当弗洛伊德开始觉得自己更有信心时，有了另外一个新的改变。自1886年他以沙考的忠诚门生身份回到维也纳，到出版《歇斯底里的研究》，他已经缓慢而稳健地摆脱了沙考思想的影响。1889年，他第一次公开反对沙考关于歇斯底里症的本质的看法；1983年，他更公开地发表文章批评歇斯底里症的麻痹状况。不久，弗洛伊德发现了四种神经病原：歇斯底里、意志萦扰、焦虑性神经病原、神经衰弱，每一种都有不同的“性”病因。1896年，他信心十足地指出，四种神经病原全都是由幼年时代潜意识的性事件而引起的。如此一来，沙考的遗传论就被排除于病因之外了。
和布劳尔的联系终于断绝了，弗洛伊德进入了另一个时期，他后来称之为“精彩的孤绝”期。他在1896年时叙述道：“我达到了寂寞的巅峰，失去了全部的老朋友，还没有交上任何新朋友；没有人注意我，而唯一使我向前进的是一点儿向传统挑战的决心，以及写《梦的解析》的心愿。”
弗洛伊德知道，他和布劳尔决裂以后，唯一使他不致孤立无援的是弗莱斯的友谊。维也纳和柏林的遥遥相隔使这两个人很难见面。但是，他们通信不辍，信中流露出对彼此的关怀。
弗洛伊德已经养成了在感情上依赖弗莱斯的习惯，这是他唯一可以倾吐思想而不怕被耻笑的人，而且彼此的依赖性随着他们在医学上的联系而加强。虽然布劳尔曾经是弗洛伊德的家庭医生，弗洛伊德却有好一阵子特别愿意听从弗莱斯的建议，尤其是1893年发现的可能威胁到他生命的心脏病问题上。
弗洛伊德虽然是犹太人，但他与犹太商人们不同，他没有什么钱，家庭人口又渐渐多起来，而且他很喜欢与权威者争论。他曾经有许多富有的病人，但是大部分都是布劳尔介绍来的。此外，他正打算向顽固的大众强势推销一种精神病理论，他知道势必触怒医学界和近乎神圣不可侵犯的天主教权威。
弗洛伊德能坚持理想的原因之一是他天生不屈不挠的野心；另外一个原因是外来反对对他的刺激。但是还有第三个原因不太为人所知晓，那就是当时一般的风气，即人们欢迎观念的产生。
19世纪的最后三十多年，由于医学上的进步，引导着人们更深入地去了解心智问题。
第一届国际心理学大会已经于1889年在巴黎召开。1890年，出版了威廉·詹姆士的《心理学原理》以及弗雷泽的《金枝》——它深入地探讨了人类器官的诞生和成长。这是两部对弗洛伊德的思想有着重要影响的著作。
1895年以后的五年，是弗洛伊德生龙活虎的时期。在他仍旧从事于“歇斯底里的研究”最后阶段之际，他首次透彻地分析了自己的一个梦。这对他以后的工作是极具重要性的。他后来开玩笑地问，他睡的那个地方将来会不会竖立一个牌子，上面写着：“1895年7月24日，在这间房子里，梦的奥秘让西格蒙德·弗洛伊德博士窥见了。”
1897年，弗洛伊德开始进行旷日持久的自我分析工作，这个工作因他父亲的去世而提前进行。同时，他又犯了一项错误，他自称是“最大的错误”，那就是“诱惑理论”的形成。虽然这项理论的命途多舛，却引导他发现“恋母情结”，不久后，他认为那是精神发展的主源。这几年，他继续从事《梦的解析》的写作，这本书被大家公认是他的所有著作中最具有影响力的。
19世纪最后几年，另外一个想法逐渐加强，即在挖掘神经质症隐藏的原因上，梦的解析是一种有非凡价值的工具。
弗洛伊德曾经在《歇斯底里的研究》一书中的一个注脚里，叙述他对自己的梦的分析的片断。他写道：“几个星期以来，我不得不把我睡惯的床换一张比较硬点的，在硬床上，我比较会做到比一般睡眠更深的深度。在我醒来的头十五分钟，我会记得我晚上所做的梦，于是我可以把它们一一记下，再设法去解析。”
弗洛伊德深信，梦是不可理解的睡眠经验之杂乱堆砌。他自己的“伊玛之梦”经过详细分析后使他信心倍增；当他用同一方法作自我分析时，更加熟中生巧。他的观念并不是全新的，以前的学者就曾指出：“梦包括了一波又一波的不连贯的无聊”，“梦的许多功能中，包含了希望的实现”等等。
弗洛伊德开始写《梦的解析》一系列文章，头一篇是三万字的论文《梦的问题的科学文献》。
这就说明了为什么他在从医早期时，费尽心血，搜集病人、同事和他自己的梦。高潮在“伊玛的注射”上面，后来把它当做“典型的梦”。
《梦的解析》一书，于1899年11月（虽然书上注明为1900年）在莱比锡和维也纳印行。作者在扉页上宣称：“那是我自己的肥料、自己的种子培育而成的！”此外，它的确把分析从一种狭义的治疗方法，扩展为一种潜意识的心理学。它的重要性是不容置疑的。
但是，弗洛伊德对自己的梦和他病人们的梦的叙述，只是他庞大工作的一部分。遍览了现存有关梦的文献并分析了“伊玛的注射”那个梦以后，他接着提出了一个解释梦的奇幻性质的理论，然后阐述它们的意义。基本上，他的假说是这样的：每个梦代表一个希望的完成。当人们睡觉时，抑制住潜意识内容的障碍已经降低，于是它们浮现成梦的意识。然而，在梦中呈现的，仅是弗洛伊德所称的“潜伏的”物质由“梦化工作”转化为物质内容的表现。“梦化工作”有各式各样的构成因素，每种都赋予梦稀奇古怪及不可思议的性质。在弗洛伊德以前，似乎没有人去留心解释这方面的情形。
“梦化工作”的过程，包括“浓缩”、“替代”和“象征”。一些批评他的人也不得不承认，这些作用是对梦的性质首次提出合理的解释，而以前却不曾有人发表过令人满意的答案。
《梦的解析》一书出版后六年内，只卖了三百多本。但是我们不能单以销路来衡量一本书的价值和影响力的大小。弗莱斯告诉弗洛伊德，柏林有十几个读者。弗洛伊德也承认：“在我这里也有些读者，但目前跟随者的时机尚未成熟。而我的书太多新鲜且大胆的论点，严格的证明却嫌太少。”
再版时，弗洛伊德不顾传统的反对，加入了新的材料，而且继续修正他的理论，至少在细节上，介绍得更为详细。然而，批评仍旧继续着，直到1921年，他发现有必要在第六版上重新写序。
弗洛伊德的著作未能获得它应有的注意。该书出版后许多年，仍然没有人提到它，即使是最重要的主题无人提起。所谓“梦的研究工作者”也不曾引人注意，这给人们提供了最鲜明的反例——科学家居然不追求新知。
即使在20世纪的初期，他仍然对未来感到悲观。他对弗莱斯抱怨说：“这个新世纪带给我的，只是愚蠢的评论。无论如何在我有生之年，都不指望任何人给我认可了。”
1895年年底，事情进行得很顺利。他每天处理六到八个病例分析——大多数都是很有趣的东西，各式各样的新材料。他每天花九到十一个钟头在病人身上。然后，晚上十一点钟时写各种报告。
他现在已有能力开始偿还欠布劳尔的两千三百佛罗林。十二个月之后，他的事业更顺心了。病人成群地拥来，每个工作日他要主持十或十一个治疗阶段。
这大概是他工作负荷的极限了。因为他还要继续自己并不太喜欢的工作——在大学里授课。
虽然大多爬上柏格街19号楼梯的病人患的病纯属不必外在帮助就能治疗的精神困难，但是也有例外。其中一个例外是“伊玛”，弗洛伊德全家人都认得她，她也是弗洛伊德曾经解释的最著名的梦——他自己的梦——的主角。
1895年夏天，弗洛伊德和家人在“舒罗斯伯勒优”（耸立在维也纳郊外山丘上的一幢华丽宅第）度暑假。这屋子以前是供人举行舞会和音乐会的地方，现在已经改为舒适的家庭旅社。4月23日的晚上，弗洛伊德在这里做了一个梦，后来就成为家喻户晓的“伊玛的注射”的梦。
他会对梦产生兴趣，和他所使用的自由联想有关。因为他发现，许多病人叙述自己的梦时，梦中情境鲜明。他们清楚地说出来，可见他们认为梦和别的可理解的现象一样重要。基于这种现象，他认为梦并非是如大多数人所主张的没有意义，而是可提供许多线索，引导医生发现一个病人压抑在潜意识中的事件。
弗洛伊德在《梦的解析》中所叙说的故事是这样的：1895年夏天，我正在为伊玛治疗，她是一个年轻的女人，也是我们家的朋友。她的歇斯底里焦虑症已经好多了，但是她还有其他身体上的疾病。我建议她做点事，但是她拒绝照做，于是治疗就中断，因为我们全家去度假了。
7月23日，有一个同事到旅社来见我，那人和病人以及病人的父母同住在乡下。他告诉我，女孩子“比较好了，但没有全好”。我察觉到同事脸上有不满的神色，于是那天晚上我就写出病人的病历，把它交给了M医生的两位普通朋友（那时是我们圈里的领导人物），为的是澄清我的立场。
玛莎的生日再过几天就要到了，她告诉我伊玛到时也会来庆贺。伊玛的病例至少占据了我思想的一部分，于是那晚我做梦了。第二天醒来，把梦记录了下来：一个大厅中，我们的宾客如云，而伊玛也来了。我立刻把她拉到一旁，好像在回复她的信，并责备她不曾接受我提议的“办法”。我对她说：“如果你仍感到痛，那实在只是你自己的错。”
她回答说：“如果你知道我现在喉咙、胃和小腹都疼痛，你就不会这么说了。”
我很惊讶地看着她，她脸色苍白而肿胀。我独自想：我一定是没有注意到某个器官问题。我拉她到窗前，向下望她的喉咙，她作出反抗的样子，好像戴了假牙的女人。我自忖：她实在没有必要这样。后来，她乖乖地张开嘴巴，我在右边发现了一大块白色的东西了，在另一个地方，我看见许多灰白色的疤。我立刻请M医生来，证实我的看法。我的朋友奥图正站在她旁边，而另一位朋友里奥波德正隔着她的衣服听诊，说道：“她左下方有一个没有反应的地方。”他又指出左肩的一部分皮肤被细菌渗透了。”……M说：“毫无疑问，那是发炎，但是没有关系，痢疾将会接踵而来，毒素就会清除。”……
我们也立刻知道了发炎的起因。原来，不久以前，我的朋友奥图为她注射了一大堆丙烷基、丙酸……三甲胺……他不应该这么没头没脑地注射这些东西，而且注射筒大概也没有消毒干净。
弗洛伊德在解释梦境时，能把梦中的每个细节，与最近所发生过的或讨论过的事物联系在一起，并非梦中所有的事都与伊玛有直接的关系。梦中弗洛伊德把伊玛带到窗前，看她的喉咙时，就浮现了早先他检查一位美丽的贵妇，并发现她的假牙的情景。白块和灰疤也和醒时的经验有着清晰可指的连接。最后，弗洛伊德对这个梦下了肯定的结论。他写道：“这个梦指出了一大堆其他的因素——使我脱卸了对伊玛情况的责任。这个梦呈现了我应该希望的许多事件的特殊状态。因此，它的内容就是被压制的希望的实现，而它的动机就是一个希望。”