“最好设法把杰姆斯从校园里带出来，否则我无法保证他的安全。”
肯尼迪亲自接听电话，他指示说：“请你听好，州长，在这场骚动平静之前，我不许把任何人移到另一个地方去。你没有尽到你应尽的责任，不是吗？”
“可是，我也正为此事做最大的努力啊。”
“不，你根本未曾尽力，最有力的证据就是校园里连一名州警察都没有，如此怎能不发生危险？你必须完成你分内的职责！”
说到这里，总统不高兴地挂断了电话。
结果，这场骚动还是由肯尼迪下令出动联邦军队才得以解决的。不过，肯尼迪的本意并不希望采取这种手段，最好尽可能不动用军力，而是透过州政府以合法、理性的和平方式将问题解决。
由于肯尼迪冷静又理性地处理，终于使激动的反对派人士逐渐镇静下来。
最后，杰姆斯终能如愿以偿地进入密西西比州立大学学习，不过每天都有保安人员陪着他上学。值得欣慰的是，其后杰姆斯没有再受到骚扰。
另一起事件发生在1963年5月，亚拉巴马州的伯明翰市。
这儿的种族歧视比别处严重得多，因此黑人运动领袖马丁·路德·金博士就在此领导黑人运动。伯明翰市的治安负责人是佛康纳。
1963年5月，马丁·路德·金博士在伯明翰领导了一次示威游行，而佛康纳故意放出警犬来骚扰游行队伍，同时更进一步用水压很强的消防水龙头喷向游行的人们。
最后终于惹火了示威的黑人们，他们在忍无可忍之下丧失理智，开始把玻璃瓶或砖块等掷向警察。
州长站在佛康纳这边，还派了军队来协助他。当天晚上，有一个黑人的住宅被人投掷炸弹，使得黑人社会群情激奋。
马丁·路德·金博士这时慎重地提出了废止种族歧视的要求。
后来，争端终于逐渐平静下来。对于这起事件，肯尼迪总统并没有直接介入，可是却促使他加速准备提出废止种族歧视的公民权法案。
6月中旬，有两位黑人学生打算进入亚拉巴马州立大学学习，可是坚决反对黑人的欧拉斯州长竟然亲自拦在校门口，企图阻止这两位学生入学，肯尼迪总统终于大发雷霆。
肯尼迪总统立刻决定派出联邦军队，同时下令要把亚拉巴马州的州军编入联邦军之内。
亚拉巴马州军队的副司令官闻讯后不得不立刻赶往现场，向欧拉斯州长提出忠告：“请您尽快离开这儿吧！”
欧拉斯州长离开之后，两位黑人学生才顺利地办好入学手续。
就在同一天晚上，肯尼迪在电视上告诉全体国民说：“只要是美国人，不论其皮肤颜色或人种，都将被一视同仁，同样享有美国人的权益。”
公民权法案终于在国会提出，为了使这个法案能够顺利通过，肯尼迪积极促使各界人士全力支持。
8月，在华盛顿出现了有包括黑人、白人在内的25万人的大游行。
这支庞大的示威队伍自始至终都很有秩序，行动一致，使大家认识到反对种族歧视的运动是有组织、有计划，且深具实力的。
这次大游行，使肯尼迪总统对黑人问题的解决方向有了新的决心。